genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59932571--59932596	12	2.2	12	100	0	52	50	0	23	26	1.50
59939334--59939432	32	3.1	31	77	9	83	36	13	17	33	1.88
59943008--59943225	47	4.7	47	80	8	225	22	30	20	26	1.99
59942956--59943226	94	2.9	92	77	10	291	23	29	19	26	1.98
59957080--59957343	103	2.6	104	90	1	415	29	29	20	19	1.97
59965933--59966147	39	5.6	38	82	10	233	24	18	28	28	1.98
59965934--59966147	115	1.9	114	86	8	308	24	18	28	28	1.98
59972393--59972426	16	2.2	15	94	5	59	73	0	8	17	1.08
59972490--59972532	16	2.8	16	85	3	61	34	6	0	58	1.25
59975538--59975606	24	2.8	25	78	8	81	30	21	23	24	1.99
59979049--59979103	24	2.2	24	87	3	74	47	18	21	12	1.82
59979313--59979424	29	4.0	28	84	3	127	25	14	31	29	1.94
59979326--59979435	57	1.9	57	85	3	150	24	14	31	29	1.95
59984560--59984736	40	4.4	40	85	4	234	23	22	27	25	2.00
59992715--59992891	40	4.4	40	85	4	243	23	22	27	26	1.99
59995729--59995760	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
59998870--59998903	15	2.3	15	90	5	52	14	5	11	67	1.39
60000026--60000161	56	2.4	56	82	2	166	30	15	20	33	1.94
60004267--60006882	872	3.0	871	99	0	5148	27	14	21	36	1.93
60006305--60006334	4	7.8	4	92	7	53	20	0	0	80	0.72
60007330--60007419	29	3.1	28	90	4	135	31	12	26	30	1.92
60008974--60009079	23	4.7	21	73	10	77	29	23	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60009025--60009079	24	2.4	22	74	11	56	30	23	9	36	1.86
60017778--60018257	245	2.0	245	100	0	960	36	20	12	30	1.90
60026263--60026301	16	2.4	16	100	0	78	46	17	5	30	1.70
60027358--60027405	23	2.1	23	88	0	69	39	16	25	18	1.91
60030167--60030343	67	2.6	67	80	8	184	31	15	31	20	1.94
60037645--60037791	68	2.2	66	79	10	167	32	14	31	21	1.93
60040228--60040281	23	2.3	23	87	0	72	42	16	16	24	1.88
60040853--60040904	27	1.9	27	96	0	95	32	5	23	38	1.78
60052399--60052575	50	3.5	49	87	2	246	35	16	22	26	1.95
60052553--60052785	31	7.5	31	91	1	369	28	18	26	26	1.98
60056199--60056242	21	2.1	21	100	0	88	13	36	9	40	1.76
60056346--60056522	46	3.8	46	76	10	180	29	28	19	22	1.98
60067401--60067548	50	3.0	50	86	3	201	22	17	30	29	1.97
60077580--60077783	40	5.1	39	85	4	221	29	25	20	25	1.99
60077580--60077787	80	2.6	80	82	3	267	29	25	19	24	1.98
60081589--60081754	84	2.0	83	97	1	314	24	24	25	26	2.00
60083556--60083711	68	2.2	68	78	11	156	20	27	16	35	1.94
60093880--60093935	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
60093869--60093935	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
60093984--60094103	24	5.0	24	86	7	163	30	20	21	28	1.98
60096498--60096531	12	2.8	12	95	0	59	61	0	14	23	1.33
60097445--60097488	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60098063--60098091	9	3.3	9	95	4	51	0	10	0	89	0.48
60098374--60098420	17	2.7	17	86	3	67	76	0	2	21	0.89
60101176--60101209	12	2.8	12	95	0	59	61	0	14	23	1.33
60102129--60102172	19	2.4	17	81	11	52	59	9	0	31	1.29
60102473--60102642	46	3.7	45	82	9	209	21	31	20	27	1.98
60102472--60102645	93	1.9	91	89	7	271	21	31	20	27	1.98
60115844--60116160	39	8.1	39	89	4	245	29	29	21	18	1.97
60115871--60116160	78	3.7	78	89	3	442	29	29	22	18	1.97
60115861--60116160	117	2.6	117	89	3	444	29	29	22	19	1.98
60118768--60118925	45	3.6	45	87	3	196	22	21	29	25	1.99
60126877--60126935	29	2.0	29	100	0	118	16	27	35	20	1.94
60129172--60129201	15	2.0	15	100	0	60	53	6	13	26	1.64
60141771--60141802	15	2.1	15	94	0	55	21	6	37	34	1.79
60146412--60146438	12	2.2	12	100	0	54	33	7	33	25	1.84
60146466--60146727	35	7.5	35	90	0	301	28	14	24	32	1.94
60146466--60146727	105	2.5	104	85	0	344	28	14	24	32	1.94
60148582--60148688	49	2.2	48	81	6	128	23	14	28	33	1.94
60151956--60152212	35	7.4	35	89	0	266	29	14	24	31	1.95
