genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6427612--6428249	194	3.3	190	92	3	1073	32	8	29	29	1.87
6430014--6430296	44	6.4	44	88	0	440	26	15	30	27	1.96
6434169--6434215	23	2.0	25	83	8	62	38	2	25	34	1.68
6435353--6435397	23	2.0	23	82	8	56	13	37	31	17	1.89
6437212--6437257	19	2.5	19	85	3	67	76	2	4	17	1.06
6437212--6437263	6	8.5	6	78	4	59	76	1	3	17	1.02
6439794--6439854	30	2.0	30	90	0	95	14	27	36	21	1.93
6441860--6442016	3	53.3	3	67	25	70	60	0	4	34	1.21
6441860--6441958	5	18.6	5	75	14	83	61	0	3	35	1.11
6441851--6442017	65	2.6	65	76	11	173	60	1	4	34	1.24
6441948--6442020	26	2.8	26	72	14	69	60	1	5	32	1.28
6443485--6444101	45	14.0	45	64	17	229	27	26	15	31	1.95
6443640--6444051	90	4.6	90	91	0	626	27	27	15	30	1.96
6443485--6444051	180	3.2	179	87	2	765	27	26	15	30	1.96
6456064--6456106	22	2.0	22	86	9	61	48	2	2	46	1.27
6456132--6456230	5	18.6	5	79	11	99	61	1	3	34	1.18
6458645--6458674	3	10.3	3	92	7	53	70	0	0	30	0.88
6458645--6458676	11	2.8	11	95	4	55	71	0	0	28	0.86
6458645--6458678	14	2.4	14	90	9	52	73	0	0	26	0.83
6458769--6458814	24	1.9	24	86	0	65	71	0	4	23	1.03
6458818--6458847	4	7.5	4	100	0	60	50	0	0	50	1.00
6458849--6458900	22	2.5	20	85	11	77	75	1	0	23	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6458950--6459051	30	3.4	30	95	0	186	16	28	37	17	1.92
6463650--6463871	45	5.0	45	78	7	213	24	17	24	33	1.96
6475163--6475246	26	3.2	26	96	0	150	34	5	23	35	1.80
6476866--6477007	27	5.3	27	89	2	187	16	23	23	36	1.94
6476866--6477007	54	2.6	54	90	4	207	16	23	23	36	1.94
6486094--6486118	13	1.9	13	100	0	50	0	16	16	68	1.22
6493413--6493446	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
6494791--6495031	120	2.0	120	90	1	385	43	13	15	26	1.84
6496850--6496895	20	2.3	20	92	0	83	17	19	19	43	1.88
6499087--6499130	20	2.2	20	91	0	70	43	15	25	15	1.87
6508430--6508473	22	2.0	22	82	8	54	45	25	0	29	1.54
6515424--6515476	26	2.0	26	92	0	88	22	15	22	39	1.91
6517203--6517251	24	2.0	24	100	0	98	61	16	6	16	1.53
6518454--6518504	23	2.2	23	86	6	68	39	7	15	37	1.77
6518635--6518687	19	2.9	19	81	13	67	60	3	0	35	1.15
6524235--6524342	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
6524230--6524342	30	3.8	30	88	4	174	45	7	23	24	1.77
6524231--6524351	60	2.0	60	93	3	208	44	6	23	25	1.77
6528925--6529039	15	7.7	15	71	12	94	44	6	22	26	1.78
6528918--6529034	30	3.9	30	97	0	207	45	6	23	24	1.77
6535028--6535087	22	2.6	23	81	7	68	25	21	28	25	1.99
6535041--6535083	22	1.9	23	95	4	79	23	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6535938--6535977	21	2.0	21	90	5	64	15	12	0	72	1.12
6536553--6536611	29	2.1	28	81	9	66	54	15	5	25	1.61
6537238--6537671	153	2.9	150	84	9	552	41	3	9	45	1.55
6538241--6538271	10	2.9	11	90	9	55	19	6	0	74	1.03
6539638--6539684	20	2.3	20	79	13	53	59	0	4	36	1.17
6539639--6539701	11	6.0	11	73	15	53	60	0	3	36	1.13
6540863--6540939	38	2.0	38	94	0	136	25	16	19	37	1.93
6540875--6540964	38	2.4	38	80	14	107	25	17	18	37	1.93
6544272--6544320	20	2.5	20	76	6	55	57	0	4	38	1.18
6549604--6549657	24	2.2	24	83	6	65	37	29	3	29	1.75
6555279--6555338	29	2.1	29	100	0	120	26	30	11	31	1.92
6562396--6562436	20	2.0	20	100	0	82	48	19	0	31	1.49
6563419--6563572	42	3.6	42	73	11	123	30	24	17	27	1.97
6563450--6563559	44	2.6	42	78	9	116	31	25	18	24	1.97
6563396--6563559	86	1.9	85	83	3	213	29	26	18	25	1.98
6567908--6567969	29	2.1	29	84	0	79	29	32	19	19	1.96
6568983--6569083	41	2.5	40	87	4	132	32	27	13	25	1.94
6577671--6577713	21	2.0	21	95	0	77	34	16	13	34	1.88
