genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   

This is table  207  of  311  ( 37258 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71286838--71286896	29	2.0	29	96	0	109	66	0	13	20	1.25
71286841--71286912	29	2.5	29	88	0	99	68	1	11	19	1.28
71289097--71289148	27	2.0	26	81	11	61	48	0	1	50	1.12
71289282--71289359	39	2.0	40	85	7	106	41	23	2	33	1.68
71291132--71291166	17	2.1	17	94	0	61	40	5	14	40	1.69
71291104--71291139	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
71291441--71291480	16	2.5	16	84	11	55	52	2	0	45	1.14
71291767--71291819	20	2.7	20	90	0	79	9	13	7	69	1.35
71294354--71294430	38	2.0	38	97	0	145	45	3	12	37	1.61
71304450--71304565	58	2.0	58	100	0	232	24	24	12	39	1.89
71304459--71304551	30	3.2	30	62	17	77	23	23	10	41	1.86
71304918--71304951	17	1.9	17	88	5	50	35	2	8	52	1.47
71323078--71323284	40	5.2	40	87	6	280	24	21	27	27	1.99
71323074--71323296	119	1.9	119	85	9	312	25	21	26	26	1.99
71327796--71327848	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
71330182--71330212	4	8.0	4	92	7	55	77	0	0	22	0.77
71338073--71338154	40	2.0	40	81	9	96	34	1	2	62	1.16
71339807--71340019	106	2.0	106	90	1	338	29	15	13	42	1.84
71340569--71340600	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
71349482--71349510	13	2.3	13	94	5	51	75	13	0	10	1.04
71362099--71362152	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
71368293--71368385	47	2.0	47	89	4	143	39	19	24	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71369602--71369697	43	2.2	45	83	3	124	32	15	23	28	1.95
71369509--71370118	170	3.5	172	84	4	726	29	17	24	28	1.97
71369786--71369873	43	2.0	45	82	8	110	31	15	26	26	1.96
71374875--71374905	15	2.1	15	93	0	53	16	6	32	45	1.72
71385330--71385354	4	6.2	4	100	0	50	48	28	0	24	1.52
71388779--71388808	15	2.0	15	100	0	60	46	6	6	40	1.56
71390829--71390871	21	2.0	21	86	0	59	46	18	20	13	1.83
71392975--71393005	14	2.2	14	94	0	53	16	3	0	80	0.83
71397429--71397460	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
71397429--71397459	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
71398161--71398248	41	2.1	41	81	4	97	18	22	19	39	1.92
71399178--71399217	4	10.0	4	100	0	80	50	25	0	25	1.50
71401761--71401955	95	2.1	95	97	0	365	15	24	28	31	1.96
71402632--71402664	2	16.5	2	93	0	57	3	0	45	51	1.16
71405875--71405923	21	2.3	21	89	0	71	38	22	30	8	1.83
71407908--71408002	18	5.3	18	73	14	70	37	13	11	36	1.81
71408186--71408278	45	2.1	44	95	2	168	41	21	19	17	1.90
71409830--71409860	5	6.2	5	100	0	62	61	0	0	38	0.96
71409880--71409916	8	4.6	8	100	0	74	62	0	0	37	0.96
71413986--71414173	18	10.1	18	66	13	76	37	13	12	36	1.83
71414097--71414143	19	2.6	17	83	6	58	42	6	10	40	1.65
71414357--71414447	42	2.1	44	87	6	132	40	20	19	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71415997--71416022	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
71416036--71416072	8	4.6	8	100	0	74	62	0	0	37	0.96
71421660--71421704	22	2.0	22	82	0	54	40	4	4	51	1.42
71433184--71433230	19	2.9	15	75	24	51	53	0	8	38	1.32
71435404--71435483	42	1.9	42	97	0	151	42	32	8	16	1.79
71435420--71435483	21	3.0	21	63	24	53	43	29	9	17	1.80
71443346--71443372	12	2.2	12	100	0	54	85	0	14	0	0.61
71444101--71444137	19	2.0	19	89	5	58	40	5	2	51	1.39
71444120--71444164	22	2.0	22	82	0	54	40	4	4	51	1.42
71445189--71445216	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
71454498--71454523	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
71455017--71455216	27	7.4	27	85	3	224	34	9	18	38	1.83
71454991--71455224	54	4.4	54	80	8	210	32	9	19	38	1.84
71455019--71455216	80	2.5	78	84	7	254	33	9	18	38	1.82
71458184--71458278	48	2.0	48	93	0	163	30	9	15	44	1.79
