genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33945848--33945975	49	2.6	49	82	3	161	21	30	22	25	1.99
33946733--33946783	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
33947493--33947590	26	3.8	26	91	1	162	26	23	22	27	1.99
33947736--33947823	42	2.1	42	84	0	113	32	12	17	37	1.87
33947854--33947929	31	2.5	31	95	0	134	27	19	26	26	1.99
33949762--33949833	20	3.6	20	92	0	117	26	30	30	12	1.93
33956522--33956641	59	2.0	59	96	0	222	44	10	20	25	1.82
33957072--33957143	26	2.8	26	81	4	85	20	19	19	40	1.92
33965397--33965445	17	2.8	18	82	11	59	57	0	30	12	1.36
33966816--33966853	17	2.2	18	90	4	60	21	2	0	76	0.91
33966816--33966855	13	3.0	13	88	3	53	22	2	0	75	0.93
33980454--33980519	33	2.0	33	100	0	132	48	6	24	21	1.72
33983730--33983936	107	1.9	107	81	1	245	32	15	24	27	1.96
33987055--33987139	33	2.5	33	77	7	82	37	37	9	15	1.80
33989264--33989328	29	2.2	29	94	0	112	26	29	13	30	1.94
34006794--34007134	50	6.8	50	76	4	326	29	25	18	25	1.98
34006805--34007137	101	3.3	101	86	1	445	30	24	18	26	1.98
34006905--34007078	51	3.4	51	75	4	199	30	21	20	27	1.98
34006794--34007132	151	2.2	152	80	3	398	30	25	18	25	1.98
34009279--34009332	27	2.0	27	96	0	99	20	3	22	53	1.61
34009649--34009699	25	2.0	26	84	3	68	49	3	3	43	1.39
34020923--34020956	13	2.6	13	100	0	68	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34020910--34020952	18	2.6	16	83	16	61	65	0	0	34	0.93
34025536--34025568	12	2.6	13	90	4	50	24	0	0	75	0.80
34034590--34034663	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
34044941--34045011	25	2.8	25	89	0	97	26	25	21	26	1.99
34044966--34045038	24	3.0	24	78	13	69	30	21	20	27	1.98
34045233--34045316	31	2.7	31	88	1	125	30	17	27	23	1.97
34054405--34054430	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
34054886--34054963	27	2.9	27	80	0	84	26	16	19	37	1.93
34054932--34055242	27	11.6	27	83	2	295	31	12	18	37	1.88
34054932--34055243	54	5.8	54	82	4	339	31	12	18	37	1.88
34054942--34055242	81	3.7	81	82	6	362	32	12	18	37	1.88
34055562--34055621	29	2.1	29	90	0	93	23	41	15	20	1.89
34063063--34063209	67	2.3	63	79	11	154	21	29	17	30	1.96
34067502--34067622	47	2.6	47	84	5	158	32	26	12	28	1.92
34074138--34074453	27	11.7	27	90	2	402	28	21	9	40	1.84
34074270--34074652	27	14.2	27	80	5	130	35	21	9	33	1.85
34074163--34074495	81	4.1	81	86	0	209	30	21	9	39	1.84
34074432--34074708	54	5.1	53	73	9	184	41	20	8	29	1.82
34074446--34074652	80	2.6	80	79	4	220	41	21	9	28	1.83
34074629--34074706	29	2.8	28	75	19	81	44	16	6	32	1.73
34074441--34074714	27	10.1	27	76	9	139	40	19	9	30	1.83
34077216--34077271	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34077205--34077271	20	3.3	20	91	0	107	35	11	19	32	1.88
34077320--34077414	23	4.0	23	86	5	127	28	18	23	29	1.98
34077320--34077414	24	4.0	24	86	8	124	28	18	23	29	1.98
34077608--34077671	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
34085310--34085365	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
34085299--34085365	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
34085416--34085533	23	5.1	23	95	0	209	27	17	23	30	1.97
34085747--34085810	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
34086562--34086609	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
34086636--34086708	20	3.8	20	89	8	107	36	9	19	34	1.84
34086656--34086694	11	3.7	11	80	13	55	35	10	20	33	1.86
34086761--34086889	26	5.1	26	85	2	158	30	20	20	28	1.98
34086760--34086889	52	2.6	51	87	4	194	30	21	20	28	1.98
34088757--34088854	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
34088785--34088867	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