6582007--6582075	25	2.8	25	93	0	120	47	18	14	18	1.82
6583103--6583207	23	4.8	22	78	12	110	39	22	21	16	1.92
6583112--6583172	21	2.8	21	80	9	61	36	24	22	16	1.94
6585820--6585845	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6595650--6595726	28	2.8	28	91	0	127	28	28	14	28	1.95
6595713--6595848	40	3.4	40	87	6	186	31	27	17	23	1.97
6601335--6601390	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
6601333--6601411	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
6601333--6601404	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
6601693--6601728	18	1.9	19	88	5	56	30	0	0	69	0.89
6610369--6610820	78	5.6	78	85	6	545	31	18	24	25	1.97
6610682--6610902	90	2.4	91	82	8	272	30	17	25	26	1.97
6610682--6610904	45	4.9	45	77	9	211	30	17	25	26	1.97
6611259--6611356	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
6611259--6611349	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
6611259--6611372	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
6611637--6611673	18	2.0	19	89	5	58	32	0	0	67	0.91
6615774--6615830	29	2.0	29	96	0	105	22	19	10	47	1.80
6623836--6623887	20	2.5	21	81	6	70	63	1	0	34	1.06
6623845--6623899	20	2.8	20	81	10	69	60	1	0	38	1.08
6623845--6623898	19	2.8	19	83	5	65	59	1	0	38	1.08
6623917--6623995	9	8.0	9	78	15	59	67	2	3	26	1.21
6623963--6623998	9	4.0	9	100	0	72	66	0	11	22	1.22
6624721--6624830	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
6632044--6632068	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
6640658--6640701	6	7.3	6	84	0	52	20	2	38	38	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6653023--6653047	10	2.5	10	100	0	50	56	0	0	44	0.99
6658050--6658090	11	3.6	11	80	6	55	31	0	4	63	1.15
6658589--6658616	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
6658892--6658996	56	1.9	55	86	5	149	39	1	14	44	1.56
6659014--6659038	11	2.3	11	100	0	50	52	8	0	40	1.31
6659367--6659400	15	2.3	15	89	0	50	41	14	17	26	1.88
6669500--6669769	46	5.9	45	82	3	270	41	14	22	21	1.90
6669511--6669764	91	2.8	92	82	2	278	40	15	22	20	1.90
6672230--6672282	21	2.5	21	87	0	79	32	35	9	22	1.86
6679735--6679782	24	2.0	24	100	0	96	16	33	25	25	1.96
6679949--6680073	33	3.7	34	75	11	105	40	0	16	43	1.53
6680164--6680412	126	2.0	126	88	1	374	37	14	17	30	1.90
6683402--6683458	25	2.3	23	78	18	62	52	3	1	42	1.28
6683855--6683897	18	2.4	18	80	0	50	39	11	25	23	1.88
6691050--6691082	13	2.4	14	90	10	50	42	3	15	39	1.62
6697527--6697715	19	10.2	18	75	15	93	48	15	17	17	1.81
6697536--6697719	6	29.8	6	75	15	162	48	14	19	17	1.81
6697536--6697719	25	7.5	24	81	8	162	48	14	19	17	1.81
6697550--6697719	37	4.6	37	82	8	138	47	15	18	18	1.83
6697553--6697719	62	2.7	62	93	0	280	47	15	19	17	1.83
6697559--6697691	19	6.8	19	75	19	130	47	15	19	17	1.83
6697946--6697997	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6698242--6698498	27	9.3	27	82	7	291	22	20	19	36	1.95
6698395--6698472	35	2.2	35	100	0	156	16	19	23	41	1.90
6698483--6698990	27	18.8	26	79	7	93	31	8	21	38	1.84
6698534--6698976	81	5.5	81	83	1	467	30	9	20	39	1.84
6698590--6698983	27	14.6	27	85	0	484	31	8	20	39	1.83
6698591--6698983	54	7.3	54	88	1	547	31	8	20	39	1.83
6704566--6704634	34	2.0	34	94	0	120	36	15	13	34	1.87
6710820--6711013	44	4.3	47	71	16	138	23	22	19	35	1.96
6710768--6711013	134	1.8	134	91	0	402	26	22	17	34	1.96
6710768--6710942	44	3.9	44	71	12	117	27	24	16	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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