genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6281761--6281791	16	1.9	16	93	0	53	22	12	3	61	1.46
6282097--6282150	5	10.2	5	84	11	72	35	5	0	59	1.21
6282103--6282145	23	1.9	22	90	4	68	34	6	0	58	1.25
6282097--6282175	38	2.1	38	88	4	115	31	7	1	59	1.33
6282183--6282226	21	2.1	21	86	0	61	34	2	6	56	1.38
6282321--6282391	15	4.8	15	75	21	62	26	8	0	64	1.22
6282580--6282642	5	12.0	5	90	6	90	36	4	0	58	1.19
6282656--6282704	21	2.3	20	83	10	62	38	4	4	53	1.39
6282580--6282670	48	1.9	46	86	8	121	35	6	1	57	1.32
6282667--6282712	21	2.2	21	92	0	74	32	4	4	58	1.37
6281867--6282879	482	2.1	476	89	5	1536	29	10	6	52	1.62
6282803--6282868	13	4.9	13	78	9	62	24	7	0	68	1.15
6282806--6282856	27	1.9	26	84	11	68	25	9	0	64	1.24
6282832--6282902	36	2.1	35	84	10	94	25	8	0	66	1.20
6286073--6286225	52	2.9	52	86	3	182	24	26	16	32	1.96
6289052--6289237	55	3.3	54	70	8	156	28	17	18	34	1.94
6289025--6289422	114	3.5	114	80	4	428	29	15	17	36	1.91
6289085--6289409	115	2.8	115	84	2	402	31	16	18	33	1.93
6289865--6289935	29	2.4	29	83	9	81	30	15	8	45	1.76
6290367--6290432	30	2.2	32	83	8	84	51	10	0	37	1.37
6290388--6290450	30	2.2	30	83	10	80	58	3	0	38	1.14
6294318--6294373	26	2.2	26	96	0	103	28	8	26	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6295973--6296059	27	3.2	27	82	9	115	17	22	24	35	1.95
6295973--6296077	27	3.9	26	85	7	104	19	23	21	35	1.96
6301723--6301760	20	1.9	20	94	0	67	18	5	2	73	1.14
6302888--6302920	14	2.4	14	94	0	57	66	0	3	30	1.06
6303937--6304006	27	2.6	27	84	8	90	21	4	35	38	1.73
6309201--6309234	18	1.9	17	88	5	50	64	0	5	29	1.17
6311148--6311219	10	7.2	10	73	17	51	65	1	2	30	1.15
6314134--6314194	15	3.9	15	72	23	54	31	4	0	63	1.15
6314137--6314249	24	4.9	23	76	19	87	34	7	0	58	1.25
6314196--6314317	42	3.0	41	72	20	103	37	7	0	54	1.28
6314301--6314375	14	4.9	16	69	15	61	32	8	1	58	1.35
6314288--6314375	30	3.0	29	76	12	90	34	7	1	56	1.36
6314485--6314528	22	2.0	22	83	12	56	29	6	6	56	1.51
6318581--6318631	21	2.4	21	93	0	84	23	7	41	27	1.82
6326143--6326698	206	2.7	205	90	1	860	30	18	22	28	1.97
6328429--6328487	15	3.7	15	71	24	50	30	5	0	64	1.15
6328431--6328545	24	4.9	24	74	20	93	33	6	0	59	1.24
6328438--6328497	26	2.3	26	86	11	79	31	6	0	61	1.22
6328455--6328541	46	1.9	44	81	9	104	35	8	0	56	1.29
6328429--6328587	10	13.4	11	66	24	51	34	6	0	58	1.25
6328532--6328613	42	2.0	42	81	13	98	35	6	1	57	1.31
6328597--6328671	14	4.9	16	69	15	61	32	8	1	58	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6328434--6328618	39	4.5	39	67	22	101	34	7	0	57	1.30
6328594--6328671	30	2.6	29	78	9	86	33	7	1	57	1.35
6328785--6328828	22	2.0	22	83	12	56	29	6	6	56	1.51
6332469--6332513	20	2.2	20	100	0	90	26	15	26	31	1.96
6333044--6333088	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
6335284--6335333	22	2.2	23	82	3	57	24	2	12	62	1.40
6345697--6345744	20	2.4	20	79	6	53	29	4	0	66	1.10
6345797--6345835	20	2.0	20	85	10	53	66	0	2	30	1.05
6348230--6348291	27	2.3	27	86	2	81	27	29	16	27	1.97
6349346--6349405	29	2.0	31	81	12	72	65	0	6	28	1.18
6349760--6349829	25	2.7	26	82	2	88	52	7	7	32	1.56
6349700--6349896	26	8.1	25	68	16	121	53	5	8	32	1.52
6349873--6349918	14	2.9	16	81	15	51	50	2	8	39	1.46
6350426--6350515	6	15.5	6	69	19	50	62	2	3	32	1.24
6350395--6350481	22	4.0	22	73	16	56	58	3	5	32	1.38
6350440--6350515	22	3.5	22	75	18	70	63	1	2	32	1.17
6356687--6356850	40	4.1	40	89	3	215	24	21	26	28	1.99
6366789--6366968	58	3.1	58	89	2	247	27	21	6	44	1.77
