genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   

This is table  47  of  311  ( 37258 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13416239--13416298	10	6.0	10	84	11	79	21	8	1	68	1.25
13417199--13417231	12	2.8	12	100	0	66	24	9	0	66	1.20
13418149--13418177	10	3.0	10	95	5	51	82	0	0	17	0.66
13418676--13418719	23	1.9	23	95	0	79	38	0	11	50	1.39
13422388--13422479	45	2.0	45	97	0	175	26	4	41	28	1.74
13425212--13425274	27	2.3	28	78	15	78	52	0	1	46	1.10
13425225--13425263	19	2.1	19	90	0	60	53	0	2	43	1.14
13425233--13425269	9	3.9	10	82	10	51	59	0	0	40	0.97
13425233--13425269	19	1.9	19	88	0	56	59	0	0	40	0.97
13448603--13448918	155	2.0	155	94	1	553	35	12	8	43	1.73
13449107--13449277	85	2.0	85	93	0	288	38	20	8	32	1.82
13451699--13451723	9	2.8	9	100	0	50	68	8	0	24	1.16
13451833--13451895	14	4.6	14	75	7	58	65	6	1	26	1.26
13461213--13461246	18	1.9	17	88	5	50	29	2	0	67	1.05
13462915--13462958	21	2.1	21	95	0	79	38	27	4	29	1.76
13464578--13464604	6	4.5	6	100	0	54	14	0	48	37	1.45
13474033--13474090	27	2.2	26	87	9	82	44	1	0	53	1.10
13474037--13474097	25	2.4	26	81	13	65	45	1	0	52	1.10
13474168--13474209	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
13474172--13474208	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
13474241--13474297	15	3.5	15	71	17	51	50	0	1	47	1.11
13475571--13475616	23	2.0	23	95	0	83	39	2	17	41	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13482029--13482066	19	2.0	20	89	5	60	34	0	0	65	0.93
13482216--13482255	18	2.2	19	86	13	57	67	2	5	25	1.23
13482960--13483008	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
13485467--13485645	90	2.0	90	93	0	304	32	14	13	39	1.85
13492748--13492787	18	2.2	18	86	0	53	50	0	0	50	1.00
13493405--13493443	21	1.9	21	89	5	62	28	2	7	61	1.37
13498935--13498972	19	2.0	19	89	0	58	55	2	5	36	1.37
13500949--13500988	16	2.6	16	88	4	55	50	7	25	17	1.72
13509220--13509252	11	3.0	11	100	0	66	27	27	18	27	1.98
13517083--13517171	27	3.3	27	80	3	90	20	24	28	26	1.99
13520740--13520855	33	3.5	32	72	4	88	27	9	43	19	1.82
13521685--13521716	16	2.1	16	94	5	57	56	6	0	37	1.25
13521774--13522215	112	3.9	115	88	5	589	52	14	1	30	1.51
13521774--13522215	114	3.9	113	87	4	572	52	14	1	30	1.51
13522486--13522528	22	2.0	22	81	9	52	0	44	0	55	0.99
13532647--13532686	19	2.1	19	90	9	64	62	5	0	32	1.17
13544901--13544956	27	2.1	27	86	0	76	32	26	10	30	1.90
13550585--13550645	31	2.0	31	90	0	95	37	4	11	45	1.62
13551500--13551575	29	2.5	31	78	4	93	26	13	11	48	1.76
13553629--13553653	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
13563235--13563292	26	2.3	25	87	3	80	62	3	0	34	1.12
13563253--13563301	7	7.4	7	77	13	50	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13569387--13569414	14	2.0	14	100	0	56	21	14	21	42	1.88
13570776--13570861	30	2.9	30	85	3	102	32	15	31	20	1.94
13573116--13573176	12	5.0	11	72	20	50	73	0	19	6	1.04
13573104--13573195	24	4.0	23	72	18	75	68	1	19	10	1.25
13573126--13573199	26	2.9	26	79	2	69	71	0	18	9	1.12
13573140--13573182	21	2.1	20	86	4	59	72	0	20	6	1.08
13573124--13573199	6	12.2	6	72	8	62	72	0	18	9	1.10
13581748--13581793	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
13581786--13581934	60	2.5	60	83	7	178	27	18	26	27	1.98
13581822--13581927	28	3.7	27	73	21	81	26	18	28	26	1.98
13589176--13589209	3	11.3	3	93	0	59	29	0	2	67	1.05
13592984--13593100	20	5.8	19	79	10	110	37	17	7	37	1.78
13593010--13593131	40	3.0	40	82	4	131	37	18	5	38	1.74
13593028--13593131	20	5.2	20	83	2	120	38	18	4	38	1.72
13593295--13593381	23	3.7	22	76	13	77	36	20	18	24	1.95
