genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60575660--60575783	46	2.7	47	82	13	150	21	20	29	29	1.98
60580439--60580647	40	5.2	39	85	7	262	24	21	27	26	1.99
60594243--60594282	20	2.0	21	90	5	64	45	12	7	35	1.70
60594848--60594879	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
60600811--60600870	29	2.1	29	96	0	111	43	15	25	16	1.86
60604686--60604863	27	6.6	27	81	3	187	28	15	26	29	1.96
60604687--60604842	82	1.9	81	85	3	215	28	15	26	29	1.96
60604683--60604863	82	2.2	81	81	2	211	28	15	26	29	1.96
60607773--60607949	27	6.5	27	86	1	192	29	28	14	27	1.95
60607773--60607950	54	3.3	54	84	3	214	29	28	14	27	1.95
60607794--60607949	81	1.9	82	86	3	226	29	28	14	27	1.95
60612798--60612976	27	6.6	27	84	4	198	30	28	13	27	1.95
60612820--60612975	81	1.9	82	86	3	226	29	28	14	27	1.95
60613996--60614099	53	2.0	52	88	11	158	29	13	15	41	1.85
60620152--60620328	27	6.6	27	79	5	178	27	15	27	29	1.96
60620152--60620303	55	2.8	55	82	4	184	28	15	26	28	1.96
60633115--60633292	27	6.6	27	81	3	187	28	15	26	29	1.96
60633116--60633271	82	1.9	81	85	3	215	28	15	26	29	1.96
60633112--60633292	82	2.2	81	81	2	211	28	15	26	29	1.96
60639481--60639521	15	2.7	15	96	0	73	51	12	19	17	1.76
60646272--60646410	55	2.5	54	73	4	134	12	24	30	31	1.93
60652399--60652508	43	2.6	42	82	4	132	33	24	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60652394--60652637	44	5.6	44	76	9	198	32	25	18	23	1.97
60667707--60667843	46	2.9	47	78	15	158	21	20	28	29	1.98
60667804--60667914	39	3.0	37	88	7	165	18	21	30	29	1.97
60675289--60675461	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
60675286--60675456	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
60682830--60683001	46	3.7	46	77	15	194	22	20	27	29	1.98
60682827--60682996	93	1.8	92	93	3	297	21	20	28	28	1.98
60686306--60686481	46	3.8	45	79	12	196	21	20	28	29	1.98
60686303--60686474	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
60702308--60702371	31	2.1	31	96	0	119	35	23	6	34	1.80
60706815--60706878	31	2.1	31	87	0	92	21	21	15	40	1.91
60707093--60707278	23	8.1	23	91	3	304	30	23	20	25	1.98
60707093--60707278	45	4.1	46	94	2	304	30	23	20	25	1.98
60707093--60707278	68	2.7	68	92	3	302	30	23	20	25	1.98
60707340--60707395	20	2.8	20	88	0	85	33	23	10	32	1.89
60707432--60707479	25	1.9	25	86	0	69	29	12	20	37	1.90
60708638--60708702	27	2.4	27	79	5	69	21	23	18	36	1.95
60708660--60708711	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93
60708847--60708997	27	5.7	26	88	3	194	29	9	18	42	1.81
60708756--60709011	27	9.4	27	79	8	173	31	8	18	41	1.81
60708991--60709119	27	4.8	27	87	0	150	41	7	20	29	1.80
60708979--60709157	81	2.2	81	77	0	196	37	7	21	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60715704--60715881	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
60715705--60715860	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
60715701--60715881	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
60717794--60717850	27	2.1	27	83	0	69	21	35	17	26	1.95
60725807--60725862	26	2.2	26	100	0	112	57	16	0	26	1.39
60737152--60737307	44	3.6	42	80	13	158	32	25	18	23	1.97
60740164--60740230	29	2.3	29	86	0	89	29	31	17	20	1.96
60753201--60753234	16	2.1	16	89	10	52	47	11	0	41	1.40
60754669--60754773	43	2.5	43	85	1	140	27	18	22	31	1.97
60756999--60757044	23	2.0	23	83	12	58	41	26	19	13	1.88
60765111--60765164	20	2.7	20	85	0	72	16	24	33	25	1.96
60768025--60768063	21	1.9	21	84	5	53	51	7	7	33	1.59
60768032--60768071	21	2.0	20	85	5	53	45	10	7	37	1.66
60770076--60770147	37	1.9	37	100	0	144	36	13	16	33	1.89
60771136--60771176	2	20.5	2	84	0	55	2	48	0	48	1.14
60779705--60779738	16	2.2	16	89	5	52	17	0	50	32	1.47