34088757--34088868	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
34090442--34090525	31	2.7	31	94	1	152	27	17	26	28	1.98
34102989--34103029	20	2.1	19	86	4	55	0	12	19	68	1.21
34116442--34116489	25	1.9	25	84	16	64	18	14	4	62	1.47
34119841--34119893	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
34122263--34122289	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
34125189--34125361	95	1.8	95	94	0	310	34	23	15	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34132761--34132803	21	2.0	21	86	0	59	53	4	2	39	1.34
34133032--34133080	23	2.1	23	85	7	64	42	0	8	48	1.32
34133477--34133604	20	6.4	19	74	7	87	43	8	8	39	1.66
34133502--34133605	40	2.6	39	76	8	102	45	8	7	38	1.64
34133650--34133691	20	2.2	20	91	4	68	38	14	4	42	1.66
34135325--34135504	96	1.8	96	88	8	274	26	19	30	24	1.98
34135325--34135500	50	3.6	50	74	15	163	26	19	29	24	1.98
34135327--34135506	49	3.7	49	77	8	154	26	20	29	23	1.99
34141000--34141124	49	2.6	47	76	8	108	24	16	32	27	1.96
34150726--34150792	33	2.1	33	88	2	100	44	14	11	28	1.81
34150771--34150811	20	2.0	20	85	0	55	43	14	7	34	1.73
34150778--34150848	20	3.5	20	75	7	72	35	12	11	40	1.79
34150888--34151004	20	5.8	20	73	18	109	40	14	10	35	1.80
34150887--34150998	40	2.8	39	84	9	154	41	14	8	35	1.77
34151126--34151187	28	2.2	28	85	8	81	40	16	3	40	1.64
34151126--34151254	48	2.7	47	83	5	152	36	13	7	41	1.74
34151163--34151207	20	2.2	20	80	0	54	33	13	8	44	1.75
34151246--34151299	20	2.7	20	78	16	58	38	11	9	40	1.73
34151417--34151474	20	2.9	19	75	10	53	46	15	6	31	1.72
34151525--34151593	19	3.5	19	75	13	59	39	5	13	42	1.68
34154930--34154977	23	2.1	23	96	0	87	43	16	8	31	1.78
34160871--34161095	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34160871--34161128	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	24	1.99
34168794--34169054	40	6.7	40	86	7	340	24	21	27	25	1.99
34174966--34175115	42	3.6	42	75	0	120	28	26	16	30	1.96
34176749--34176780	16	2.0	16	100	0	64	37	12	25	25	1.91
34180011--34180085	24	3.1	24	76	1	78	16	18	12	53	1.73
34195367--34195496	35	3.6	34	69	15	91	33	11	22	33	1.90
34198122--34198199	35	2.2	35	88	4	122	47	20	7	24	1.76
34198134--34198247	35	3.3	35	77	4	113	45	15	11	27	1.81
34211962--34212293	40	8.3	40	95	0	583	24	20	28	27	1.99
34212324--34212466	57	2.5	57	81	0	151	24	17	25	32	1.97
34212383--34212481	28	3.5	29	71	13	71	24	17	24	34	1.96
34214444--34214529	29	3.0	28	80	9	102	27	31	15	25	1.95
34214435--34214516	29	2.9	29	78	8	96	26	32	15	24	1.95
34228285--34228361	29	2.7	29	87	0	109	27	31	16	24	1.97
34230026--34230114	43	2.1	43	97	0	169	35	24	16	22	1.95
34231847--34231905	26	2.2	27	87	3	84	25	11	13	49	1.76
34233774--34234099	48	6.7	48	74	4	224	26	18	28	26	1.98
34233674--34234005	96	3.4	97	79	5	307	26	18	28	26	1.98
34233674--34234099	98	4.4	97	77	9	309	26	19	28	25	1.98
34235019--34235077	28	2.1	29	93	3	102	20	22	10	47	1.79
34238316--34238396	40	2.0	40	87	0	117	33	30	14	20	1.93
34240584--34240653	36	1.9	36	97	0	131	40	18	10	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34252948--34253019	31	2.4	31	90	2	110	29	26	13	30	1.94
34253178--34253249	25	2.8	26	87	6	112	25	22	25	27	2.00
34254040--34254119	27	3.0	27	78	10	78	23	23	18	33	1.97
34254173--34254224	27	1.9	27	88	7	79	34	11	13	40	1.81
34254260--34254386	27	4.7	27	82	3	166	30	8	21	39	1.83
34254418--34254536	27	4.4	27	84	4	132	37	6	24	31	1.81
34256747--34256839	29	3.2	28	66	19	64	30	25	19	24	1.98
34256845--34256915	31	2.3	31	97	2	135	29	25	15	29	1.96
34257136--34257207	25	2.9	25	89	0	108	25	20	26	27	1.99
34258014--34258078	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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