genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69950431--69950463	17	1.9	17	88	11	50	24	33	6	36	1.80
69950746--69950780	17	2.0	18	88	5	54	25	25	22	25	2.00
69952807--69953132	161	2.0	162	94	0	573	32	19	17	30	1.95
69954597--69954653	21	2.8	21	73	21	50	49	14	0	36	1.43
69956920--69956950	14	2.2	14	94	0	53	22	29	22	25	1.99
69958630--69958724	35	2.7	35	85	0	109	27	18	15	37	1.92
69967277--69967327	21	2.4	21	80	3	57	27	27	29	15	1.96
69977084--69977299	46	4.7	46	82	8	235	28	18	29	23	1.98
69979004--69979035	14	2.3	14	100	0	64	15	6	43	34	1.72
69985999--69986024	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
69992155--69992286	47	2.8	47	77	10	126	28	18	28	25	1.98
69994150--69994253	27	3.9	27	82	12	124	17	24	21	37	1.94
69994150--69994260	54	2.1	54	87	3	161	17	23	21	37	1.93
70000566--70000739	46	3.7	47	83	6	194	28	18	28	24	1.98
70002169--70002207	16	2.3	18	86	8	55	74	0	0	25	0.82
70008092--70008116	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
70009082--70009122	20	2.0	20	95	0	73	39	34	7	19	1.80
70010147--70010248	50	2.0	50	96	0	186	40	19	1	38	1.63
70010151--70010238	27	3.4	27	69	19	80	42	21	1	35	1.61
70012820--70012965	37	4.0	37	88	4	206	17	12	29	41	1.85
70016493--70016529	16	2.3	16	90	0	56	43	5	13	37	1.67
70021180--70021441	39	6.7	39	88	2	382	29	29	22	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70021514--70021586	28	2.6	28	86	0	110	28	23	9	38	1.86
70026870--70026999	55	2.4	55	82	2	154	16	28	29	26	1.97
70037589--70037757	49	3.6	49	80	4	168	26	26	20	26	1.99
70040004--70040067	26	2.5	26	82	5	85	39	12	14	34	1.83
70048043--70048109	25	2.7	25	83	0	80	25	16	25	32	1.96
70053939--70053975	18	2.1	18	90	10	58	27	2	5	64	1.28
70053984--70054019	18	1.9	19	88	5	56	50	0	0	50	1.00
70056368--70056476	46	2.4	45	81	7	123	26	31	17	24	1.97
70056408--70056570	46	3.5	46	69	15	120	25	30	17	26	1.97
70062943--70062967	13	1.9	13	100	0	50	4	32	40	24	1.73
70065405--70065582	40	4.5	39	83	6	207	24	21	26	27	1.99
70065407--70065564	80	2.0	80	87	7	232	24	18	27	29	1.98
70065810--70065851	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
70073220--70073398	46	3.8	49	78	14	198	30	28	20	21	1.98
70073227--70073398	93	1.8	93	91	0	281	29	28	20	21	1.98
70076190--70076326	40	3.5	39	89	5	204	24	23	27	24	2.00
70076554--70076595	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
70078559--70078699	51	2.8	49	80	4	174	26	27	20	24	1.99
70080988--70081108	46	2.7	44	87	7	154	23	31	19	25	1.98
70082345--70083291	510	1.9	511	95	0	1707	33	14	17	33	1.91
70087184--70087231	23	2.1	23	84	0	60	47	14	18	18	1.82
70089681--70089730	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70089701--70089759	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
70090465--70090503	18	2.1	18	85	4	51	48	7	0	43	1.31
70091102--70091130	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
70096963--70096995	3	11.0	3	93	0	57	30	0	36	33	1.58
70105208--70105449	120	2.0	120	97	0	457	38	17	9	34	1.83
70106352--70106593	120	2.0	120	98	0	466	38	17	10	33	1.84
70107496--70107738	120	2.0	120	97	0	459	38	16	9	34	1.82
70109126--70109208	21	4.0	21	79	0	103	39	19	26	14	1.90
70114339--70114384	19	2.4	19	85	7	58	21	23	10	43	1.84
70118317--70118361	22	2.0	24	83	16	60	33	20	8	37	1.83
70118235--70118420	64	2.9	64	94	0	309	32	17	12	37	1.88
70118499--70119387	89	10.2	87	81	5	870	34	19	23	22	1.97
70118488--70119362	176	5.0	174	80	6	973	34	20	23	22	1.97
70118841--70118981	43	3.3	43	64	16	103	37	19	21	20	1.94
70118488--70119385	350	2.6	348	86	3	1207	33	19	23	22	1.97
70118534--70119196	44	15.1	44	62	16	169	33	19	23	23	1.97
70127886--70128400	131	3.9	132	77	7	408	35	17	17	29	1.93
