genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23421353--23421462	31	3.5	31	94	0	193	29	18	25	27	1.98
23424043--23424069	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
23431592--23431765	46	3.7	46	80	12	160	24	31	19	25	1.98
23431637--23431762	47	2.7	47	81	12	143	23	30	19	26	1.98
23435070--23435238	45	3.7	45	75	15	186	29	27	20	22	1.98
23435075--23435242	91	1.8	91	92	3	284	29	28	20	22	1.98
23441502--23441638	46	3.0	46	73	15	122	27	25	19	27	1.99
23450033--23450071	21	1.9	20	84	5	51	48	20	2	28	1.62
23454522--23454634	39	2.9	39	96	2	201	23	30	23	22	1.99
23461498--23461527	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
23463049--23463113	25	2.6	25	78	7	69	24	23	24	27	2.00
23463092--23463148	23	2.5	23	82	5	71	31	17	24	26	1.97
23467546--23467584	10	3.9	10	83	10	53	17	17	0	64	1.30
23474602--23474658	11	5.5	10	73	22	55	77	1	17	3	1.00
23474602--23474658	5	11.0	5	77	17	55	77	1	17	3	1.00
23474602--23474658	16	3.7	14	80	17	60	77	1	17	3	1.00
23474785--23474823	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
23475389--23475430	11	3.6	12	84	12	52	19	7	7	66	1.39
23483251--23483298	25	1.9	25	95	0	87	43	22	12	20	1.86
23504196--23504311	45	2.6	44	83	9	137	26	28	18	25	1.98
23504239--23504325	45	1.9	46	81	6	106	24	29	18	27	1.98
23506795--23506848	23	2.3	23	84	6	65	35	18	16	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23506807--23506858	23	2.3	23	82	0	68	34	19	21	25	1.96
23509036--23509074	20	1.9	20	84	5	51	46	23	0	30	1.53
23512338--23512363	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
23522629--23522730	28	3.6	28	93	0	159	29	23	10	36	1.89
23527698--23527852	28	5.5	28	75	3	157	29	34	19	16	1.94
23527668--23527854	57	3.2	57	94	1	311	28	35	17	17	1.93
23527668--23527824	29	5.4	29	72	4	138	28	36	17	17	1.93
23529832--23529938	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
23541681--23541732	27	2.0	26	84	3	68	19	30	21	28	1.97
23548899--23548932	16	2.1	17	89	10	54	58	0	17	23	1.38
23555595--23555754	43	3.7	42	76	12	164	23	17	25	33	1.96
23561407--23561437	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
23565915--23565999	41	2.1	41	100	0	170	43	4	27	24	1.74
23569229--23569362	48	2.8	50	80	11	163	20	16	26	36	1.94
23580978--23581033	29	2.1	28	81	18	66	58	0	37	3	1.15
23588330--23588554	40	5.6	40	82	4	247	24	27	23	25	2.00
23588294--23588554	80	3.3	80	78	6	246	24	26	22	25	2.00
23598875--23599047	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
23598872--23599042	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
23601219--23601261	21	2.0	21	82	8	52	0	18	16	65	1.28
23606926--23606958	16	1.9	18	88	11	52	51	15	9	24	1.72
23607538--23607738	38	4.9	38	74	16	143	31	26	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23607631--23607656	12	2.2	12	100	0	52	30	26	19	23	1.98
23607593--23607694	50	2.0	50	94	0	177	32	26	20	20	1.97
23611683--23611798	44	2.7	44	90	1	189	30	25	18	25	1.98
23612082--23612121	14	2.5	17	76	19	50	35	20	2	42	1.65
23619895--23619976	28	2.9	28	85	0	110	35	12	24	28	1.91
23620049--23620271	39	5.7	39	89	1	313	19	21	27	30	1.98
23629592--23629714	42	2.9	44	77	10	130	34	26	14	24	1.94
23629581--23629731	43	3.5	41	79	7	142	32	26	15	25	1.96
23635348--23635437	47	1.9	47	100	0	180	44	3	16	35	1.64
23636279--23636430	42	3.6	42	75	12	132	25	17	24	33	1.96
23641500--23641619	60	2.0	61	93	1	206	37	1	21	39	1.64
23642280--23642360	43	1.9	42	82	7	101	24	20	25	28	1.99
23643664--23643843	100	1.8	100	95	0	324	25	13	25	36	1.92
23655200--23655244	23	2.0	23	82	8	56	13	11	4	71	1.29
23664231--23664369	49	2.8	49	93	0	224	28	17	26	27	1.98
23680459--23680636	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