6370411--6370525	5	23.6	5	69	21	66	59	0	5	34	1.26
6370387--6370484	30	3.1	30	83	14	117	58	1	5	35	1.27
6370422--6370484	19	3.3	19	78	8	56	57	1	4	36	1.30
6372306--6372433	44	2.9	44	83	1	177	28	22	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6372395--6372922	87	6.0	87	68	15	244	28	19	18	33	1.95
6372462--6373020	176	3.2	176	89	0	839	27	19	19	34	1.96
6372462--6373103	176	3.6	175	84	4	781	27	19	19	33	1.96
6372573--6373103	87	5.9	94	70	15	307	26	19	19	33	1.96
6384614--6384673	17	3.5	17	74	21	63	65	0	1	33	1.03
6385123--6385241	19	5.7	21	74	17	68	39	15	8	36	1.78
6385123--6385223	24	4.6	22	74	14	66	39	15	7	36	1.77
6385136--6385267	19	6.6	21	81	18	117	37	15	10	36	1.82
6385136--6385273	43	3.5	38	83	14	156	37	15	10	36	1.81
6385159--6385273	19	5.9	19	84	15	164	36	14	11	37	1.82
6385665--6385829	87	1.9	87	80	5	190	26	22	18	33	1.96
6385585--6386067	261	1.9	256	85	3	671	26	22	17	33	1.96
6385899--6386652	205	3.7	205	92	1	1214	28	22	18	31	1.97
6390176--6390263	6	14.3	6	72	13	72	48	13	18	19	1.80
6390191--6390260	25	2.8	24	82	8	79	48	14	20	17	1.81
6390184--6390263	31	2.6	31	82	4	90	48	12	18	20	1.80
6390409--6390550	67	2.1	67	85	5	185	30	21	28	19	1.98
6390480--6390531	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
6390775--6391025	27	9.3	27	87	4	323	23	20	18	36	1.95
6390775--6391023	54	4.6	54	88	1	356	24	20	18	36	1.95
6390779--6391020	81	3.0	81	90	1	380	23	21	18	35	1.95
6391073--6391258	27	6.9	28	87	3	125	30	10	21	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6391059--6391429	81	4.6	81	82	3	390	30	9	20	39	1.84
6391126--6391429	27	11.3	27	86	0	401	31	8	20	39	1.82
6396800--6396986	67	2.9	64	76	7	189	30	16	29	23	1.96
6400170--6400241	16	4.6	16	74	17	62	63	0	1	34	1.03
6400173--6400241	32	2.2	31	84	7	86	63	0	1	34	1.03
6400182--6400242	17	3.5	17	71	24	56	65	0	1	32	1.02
6400690--6400814	19	6.0	21	75	16	66	40	14	8	36	1.77
6400690--6400790	24	4.6	22	74	14	66	39	15	7	36	1.77
6400726--6400837	19	5.8	19	82	15	149	36	13	11	38	1.81
6400703--6400834	19	6.6	21	79	18	108	37	14	10	37	1.81
6400703--6400834	43	3.3	38	82	15	144	37	14	10	37	1.81
6400763--6400834	35	2.0	36	91	5	119	37	13	11	37	1.81
6401233--6401609	87	4.3	87	67	17	235	26	22	18	32	1.97
6401153--6401635	261	1.9	256	87	3	716	26	22	18	33	1.96
6401467--6402220	205	3.7	205	94	1	1311	28	22	18	30	1.97
6405978--6406030	19	2.8	19	79	0	61	49	15	16	18	1.80
6406152--6406211	27	2.3	27	82	8	70	33	20	23	23	1.97
6406252--6406303	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
6406548--6406771	27	8.3	27	85	3	265	26	20	16	36	1.94
6406551--6406771	81	2.7	81	90	0	327	26	20	16	36	1.94
6406753--6406896	27	5.3	27	75	5	85	33	10	20	35	1.87
6406537--6406799	81	3.2	80	81	4	269	28	18	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6406808--6407149	81	4.2	81	83	3	384	30	9	20	39	1.84
6406889--6407165	109	2.6	109	90	2	416	31	7	20	39	1.81
6406863--6407149	27	10.6	27	84	0	376	31	8	20	39	1.83
6407735--6407860	35	3.5	36	89	7	193	36	15	11	37	1.83
6407735--6407860	54	2.3	54	100	0	252	36	15	11	37	1.83
6407749--6407858	17	6.5	15	87	8	87	36	15	10	37	1.83
6407735--6407860	19	6.9	19	89	10	210	36	15	11	37	1.83
6409799--6409896	30	3.1	31	81	14	110	57	1	6	35	1.31
6409823--6409937	5	23.6	5	69	21	57	57	1	6	34	1.34
6427612--6428249	47	13.3	47	91	3	997	32	8	29	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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