70129223--70129253	14	2.2	14	100	0	62	41	6	12	38	1.69
70129280--70129319	21	2.0	20	85	5	53	47	0	12	40	1.41
70131072--70131111	19	2.1	19	85	0	53	15	2	2	80	0.93
70131458--70131888	132	3.3	132	92	0	702	28	23	19	29	1.98
70143397--70143860	131	3.6	130	75	9	372	36	18	18	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70143624--70143871	130	1.9	131	87	0	363	35	16	18	28	1.93
70144760--70144799	21	2.0	20	90	5	62	50	0	10	40	1.36
70146544--70146587	18	2.4	18	80	0	52	15	4	4	75	1.14
70154162--70154201	16	2.5	16	87	0	53	32	5	5	57	1.42
70159508--70159566	29	2.0	29	86	0	82	42	0	8	49	1.33
70159547--70159596	23	2.2	23	85	7	66	48	2	0	50	1.12
70174223--70174253	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
70174378--70174441	30	2.1	30	91	5	103	59	14	4	21	1.53
70176052--70176127	31	2.4	32	76	4	84	32	5	13	48	1.64
70176313--70176426	60	1.9	60	85	3	158	48	15	12	23	1.79
70176313--70176449	60	2.3	59	81	6	150	49	13	12	24	1.77
70182363--70182400	17	2.3	17	86	4	51	60	0	10	28	1.30
70184392--70184941	286	1.9	286	91	0	895	35	22	16	26	1.94
70186801--70186919	46	2.5	46	82	5	123	22	27	19	30	1.98
70189668--70189838	47	3.7	47	77	8	179	29	17	28	24	1.97
70189664--70189841	94	1.9	94	87	2	259	29	17	28	24	1.98
70197971--70211228	8	1647.4	8	86	4	15362	14	1	35	47	1.56
70215636--70215692	25	2.3	25	78	6	62	33	12	15	38	1.85
70220322--70220380	29	2.0	29	96	0	109	40	16	15	27	1.89
70222477--70222511	16	2.1	16	89	5	52	34	34	8	22	1.85
70222543--70222595	16	3.3	16	71	10	54	43	18	3	33	1.68
70222782--70222992	117	1.8	117	92	0	359	22	10	22	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70224326--70224350	12	2.1	12	100	0	50	60	0	24	16	1.36
70229091--70229194	42	2.5	42	84	4	111	34	23	17	25	1.96
70229115--70229194	42	1.9	42	89	0	124	33	25	15	26	1.95
70232438--70232616	85	2.1	85	100	0	358	37	8	27	26	1.85
70233782--70233964	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
70233783--70233966	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
70233835--70233999	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
70240416--70240594	85	2.1	85	100	0	358	37	8	27	26	1.85
70241759--70241941	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
70241760--70241943	40	4.6	39	82	9	203	23	22	28	25	1.99
70241812--70241976	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
70243837--70243861	13	1.9	13	100	0	50	56	16	12	16	1.68
70263098--70263220	49	2.5	49	80	5	124	26	17	29	26	1.97
70263091--70263367	142	2.0	142	80	7	321	26	17	29	26	1.97
70264435--70264485	3	17.0	3	100	0	102	0	33	0	66	0.92
70265655--70266552	448	2.0	448	99	0	1760	31	14	19	34	1.92
70270254--70270329	32	2.3	32	88	2	116	27	3	17	51	1.63
70271853--70271879	14	1.9	14	100	0	54	40	22	0	37	1.54
70272336--70272376	22	1.9	22	90	5	66	9	43	26	19	1.82
70281848--70282066	49	4.6	48	70	13	173	29	20	28	21	1.98
70282206--70282261	16	3.5	16	87	0	85	33	5	30	30	1.80
70282243--70282336	44	2.1	46	88	4	138	32	5	26	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70286810--70286868	27	2.2	27	87	6	84	67	5	1	25	1.20
70286810--70286880	27	2.6	28	78	10	83	67	5	1	25	1.20
70288407--70288443	13	2.6	14	91	8	58	45	0	40	13	1.43
70291515--70291561	17	2.7	17	83	3	58	74	0	4	21	0.99
70295358--70295419	23	2.7	23	75	12	63	74	8	3	14	1.18
70295409--70295433	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
70297318--70297362	23	2.0	23	90	0	72	24	11	26	37	1.89
70297319--70297368	23	2.2	23	85	0	64	28	10	24	38	1.87
70299866--70299916	12	4.2	12	82	0	57	11	15	49	23	1.78
70308177--70308208	15	2.1	15	100	0	64	28	40	12	18	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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