genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   

This is table  206  of  311  ( 37258 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70953356--70953392	18	2.1	18	89	0	56	27	5	13	54	1.61
70954788--70954845	25	2.4	24	80	8	64	55	5	1	37	1.33
70954788--70954836	25	2.0	25	84	11	66	51	6	2	40	1.38
70954941--70954988	25	1.9	25	83	8	62	66	8	4	20	1.35
70957674--70957745	35	2.1	35	86	5	101	37	5	6	50	1.53
70964983--70965013	14	2.2	14	100	0	62	45	12	16	25	1.83
70970599--70970645	22	2.1	22	88	0	67	38	6	8	46	1.60
70972617--70972645	15	1.9	15	100	0	58	34	31	20	13	1.92
70973535--70973627	40	2.3	40	86	0	123	32	25	18	23	1.97
70978027--70978060	17	2.0	17	88	11	52	52	0	2	44	1.16
70978277--70978317	20	2.0	21	90	4	66	75	0	24	0	0.80
70978278--70978324	21	2.2	21	85	7	60	74	2	21	2	1.03
70980247--70980462	46	4.7	46	92	1	317	38	14	24	22	1.91
70985936--70985960	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
70986229--70986287	31	1.9	30	83	10	75	28	22	3	45	1.68
70986641--70986751	28	4.0	28	80	0	123	30	27	13	28	1.94
70986740--70986833	40	2.3	40	81	0	98	34	25	15	24	1.95
70991645--70992050	46	8.8	46	92	0	580	39	14	24	21	1.91
70992144--70992173	13	2.3	13	94	0	51	36	0	26	36	1.57
70999619--70999718	38	2.5	40	71	11	98	22	19	29	30	1.97
70999939--71000024	21	4.0	23	76	13	83	15	22	24	38	1.92
71001045--71001093	25	2.0	25	91	0	80	26	14	14	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71002683--71002741	21	2.8	21	76	7	66	40	0	5	54	1.23
71019260--71019370	40	2.8	39	81	9	118	28	23	15	32	1.95
71019300--71019391	40	2.3	40	98	0	175	27	20	17	34	1.95
71021417--71021573	42	3.7	42	78	8	158	45	16	20	17	1.86
71021519--71021573	21	2.6	21	77	5	58	49	16	18	16	1.81
71029914--71030289	184	2.0	183	88	1	565	43	10	10	35	1.75
71033011--71033054	19	2.4	19	88	11	65	29	0	0	70	0.88
71033012--71033053	12	3.4	13	84	15	54	28	0	0	71	0.86
71033677--71033702	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
71040021--71040069	13	3.8	13	80	0	62	40	8	2	48	1.44
71040014--71040069	26	2.1	27	87	9	89	41	7	3	48	1.48
71040021--71040072	26	2.0	26	100	0	104	38	7	3	50	1.50
71041660--71041797	44	3.3	40	77	6	107	24	14	27	33	1.94
71044384--71044481	46	2.1	46	98	0	187	35	20	7	36	1.80
71048957--71049002	22	2.0	23	83	4	58	17	8	17	56	1.65
71049267--71049450	90	2.0	92	87	4	266	20	21	20	37	1.94
71052342--71052389	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
71052590--71052649	30	2.0	30	100	0	120	53	13	10	23	1.69
71053260--71053319	30	1.9	30	87	12	86	41	0	1	56	1.09
71057971--71057995	12	2.1	12	100	0	50	24	0	20	56	1.43
71068972--71069019	19	2.6	19	90	3	71	35	0	12	52	1.40
71073570--71073617	19	2.6	19	83	3	62	37	2	12	47	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71074780--71074900	60	2.0	60	93	0	206	30	17	17	34	1.93
71077459--71077491	6	5.8	6	86	13	52	69	0	0	30	0.88
71093259--71093355	48	2.0	48	95	0	176	35	20	6	38	1.78
71102457--71102500	5	8.6	5	97	2	79	43	0	0	56	0.99
71102527--71102574	20	2.4	20	73	10	53	62	4	29	4	1.32
71103767--71103809	22	2.0	22	90	4	70	44	4	25	25	1.73
71110581--71110622	21	2.0	22	85	4	59	57	0	0	42	0.99
71112323--71112368	23	2.0	23	86	0	65	23	10	8	56	1.61
71113572--71113623	24	2.2	24	89	0	77	44	11	5	38	1.65
71113583--71113634	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
71124283--71124346	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
71125246--71125275	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
71133372--71133549	27	6.6	27	74	6	119	28	16	26	29	1.97
71133369--71133549	82	2.2	81	81	4	204	28	16	25	29	1.97
71141406--71141475	27	2.6	27	82	8	81	32	17	27	22	1.96
71141537--71141595	29	2.0	29	100	0	118	37	18	13	30	1.90
