genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3138716--3138748	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
3155009--3155062	23	2.3	23	81	9	65	20	3	14	61	1.49
3156904--3156997	46	2.0	46	91	0	152	17	26	21	35	1.95
3158635--3158734	50	2.0	50	92	3	166	34	20	12	34	1.89
3161337--3161382	20	2.3	20	88	0	65	15	28	17	39	1.90
3164233--3164290	19	3.2	20	79	13	63	32	0	1	65	1.03
3164372--3164401	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
3175174--3175222	24	2.0	24	96	0	89	63	4	14	18	1.46
3177339--3177364	11	2.4	11	100	0	52	34	19	15	30	1.93
3178370--3178415	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
3178377--3178421	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
3179005--3179137	54	2.4	54	83	11	153	31	24	17	26	1.97
3179235--3179268	17	2.0	17	100	0	68	17	29	5	47	1.71
3183110--3183157	23	2.0	25	84	8	64	56	18	6	18	1.62
3187099--3187131	17	2.0	16	94	5	57	30	15	0	54	1.41
3188181--3188249	31	2.3	31	97	2	131	46	5	11	36	1.64
3189255--3189287	14	2.3	15	89	5	50	63	0	3	33	1.10
3189803--3189832	11	2.7	11	100	0	60	10	43	30	16	1.81
3189898--3189935	18	2.2	17	86	13	51	15	0	2	81	0.80
3190502--3190549	24	2.0	25	88	12	73	10	0	37	52	1.36
3190665--3191012	46	7.6	46	83	1	376	20	23	13	43	1.87
3209044--3209107	31	2.2	27	76	15	65	48	7	6	37	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3210613--3210788	68	2.6	68	79	12	175	33	15	28	21	1.95
3219914--3219961	20	2.2	20	82	10	51	31	12	0	56	1.37
3220354--3220384	15	2.1	15	93	0	53	45	3	0	51	1.17
3220641--3220692	6	8.5	6	93	2	86	34	30	15	19	1.93
3223510--3223739	89	2.6	90	89	1	345	41	20	15	22	1.89
3226084--3226117	14	2.5	14	85	4	52	64	0	0	35	0.94
3226094--3226128	17	2.1	17	88	0	52	60	0	0	40	0.97
3227306--3227349	22	2.0	23	86	4	63	52	0	0	47	1.00
3227306--3227349	21	2.0	22	82	8	54	52	0	0	47	1.00
3228137--3228212	39	1.9	39	82	10	93	26	25	1	47	1.60
3237446--3237489	16	2.7	16	86	10	54	45	2	0	52	1.13
3240691--3240757	25	2.7	25	82	13	77	50	2	2	43	1.32
3240701--3240756	26	2.2	26	84	12	80	48	3	3	44	1.37
3240953--3240984	15	2.1	16	94	5	57	53	0	0	46	1.00
3242297--3242329	16	1.9	18	88	11	52	48	39	0	12	1.40
3246180--3246260	40	2.0	40	100	0	162	27	24	17	30	1.97
3247578--3247653	38	2.0	38	100	0	152	31	13	31	23	1.93
3253346--3253422	39	2.0	39	100	0	154	36	19	12	31	1.90
3255559--3255868	77	4.0	78	83	3	412	30	16	20	32	1.94
3255803--3255922	64	1.9	64	89	0	186	25	16	25	33	1.96
3256236--3256297	26	2.4	26	91	0	97	19	25	14	40	1.90
3256330--3256440	44	2.5	45	79	4	109	27	21	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3257178--3257209	13	2.4	14	94	5	57	21	0	0	78	0.76
3257853--3258046	3	64.7	3	66	19	52	33	3	3	59	1.30
3257886--3258088	10	20.3	10	66	20	63	32	1	4	61	1.29
3257886--3257962	29	2.6	29	76	13	77	35	1	5	58	1.29
3257886--3258305	134	3.1	135	89	6	667	30	2	5	60	1.33
3258160--3258200	19	2.2	19	86	8	57	29	2	7	60	1.36
3258153--3258211	25	2.3	25	80	13	68	32	1	6	59	1.34
3258196--3258232	18	2.0	20	84	10	51	40	0	5	54	1.24
3257890--3258436	264	2.1	262	82	8	637	31	4	5	58	1.40
3259378--3259422	16	2.8	16	89	0	63	68	0	31	0	0.89
3261370--3261598	46	5.0	46	92	0	352	39	15	23	21	1.91
3266312--3266395	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66
3266316--3266409	28	3.6	24	78	18	91	15	4	34	45	1.66
3266370--3266429	23	2.6	23	86	5	77	15	5	33	46	1.67
3266624--3266680	21	2.7	21	77	2	60	14	24	29	31	1.94
3270011--3270061	14	3.4	16	84	7	63	62	0	0	37	0.95
3279028--3279079	20	2.6	20	78	0	59	34	15	11	38	1.83
