genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.277.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91035914--91036193	72	3.9	68	81	11	312	30	20	16	32	1.95
91035925--91036195	141	1.9	142	87	5	395	28	21	16	33	1.95
91036206--91036369	73	2.2	73	89	2	249	37	22	16	23	1.94
91036277--91036522	86	2.9	84	85	6	316	35	19	17	28	1.94
91036363--91036914	162	3.4	161	81	6	589	34	19	15	30	1.94
91036609--91036914	76	3.9	76	82	10	337	33	20	16	30	1.94
91036681--91036847	86	1.9	86	97	0	316	29	17	16	37	1.91
91036084--91037990	410	4.9	402	75	15	1020	33	20	15	29	1.94
91036857--91036967	58	1.9	58	90	3	179	31	27	16	24	1.96
91036918--91037053	72	1.9	72	90	0	218	32	19	13	34	1.91
91037066--91037679	73	8.1	73	78	11	558	33	21	16	28	1.95
91037295--91037324	14	2.2	13	94	5	51	60	10	16	13	1.59
91035903--91038474	313	8.3	301	74	16	1890	34	20	15	29	1.94
91035903--91038304	620	3.9	615	80	11	2300	33	20	15	29	1.94
91037302--91037679	77	5.1	73	80	10	347	33	20	16	30	1.94
91037302--91038382	72	14.1	73	71	16	453	33	20	16	29	1.94
91037308--91038474	230	5.0	230	78	11	1102	34	20	15	29	1.94
91037930--91038072	73	1.9	74	88	5	218	31	23	15	29	1.95
91038081--91038467	77	5.0	76	77	10	347	35	19	14	29	1.92
91035852--91038474	703	3.7	686	78	13	2208	34	20	15	29	1.94
91043386--91043419	16	2.1	16	88	0	50	32	32	5	29	1.81
91047400--91047498	53	1.9	51	82	12	121	27	2	4	66	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91047818--91047859	15	2.7	16	85	3	50	54	2	11	30	1.49
91049927--91049968	9	4.6	9	83	13	50	30	0	2	66	1.04
91050549--91050598	20	2.5	20	83	3	64	52	12	10	26	1.70
91051385--91051413	6	4.8	6	100	0	58	0	68	0	31	0.89
91054949--91055241	120	2.4	120	94	2	500	41	3	4	50	1.39
91055074--91055115	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
91055203--91055244	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
91055194--91055235	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
91055178--91055494	157	2.0	157	94	1	555	47	5	3	43	1.41
91055617--91055686	17	4.2	17	98	1	126	37	38	0	24	1.56
91055617--91055686	33	2.1	33	94	5	124	37	38	0	24	1.56
91058115--91058191	29	2.6	30	87	4	102	51	14	14	19	1.75
91060435--91060479	20	2.1	22	84	8	58	44	4	2	48	1.35
91060476--91060530	26	2.2	25	83	9	67	50	1	1	45	1.22
91060866--91060903	11	3.5	11	88	0	58	57	28	5	7	1.49
91064150--91064644	46	10.8	46	89	2	622	41	14	24	20	1.89
91064150--91064644	93	5.4	92	88	3	651	41	14	24	20	1.89
91066321--91066407	24	3.6	23	73	10	66	44	20	17	17	1.86
91066444--91066495	25	2.0	27	88	7	81	32	23	25	19	1.97
91066443--91066507	26	2.6	25	83	9	78	30	24	24	20	1.98
91066947--91066990	5	8.6	5	85	5	61	40	18	0	40	1.50
91071609--91071885	39	7.1	39	91	0	419	22	23	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91073942--91073991	19	2.6	18	81	12	55	32	20	0	48	1.50
91074350--91074386	18	2.1	18	94	0	65	24	24	0	51	1.49
91076614--91076651	18	2.1	18	95	0	67	15	18	0	65	1.27
91077734--91077766	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
91084466--91084503	18	2.1	18	90	0	58	0	50	0	50	1.00
91084470--91084502	11	2.9	12	91	8	52	0	51	0	48	1.00
91084961--91085030	3	23.3	3	71	11	54	31	2	5	60	1.35
91084973--91085033	23	2.8	22	85	5	70	32	3	8	55	1.45
91084996--91085041	23	2.0	23	83	8	58	30	2	10	56	1.46
91087358--91087391	16	2.3	15	85	14	52	82	0	14	2	0.79
91087361--91087390	16	1.9	16	93	6	53	80	0	16	3	0.85
91089443--91089848	68	6.2	66	69	18	204	30	16	28	24	1.97
91089359--91089755	198	2.0	198	98	0	776	28	16	28	25	1.97
91089366--91089848	198	2.4	196	88	5	609	30	16	28	24	1.97
91093160--91093230	25	2.8	25	72	8	65	35	22	26	15	1.94
91098107--91098151	19	2.4	19	92	3	74	48	8	13	28	1.72
91098435--91098514	24	3.3	24	76	15	92	53	6	0	40	1.26