71146469--71146583	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
71146469--71146602	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
71153558--71153641	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
71159347--71159430	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
71160971--71161014	22	2.1	20	87	8	61	15	11	20	52	1.74
71162593--71162652	25	2.3	25	82	5	66	16	5	6	71	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71162666--71162720	26	2.2	25	80	9	58	21	7	3	67	1.31
71165970--71166026	21	2.6	22	89	10	75	42	7	10	40	1.66
71165979--71166026	21	2.3	21	96	3	89	39	8	10	41	1.69
71169670--71169699	15	2.0	15	93	0	51	10	6	10	73	1.25
71171296--71171371	11	6.2	12	71	16	50	43	1	1	53	1.17
71171389--71171430	17	2.6	16	82	10	50	54	0	2	42	1.13
71171359--71171446	21	4.4	21	66	20	62	48	1	6	43	1.37
71173522--71173558	17	2.2	17	100	0	74	21	0	27	51	1.48
71174663--71174751	46	1.9	47	86	2	126	30	28	16	24	1.97
71175915--71175948	15	2.3	15	95	5	61	20	0	5	73	1.04
71178903--71178955	27	2.0	25	82	7	61	26	5	5	62	1.40
71187745--71187779	7	4.9	7	96	3	61	0	14	0	85	0.59
71187743--71187783	14	2.7	16	81	14	59	0	17	0	82	0.66
71191701--71191748	22	2.2	21	78	10	53	52	2	0	45	1.12
71191946--71192001	25	2.3	25	93	3	96	58	5	7	28	1.46
71195008--71195068	2	34.0	2	75	21	64	42	0	1	55	1.09
71195008--71195068	14	4.4	15	82	15	78	42	0	1	55	1.09
71195008--71195068	18	3.4	18	82	17	83	42	0	1	55	1.09
71195008--71195065	21	2.9	21	90	7	86	41	0	1	56	1.09
71202463--71202543	17	4.4	18	77	20	87	39	0	1	59	1.05
71202463--71202542	5	16.2	5	83	14	96	38	0	1	60	1.05
71202463--71202540	22	3.9	21	82	16	103	38	0	1	60	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71208082--71208120	20	1.9	21	89	5	62	35	7	12	43	1.72
71210235--71210292	21	2.7	20	79	12	62	22	3	3	70	1.17
71210266--71210318	8	6.8	8	93	2	90	33	0	1	64	1.05
71210275--71210334	3	22.0	3	77	19	60	40	0	0	60	0.97
71212719--71212760	4	10.2	4	80	14	50	73	0	26	0	0.83
71212719--71212760	16	2.5	17	84	7	59	73	0	26	0	0.83
71212722--71212760	20	2.0	19	90	5	60	74	0	25	0	0.82
71219270--71219360	21	4.4	20	68	12	58	40	3	17	38	1.66
71222468--71222507	18	2.2	18	100	0	80	42	10	0	47	1.37
71227394--71227470	29	2.6	28	73	20	68	62	5	2	29	1.30
71228396--71228451	29	1.9	29	96	0	103	28	8	16	46	1.77
71229676--71229736	3	20.3	3	83	6	79	31	4	1	62	1.26
71230174--71230210	18	2.1	18	89	0	56	32	5	5	56	1.45
71230172--71230210	20	2.1	18	90	9	60	33	5	5	56	1.43
71242598--71243062	50	9.3	50	73	9	421	34	20	17	27	1.95
71242605--71243320	100	7.2	100	89	3	943	33	21	18	26	1.97
71242605--71243320	199	3.6	199	88	3	957	33	21	18	26	1.97
71242605--71243320	50	14.4	50	70	10	416	33	21	18	26	1.97
71244889--71244944	3	18.7	3	81	7	69	30	5	1	62	1.28
71262228--71262285	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
71262497--71262528	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
71262623--71262864	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71262623--71262872	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
71269816--71269873	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
71270085--71270116	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
71270211--71270452	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
71270211--71270460	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
71271879--71272056	75	2.4	75	80	6	200	23	20	23	33	1.97
71284273--71284323	3	18.0	3	77	18	56	62	1	0	35	1.06
71284364--71284405	21	2.0	21	85	0	57	69	2	26	2	1.13
71284375--71284405	16	2.0	15	93	6	53	74	0	25	0	0.82
71286281--71286603	164	2.0	164	96	0	601	29	20	22	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311