genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27409539--27409623	45	1.9	44	85	2	116	25	14	23	36	1.93
27422434--27422490	24	2.4	23	80	11	62	52	17	5	24	1.65
27436952--27437056	43	2.5	43	77	13	103	26	28	19	25	1.98
27448700--27448985	48	6.0	48	73	1	214	26	27	18	27	1.98
27451210--27451279	21	3.2	21	66	25	54	22	12	24	40	1.89
27453210--27453257	21	2.2	22	88	7	80	41	0	22	35	1.54
27464664--27464740	37	2.1	35	88	4	109	24	31	19	24	1.98
27464859--27465142	47	6.1	47	92	1	455	28	30	9	32	1.89
27464859--27465142	93	3.0	94	92	1	455	28	30	9	32	1.89
27464859--27465142	140	2.0	140	91	1	453	28	30	9	32	1.89
27467347--27467400	28	2.0	26	89	10	83	22	7	25	44	1.79
27468632--27468738	41	2.6	41	80	10	105	23	26	21	28	1.99
27469081--27469159	28	2.7	29	80	11	90	27	32	15	24	1.95
27471052--27471130	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
27471249--27471532	47	6.1	47	92	1	464	28	30	9	31	1.89
27471249--27471532	93	3.0	94	93	1	464	28	30	9	31	1.89
27474934--27475072	40	3.5	38	76	7	125	24	26	23	25	2.00
27475375--27475453	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
27475435--27475537	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
27477383--27477461	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
27477580--27477863	47	6.1	47	92	1	464	28	30	9	31	1.89
27477580--27477863	93	3.0	94	93	1	464	28	30	9	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27482338--27482505	46	3.7	46	75	9	141	23	28	20	27	1.99
27482338--27482461	47	2.8	44	77	7	133	22	29	20	27	1.98
27486446--27486530	42	2.0	42	95	0	152	27	32	12	27	1.93
27489947--27490114	46	3.7	46	76	10	143	22	29	20	27	1.98
27489947--27490070	47	2.8	44	80	7	142	20	31	20	26	1.98
27492383--27492603	46	4.8	46	76	11	168	23	30	19	25	1.98
27493936--27494037	44	2.3	44	96	0	186	30	22	18	28	1.97
27498348--27498423	40	1.9	40	83	0	98	18	15	30	35	1.92
27498432--27498469	2	19.0	2	100	0	76	0	0	50	50	1.00
27502725--27502797	36	2.0	37	84	12	98	24	16	30	28	1.96
27502796--27502893	48	2.0	48	88	3	144	27	13	25	33	1.93
27502731--27502993	42	6.3	42	72	10	139	26	15	26	30	1.96
27504766--27504885	45	2.8	44	82	8	122	22	28	22	26	1.99
27505222--27505333	43	2.6	43	91	2	181	31	32	24	12	1.92
27511006--27511045	2	20.0	2	100	0	80	0	0	50	50	1.00
27519935--27519981	23	2.0	23	100	0	94	34	12	25	27	1.92
27529422--27529528	43	2.5	43	84	3	126	24	16	24	34	1.95
27536662--27536694	15	2.2	16	89	10	52	30	0	15	54	1.41
27537258--27537309	28	1.9	26	84	7	68	50	3	17	28	1.64
27537846--27537981	56	2.4	56	92	0	227	28	13	25	32	1.94
27537846--27538014	56	3.0	55	86	3	178	29	15	23	31	1.95
27541426--27541597	48	3.6	48	80	2	184	23	28	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27545432--27545617	49	3.8	49	84	2	246	29	25	17	26	1.98
27545437--27545626	100	1.9	100	93	0	326	29	25	18	26	1.98
27548088--27548152	15	4.4	15	74	16	64	63	12	13	10	1.53
27548088--27548156	30	2.3	31	80	14	83	60	15	13	10	1.58
27551153--27551340	49	3.8	49	82	2	250	29	26	17	26	1.97
27551158--27551347	100	1.9	100	94	0	335	29	26	18	25	1.98
27557647--27557683	18	2.1	18	100	0	74	24	5	21	48	1.71
27559328--27559385	27	2.1	29	84	12	77	53	12	3	31	1.54
27560368--27560421	14	3.9	14	75	4	56	37	31	7	24	1.83
27575665--27575689	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
27581177--27581209	17	1.9	17	88	11	50	63	9	0	27	1.24
27583523--27583600	40	2.0	40	97	0	147	34	24	12	28	1.92
27586457--27586487	16	1.9	16	93	0	53	54	22	0	22	1.44
27587239--27587290	21	2.4	22	81	15	72	26	0	3	69	1.06
27588362--27588395	6	5.7	6	100	0	68	35	14	32	17	1.91
27590491--27590519	15	2.0	15	93	6	51	48	0	6	44	1.29
