genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79587942--79588010	36	1.9	36	82	5	86	57	4	0	37	1.18
79591557--79591602	23	2.0	23	95	0	83	34	19	21	23	1.96
79592549--79592950	201	2.0	201	100	0	804	35	16	19	28	1.94
79597654--79598077	210	2.0	211	89	0	652	34	15	19	31	1.93
79600062--79600094	6	5.5	6	96	0	57	48	3	30	18	1.63
79601421--79601576	53	2.9	53	81	7	138	33	7	13	46	1.70
79601421--79601682	55	4.7	55	73	9	172	32	6	10	50	1.63
79608736--79608781	22	2.0	22	87	8	65	34	4	6	54	1.46
79611493--79611609	58	2.0	58	96	0	216	26	23	16	34	1.95
79614876--79615095	41	5.4	41	86	2	309	35	20	25	19	1.96
79614845--79615095	82	3.1	81	86	4	326	36	19	23	19	1.95
79615701--79615749	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
79616048--79616078	15	2.1	15	93	0	53	25	3	25	45	1.69
79616084--79616142	14	4.2	14	84	0	64	20	0	44	35	1.52
79616091--79616142	7	7.4	7	86	0	59	19	0	46	34	1.50
79616492--79616547	22	2.5	22	80	11	62	64	0	1	33	1.04
79616729--79616764	18	2.0	18	88	0	54	8	41	2	47	1.48
79618735--79618776	22	1.9	22	85	0	57	7	30	28	33	1.84
79618773--79618847	25	3.0	25	82	0	96	12	41	14	32	1.83
79621541--79621607	33	2.0	33	94	0	116	14	23	16	44	1.85
79621632--79622784	241	4.8	241	96	0	2143	34	17	14	33	1.91
79621632--79622782	481	2.4	478	96	0	2131	34	17	14	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79622783--79622841	9	6.6	9	90	0	91	45	22	1	30	1.62
79628406--79628451	19	2.3	19	81	7	56	30	19	50	0	1.48
79628691--79628773	31	2.6	31	82	3	94	18	4	16	60	1.53
79632544--79632584	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
79635832--79635872	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
79639389--79639425	14	2.6	14	91	4	56	27	2	8	62	1.37
79643766--79643798	17	2.0	17	88	5	50	57	9	0	33	1.30
79647233--79647293	26	2.3	27	78	18	65	68	3	24	3	1.19
79648808--79648870	22	2.9	21	79	9	63	22	22	19	36	1.95
79648852--79649021	56	3.0	56	84	1	216	19	23	21	35	1.96
79651698--79651737	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
79651799--79651913	27	4.3	26	83	5	131	37	23	21	17	1.94
79651799--79651913	54	2.1	54	88	3	169	37	23	21	17	1.94
79652015--79652077	26	2.4	26	97	0	117	23	15	30	30	1.96
79652015--79652088	26	2.8	26	91	0	103	25	13	27	33	1.93
79653519--79653628	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
79657665--79657803	37	3.8	37	94	0	224	25	30	17	25	1.98
79657961--79658097	46	3.0	46	84	7	152	24	29	10	35	1.89
79658024--79658312	47	6.1	47	88	4	373	26	29	11	32	1.91
79676774--79677007	116	2.0	116	99	0	459	33	11	22	32	1.90
79677315--79677365	25	2.0	25	92	0	84	39	5	17	37	1.74
79677318--79677365	12	3.9	12	75	5	51	39	4	18	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79681981--79682031	25	2.0	25	92	0	84	39	5	17	37	1.74
79681984--79682031	12	3.9	12	75	5	51	39	4	18	37	1.70
79687476--79687519	23	1.9	23	95	0	79	22	15	36	25	1.94
79687477--79687532	23	2.4	23	87	0	76	25	14	33	26	1.94
79691188--79691238	21	2.4	21	96	0	93	58	9	13	17	1.61
79698502--79698815	126	2.5	126	90	0	493	27	17	19	35	1.94
79698890--79698933	22	2.0	23	90	4	72	45	25	0	29	1.54
79698817--79699149	175	1.9	174	89	1	515	45	18	2	33	1.63
79699694--79699726	14	2.4	14	90	5	50	48	9	0	42	1.35
79723868--79723982	57	2.0	57	85	8	153	48	6	18	26	1.71
79726922--79726983	30	2.1	30	90	6	99	25	3	12	58	1.50
79735322--79735405	42	2.0	42	97	0	159	50	13	7	29	1.68
79735443--79735479	19	1.9	19	100	0	74	37	16	8	37	1.78
79740406--79740447	21	2.0	22	81	13	52	61	7	7	23	1.47
79746920--79747071	21	7.3	21	78	7	141	46	17	21	14	1.84
79746920--79747071	42	3.7	42	83	3	166	46	17	21	14	1.84
