genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86485774--86485816	16	2.7	16	85	0	59	32	32	4	30	1.78
86485971--86486041	16	4.4	16	87	0	88	36	5	28	29	1.80
86486018--86486131	44	2.7	40	76	20	115	32	4	25	37	1.76
86486806--86486862	16	3.4	16	71	21	53	49	5	7	38	1.53
86492472--86492606	16	7.7	16	72	21	101	35	28	20	15	1.93
86492472--86492626	54	2.9	54	95	0	274	36	28	19	15	1.92
86494170--86494210	16	2.6	16	84	0	55	51	0	0	48	1.00
86495119--86495145	13	2.1	13	100	0	54	14	25	37	22	1.93
86498100--86498230	51	2.6	51	91	0	208	27	20	16	35	1.94
86500815--86500920	18	5.9	18	74	4	97	33	15	16	34	1.89
86500839--86500920	36	2.3	36	85	4	112	31	17	15	35	1.91
86502172--86502221	19	2.7	19	81	9	59	0	34	2	64	1.05
86502238--86502276	19	2.2	18	86	9	53	5	15	2	76	1.06
86502440--86502471	16	2.0	16	93	0	55	53	3	0	43	1.16
86503501--86503677	90	2.0	90	88	2	266	27	21	22	28	1.99
86504698--86504837	57	2.4	58	89	3	203	32	20	18	29	1.96
86506490--86506520	12	2.6	12	94	0	53	29	29	9	32	1.89
86507295--86507449	21	7.3	21	81	5	170	45	16	22	14	1.84
86511848--86511878	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
86514629--86514686	24	2.5	24	80	11	75	58	0	3	37	1.15
86518715--86518787	20	3.8	20	77	18	91	31	0	24	43	1.54
86519327--86519708	126	3.0	125	84	2	496	35	16	17	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86521894--86521975	43	1.9	43	94	0	146	21	10	29	37	1.88
86522963--86523002	21	1.9	21	84	0	53	7	15	45	32	1.74
86523244--86523285	18	2.3	18	91	0	66	42	7	28	21	1.79
86524881--86525016	48	2.8	48	84	5	150	54	5	8	31	1.53
86524881--86525016	49	2.8	48	81	9	154	54	5	8	31	1.53
86525149--86525191	11	3.9	11	93	0	77	44	0	18	37	1.50
86525149--86525198	22	2.4	20	90	6	73	44	0	18	38	1.50
86525148--86525212	11	6.1	10	81	12	60	44	1	16	36	1.58
86525149--86525214	32	2.0	33	85	8	91	43	1	16	37	1.57
86527237--86527280	18	2.4	18	96	0	79	47	18	0	34	1.49
86527926--86528000	25	3.0	25	70	3	62	36	16	24	24	1.94
86528203--86528248	24	1.9	24	86	0	65	30	17	28	23	1.97
86532647--86532682	17	2.1	17	89	0	54	61	0	8	30	1.26
86541829--86541854	3	8.7	3	100	0	52	0	69	30	0	0.89
86543190--86543214	5	5.0	5	100	0	50	20	20	20	40	1.92
86544518--86544553	14	2.7	13	87	8	54	36	0	0	63	0.94
86544518--86544548	14	2.3	14	94	5	55	32	0	0	67	0.91
86549787--86549821	18	1.9	18	88	11	54	20	0	22	57	1.41
86550431--86550515	42	2.1	42	82	6	104	23	17	23	35	1.95
86550446--86550566	41	2.9	43	84	6	151	21	19	24	33	1.97
86550446--86550550	42	2.5	42	87	4	142	24	18	22	34	1.96
86552600--86552639	20	2.0	21	90	5	64	0	27	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86552947--86553029	3	26.7	3	69	11	51	30	4	3	61	1.34
86552934--86552976	22	2.0	22	81	9	52	23	4	0	72	1.04
86555654--86555687	5	6.8	5	96	0	59	82	2	14	0	0.79
86556534--86556591	30	1.9	30	85	0	80	27	32	22	17	1.96
86556887--86556928	19	2.2	19	100	0	84	4	7	14	73	1.21
86561242--86561506	39	6.8	39	90	0	404	23	27	24	23	2.00
86583136--86583173	20	1.9	20	84	10	51	42	10	0	47	1.38
86583661--86583701	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
86584845--86584875	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
86587891--86587982	39	2.3	39	81	9	107	54	6	2	36	1.39
86592446--86592477	13	2.5	13	94	0	55	87	12	0	0	0.54
86594960--86595001	21	2.0	21	85	4	57	28	2	11	57	1.47
86596183--86596209	4	6.8	4	100	0	54	48	25	0	25	1.52
86598279--86598325	24	2.0	24	95	0	85	36	12	12	38	1.82
86601171--86601207	15	2.5	15	91	4	58	0	16	0	83	0.64
86608026--86608074	23	2.1	23	96	0	89	36	6	8	48	1.58
86618843--86618872	15	1.9	16	93	6	53	66	16	6	10	1.41