91098455--91098528	33	2.2	33	80	0	94	58	5	0	36	1.21
91101045--91101074	7	4.3	7	100	0	60	40	0	0	60	0.97
91101045--91101088	21	2.1	21	82	0	52	38	4	0	56	1.20
91101052--91101114	21	2.9	20	72	13	54	41	3	1	53	1.26
91101205--91101230	11	2.4	11	100	0	52	7	0	0	92	0.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91101827--91102171	128	2.7	129	81	4	362	27	14	17	40	1.89
91103768--91103811	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
91105469--91105515	5	9.2	5	92	2	58	38	0	25	36	1.56
91105930--91106068	45	3.1	45	89	2	199	21	19	19	39	1.93
91105940--91106080	44	3.2	45	89	3	205	20	19	19	39	1.92
91106252--91106522	18	14.6	18	71	14	158	34	13	15	36	1.87
91107900--91107957	30	1.9	30	85	0	80	29	0	6	63	1.20
91107900--91107969	30	2.4	30	82	2	79	30	0	5	64	1.17
91108764--91108968	99	2.0	102	85	4	283	31	20	20	27	1.97
91110221--91110484	46	5.7	46	91	0	395	22	23	14	39	1.91
91110628--91110702	36	2.1	36	100	0	150	26	29	18	25	1.98
91112564--91112598	17	2.1	16	89	5	52	54	2	0	42	1.15
91114064--91114284	92	2.4	92	94	0	388	20	23	14	42	1.88
91114064--91114291	46	5.0	46	90	1	332	21	22	14	41	1.89
91114972--91115006	14	2.5	14	100	0	70	28	14	5	51	1.65
91116730--91116797	30	2.3	30	84	5	84	27	19	4	48	1.68
91122292--91122335	23	1.9	23	100	0	88	43	22	13	20	1.87
91125310--91125432	25	4.9	25	85	0	156	17	29	17	34	1.94
91128538--91128698	43	3.8	41	80	12	148	31	24	19	24	1.98
91145969--91146151	38	4.8	38	84	2	231	19	19	26	34	1.96
91148747--91148802	26	2.2	26	90	0	85	26	10	8	53	1.65
91148757--91148809	26	2.0	26	100	0	106	28	11	7	52	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91151577--91151715	59	2.3	60	97	2	264	30	25	16	27	1.97
91153564--91153634	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
91153564--91153657	48	1.9	48	81	10	111	35	3	37	24	1.72
91155043--91155153	27	4.2	26	87	5	150	16	24	21	37	1.93
91167927--91167954	11	2.5	11	100	0	56	67	0	0	32	0.91
91181726--91181770	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
91188376--91188420	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
91193687--91193971	47	6.1	47	90	0	392	34	9	29	26	1.89
91193735--91193859	25	5.2	25	64	30	85	31	10	29	28	1.90
91193760--91193881	22	5.3	22	64	30	58	31	12	30	26	1.92
91193945--91194127	46	4.0	46	92	0	285	34	9	31	24	1.87
91195853--91195989	60	2.3	60	82	8	154	26	24	20	29	1.99
91197645--91197688	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
91201751--91201926	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
91201748--91201919	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
91206158--91206182	13	1.9	13	100	0	50	48	0	12	40	1.40
91206403--91206462	29	2.0	30	84	9	79	45	3	5	46	1.41
91206719--91206759	17	2.4	17	88	8	57	75	0	17	7	1.02
91207798--91207912	51	2.2	53	84	4	144	18	18	21	41	1.90
91207896--91207929	6	5.7	6	89	0	50	20	20	11	47	1.81
91207895--91207929	18	1.9	18	94	0	61	22	20	11	45	1.82
91208059--91208111	18	2.9	18	74	0	52	37	11	13	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91210335--91210534	52	3.9	51	77	10	178	23	17	28	31	1.97
91210334--91210537	105	2.0	98	80	6	219	23	16	29	30	1.96
91213418--91213560	25	5.7	25	83	0	142	19	27	17	34	1.94
91213418--91213560	50	2.9	50	82	0	169	19	27	17	34	1.94
91222977--91223074	30	3.2	30	77	17	78	32	0	7	60	1.24
91223035--91223077	22	1.9	23	85	4	61	37	0	4	58	1.19
91230929--91230962	15	2.2	15	89	5	50	73	0	0	26	0.83
91230924--91230974	17	3.1	17	80	8	52	68	0	0	31	0.90
91232207--91232233	13	2.1	13	100	0	54	25	7	14	51	1.68
91238352--91238616	138	2.0	133	94	3	467	40	16	13	30	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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