genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86732613--86732650	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
86732927--86732957	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
86733829--86733874	18	2.7	17	86	6	58	8	6	0	84	0.77
86742364--86742399	18	2.0	18	100	0	72	22	27	5	44	1.75
86743538--86743868	131	2.6	129	86	5	429	35	18	17	29	1.94
86746444--86746483	19	2.1	19	86	9	55	17	5	2	75	1.10
86750757--86750799	18	2.4	18	96	0	77	20	0	32	46	1.51
86750856--86750884	12	2.3	13	94	5	51	51	0	0	48	1.00
86750862--86750940	17	4.4	17	66	17	52	53	1	7	37	1.38
86750829--86750957	55	2.3	55	93	2	215	51	1	10	35	1.46
86753096--86753919	273	3.0	272	89	1	1222	31	21	20	26	1.98
86754891--86755268	131	2.9	129	91	2	598	55	4	4	35	1.40
86754891--86755268	129	2.9	128	91	2	587	55	4	4	35	1.40
86755371--86755434	21	3.0	22	82	11	80	4	17	45	32	1.69
86755679--86755721	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
86759653--86759696	7	6.0	7	86	7	61	59	13	2	25	1.46
86759653--86759696	15	3.0	15	90	9	65	59	13	2	25	1.46
86759653--86759696	22	2.0	23	90	4	72	59	13	2	25	1.46
86760864--86760938	11	6.8	11	92	6	125	38	0	34	26	1.57
86764869--86764924	26	2.2	26	90	0	85	44	3	3	48	1.37
86764876--86764932	26	2.2	26	93	0	96	43	5	3	47	1.43
86770409--86770575	85	2.0	85	89	2	255	32	14	19	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86772210--86772264	11	5.0	11	72	16	51	56	3	1	38	1.28
86772195--86772264	33	2.3	29	85	11	95	55	2	1	40	1.23
86789367--86789560	33	5.9	33	86	4	193	32	20	9	37	1.86
86789351--86789512	66	2.5	65	84	7	213	32	20	9	36	1.86
86789402--86789568	65	2.6	65	79	6	169	31	20	10	37	1.86
86806675--86806725	22	2.4	21	78	9	59	25	21	5	47	1.73
86810459--86810493	15	2.3	15	95	0	61	51	37	5	5	1.50
86812025--86812055	11	2.8	11	100	0	62	45	19	0	35	1.51
86812190--86812335	49	3.0	47	84	8	161	34	8	4	52	1.53
86813517--86813549	16	2.0	17	88	5	50	69	6	18	6	1.30
86813573--86813603	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
86830196--86830268	20	3.8	20	72	20	82	43	26	0	30	1.55
86830210--86830289	38	2.2	36	87	12	112	42	25	0	32	1.55
86830384--86830429	23	2.0	23	86	0	65	47	19	0	32	1.50
86830375--86830431	23	2.6	21	76	10	60	49	22	0	28	1.50
86835253--86835320	35	1.9	35	85	5	93	61	4	4	29	1.35
86835253--86835320	18	4.1	17	75	17	63	61	4	4	29	1.35
86836994--86837180	99	1.9	99	84	0	248	25	23	23	27	2.00
86840091--86840116	12	2.2	12	100	0	52	26	23	15	34	1.94
86850443--86850510	35	1.9	35	85	5	93	61	4	4	29	1.35
86850443--86850510	18	4.1	17	75	17	63	61	4	4	29	1.35
86856155--86856196	19	2.2	19	87	12	59	52	2	0	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86856164--86856204	20	2.1	19	86	4	55	53	4	0	41	1.22
86857028--86857078	18	2.9	17	78	13	50	17	7	0	74	1.05
86859494--86859519	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
86861526--86861579	24	2.2	24	83	6	65	20	24	16	38	1.92
86861546--86861589	19	2.3	19	96	0	79	20	20	18	40	1.91
86865562--86865785	88	2.6	88	90	0	333	29	17	25	27	1.97
86865747--86865837	44	2.1	44	93	0	155	28	17	32	20	1.96
86865819--86865851	14	2.4	14	94	0	57	51	15	18	15	1.77
86865775--86865889	58	2.0	58	96	0	212	32	17	31	19	1.95
86865833--86866393	44	12.8	44	88	0	798	29	16	30	22	1.96
86865747--86866375	88	6.9	102	75	16	320	30	17	31	21	1.96
86867968--86867993	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
86870181--86870206	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
86873612--86873653	9	4.9	9	78	21	54	61	0	38	0	0.96
86873609--86873676	15	4.5	15	80	10	84	58	0	41	0	0.98
86873609--86873676	6	12.2	6	79	17	60	58	0	41	0	0.98
86875450--86875483	14	2.4	14	100	0	68	35	14	5	44	1.70
