genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   

This is table  83  of  311  ( 37258 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26123108--26123617	44	11.4	43	81	5	464	31	13	26	28	1.94
26123093--26123639	88	6.1	88	80	4	535	32	13	26	27	1.94
26123100--26123594	132	3.7	131	84	2	585	32	13	26	28	1.93
26123879--26123914	18	1.9	19	88	5	56	80	5	2	11	0.98
26125008--26125040	11	3.0	11	100	0	66	36	0	0	63	0.95
26126247--26126416	46	3.7	46	74	16	161	20	21	29	29	1.98
26126244--26126414	93	1.8	93	91	0	279	19	21	29	29	1.98
26127986--26128048	21	3.0	20	73	19	56	33	4	0	61	1.17
26128097--26128158	26	2.4	26	81	7	72	37	1	4	56	1.30
26132900--26132964	26	2.6	24	77	22	71	6	18	0	75	1.00
26134168--26134256	20	4.4	20	78	0	88	10	25	20	43	1.83
26134198--26134302	40	2.6	40	77	4	104	13	26	17	42	1.86
26139765--26140009	49	4.9	49	77	3	240	26	18	24	29	1.98
26145570--26145597	10	2.8	10	100	0	56	0	21	0	78	0.75
26145638--26145667	15	2.0	15	93	0	51	56	33	6	3	1.42
26164350--26164453	50	2.1	51	98	1	201	49	12	17	21	1.79
26164584--26164610	12	2.2	12	100	0	54	51	14	0	33	1.43
26180007--26180122	40	2.9	39	78	7	117	35	14	27	22	1.93
26183026--26183137	27	4.2	26	79	7	116	36	22	24	16	1.94
26184554--26184624	24	3.0	23	89	4	88	23	35	2	38	1.70
26184565--26184629	24	2.7	24	90	0	94	24	36	1	36	1.65
26190850--26190959	27	4.1	27	81	8	125	39	20	23	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26190850--26190959	54	2.0	54	84	3	141	39	20	23	16	1.92
26192381--26192447	24	2.8	24	86	8	100	26	34	1	37	1.66
26197672--26197790	29	4.1	29	90	1	177	30	31	13	25	1.94
26204335--26204481	39	3.7	40	75	2	125	34	17	27	21	1.96
26205640--26205677	11	3.4	11	89	7	58	71	0	0	28	0.87
26205640--26205684	6	7.5	6	85	9	65	71	0	0	28	0.87
26207273--26207511	49	4.8	50	76	4	232	28	17	25	29	1.97
26225288--26225352	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
26225458--26225531	28	2.6	29	85	6	89	22	22	21	32	1.98
26225983--26226021	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
26226601--26226634	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
26231539--26231603	28	2.3	28	86	0	85	30	26	9	33	1.88
26231708--26231770	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
26231718--26231781	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
26241547--26241591	19	2.3	20	80	7	56	44	0	8	46	1.34
26244007--26244143	60	2.3	60	81	11	156	29	18	24	27	1.98
26246092--26246135	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
26248419--26248553	60	2.2	59	80	8	148	28	17	26	26	1.98
26251561--26251767	46	4.5	47	74	8	151	28	18	28	23	1.98
26259330--26259696	47	7.7	49	73	13	236	28	18	28	25	1.98
26259467--26259691	98	2.3	96	83	6	267	27	18	28	26	1.98
26259470--26259695	96	2.3	97	83	6	271	27	18	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26271996--26272080	24	3.5	24	72	19	70	41	17	21	20	1.91
26277391--26277539	27	5.5	27	74	10	108	30	14	26	28	1.95
26277411--26277569	81	2.0	80	80	6	178	29	15	27	28	1.96
26277474--26277569	27	3.6	26	78	4	102	26	14	28	31	1.95
26281472--26281544	29	2.5	29	90	0	119	27	10	28	32	1.91
26282574--26282628	27	2.1	27	96	3	103	29	7	10	52	1.63
26283428--26283512	27	3.1	27	93	0	125	32	16	16	34	1.91
26283618--26283660	18	2.4	18	100	0	86	20	37	23	18	1.94
26287775--26287842	29	2.3	29	92	7	111	23	11	5	58	1.55
26293779--26293821	16	2.7	15	78	7	50	46	4	0	48	1.22
26294577--26294655	26	3.1	26	76	7	81	35	1	1	62	1.12
26310834--26311001	56	3.0	56	87	1	221	33	24	13	27	1.93
26311827--26311869	21	2.0	21	86	0	59	55	9	2	32	1.44
26314974--26315055	34	2.4	34	82	13	98	28	18	28	25	1.98
26328404--26328436	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