86621563--86621659	40	2.4	40	84	0	131	30	13	22	32	1.93
86622078--86622150	29	2.5	29	82	4	85	31	23	5	39	1.77
86622776--86622826	20	2.5	21	83	3	59	33	0	5	60	1.21
86624137--86624171	15	2.4	15	85	4	54	34	0	2	62	1.10
86627362--86627408	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86637023--86637066	17	2.4	18	81	7	54	43	9	0	47	1.35
86652231--86652671	3	148.3	3	65	16	66	62	3	8	26	1.39
86652235--86652279	17	2.6	18	89	6	67	60	4	6	28	1.42
86652464--86652525	28	2.2	28	82	5	72	66	3	6	24	1.30
86652455--86652512	28	2.0	28	83	6	71	67	1	8	22	1.27
86652780--86652868	43	2.1	43	95	0	160	41	16	23	17	1.90
86654356--86654816	44	10.6	44	72	7	323	20	22	20	36	1.95
86654302--86654857	87	6.4	87	83	3	618	19	22	21	36	1.95
86654929--86655056	64	2.0	64	92	0	211	37	13	17	31	1.89
86663195--86663247	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
86664719--86664776	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
86668957--86669009	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
86670484--86670567	26	3.2	26	96	0	150	35	25	5	33	1.80
86671177--86671210	17	1.9	18	88	5	52	67	0	11	20	1.21
86671475--86671902	3	144.3	3	65	16	101	61	3	7	27	1.38
86671472--86671513	20	2.1	20	86	0	57	61	2	4	30	1.29
86671471--86671510	14	3.2	13	83	16	57	62	2	5	30	1.29
86671475--86671561	23	3.7	22	71	20	61	60	1	8	29	1.32
86671694--86671755	28	2.2	28	82	5	72	66	3	6	24	1.30
86671685--86671742	28	2.0	28	83	6	71	67	1	8	22	1.27
86671762--86671835	38	1.9	39	83	2	96	64	2	6	25	1.31
86672011--86672099	43	2.1	43	100	0	178	42	17	22	16	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86681399--86681431	4	8.2	4	100	0	66	75	0	24	0	0.80
86685765--86685808	20	2.1	21	87	4	63	22	4	2	70	1.17
86687936--86688026	27	3.4	27	84	1	121	28	21	7	41	1.81
86688030--86688156	54	2.4	54	81	5	150	40	21	9	28	1.84
86688030--86688181	27	5.6	27	79	7	132	42	20	9	27	1.82
86688058--86688182	54	2.3	54	84	2	153	42	20	8	28	1.80
86688193--86688244	27	1.9	27	84	7	70	40	11	11	36	1.78
86688285--86688357	26	2.7	27	77	8	78	36	21	20	20	1.95
86688298--86688361	27	2.4	26	84	2	83	34	20	25	20	1.96
86689150--86689219	25	2.8	25	86	0	95	25	24	24	25	2.00
86689176--86689246	25	2.9	24	80	14	74	28	22	22	26	1.99
86694609--86694662	6	8.8	6	79	4	54	14	3	5	75	1.12
86694612--86694671	19	3.1	19	83	7	68	11	6	6	75	1.19
86695769--86695832	32	2.0	32	100	0	128	34	18	12	34	1.89
86698636--86698686	16	3.2	17	83	8	54	58	3	1	35	1.28
86699423--86699485	19	3.2	20	73	13	69	41	0	1	57	1.08
86699483--86699568	32	2.7	31	82	3	118	55	11	6	25	1.60
86703161--86703210	4	12.5	4	95	0	73	32	0	0	68	0.90
86707216--86707307	47	1.9	49	91	4	152	31	2	3	63	1.23
86710540--86710576	16	2.3	16	95	0	65	0	37	8	54	1.30
86721740--86721796	16	3.5	18	73	22	54	40	0	3	56	1.17
86723043--86723080	13	3.1	12	82	17	51	18	0	2	78	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86723043--86723080	6	6.2	6	85	14	51	18	0	2	78	0.86
86723045--86723088	20	2.2	20	84	4	54	18	4	4	72	1.19
86723137--86723223	22	4.0	21	71	17	70	18	8	0	73	1.07
86723137--86723233	21	4.5	20	73	19	63	18	8	1	72	1.16
86723871--86724259	131	3.0	131	96	0	697	36	19	16	27	1.93
86725108--86725148	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
86725376--86725416	9	4.6	9	87	0	55	53	12	9	24	1.68
86726910--86727020	45	2.5	46	84	8	140	28	22	22	26	1.99
86727116--86727253	44	3.1	44	62	13	111	20	26	18	34	1.96
86726991--86727477	89	5.5	88	81	3	523	23	25	20	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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