13594189--13594246	29	2.0	29	100	0	116	44	10	6	37	1.65
13599255--13599400	20	7.3	20	73	13	61	36	16	7	39	1.77
13599259--13599400	40	3.6	40	77	12	125	37	16	7	38	1.77
13599324--13599407	20	4.2	20	84	3	98	39	17	4	38	1.71
13599573--13599618	22	2.1	22	88	8	67	39	21	19	19	1.93
13605242--13605294	23	2.2	24	86	3	72	3	18	1	75	1.05
13607181--13607356	46	3.8	46	76	10	178	28	30	19	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13607189--13607360	93	1.8	93	89	0	272	27	31	20	20	1.97
13607780--13607837	30	1.9	30	89	3	89	31	24	6	37	1.82
13613018--13613058	20	2.0	22	85	9	59	41	2	2	53	1.27
13613497--13613565	3	23.7	3	86	5	61	56	0	1	42	1.08
13613505--13613573	35	2.0	35	94	0	120	47	0	4	47	1.21
13613508--13613570	32	2.0	32	90	0	99	49	0	3	47	1.17
13616260--13616326	30	2.2	30	87	10	93	58	1	1	38	1.17
13616321--13616389	29	2.4	27	79	16	68	71	1	5	21	1.16
13616352--13616391	18	2.4	16	80	15	53	70	0	2	27	1.01
13616695--13616761	29	2.3	29	84	5	82	34	1	2	61	1.20
13624261--13624360	52	1.9	52	87	0	146	29	25	12	34	1.91
13641663--13641713	24	2.1	23	82	7	57	52	3	0	43	1.19
13642067--13642092	11	2.4	11	100	0	52	34	0	0	65	0.93
13642764--13642836	32	2.4	31	80	11	78	31	10	19	38	1.86
13645602--13645640	19	2.1	18	85	4	51	5	25	0	69	1.09
13649460--13649634	5	35.2	5	74	20	106	57	18	2	21	1.51
13649441--13649634	61	3.3	59	82	14	222	57	18	2	22	1.52
13649435--13649599	61	2.6	64	85	8	239	56	18	2	21	1.52
13649436--13649663	9	25.1	9	71	19	129	57	17	3	21	1.55
13649419--13649580	33	4.8	34	69	21	56	56	18	2	22	1.53
13649577--13649666	34	2.6	34	83	13	96	56	17	5	20	1.60
13650512--13650574	29	2.3	27	78	10	72	44	12	23	19	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13654318--13654434	42	2.7	43	76	8	123	29	29	18	22	1.97
13655663--13655701	18	2.2	18	86	4	53	7	10	5	76	1.13
13656409--13656482	29	2.5	29	86	4	94	51	14	12	21	1.75
13657588--13657635	20	2.4	20	92	0	87	35	8	18	37	1.81
13658300--13658371	17	4.4	17	71	10	60	38	12	19	29	1.88
13660396--13660467	33	2.2	33	97	2	137	44	15	0	40	1.46
13664836--13664888	27	2.0	27	100	0	106	49	11	18	20	1.78
13667791--13667817	9	3.0	9	100	0	54	22	22	11	44	1.84
13670436--13670483	13	3.8	13	72	27	50	27	8	0	64	1.22
13670439--13670482	24	1.9	22	90	9	70	29	6	0	63	1.20
13674329--13674365	19	1.9	19	94	0	65	48	29	0	21	1.50
13676709--13676748	20	2.0	20	100	0	80	35	5	30	30	1.79
13685371--13685453	12	7.3	11	70	20	55	36	6	0	57	1.23
13685356--13685440	19	4.6	19	73	15	63	35	4	0	60	1.18
13685373--13685472	24	4.5	21	72	16	67	37	6	0	57	1.24
13697541--13697984	44	10.1	44	91	0	647	31	14	27	26	1.95
13699563--13699606	17	2.7	16	96	3	79	36	4	0	59	1.18
13699615--13699667	26	2.1	26	85	3	72	32	5	3	58	1.39
13700789--13700868	30	2.6	31	80	7	101	50	6	5	38	1.50
13702668--13702805	41	3.4	41	88	1	197	36	20	23	20	1.95
13703410--13703458	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
13703825--13703856	14	2.3	14	100	0	64	15	0	46	37	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13703791--13703871	21	3.8	21	80	4	83	18	0	40	40	1.51
13703748--13703873	7	17.7	7	72	9	58	19	1	36	42	1.61
13704014--13704080	14	4.7	14	85	3	89	40	4	16	38	1.69
13704635--13704692	22	2.7	21	82	15	73	65	1	1	31	1.13
13704703--13704811	38	2.8	40	91	5	186	40	20	22	17	1.91
13705036--13705119	35	2.4	36	82	6	109	32	33	4	29	1.78
13707389--13707823	241	1.8	241	97	1	836	32	18	15	33	1.92
13707822--13707880	9	6.6	9	86	0	82	45	23	1	28	1.63
13707822--13707880	27	2.2	27	90	0	100	45	23	1	28	1.63
13708393--13708473	40	2.0	40	100	0	162	25	14	29	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311