23680460--23680615	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
23680456--23680636	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
23683797--23683893	20	4.8	20	71	7	72	10	27	18	43	1.83
23689783--23689873	39	2.3	38	81	12	103	24	24	23	28	1.99
23689805--23689891	40	2.2	39	79	6	95	26	25	20	27	1.99
23700692--23700736	23	2.0	23	81	0	54	26	28	6	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23706566--23706641	23	3.3	21	77	14	62	25	25	17	32	1.96
23706589--23706699	23	4.9	23	76	6	75	20	28	18	31	1.97
23706566--23706655	46	2.0	46	82	4	110	23	26	18	31	1.98
23709902--23709973	20	3.7	20	80	9	78	40	1	5	52	1.33
23713879--23713927	14	3.5	13	88	8	62	51	8	0	40	1.32
23721038--23721062	10	2.5	10	100	0	50	20	32	0	48	1.50
23725762--23725820	30	2.0	30	86	0	82	32	11	25	30	1.92
23726159--23726334	46	3.8	46	81	5	194	28	19	28	23	1.98
23733425--23733483	30	2.0	30	89	0	91	33	11	23	30	1.91
23733872--23733973	46	2.2	47	81	12	120	28	15	30	25	1.96
23745718--23745775	30	1.9	30	85	0	80	29	22	8	39	1.84
23748014--23748377	118	3.1	118	88	0	514	20	24	27	27	1.99
23747998--23748345	39	8.9	39	86	1	462	20	24	27	27	1.99
23747996--23748345	157	2.2	157	91	1	567	20	24	27	27	1.99
23754058--23754085	14	2.0	14	100	0	56	35	7	14	42	1.73
23761054--23761097	15	2.9	15	96	0	79	13	13	13	59	1.62
23770431--23770658	40	5.7	40	88	3	343	26	26	20	25	1.99
23772725--23772949	40	5.7	40	81	6	224	24	28	21	25	1.99
23772692--23772949	40	6.5	38	78	9	200	24	27	21	26	1.99
23772881--23772958	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
23780317--23780541	40	5.7	40	81	6	224	24	28	21	25	1.99
23780284--23780541	40	6.5	38	78	9	200	24	27	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23780473--23780550	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
23789288--23789515	40	5.7	40	90	3	352	25	26	21	26	2.00
23797926--23797953	6	4.7	6	100	0	56	53	0	0	46	1.00
23799633--23799675	13	3.1	14	81	15	54	58	0	0	41	0.98
23804710--23804761	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
23812074--23812125	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
23825527--23825660	72	1.9	72	85	0	187	35	28	11	23	1.91
23825496--23825660	24	6.9	24	79	5	138	35	29	11	23	1.90
23826677--23826725	19	2.7	19	78	12	59	18	14	0	67	1.23
23835922--23836132	40	5.3	39	80	6	246	27	28	20	23	1.99
23835922--23836132	79	2.7	80	89	1	327	27	28	20	23	1.99
23843105--23843315	40	5.3	39	82	6	255	27	28	20	23	1.99
23843105--23843315	79	2.7	80	90	1	336	27	28	20	23	1.99
23845074--23845323	40	6.3	40	82	5	292	27	28	20	23	1.99
23856694--23856718	13	1.9	13	100	0	50	8	32	36	24	1.84
23859789--23859825	19	1.9	19	88	0	56	67	0	2	29	1.04
23865110--23865304	50	3.9	50	85	2	266	28	17	30	23	1.97
23878513--23878566	25	2.1	26	86	10	76	20	12	1	64	1.36
23882701--23882729	14	2.0	15	93	6	51	27	27	27	17	1.97
23884348--23884525	27	6.6	27	75	6	119	29	26	16	28	1.97
23884348--23884525	54	3.3	54	74	12	150	29	26	16	28	1.97
23892354--23892531	27	6.6	27	75	6	119	29	26	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23892354--23892531	54	3.3	54	74	12	150	29	26	16	28	1.97
23895513--23895552	20	2.0	20	95	0	71	55	22	10	12	1.67
23897021--23897055	17	1.9	19	88	11	56	40	2	22	34	1.69
23900296--23900566	48	5.6	48	75	6	219	27	19	28	24	1.99
23900293--23900567	96	2.8	95	83	5	322	26	20	28	24	1.99
23905825--23905875	21	2.4	21	75	21	52	17	7	3	70	1.27
23907831--23908065	116	2.0	116	94	0	416	31	18	10	39	1.84
23909087--23909252	46	3.6	46	77	12	187	30	29	17	22	1.97
23909095--23909266	93	1.8	93	90	2	274	29	29	18	23	1.98
23911650--23911738	30	3.0	30	77	8	92	57	14	16	11	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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