genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.117.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38979329--38979904	96	6.0	95	93	2	926	31	9	29	28	1.88
38979329--38979904	143	4.0	141	91	2	891	31	9	29	28	1.88
38980023--38980100	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
38981959--38982104	43	3.4	43	100	0	292	22	15	35	26	1.94
38982086--38982159	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
38982475--38982592	40	3.0	40	93	1	193	25	22	26	26	2.00
38986076--38986605	47	11.1	47	89	5	796	32	8	29	28	1.87
38986076--38986605	144	3.7	142	89	6	768	32	8	29	28	1.87
38986719--38986797	38	2.1	38	86	4	108	24	17	31	26	1.97
38988160--38988305	43	3.4	43	100	0	292	22	15	35	26	1.94
38988287--38988360	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
38988673--38988802	40	3.2	40	92	0	206	25	22	26	26	2.00
38992291--38992814	47	11.1	47	91	3	838	32	9	29	28	1.88
38992293--38992814	142	3.7	141	93	2	852	32	9	29	28	1.88
38992291--38992814	189	2.8	188	92	2	847	32	9	29	28	1.88
38992933--38993011	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
39003856--39003881	13	2.0	13	100	0	52	61	7	7	23	1.49
39008110--39008168	30	2.0	30	82	0	73	30	11	22	35	1.90
39011448--39011637	95	2.0	95	97	0	362	32	21	19	26	1.97
39013063--39013176	55	2.1	55	93	3	194	34	8	19	37	1.83
39018789--39018830	21	2.0	22	85	4	59	42	0	0	57	0.99
39019234--39019281	12	3.8	12	80	17	53	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39024788--39024827	20	2.0	20	95	0	71	42	10	5	42	1.60
39025116--39025146	14	2.3	14	94	5	55	25	9	0	64	1.24
39031019--39031288	47	5.8	46	74	12	180	28	19	28	22	1.98
39037340--39037428	45	2.0	45	97	0	169	17	15	32	33	1.92
39040450--39040620	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
39040445--39040617	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
39045964--39046134	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
39045959--39046131	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
39052905--39053134	40	5.8	40	92	1	336	24	28	21	25	1.99
39061443--39061672	40	5.8	40	90	1	318	25	28	21	25	1.99
39061443--39061672	120	1.9	120	89	1	354	25	28	21	25	1.99
39064482--39064545	11	5.4	13	71	21	59	51	14	0	34	1.42
39064482--39064554	23	3.2	23	92	0	119	52	13	0	34	1.41
39075467--39075616	42	3.5	42	82	5	169	31	18	24	26	1.97
39076572--39076659	42	2.1	42	91	0	140	25	25	29	20	1.99
39081562--39081608	22	2.1	22	81	14	53	40	0	0	59	0.97
39081852--39081909	28	2.1	28	100	0	116	27	27	20	24	1.99
39082137--39082163	13	2.1	13	100	0	54	29	7	22	40	1.81
39086704--39086928	40	5.7	40	84	5	260	26	27	21	24	1.99
39086724--39086928	79	2.6	80	85	3	270	26	27	21	24	1.99
39086704--39086928	119	1.9	120	81	6	278	26	27	21	24	1.99
39090044--39090184	17	7.9	17	83	12	96	39	11	12	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39090052--39090177	35	3.5	36	93	3	200	39	11	12	36	1.79
39090052--39090177	19	6.9	19	84	10	174	39	11	12	36	1.79
39090052--39090183	54	2.4	54	85	12	198	40	10	12	36	1.78
39098365--39098589	40	5.7	40	83	6	244	25	26	22	25	2.00
39098365--39098589	78	2.8	80	82	5	251	25	26	22	25	2.00
39098365--39098589	118	1.9	121	82	6	289	25	26	22	25	2.00
39101713--39101848	18	7.6	18	89	4	195	38	11	12	37	1.79
39101704--39101855	72	2.1	73	84	11	224	39	9	13	36	1.78
39101705--39101848	54	2.6	54	92	4	227	38	10	13	37	1.79
39101731--39101884	18	8.1	20	82	7	87	36	8	14	40	1.77
39107775--39107808	13	2.6	14	90	9	54	82	0	11	5	0.83
39108690--39108869	44	4.1	44	73	8	159	31	14	24	30	1.95
39108861--39109219	121	3.0	121	92	0	592	32	17	18	31	1.94
39109841--39109939	17	5.6	17	88	7	144	38	12	13	36	1.81
39109833--39109939	35	3.0	35	95	4	187	38	11	14	36	1.81
39109841--39109939	18	5.6	18	90	4	157	38	12	13	36	1.81
39119930--39119974	23	2.0	23	95	0	81	24	15	20	40	1.91