71460219--71460254	18	2.1	18	89	5	56	55	2	0	41	1.14
71460304--71460352	19	2.4	21	86	10	66	75	6	12	6	1.17
71466291--71466360	18	3.9	18	92	0	113	28	21	14	35	1.92
71473518--71473572	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
71483342--71483834	248	2.0	248	90	2	785	27	14	20	37	1.91
71492011--71492068	23	2.5	22	81	13	64	1	29	3	65	1.19
71503496--71503630	52	2.6	52	76	12	150	30	27	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71503464--71503628	52	3.1	52	76	9	147	31	26	16	26	1.96
71506087--71506125	19	2.1	19	100	0	78	28	15	20	35	1.93
71508003--71508169	40	4.2	40	90	0	262	20	28	19	31	1.97
71508003--71508140	20	6.9	20	60	9	57	21	29	18	30	1.97
71513004--71513144	69	2.0	69	97	0	264	38	16	10	34	1.83
71520688--71520755	33	2.1	33	100	0	136	39	23	17	19	1.92
71523246--71523281	3	12.0	3	100	0	72	66	0	33	0	0.92
71535044--71535069	13	2.0	13	100	0	52	7	46	30	15	1.74
71536970--71536999	15	2.0	15	100	0	60	46	13	6	33	1.69
71538606--71538670	30	2.1	31	91	2	105	24	24	6	44	1.76
71541487--71541539	25	2.2	24	89	3	79	11	30	32	26	1.91
71542414--71542535	41	3.0	41	82	0	163	32	19	27	19	1.96
71545788--71545866	28	2.8	28	82	0	86	59	11	3	25	1.48
71549584--71549788	41	5.0	41	80	4	218	36	14	27	21	1.92
71549713--71549779	20	3.3	20	72	4	71	35	10	31	22	1.88
71549705--71549768	21	3.1	21	70	4	67	32	10	29	26	1.90
71559399--71559479	22	3.5	22	71	21	74	17	23	20	38	1.93
71559398--71559507	49	2.2	49	100	0	220	17	22	20	39	1.93
71559421--71559506	27	3.4	27	71	21	94	17	23	20	38	1.93
71559716--71559780	28	2.4	27	82	5	85	18	24	24	32	1.97
71560830--71560887	29	2.0	29	96	0	107	20	15	24	39	1.91
71565256--71565383	47	2.8	44	80	11	141	29	17	28	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71565360--71565469	46	2.4	44	85	7	141	28	20	29	21	1.98
71568908--71569059	35	4.3	35	83	4	171	15	13	31	40	1.85
71573697--71573865	43	4.0	43	75	13	136	30	27	17	24	1.97
71574881--71574916	18	2.0	18	100	0	72	27	11	22	38	1.88
71579617--71579708	49	1.9	47	86	4	130	30	15	29	25	1.95
71583408--71583644	48	4.8	49	86	3	296	29	27	17	25	1.97
71585867--71585968	48	2.1	48	96	1	188	37	24	10	27	1.89
71585866--71585947	24	3.4	23	65	25	62	39	24	8	28	1.84
71585890--71585965	24	3.2	24	63	20	59	35	26	10	27	1.89
71586555--71586601	10	4.4	10	80	15	58	55	27	4	12	1.56
71588113--71588150	15	2.5	15	95	0	67	26	13	26	34	1.93
71589928--71590015	32	2.7	32	77	8	106	44	10	7	37	1.68
71593633--71593672	19	2.1	19	100	0	80	35	10	20	35	1.86
71603779--71603854	24	2.8	28	71	24	72	34	0	6	59	1.24
71606260--71606289	15	2.0	15	93	0	51	26	3	6	63	1.35
71616239--71616270	16	2.0	16	100	0	64	12	6	18	62	1.50
71624717--71624814	33	2.9	34	72	17	87	45	3	1	50	1.24
71624765--71624821	30	1.9	30	82	13	73	45	3	1	49	1.29
71627086--71627126	21	2.0	21	85	0	55	63	7	2	26	1.33
71628849--71628908	29	2.1	29	96	0	111	40	5	13	41	1.66
71629108--71629175	30	2.3	30	80	10	77	48	19	10	22	1.78
71629211--71629250	21	1.9	21	89	0	62	22	15	30	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71629449--71629473	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
71631036--71631160	44	2.9	43	77	9	130	32	24	16	27	1.96
71635481--71635608	1	128.0	1	71	0	94	85	0	0	13	0.63
71635489--71635608	6	19.7	6	91	5	163	85	0	0	13	0.63
71635482--71635603	29	4.4	27	87	13	142	86	0	0	13	0.58
71638469--71638515	21	2.4	19	82	10	58	27	2	23	46	1.63
71648786--71649094	48	6.4	48	98	0	591	34	7	28	30	1.84
71649267--71649406	37	3.8	37	98	0	262	23	20	32	24	1.98
71653600--71653648	24	2.0	24	96	0	89	36	12	20	30	1.89
71661003--71661035	16	2.0	17	88	5	50	33	12	6	48	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311