60783743--60783811	34	2.1	33	83	8	86	27	21	23	27	1.99
60789437--60789496	30	2.0	30	86	0	84	40	5	26	28	1.77
60804887--60804939	27	1.9	27	84	3	70	39	15	11	33	1.83
60804896--60804994	27	3.7	27	83	5	103	40	18	11	30	1.85
60804999--60805228	27	8.5	27	89	0	271	30	24	7	37	1.83
60805221--60805399	27	6.7	27	80	5	103	43	18	8	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60805244--60805492	27	9.1	27	76	8	166	40	16	9	33	1.80
60805221--60805454	54	4.3	52	77	9	191	43	17	8	30	1.78
60805221--60805428	81	2.6	81	85	5	269	42	18	8	30	1.80
60805543--60805602	27	2.2	27	82	5	68	35	16	28	20	1.94
60805555--60805634	27	3.0	27	85	3	99	31	20	26	22	1.98
60806879--60806933	20	2.8	20	94	0	92	34	14	20	30	1.92
60806988--60807139	24	6.4	23	85	4	196	30	22	19	26	1.98
60806988--60807139	71	2.1	71	90	1	232	30	22	19	26	1.98
60806989--60807132	47	3.1	46	86	2	198	30	22	18	27	1.98
60807347--60807410	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
60811011--60811039	12	2.4	12	100	0	58	6	27	37	27	1.82
60814886--60814935	9	5.7	9	75	13	50	70	2	4	24	1.15
60814882--60814935	23	2.5	22	79	14	58	68	1	5	24	1.21
60820999--60821092	46	2.1	45	92	6	154	22	24	19	34	1.97
60820999--60821092	45	2.1	46	92	6	156	22	24	19	34	1.97
60823063--60823940	435	2.0	436	87	2	1262	33	13	16	36	1.88
60829996--60830250	40	6.4	40	93	0	438	24	19	27	28	1.98
60830282--60830380	28	3.5	28	94	0	162	21	23	26	29	1.99
60830281--60830408	56	2.3	56	77	8	134	22	21	28	27	1.99
60837471--60837542	35	2.1	35	100	0	144	34	5	20	38	1.76
60841143--60841183	17	2.3	19	87	8	59	34	0	7	58	1.26
60849372--60849465	47	2.0	47	100	0	188	34	0	21	44	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60849509--60849553	19	2.5	19	82	7	58	40	0	6	53	1.27
60849898--60850011	42	2.7	41	81	6	131	31	24	15	28	1.96
60856969--60857191	119	1.9	120	83	6	292	25	27	22	24	2.00
60856948--60857191	40	6.1	40	83	6	282	25	27	22	24	2.00
60865085--60865307	119	1.9	120	85	6	319	25	27	22	24	2.00
60865064--60865307	40	6.1	40	85	6	309	25	27	22	24	2.00
60876285--60876509	40	5.7	40	85	5	269	25	27	22	24	2.00
60876287--60876509	119	1.9	120	83	6	292	25	27	22	25	2.00
60879355--60879464	44	2.5	45	85	2	152	24	27	16	31	1.96
60885760--60885844	27	3.2	26	86	9	109	15	24	24	35	1.94
60893389--60893453	26	2.4	26	87	5	85	35	23	10	30	1.89
60893524--60893638	28	4.2	28	91	6	175	14	24	23	37	1.93
60893524--60893638	55	2.1	55	88	7	173	14	24	23	37	1.93
60903585--60903635	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
60903652--60903715	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
60903677--60903736	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
60905300--60905356	29	2.0	28	93	3	96	19	22	26	31	1.98
60906416--60906474	28	2.1	28	83	3	73	45	5	18	30	1.71
60906421--60906480	29	2.1	28	81	3	66	48	5	18	28	1.69
60908952--60909114	43	3.8	44	73	9	147	32	27	15	23	1.96
60908951--60909112	86	1.9	85	83	6	211	32	27	16	24	1.96
60910479--60910594	43	2.7	43	83	2	135	24	13	29	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60912080--60912166	34	2.6	34	83	3	95	22	24	26	26	2.00
60915106--60915202	30	3.2	30	72	8	99	28	16	26	27	1.97
60923632--60923757	39	3.2	39	90	0	189	27	28	20	23	1.99
60930217--60930373	76	2.0	78	80	7	178	28	29	20	22	1.98
60930251--60930373	39	3.2	39	90	3	187	27	30	20	21	1.98
60941673--60941717	10	4.7	10	83	8	58	0	11	2	86	0.65
60941673--60941717	19	2.4	19	88	7	65	0	11	2	86	0.65
60941671--60941710	13	3.1	13	85	7	55	0	12	0	87	0.54
60941671--60941717	15	2.9	16	81	12	53	0	12	2	85	0.70
60947557--60947642	42	2.0	42	95	0	154	29	16	13	40	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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