genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84778605--84778797	91	2.1	91	83	7	232	43	14	12	29	1.82
84786013--84786045	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
84786092--84786150	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
84786121--84786170	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
84787267--84787326	28	2.1	28	90	0	93	31	6	30	31	1.83
84792681--84792740	28	2.1	28	90	0	93	31	6	30	31	1.83
84793260--84793516	128	2.0	128	96	0	469	37	15	19	27	1.92
84794678--84794702	13	1.9	13	100	0	50	48	12	0	40	1.40
84795361--84795408	22	2.2	22	84	0	60	16	2	12	68	1.29
84795367--84795410	22	2.0	22	90	0	70	20	2	9	68	1.28
84795368--84795417	22	2.4	20	83	6	64	18	2	6	74	1.12
84797808--84797876	29	2.5	27	72	21	70	50	5	4	39	1.46
84803786--84803876	24	3.8	24	66	26	66	64	4	3	27	1.28
84803798--84803879	27	3.2	27	66	18	75	67	4	3	24	1.27
84803777--84803892	50	2.3	50	88	7	164	62	4	4	29	1.34
84804356--84804419	31	2.1	30	82	8	76	43	3	9	43	1.52
84804426--84804488	31	2.0	31	84	6	83	44	9	6	39	1.62
84806350--84806392	22	2.0	22	90	0	68	67	0	0	32	0.91
84811033--84811073	20	2.0	20	100	0	82	19	29	0	51	1.47
84817463--84817643	91	2.0	92	81	5	215	44	15	9	30	1.78
84817913--84817957	17	2.6	17	79	6	56	44	6	2	46	1.42
84825884--84825924	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84828574--84828613	19	2.1	19	85	0	53	50	5	0	45	1.23
84828835--84828907	39	1.9	37	83	8	94	54	0	0	45	0.99
84828850--84828908	28	2.1	28	87	0	82	52	0	0	47	1.00
84830865--84830910	22	2.1	22	84	8	58	23	21	17	36	1.94
84840211--84840471	126	2.1	127	88	0	389	34	18	18	28	1.94
84842476--84842528	23	2.3	23	84	9	65	7	15	9	67	1.39
84843446--84843748	141	2.1	141	89	0	462	30	23	16	30	1.96
84843588--84844112	182	2.9	182	92	0	897	28	22	16	32	1.96
84843588--84844070	97	5.2	96	72	15	424	28	21	16	32	1.96
84843852--84844113	44	5.8	43	71	17	194	26	24	18	29	1.98
84843357--84844113	323	2.3	317	82	7	787	28	23	16	31	1.96
84845340--84845525	63	2.9	63	82	7	234	16	18	13	51	1.77
84856714--84856803	29	3.1	28	82	7	110	30	12	27	30	1.93
84860921--84860945	9	2.8	9	100	0	50	80	0	0	20	0.72
84863375--84863698	127	2.6	126	85	3	418	36	18	17	28	1.93
84864537--84864569	9	3.7	9	95	0	57	39	12	18	30	1.87
84864537--84864582	9	5.0	9	89	2	56	39	15	15	30	1.88
84867432--84867470	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
84874738--84874775	19	2.1	19	85	5	51	26	7	2	63	1.35
84875270--84875308	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
84875746--84875859	26	4.1	27	81	9	108	35	21	24	18	1.96
84875771--84875859	26	3.2	27	84	10	110	32	23	24	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84875746--84875859	54	2.1	56	85	6	153	35	21	24	18	1.96
84875965--84876024	27	2.2	28	90	3	95	31	8	28	31	1.86
84881214--84881312	52	1.9	52	81	8	121	30	27	16	26	1.96
84888409--84888510	52	1.9	53	88	2	152	28	29	13	28	1.94
84893005--84893041	2	19.0	2	88	5	58	0	48	0	51	1.00
84896337--84896456	53	2.3	53	94	0	204	28	25	18	27	1.98
84903391--84903541	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
84904662--84904686	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
84908081--84908114	2	17.0	2	93	0	59	0	47	0	52	1.00
84908810--84908846	18	2.0	19	85	15	51	64	2	0	32	1.07
84917441--84917488	22	2.2	21	82	10	53	60	8	6	25	1.49
84918717--84918770	25	2.2	26	80	10	67	0	16	11	72	1.12
84918942--84918967	4	6.5	4	100	0	52	0	0	23	76	0.78
84919261--84919928	44	14.3	44	63	21	159	26	20	17	35	1.95
84919199--84919882	188	3.6	187	80	6	686	26	20	17	36	1.94
84919199--84919884	94	7.3	94	76	7	575	26	20	17	36	1.94
84919873--84920276	94	4.3	94	80	4	408	30	20	18	31	1.96