26329719--26329888	46	3.7	46	76	13	177	30	30	19	20	1.97
26329726--26329897	93	1.8	93	91	0	281	29	29	19	20	1.97
26332169--26332218	25	2.0	25	92	0	82	36	14	18	32	1.90
26334182--26334252	27	2.6	27	82	12	92	30	11	19	38	1.87
26345844--26346077	50	4.7	50	77	3	245	32	25	15	26	1.96
26345849--26345927	26	3.1	26	67	20	76	32	25	13	27	1.94
26345894--26346082	101	1.9	101	85	0	261	32	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26346697--26346755	30	2.0	30	82	0	73	25	27	6	40	1.80
26349897--26349938	16	2.6	16	78	10	50	23	2	7	66	1.28
26351033--26351071	21	1.9	20	84	5	51	46	23	0	30	1.53
26355056--26355196	27	5.2	26	81	6	165	17	23	22	36	1.95
26355056--26355196	54	2.6	53	88	4	210	17	23	22	36	1.95
26359409--26359638	3	74.7	3	68	16	62	59	2	10	27	1.43
26360998--26361121	41	3.0	42	91	2	214	28	21	19	30	1.98
26360993--26361120	42	3.1	42	90	2	213	28	22	18	30	1.98
26361648--26361731	43	1.9	44	82	2	107	26	25	22	26	2.00
26370741--26370971	3	74.7	3	68	15	53	59	3	9	26	1.45
26371625--26371672	14	3.6	14	79	20	50	70	2	6	20	1.19
26376391--26376531	27	5.2	26	79	6	156	18	23	21	36	1.95
26376391--26376531	54	2.6	53	87	4	201	18	23	21	36	1.95
26379886--26380003	59	2.0	59	100	0	236	37	15	16	30	1.90
26380744--26380838	15	6.4	15	80	10	97	58	14	16	9	1.61
26384392--26384543	47	3.2	47	82	5	173	32	28	15	23	1.95
26388201--26388338	43	3.2	42	82	8	145	33	23	18	25	1.97
26388195--26388338	44	3.4	42	81	6	139	33	22	18	25	1.97
26395444--26395548	53	2.0	53	84	0	138	20	25	17	37	1.94
26396894--26397162	47	5.7	47	72	18	170	21	28	21	28	1.98
26396894--26397162	94	2.9	92	77	10	287	21	28	21	28	1.98
26406487--26406598	27	4.1	28	75	15	110	37	21	23	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26408007--26408058	24	2.2	24	89	0	77	21	42	1	34	1.64
26419777--26419846	28	2.5	28	88	0	113	34	10	27	28	1.89
26422020--26422091	36	2.0	36	100	0	144	22	22	22	33	1.97
26426578--26426606	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
26427741--26427828	45	2.0	45	83	0	113	22	15	28	32	1.95
26435246--26435274	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
26443292--26443324	14	2.5	13	90	9	57	60	12	15	12	1.59
26445756--26445810	6	9.0	6	79	18	60	80	1	0	18	0.81
26445756--26445805	19	2.6	19	84	9	66	82	2	0	16	0.77
26448191--26448240	14	3.5	14	86	2	64	50	10	12	28	1.71
26459195--26459371	27	6.6	27	77	5	97	28	28	15	26	1.96
26459195--26459371	54	3.3	53	79	7	185	28	28	15	26	1.96
26459216--26459370	81	1.9	81	82	5	197	28	28	16	27	1.97
26462457--26462517	30	2.1	30	93	3	106	34	22	16	26	1.95
26467965--26467997	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
26469676--26469925	40	6.2	40	91	2	392	31	22	20	25	1.98
26471938--26472110	46	3.7	46	76	10	190	22	21	26	29	1.99
26471935--26472105	93	1.8	93	91	0	279	22	21	27	28	1.99
26472979--26473022	21	2.1	21	86	0	61	56	2	0	40	1.11
26479514--26479686	46	3.7	46	80	10	217	21	21	27	28	1.99
26479511--26479681	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.99
26488748--26488772	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26491588--26491639	6	9.0	6	85	4	54	78	1	5	13	1.01
26497013--26497037	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
26497242--26497301	30	2.0	30	86	0	84	35	15	8	41	1.77
26498559--26498619	30	2.1	30	93	3	106	36	21	16	26	1.94
26506390--26506518	46	2.8	46	93	0	213	29	28	21	20	1.98
26506398--26506537	46	3.0	45	87	4	131	28	28	21	21	1.99
26508952--26509144	40	4.9	40	81	6	232	24	27	24	22	2.00
26508969--26509083	37	3.0	37	81	8	142	26	27	25	20	1.99
26508940--26509123	77	2.3	76	88	6	253	25	28	24	21	1.99
26517004--26517199	40	4.9	40	81	5	234	25	27	24	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311