79746920--79747074	63	2.5	62	86	5	197	45	18	21	14	1.84
79747673--79747727	21	2.6	21	94	0	92	41	14	7	36	1.74
79751412--79751443	13	2.5	13	100	0	64	46	15	6	31	1.71
79751795--79751876	41	2.0	41	100	0	164	26	9	14	48	1.75
79753632--79753688	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
79759741--79759851	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79765234--79765426	21	9.3	21	80	4	187	45	17	22	15	1.85
79768926--79769019	31	3.1	31	81	9	122	50	6	5	38	1.51
79773426--79773564	69	2.0	69	98	0	269	28	32	12	26	1.93
79778642--79778670	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
79780209--79780297	39	2.2	40	86	7	128	55	3	1	40	1.24
79780736--79780764	15	1.9	15	100	0	58	20	6	37	34	1.80
79786612--79786663	26	2.0	26	84	0	68	36	13	17	32	1.89
79792284--79792324	21	2.0	21	90	0	64	29	4	24	41	1.75
79803649--79803689	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
79807761--79807814	27	2.0	27	100	0	108	33	7	25	33	1.84
79811633--79811711	37	2.3	34	82	8	88	58	1	3	36	1.24
79814834--79814864	15	2.1	15	93	0	53	64	6	0	29	1.18
79820007--79820086	25	3.2	25	81	0	97	32	22	26	18	1.97
79822039--79822296	47	5.7	47	81	8	327	31	23	14	30	1.95
79822086--79822254	85	2.0	85	91	0	275	30	24	14	30	1.94
79822001--79822296	132	2.2	133	92	0	504	30	24	14	30	1.95
79822166--79822293	48	2.7	47	86	3	177	29	24	14	31	1.95
79825744--79825768	9	2.8	9	100	0	50	36	12	0	52	1.39
79826737--79826853	15	8.1	14	72	17	62	26	7	0	64	1.26
79826725--79826832	29	3.8	28	73	22	82	26	7	1	63	1.31
79826800--79826845	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
79826768--79826889	52	2.4	54	74	18	125	27	7	0	64	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79828394--79828433	19	2.1	19	85	0	53	17	5	2	75	1.10
79860002--79860056	29	1.9	28	85	3	74	45	0	0	54	0.99
79862200--79862237	16	2.3	17	82	17	53	50	15	0	34	1.45
79862932--79862977	19	2.3	22	85	14	64	39	2	2	56	1.24
79867585--79867627	19	2.3	19	87	0	59	39	0	0	60	0.97
79867576--79867653	28	2.8	28	82	9	79	42	1	0	56	1.07
79871800--79871825	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
79884292--79884321	10	3.1	10	90	9	53	50	0	0	50	1.00
79884289--79884322	9	3.7	9	92	7	59	52	0	0	47	1.00
79891400--79891484	39	2.2	39	95	0	152	36	12	22	28	1.91
79893857--79893949	33	2.8	33	83	0	132	20	9	39	30	1.84
79895671--79895730	29	2.1	29	100	0	120	41	13	21	23	1.88
79899820--79899859	19	2.2	18	86	8	55	52	2	10	35	1.48
79905056--79905108	27	2.0	27	84	0	70	73	5	11	9	1.24
79907628--79907758	40	3.4	39	79	8	126	60	3	8	28	1.41
79907622--79907781	38	4.1	39	76	12	125	58	3	7	30	1.43
79907772--79907814	22	1.9	23	85	4	61	37	2	27	32	1.70
79911202--79911283	42	2.0	42	85	0	110	36	23	13	26	1.92
79916525--79916651	57	2.2	57	98	0	245	34	18	5	41	1.73
79916525--79916676	57	2.7	57	89	2	180	34	18	6	40	1.76
79917098--79917134	18	2.1	18	89	0	56	81	0	18	0	0.70
79918417--79918454	17	2.4	17	86	8	53	65	0	18	15	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79929728--79929794	3	22.3	3	100	0	134	67	0	32	0	0.91
79933602--79933751	73	2.0	76	84	3	198	53	10	12	24	1.68
79934129--79934168	21	1.9	21	89	0	62	32	7	0	60	1.25
79934156--79934182	7	3.9	7	100	0	54	29	0	0	70	0.88
79935872--79935911	16	2.5	15	88	8	53	37	7	25	30	1.83
79935897--79935986	44	2.0	46	86	4	130	31	5	26	36	1.79
79936580--79936614	18	1.9	18	100	0	70	34	17	14	34	1.90
79936622--79936699	40	2.0	40	89	0	120	33	16	6	43	1.74
79937601--79937660	23	2.7	22	75	10	59	66	1	8	23	1.28
79938353--79938404	27	1.9	27	88	0	77	50	1	11	36	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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