84919873--84920300	186	2.3	184	81	3	480	30	20	17	31	1.95
84919638--84920112	230	2.1	232	84	4	620	27	21	17	33	1.96
84919877--84920300	93	4.6	94	80	3	403	30	20	17	31	1.95
84926590--84926631	15	2.7	16	79	13	52	14	0	35	50	1.43
84928406--84928621	39	5.5	39	92	1	351	26	28	24	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84928614--84928745	39	3.4	39	91	2	203	25	25	18	30	1.98
84928408--84928661	78	3.2	80	89	3	340	26	27	23	22	1.99
84928404--84928661	117	2.2	119	86	4	380	25	27	24	22	1.99
84928404--84928700	117	2.5	117	83	5	323	26	27	23	22	2.00
84935553--84935592	19	2.1	19	90	0	62	45	12	7	35	1.70
84947042--84947136	47	2.0	47	97	0	181	23	26	17	32	1.97
84953989--84954065	25	3.2	25	72	18	65	22	12	1	63	1.36
84958323--84958541	46	4.9	47	83	10	257	21	24	14	39	1.91
84958367--84958531	84	2.0	84	92	0	276	21	24	16	37	1.93
84964399--84964471	35	2.1	35	97	0	137	19	31	16	32	1.94
84968872--84968998	46	2.7	46	83	1	155	22	21	25	31	1.98
84972592--84972651	30	2.0	30	83	6	77	11	13	15	60	1.60
84975093--84975225	46	2.9	47	84	3	153	21	20	25	32	1.98
84979068--84979128	28	2.2	28	91	5	97	32	29	8	29	1.86
84979234--84979323	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
84979234--84979348	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
84979782--84979820	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
84986842--84986907	29	2.3	29	92	2	107	33	27	7	31	1.85
84987018--84987106	29	3.3	27	75	10	65	22	23	20	33	1.97
84991593--84991710	18	6.6	18	75	3	58	37	18	8	35	1.81
84991655--84991756	18	5.7	18	80	0	114	34	16	16	32	1.92
84991655--84991756	36	2.8	36	86	0	141	34	16	16	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84994076--84994182	18	5.9	18	83	0	124	32	14	16	35	1.90
84994076--84994185	36	3.1	36	90	0	166	32	14	16	36	1.89
84999278--84999309	16	1.9	17	93	6	57	25	28	6	40	1.79
85007697--85007894	53	3.5	53	69	19	159	25	14	21	38	1.91
85007610--85007915	116	2.6	116	95	0	542	24	14	23	37	1.92
85007852--85008035	72	2.5	73	83	4	230	25	14	25	34	1.94
85008275--85008393	57	2.1	56	87	6	170	29	10	16	42	1.82
85008365--85008426	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
85009252--85009289	20	1.9	20	100	0	76	63	31	0	5	1.17
85010873--85010904	8	4.0	8	95	0	55	75	3	0	21	0.95
85012606--85012679	16	4.6	17	69	21	52	71	5	5	17	1.24
85012867--85012935	30	2.6	25	74	23	70	69	1	4	24	1.15
85017323--85017378	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
85017312--85017378	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
85017428--85017508	25	3.3	24	87	5	110	29	17	22	30	1.96
85017428--85017522	25	3.9	23	86	5	91	28	18	22	30	1.97
85017715--85017778	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
85023485--85023623	39	3.6	39	93	0	224	38	23	25	13	1.91
85023562--85023625	18	3.4	18	75	12	65	35	25	26	12	1.91
85030092--85030140	20	2.4	21	86	3	64	22	2	4	71	1.13
85030107--85030151	17	2.8	16	79	3	54	24	0	2	73	0.95
85030092--85030151	17	3.4	16	76	19	50	23	1	3	71	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85030838--85030977	39	3.6	39	87	0	199	38	21	25	14	1.91
85030923--85030980	18	3.0	19	69	14	55	39	20	25	13	1.90
85034142--85034182	14	2.8	15	78	17	50	19	0	0	80	0.71
85037070--85037155	43	2.0	42	84	6	111	26	18	26	27	1.98
85039972--85040030	9	6.6	9	92	0	91	23	8	23	44	1.81
85040652--85040828	50	3.5	50	90	0	273	25	15	28	30	1.96
85041397--85041753	180	2.0	180	90	3	558	40	8	18	32	1.81
85042456--85042569	33	3.5	33	80	2	113	24	38	14	21	1.92
85042456--85042599	66	2.2	66	82	2	164	22	38	15	22	1.92
85058024--85058125	29	3.4	29	68	15	82	40	16	10	32	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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