genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33235875--33235938	5	12.2	5	75	21	60	76	1	18	3	1.00
33235874--33235938	16	4.1	16	77	13	71	76	1	18	3	0.99
33235875--33235936	21	2.9	21	80	7	72	77	1	17	3	0.98
33235986--33236016	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
33236019--33236094	6	12.7	6	76	5	73	64	0	19	15	1.29
33236011--33236056	18	2.6	17	90	10	74	67	2	17	13	1.33
33238173--33238269	30	3.2	30	75	2	106	27	26	16	28	1.97
33245754--33245778	13	1.9	13	100	0	50	28	0	8	64	1.22
33250628--33250728	26	3.9	25	92	6	166	35	25	4	33	1.78
33252889--33252985	30	3.2	30	72	8	99	28	16	26	27	1.97
33256722--33256778	29	2.0	29	92	0	96	24	0	29	45	1.53
33261533--33261586	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
33261533--33261606	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
33261533--33261597	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
33264339--33264424	18	4.6	18	74	7	73	72	3	18	5	1.20
33264335--33264424	6	14.7	6	71	7	65	72	3	18	5	1.19
33264385--33264422	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
33264439--33264501	33	1.9	33	84	12	85	55	6	25	12	1.60
33266278--33266331	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
33266278--33266351	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
33266278--33266342	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
33268727--33268784	31	1.9	29	86	6	80	15	29	3	51	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33272251--33272405	39	4.0	39	95	0	265	21	20	31	27	1.98
33272267--33272425	78	2.1	78	87	3	232	21	20	30	27	1.98
33272267--33272449	78	2.3	78	85	5	219	21	19	30	28	1.98
33280570--33280612	23	1.9	22	86	13	61	11	25	0	62	1.29
33282454--33282490	12	3.0	13	80	11	51	64	0	21	13	1.27
33284550--33284597	20	2.4	21	72	10	55	20	27	18	33	1.96
33291313--33291409	30	3.2	30	73	2	88	29	27	13	28	1.94
33293080--33293132	11	4.6	12	83	6	56	71	5	5	16	1.25
33293079--33293132	12	4.6	12	81	9	67	72	5	5	16	1.23
33293079--33293132	23	2.3	23	87	0	72	72	5	5	16	1.23
33294044--33294102	11	5.7	10	74	21	59	77	1	16	3	0.98
33294033--33294102	21	3.3	20	80	11	70	77	2	17	2	1.02
33294044--33294102	5	11.4	5	77	16	59	77	1	16	3	0.98
33294044--33294103	16	3.9	15	81	14	77	76	1	18	3	1.00
33294148--33294178	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
33294181--33294262	30	2.7	31	83	5	105	67	1	20	10	1.28
33296356--33296452	30	3.2	30	73	2	88	29	27	13	28	1.94
33309879--33309930	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
33312825--33312873	14	3.4	14	83	11	64	75	0	20	4	0.96
33322642--33322681	14	2.9	14	88	0	53	50	7	32	10	1.64
33326118--33326161	21	2.0	22	86	4	63	34	34	6	25	1.82
33333360--33333396	18	2.0	18	89	5	56	13	2	5	78	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33333747--33333786	14	2.9	14	88	0	53	50	7	32	10	1.64
33335316--33335355	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
33336503--33336550	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
33336497--33336540	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
33336497--33336556	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
33339993--33340037	17	2.5	19	75	13	51	6	24	2	66	1.27
33341356--33341403	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
33341350--33341393	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
33341350--33341409	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
33342382--33342426	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
33343011--33343058	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
33345721--33345767	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
33346901--33347006	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
33349610--33349656	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
33352200--33352240	15	2.7	16	74	11	50	7	26	0	65	1.18