27590989--27591060	21	3.5	20	74	14	65	18	19	15	47	1.83
27590988--27591140	42	3.6	42	80	6	132	15	22	18	43	1.87
27591052--27591121	21	3.3	21	73	0	77	12	24	18	44	1.85
27593331--27593373	17	2.5	17	92	3	68	48	2	13	34	1.56
27593674--27593862	90	2.1	91	91	2	301	31	10	8	49	1.67
27599393--27599440	18	2.6	18	84	12	62	75	0	18	6	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27605683--27605731	24	2.1	23	84	3	62	36	2	2	59	1.21
27610370--27610670	103	2.9	103	80	0	323	32	19	18	29	1.95
27610708--27610811	40	2.6	40	82	0	109	22	19	33	25	1.97
27610742--27611081	143	2.4	144	81	2	371	30	17	23	28	1.97
27610819--27611084	144	1.9	142	82	2	327	31	16	21	29	1.95
27614169--27614727	281	2.0	281	81	5	657	32	20	21	25	1.97
27615310--27615372	24	2.6	24	76	14	67	17	34	9	38	1.82
27616977--27617024	24	2.0	24	83	4	60	18	20	25	35	1.95
27629896--27629986	46	2.0	46	100	0	182	31	24	10	32	1.90
27640492--27640708	40	5.5	40	91	1	321	24	23	28	22	1.99
27642986--27643039	19	2.9	18	80	2	63	29	31	22	16	1.96
27643539--27643563	6	4.2	6	100	0	50	52	16	0	32	1.44
27652237--27652369	67	2.0	68	96	1	250	28	11	23	36	1.89
27660092--27660127	19	2.0	17	89	10	54	44	0	5	50	1.25
27660082--27660129	17	2.8	16	77	22	53	43	0	8	47	1.33
27660702--27660768	26	2.6	27	83	6	77	11	22	23	41	1.87
27660833--27660894	24	2.6	24	80	10	81	16	24	22	37	1.94
27662867--27662994	30	4.3	30	74	11	118	39	11	27	21	1.88
27662864--27662994	60	2.2	60	84	5	167	40	11	26	21	1.87
27662984--27663060	30	2.5	30	82	2	91	46	10	19	23	1.80
27664106--27664133	12	2.3	12	100	0	56	35	42	14	7	1.73
27666736--27666800	20	3.2	20	71	0	67	40	20	21	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27666719--27666804	40	2.2	40	93	0	145	37	20	24	17	1.94
27666719--27666841	40	3.1	40	85	0	138	38	18	24	18	1.93
27666973--27667045	38	1.9	38	83	5	94	43	8	19	28	1.79
27669446--27669479	16	2.1	16	88	0	50	26	11	29	32	1.92
27672319--27672520	43	4.7	43	84	0	278	29	26	18	25	1.98
27673229--27673271	14	3.1	14	83	3	61	51	9	2	37	1.47
27677393--27677434	12	3.5	12	75	12	50	23	35	0	40	1.55
27677395--27677449	24	2.2	24	96	3	101	25	30	0	43	1.55
27677970--27678114	72	2.0	72	97	0	272	34	15	16	33	1.90
27678383--27678597	9	23.9	9	88	0	286	27	0	28	42	1.59
27679587--27679637	19	2.6	20	90	6	86	33	0	39	27	1.57
27679849--27680150	148	2.0	148	83	6	371	35	19	17	28	1.94
27680687--27680872	7	26.1	7	65	13	58	22	2	32	42	1.68
27680687--27680790	15	7.1	14	71	12	75	22	1	31	44	1.64
27680813--27680872	28	2.1	28	87	0	84	20	3	31	45	1.67
27681821--27681914	40	2.3	40	81	0	116	29	18	19	32	1.95
27681976--27682063	40	2.2	40	83	0	104	25	19	22	32	1.97
27681707--27682051	156	2.3	151	79	4	343	30	20	17	31	1.96
27682782--27683000	68	3.2	67	73	2	195	28	20	13	37	1.91
27693935--27693963	14	2.1	14	100	0	58	48	20	0	31	1.50
27695540--27695768	48	4.8	47	79	10	214	36	27	16	19	1.93
27695550--27695761	96	2.2	96	82	5	250	35	28	16	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27698291--27698460	46	3.7	45	78	10	202	28	28	21	21	1.99
27698296--27698464	91	1.8	92	94	1	304	28	28	21	21	1.98
27698888--27698947	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
27706458--27706514	30	1.9	30	85	0	78	29	22	8	38	1.85
27710774--27710829	28	2.0	28	96	0	103	28	19	23	28	1.98
27715419--27715466	23	2.1	22	88	3	69	43	0	2	54	1.12
27715499--27715537	18	2.2	18	86	13	55	69	2	0	28	1.02
27718536--27718703	25	6.8	24	71	11	90	25	14	22	38	1.92
27718603--27718697	50	1.9	50	84	0	127	23	11	25	40	1.88
27718535--27718703	75	2.3	75	83	2	196	24	14	22	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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