3283353--3283570	118	1.8	118	92	0	364	28	29	18	22	1.97
3284505--3284556	17	3.2	16	81	10	61	80	0	3	15	0.85
3288304--3288361	27	2.1	27	81	6	64	48	12	1	37	1.51
3290131--3290255	47	2.7	47	86	1	162	32	31	16	20	1.94
3290231--3290279	24	2.0	24	100	0	98	26	24	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3290184--3290327	71	2.0	71	98	0	279	31	27	14	25	1.95
3290255--3290449	47	4.1	47	90	2	277	31	26	15	26	1.96
3290140--3290374	118	2.0	117	88	0	344	30	28	16	25	1.96
3301310--3301334	11	2.3	11	100	0	50	24	0	8	68	1.16
3312901--3312980	26	3.1	26	74	15	76	45	0	3	51	1.19
3318126--3318311	91	2.0	91	96	0	345	52	5	4	37	1.46
3319581--3319628	24	2.0	23	96	4	87	72	0	4	22	1.01
3319581--3319628	11	4.2	12	80	15	57	72	0	4	22	1.01
3322141--3322477	35	9.6	35	89	0	433	30	14	25	29	1.95
3322572--3322664	31	3.0	31	91	0	132	21	19	31	27	1.97
3325673--3325736	24	2.6	25	80	7	87	35	17	26	20	1.94
3326207--3326247	21	2.0	21	85	0	55	43	19	2	34	1.64
3337119--3337228	45	2.6	43	80	12	131	34	5	28	31	1.80
3337467--3337513	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
3337612--3337646	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
3337638--3337667	16	1.9	15	93	6	51	50	10	0	40	1.36
3337568--3337996	59	7.2	58	65	17	198	50	5	3	41	1.41
3337360--3338007	120	5.4	120	95	1	1054	50	5	2	41	1.40
3337989--3338156	47	3.7	46	70	18	143	47	3	3	45	1.37
3338004--3338180	91	1.9	92	88	4	254	49	3	2	44	1.33
3338145--3338183	17	2.5	15	84	12	51	58	0	0	41	0.98
3354356--3354382	6	4.5	6	100	0	54	48	0	18	33	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3354356--3354390	18	1.9	18	88	0	52	45	2	20	31	1.65
3355411--3355448	20	1.9	19	89	5	58	52	13	2	31	1.54
3355606--3355887	89	3.1	87	80	6	267	35	17	12	34	1.87
3358514--3358568	19	2.8	19	81	13	67	27	9	0	63	1.24
3360413--3360727	86	3.6	86	83	8	356	35	8	17	38	1.80
3361253--3361358	39	2.7	39	82	4	117	43	20	8	27	1.81
3361250--3361399	19	7.8	19	71	3	93	44	22	8	25	1.80
3365067--3365175	26	4.2	26	93	0	191	35	23	7	33	1.83
3367300--3367344	17	2.7	17	89	3	74	37	0	2	60	1.09
3367379--3367411	16	2.1	16	94	0	57	75	6	15	3	1.11
3367431--3367460	14	2.1	15	93	6	53	73	0	23	3	0.98
3370506--3370542	9	4.1	9	89	0	56	48	10	10	29	1.72
3371068--3371114	17	2.8	17	79	20	62	36	2	6	55	1.37
3371453--3371478	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
3373208--3373272	30	2.2	30	83	5	78	50	4	0	44	1.22
3381861--3381914	16	3.3	16	87	5	81	87	3	1	7	0.74
3381861--3381914	8	6.6	8	85	4	72	87	3	1	7	0.74
3381861--3381914	25	2.2	25	89	0	81	87	3	1	7	0.74
3383232--3383373	60	2.4	59	80	12	141	32	3	8	55	1.47
3384208--3384233	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
3392998--3393051	22	2.5	21	85	8	65	37	18	31	12	1.89
3401171--3401217	20	2.2	22	85	11	62	34	17	14	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3411186--3411223	19	2.0	19	85	10	51	50	5	7	36	1.54
3412246--3412298	17	2.9	18	86	8	81	35	15	11	37	1.83
3412835--3413031	45	4.4	45	84	1	252	25	29	13	31	1.93
3412835--3413018	89	2.1	90	87	1	262	26	29	13	30	1.93
3413048--3413342	78	3.8	78	88	4	434	24	23	19	32	1.97
3414048--3414079	12	2.7	12	100	0	64	31	25	6	37	1.81
3422210--3422253	21	2.0	21	86	8	61	38	18	6	36	1.77
3422233--3422304	19	3.9	19	87	8	114	34	15	12	37	1.85
3422236--3422312	36	2.2	35	84	11	95	36	12	14	36	1.84
3422236--3422312	19	4.3	19	84	11	83	36	12	14	36	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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