39125894--39125944	23	2.2	23	89	0	75	45	13	23	17	1.84
39125903--39125946	23	1.9	23	100	0	88	38	15	22	22	1.92
39129675--39129729	29	2.0	28	83	13	71	49	0	3	47	1.19
39134797--39134828	15	2.1	15	100	0	64	34	18	12	34	1.89
39136033--39136116	44	1.9	44	100	0	168	35	11	11	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39139974--39140033	30	2.0	30	83	6	77	26	25	6	41	1.80
39142935--39142992	30	2.0	30	83	10	75	31	0	22	46	1.52
39145795--39145981	49	3.8	49	84	1	257	25	16	27	31	1.96
39145787--39145965	99	1.8	99	96	0	331	24	16	29	30	1.96
39148220--39148345	45	2.8	45	92	0	207	20	19	23	36	1.95
39151635--39151671	19	1.9	19	100	0	74	43	16	8	32	1.77
39153997--39154378	109	3.5	107	84	6	462	31	25	18	24	1.98
39157359--39157421	20	3.0	20	78	15	65	42	22	23	11	1.85
39160922--39161281	46	7.6	49	78	9	272	27	17	29	25	1.98
39161402--39161459	30	1.9	30	100	0	116	46	6	20	25	1.75
39161402--39161472	30	2.3	30	90	7	99	40	7	23	28	1.81
39162532--39162571	21	2.0	21	85	5	55	12	37	27	22	1.90
39168740--39169057	47	6.8	48	77	14	217	28	19	27	24	1.98
39168740--39169005	46	5.7	46	77	9	186	27	19	28	24	1.98
39170208--39170247	21	2.0	21	95	5	73	10	40	30	20	1.85
39171409--39171450	18	2.3	18	80	12	50	59	2	9	28	1.41
39174327--39174447	46	2.7	44	82	7	145	25	28	18	28	1.98
39181284--39181336	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
39188777--39188935	27	5.9	27	83	10	184	18	25	22	33	1.96
39188774--39188935	54	3.0	54	90	2	247	18	25	22	33	1.96
39188777--39188935	81	2.0	80	85	6	214	18	25	22	33	1.96
39189867--39189897	16	1.9	16	93	0	53	61	9	3	25	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39195733--39195891	27	5.9	27	84	10	193	18	25	22	33	1.97
39195730--39195891	54	3.0	54	92	2	256	18	25	22	33	1.97
39195733--39195891	81	2.0	80	85	6	214	18	25	22	33	1.97
39214257--39214391	23	5.9	22	69	14	69	41	22	14	22	1.89
39214307--39214402	46	2.1	46	82	3	113	40	22	15	20	1.90
39214307--39214402	23	4.2	23	78	5	86	40	22	15	20	1.90
39216981--39217151	46	3.7	46	78	13	179	29	19	28	23	1.98
39233533--39233591	29	2.0	29	100	0	118	54	13	3	28	1.55
39239186--39239394	47	4.5	47	76	10	137	23	30	18	27	1.98
39239186--39239346	47	3.5	45	82	6	146	23	29	18	27	1.98
39239231--39239346	45	2.5	46	86	5	146	23	30	18	27	1.98
39240676--39240786	45	2.5	45	89	0	159	38	29	10	20	1.87
39242308--39242497	55	3.5	53	76	2	173	21	21	19	37	1.94
39252034--39252282	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
39252033--39252282	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
39252377--39252408	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
39252620--39252677	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
39259359--39259607	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
39259358--39259607	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
39259702--39259733	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
39259945--39260002	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
39262260--39262309	25	2.0	25	100	0	100	36	8	12	44	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39268544--39268623	29	2.8	28	85	7	108	27	33	15	23	1.94
39268544--39268623	28	2.8	28	85	7	108	27	33	15	23	1.94
39268805--39268853	16	3.0	17	85	5	66	14	22	18	44	1.85
39271082--39271313	49	4.7	49	79	3	248	30	25	17	26	1.97
39271560--39271613	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
39275257--39275293	18	2.1	18	100	0	74	32	0	16	51	1.45
39275501--39275753	68	3.9	65	78	10	232	30	16	28	24	1.97
39288371--39288408	19	2.0	19	94	0	67	50	15	2	31	1.58
39292077--39292168	29	3.2	29	87	1	123	23	13	32	30	1.93
39295050--39295236	47	4.1	47	82	9	235	34	11	28	25	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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