60151956--60152212	105	2.5	104	82	2	293	29	14	24	31	1.95
60156744--60156771	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
60159591--60159637	20	2.4	20	86	10	62	51	0	25	23	1.49
60159528--60159690	74	2.3	74	86	8	221	41	0	32	25	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60161368--60161393	6	4.3	6	100	0	52	0	15	69	15	1.20
60163314--60163346	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
60163358--60163422	35	1.9	33	81	6	76	27	1	9	61	1.35
60163422--60163471	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
60172991--60173257	104	2.6	104	93	1	455	29	30	20	18	1.97
60173582--60173645	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
60173589--60173645	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
60180469--60180735	104	2.6	104	93	1	455	29	30	20	18	1.97
60181058--60181121	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
60181065--60181121	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
60187147--60187305	71	2.2	71	96	0	291	25	24	15	34	1.95
60187262--60187342	29	2.8	29	92	0	135	23	25	14	35	1.93
60204516--60204559	21	2.0	22	83	12	56	4	18	15	61	1.50
60216050--60216256	53	3.8	54	78	1	209	20	23	17	38	1.93
60216062--60216256	55	3.6	53	77	2	183	20	23	18	37	1.94
60218819--60218981	75	2.2	75	87	0	227	25	28	20	25	1.99
60219799--60219998	42	4.7	41	85	6	159	29	26	15	29	1.96
60219843--60220004	41	3.8	41	86	6	198	29	27	16	27	1.97
60220067--60220182	31	3.7	31	82	0	151	27	26	18	26	1.98
60220160--60220283	50	2.5	51	91	1	196	25	23	17	33	1.96
60224635--60224820	48	3.9	48	79	1	203	25	30	18	26	1.98
60240178--60240215	17	2.3	18	86	13	55	55	31	7	5	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60249672--60249704	14	2.3	15	89	5	50	36	18	9	36	1.82
60278448--60278628	40	4.6	40	88	2	258	25	25	23	25	2.00
60285075--60285345	40	6.8	40	90	1	393	23	28	23	24	2.00
60290056--60290236	40	4.6	40	88	2	267	25	25	23	24	2.00
60293681--60293807	47	2.8	45	84	8	168	25	19	29	25	1.99
60302707--60302790	33	2.5	33	84	3	107	21	17	11	48	1.79
60306268--60306357	27	3.2	27	78	7	92	33	22	24	20	1.97
60306463--60306527	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
60307919--60307967	25	2.0	25	91	0	80	14	24	30	30	1.94
60307840--60308104	103	2.6	103	91	3	417	19	20	29	30	1.97
60316609--60316723	55	2.1	56	82	8	137	35	21	23	19	1.96
60316634--60316723	28	3.2	27	84	7	110	33	23	23	20	1.97
60316634--60316723	27	3.2	27	82	7	101	33	23	23	20	1.97
60316832--60316893	28	2.2	28	94	0	106	30	8	27	33	1.86
60322950--60323171	41	5.5	41	83	3	267	24	25	23	26	2.00
60322950--60323171	81	2.8	81	83	5	274	24	25	23	26	2.00
60325756--60325948	57	3.4	56	87	4	262	35	20	18	25	1.95
60327561--60327591	15	2.1	15	93	0	53	41	0	29	29	1.56
60334005--60334606	300	2.0	300	100	0	1204	29	18	22	29	1.98
60336148--60336341	96	2.0	96	92	0	325	35	17	34	12	1.88
60341404--60341688	9	32.6	9	73	12	168	34	0	17	48	1.52
60341404--60341584	52	3.4	54	92	1	271	34	0	18	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60341528--60341615	34	2.5	34	88	3	122	36	1	13	48	1.50
60341476--60341667	86	2.2	86	91	1	303	34	1	14	49	1.51
60341571--60341695	52	2.4	52	93	0	214	33	1	15	49	1.54
60343251--60343333	42	2.0	42	97	0	157	44	8	14	32	1.75
60344337--60344381	19	2.4	19	92	0	72	42	8	42	6	1.62
60344804--60344855	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
60346772--60346823	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
60347164--60347596	115	3.8	115	77	6	403	35	17	16	29	1.92
60347925--60348010	7	12.0	7	75	4	73	22	1	32	44	1.60
60347917--60347985	21	3.2	22	87	6	88	26	0	27	46	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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