genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23063802--23063852	25	2.1	24	82	10	59	29	0	5	64	1.17
23066031--23066078	21	2.3	20	86	13	62	45	20	20	12	1.83
23072821--23073085	40	6.7	40	88	4	358	26	27	21	24	1.99
23072821--23073085	119	2.2	121	85	4	360	26	27	21	24	1.99
23080846--23081065	40	5.7	40	84	8	260	25	28	22	24	1.99
23080846--23081065	77	2.8	79	84	7	272	25	28	22	24	1.99
23084267--23084311	23	2.0	22	86	4	63	28	28	33	8	1.87
23084267--23084341	22	3.4	22	77	3	71	25	28	32	14	1.95
23090523--23090570	21	2.3	21	100	0	96	22	4	29	43	1.72
23091006--23091069	26	2.5	26	92	0	110	26	12	29	31	1.93
23094906--23094943	3	13.0	3	88	5	60	68	0	31	0	0.90
23098246--23098285	20	2.0	20	90	5	62	52	0	20	27	1.46
23100623--23100684	31	2.0	31	100	0	124	35	12	25	25	1.92
23110030--23110068	20	2.0	20	84	0	51	48	28	2	20	1.62
23121771--23121826	15	3.5	15	78	7	58	26	3	0	69	1.04
23121768--23121819	25	2.0	27	82	14	65	28	3	0	67	1.08
23123642--23123710	21	2.8	26	75	20	94	26	13	21	39	1.90
23124968--23125000	13	2.5	13	90	0	57	48	0	3	48	1.17
23129568--23129640	27	2.7	27	86	0	110	30	20	19	30	1.97
23136014--23136146	27	4.9	27	86	0	167	23	21	22	33	1.98
23139138--23139171	16	2.2	15	89	5	50	11	14	0	73	1.10
23139568--23139628	29	2.1	30	87	3	88	36	6	13	44	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23144172--23144228	27	2.1	27	100	0	114	49	0	14	36	1.43
23149068--23149118	3	16.7	3	91	4	84	64	0	3	31	1.11
23149305--23149412	4	27.0	4	70	10	60	64	1	9	24	1.32
23152141--23152194	15	3.3	18	73	21	57	44	0	0	55	0.99
23152141--23152218	32	2.5	33	81	10	83	41	2	0	56	1.13
23167221--23167266	18	2.6	18	82	0	56	71	2	10	15	1.23
23171350--23171384	18	1.9	18	94	0	61	40	22	8	28	1.84
23171365--23171406	23	1.9	23	85	9	61	35	16	9	38	1.81
23174379--23174437	31	1.9	31	82	0	73	35	13	11	38	1.82
23181561--23181616	22	2.4	25	79	14	73	44	3	1	50	1.29
23184516--23184548	14	2.4	14	85	14	50	24	12	36	27	1.91
23188478--23188593	31	3.9	30	71	18	98	47	9	18	25	1.78
23189543--23189599	30	1.9	29	89	3	87	31	0	28	40	1.57
23189879--23190047	49	3.4	49	94	1	293	22	2	13	61	1.43
23190104--23190176	27	2.7	27	97	0	137	27	8	31	32	1.86
23191704--23191738	14	2.5	14	95	0	61	34	20	5	40	1.76
23192346--23192440	33	2.9	34	84	3	113	18	47	12	21	1.82
23192699--23192856	48	3.3	48	89	4	212	44	11	10	32	1.75
23194719--23194775	30	1.9	30	85	0	78	35	10	24	29	1.89
23195120--23195384	47	5.6	47	72	11	159	29	18	29	23	1.97
23198746--23198908	54	3.0	54	99	0	317	26	16	32	24	1.96
23201619--23201718	27	3.7	27	94	0	173	20	21	33	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23206576--23206645	28	2.5	28	90	0	113	37	10	24	28	1.88
23213396--23213474	28	2.8	28	88	0	113	34	10	25	30	1.89
23213650--23213793	41	3.5	40	73	5	128	29	18	27	25	1.98
23217399--23217472	31	2.4	31	95	0	130	16	33	35	14	1.89
23224948--23224974	12	2.2	12	100	0	54	48	0	22	29	1.51
23228099--23228136	19	2.0	19	85	10	51	23	39	21	15	1.92
23234746--23235033	27	10.7	27	88	0	414	39	20	8	30	1.83
23234741--23235088	54	6.5	53	88	1	372	39	21	8	30	1.84
23234746--23235094	81	4.3	81	83	2	398	39	21	8	30	1.84
23234746--23235088	27	12.7	26	80	6	299	39	21	9	30	1.84
23234985--23235142	81	2.0	81	82	2	192	37	22	8	31	1.83
23235132--23235371	27	8.9	27	84	1	286	37	17	20	24	1.94
23235888--23236062	6	28.3	6	69	18	92	18	17	14	49	1.80
23235891--23235949	25	2.4	25	91	0	91	18	18	15	47	1.83
23235892--23236053	62	2.6	62	91	0	252	18	17	14	49	1.80
23235954--23236008	25	2.2	25	90	0	83	20	20	14	45	1.85
23235978--23236048	19	3.8	19	70	10	65	18	16	14	50	1.78
23237099--23237135	12	3.1	12	96	0	65	13	43	18	24	1.86