33353439--33353476	13	2.9	13	92	0	58	18	5	2	73	1.14
33355555--33355651	30	3.2	31	76	5	110	28	27	14	28	1.95
33356016--33356059	22	2.0	22	90	0	70	36	4	36	22	1.75
33358067--33358120	17	3.2	17	81	0	63	7	12	3	75	1.14
33360642--33360685	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
33366060--33366116	11	5.5	10	73	22	55	78	0	17	3	0.88
33366060--33366116	5	11.0	5	75	20	55	78	0	17	3	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33366185--33366209	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
33366179--33366234	18	3.1	18	76	5	51	69	3	19	7	1.27
33366185--33366259	30	2.5	31	78	6	91	64	1	21	13	1.36
33367174--33367198	13	1.9	13	100	0	50	28	0	8	64	1.22
33370067--33370163	30	3.2	31	72	5	92	27	29	14	27	1.95
33372217--33372262	13	3.6	13	94	5	85	80	6	0	13	0.89
33372217--33372264	12	3.9	12	97	2	87	77	6	0	16	0.97
33373192--33373251	18	3.2	18	78	7	66	73	1	18	6	1.14
33375423--33375488	33	2.0	34	85	8	91	31	16	24	27	1.96
33376608--33376704	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
33379033--33379097	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
33380873--33380935	33	1.9	33	84	12	85	14	26	4	53	1.60
33380933--33380988	21	2.7	21	72	5	51	8	17	1	71	1.21
33380932--33380988	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
33380950--33381063	6	18.7	6	70	8	79	6	17	3	72	1.19
33381010--33381085	12	6.6	12	77	8	59	7	17	3	71	1.26
33381872--33382185	157	2.0	157	100	0	628	30	11	29	28	1.92
33382268--33382310	11	3.8	11	87	9	52	4	4	9	81	0.97
33390388--33390444	24	2.4	22	78	16	60	75	3	17	3	1.09
33390513--33390587	28	2.7	28	71	8	71	64	2	22	10	1.38
33392783--33392816	14	2.4	14	100	0	68	11	0	5	82	0.83
33398119--33398158	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33401649--33401745	30	3.2	30	76	2	106	27	16	27	27	1.97
33403842--33403911	29	2.4	29	81	11	81	14	24	1	60	1.43
33403981--33404037	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
33403981--33404037	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
33403979--33404048	20	3.3	20	73	18	63	4	18	1	75	1.04
33406252--33406427	50	3.5	49	82	7	203	25	18	27	28	1.98
33410180--33410233	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
33410180--33410253	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
33410180--33410244	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
33411751--33411783	12	2.8	12	95	0	57	84	6	3	6	0.84
33411859--33411897	12	3.4	12	82	13	55	76	5	2	15	1.06
33411849--33411919	22	3.2	22	77	0	61	77	4	8	9	1.11
33412948--33413047	6	16.2	6	71	6	74	70	3	20	7	1.24
33412948--33413059	12	8.8	12	72	14	66	70	3	19	6	1.24
33412948--33413047	18	5.4	18	75	5	83	70	3	20	7	1.24
33413008--33413045	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
33413009--33413059	21	2.4	21	74	6	50	74	1	17	5	1.11
33413062--33413124	33	1.9	33	84	12	85	53	6	26	12	1.62
33414897--33414950	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
33414897--33414970	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
33414897--33414961	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
33416922--33417022	30	3.4	30	69	4	87	26	26	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33420782--33420822	15	2.7	16	74	11	50	7	26	0	65	1.18
33420980--33421018	15	2.4	15	87	12	51	10	20	2	66	1.33
33424398--33424431	18	1.9	18	88	5	52	23	20	0	55	1.43
33424389--33424455	29	2.4	28	82	9	84	13	19	0	67	1.23
33424488--33424523	12	3.1	12	92	4	56	0	13	5	80	0.88
33425563--33425610	13	3.7	13	78	10	53	10	8	4	77	1.12
33428122--33428199	32	2.5	32	88	12	126	11	15	2	70	1.27
33428237--33428281	13	3.4	14	85	14	60	13	4	6	75	1.15
33431224--33431256	16	2.1	16	100	0	66	39	6	24	30	1.79
33434330--33434386	29	2.0	29	92	0	96	24	0	29	45	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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