86876620--86876840	62	3.6	62	95	0	397	49	8	6	36	1.58
86879750--86879810	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
86882603--86882649	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
86882910--86883175	46	6.0	46	86	7	352	21	24	15	38	1.92
86883089--86883164	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86887568--86887633	19	3.5	19	74	0	60	13	10	16	59	1.61
86904924--86905333	73	5.5	75	85	5	496	31	17	20	30	1.96
86906150--86906205	18	3.4	18	68	27	61	25	48	7	19	1.74
86906148--86906225	30	2.6	30	95	0	138	26	47	6	19	1.73
86906754--86906906	25	6.0	25	74	11	96	32	6	4	56	1.46
86906835--86906942	22	4.9	22	70	15	71	30	6	5	57	1.47
86906884--86906942	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
86909660--86909721	28	2.3	26	88	5	88	66	1	1	30	1.11
86915942--86915996	5	11.0	5	76	7	58	43	0	3	52	1.18
86916400--86916441	5	8.4	5	89	10	68	38	0	0	61	0.96
86916984--86917008	11	2.3	11	100	0	50	52	0	20	28	1.47
86917309--86917484	77	2.3	75	81	12	186	40	1	19	38	1.59
86917811--86917896	21	4.1	21	83	3	111	19	22	23	34	1.96
86920219--86920282	32	2.0	32	100	0	128	46	21	6	25	1.74
86923257--86923310	27	2.0	26	82	10	65	38	0	11	50	1.38
86935295--86935337	21	2.0	21	81	0	50	37	2	4	55	1.33
86938591--86938633	21	2.0	21	86	0	59	25	4	6	62	1.40
86939161--86939208	21	2.2	21	85	3	60	35	0	14	50	1.44
86940663--86940721	30	1.9	31	86	3	84	50	1	16	30	1.55
86946438--86946959	132	4.0	132	78	4	471	35	17	18	28	1.94
86946449--86946957	264	1.9	264	78	2	547	34	18	18	28	1.94
86949736--86950035	44	6.8	44	90	2	424	25	29	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86953550--86953642	23	3.8	23	74	16	80	16	4	34	45	1.67
86953523--86953606	28	3.0	28	89	1	123	20	3	29	46	1.67
86953823--86953883	21	2.8	21	75	5	59	18	26	24	31	1.97
86969003--86969282	131	2.1	132	81	4	325	33	19	19	26	1.96
86978932--86978967	8	4.5	8	100	0	72	0	13	50	36	1.43
86982467--86982711	132	1.9	132	89	1	384	33	16	19	31	1.94
86985029--86985103	5	14.8	5	69	22	50	1	20	4	74	1.05
86985022--86985084	26	2.7	22	71	19	56	1	23	3	71	1.09
86985030--86985102	26	3.0	26	78	11	75	1	20	4	73	1.06
86985271--86985295	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
86993286--86993425	47	2.9	46	82	4	136	30	27	12	30	1.93
86993427--86993513	31	2.8	31	92	0	138	28	27	16	27	1.97
86993533--86993715	50	3.7	50	96	0	339	26	20	16	36	1.94
87009976--87010066	37	2.4	39	80	15	102	63	1	4	30	1.21
87011484--87011517	7	4.9	7	96	0	59	11	41	29	17	1.85
87012730--87012780	20	2.3	23	83	12	63	41	0	1	56	1.10
87014240--87014278	20	2.0	20	89	0	60	58	0	5	35	1.20
87024087--87024116	14	2.1	14	100	0	60	36	6	16	40	1.75
87026028--87026123	50	1.9	50	86	0	138	31	23	15	29	1.96
87031524--87031592	34	2.0	34	94	0	120	49	4	18	27	1.67
87042231--87042266	13	2.8	13	91	4	56	52	2	0	44	1.15
87049533--87049591	24	2.5	24	100	0	118	6	20	3	69	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87049986--87050134	56	2.7	55	86	10	221	46	14	6	32	1.69
87050061--87050085	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
87057151--87057179	14	2.0	15	93	6	51	62	3	13	20	1.46
87057282--87057332	19	2.7	19	70	11	50	58	0	19	21	1.39
87058826--87058994	93	1.8	93	83	5	225	27	20	18	33	1.96
87060304--87060974	47	14.3	47	93	0	1099	28	28	8	35	1.86
87060802--87060877	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
87063440--87063691	44	5.6	44	71	14	167	27	20	19	32	1.97
87063424--87063881	138	3.3	138	77	4	417	28	19	19	32	1.97
87064404--87064477	37	2.0	37	97	0	139	51	17	10	20	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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