23241363--23241509	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
23241409--23241589	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
23241406--23241589	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
23243351--23243403	2	26.5	2	96	0	97	50	47	1	0	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23245874--23245905	12	2.6	13	85	14	50	53	12	0	34	1.39
23246986--23247028	20	2.3	18	84	8	50	18	32	34	13	1.90
23250611--23250733	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
23256499--23256625	23	5.5	22	73	13	105	35	16	21	26	1.94
23258947--23259098	42	3.6	42	72	11	130	33	25	15	25	1.95
23259003--23259090	44	2.0	44	84	4	115	34	27	14	23	1.94
23262818--23263005	49	3.8	49	81	2	232	26	18	26	29	1.98
23262813--23263000	100	1.9	100	92	0	313	25	19	26	29	1.98
23263628--23263669	14	3.0	14	100	0	84	50	7	7	35	1.57
23272136--23272214	28	2.9	27	77	3	104	39	13	8	37	1.77
23273879--23273903	10	2.5	10	100	0	50	36	0	12	52	1.39
23283927--23284029	42	2.4	43	79	10	122	26	17	23	33	1.96
23301620--23301644	11	2.3	11	100	0	50	88	0	12	0	0.53
23303996--23304190	48	4.1	48	92	2	338	36	6	25	31	1.81
23304340--23304447	37	2.9	37	93	1	173	24	18	30	26	1.98
23314908--23314961	26	2.1	26	96	3	101	59	0	11	29	1.32
23316338--23316370	17	2.0	17	88	5	50	6	0	39	54	1.25
23318834--23318923	44	2.0	44	97	0	171	40	15	20	24	1.91
23320200--23320281	43	1.9	42	82	7	103	24	15	24	35	1.94
23322536--23322606	24	2.9	26	82	16	98	32	16	25	25	1.96
23330159--23330219	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
23336744--23336873	47	2.8	47	86	2	172	22	16	26	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23339316--23339535	40	5.6	40	80	5	241	25	25	23	25	2.00
23343656--23343811	43	3.7	42	83	6	192	24	18	26	30	1.98
23348913--23349063	40	3.8	40	80	0	149	29	22	21	25	1.99
23349123--23349224	40	2.5	39	84	6	123	26	25	23	24	2.00
23349511--23349642	14	9.2	14	72	10	70	24	0	29	45	1.59
23349560--23349666	50	2.1	50	82	0	133	23	0	37	38	1.61
23349597--23349670	7	10.4	7	74	8	60	24	1	39	35	1.64
23349618--23349676	14	4.1	14	84	4	73	22	1	42	33	1.63
23355382--23355486	43	2.5	42	88	1	156	20	21	30	26	1.98
23356526--23356569	21	2.0	21	83	12	54	29	4	4	61	1.36
23369656--23369986	48	7.0	48	75	10	252	24	29	17	27	1.97
23369658--23370023	48	7.7	47	76	9	239	24	29	18	27	1.98
23369654--23370023	140	2.6	146	75	13	353	24	29	17	27	1.98
23378581--23378622	21	2.0	21	95	0	75	35	4	11	47	1.61
23386261--23386427	46	3.6	46	77	13	189	29	30	19	20	1.97
23386269--23386439	93	1.8	93	89	0	270	29	29	20	20	1.98
23389827--23389991	46	3.6	44	80	8	163	24	29	20	25	1.99
23392488--23392654	46	3.6	46	76	13	180	29	29	19	20	1.97
23392496--23392666	93	1.8	93	88	0	261	29	29	20	21	1.98
23399140--23399199	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
23400460--23400598	44	3.1	44	67	20	126	25	21	20	32	1.98
23400451--23400740	89	3.3	89	88	1	411	25	22	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23400708--23400915	86	2.4	87	85	5	278	31	22	18	27	1.97
23412933--23412957	9	2.8	9	100	0	50	20	24	20	36	1.95
23415827--23416164	130	2.6	130	84	4	400	34	18	18	27	1.95
23419776--23419928	27	5.7	27	86	0	164	31	24	6	37	1.81
23419951--23420049	27	3.7	27	78	4	119	41	21	8	29	1.81
23420004--23420074	27	2.6	28	82	8	76	45	23	5	25	1.75
23420030--23420137	27	3.9	27	72	13	85	41	18	8	31	1.80
23420191--23420255	27	2.4	27	82	5	78	35	16	24	23	1.95
23421065--23421133	24	2.8	25	84	4	95	27	24	21	26	1.99
23421065--23421160	24	4.0	23	79	6	75	29	22	21	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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