genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.300.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97649265--97649316	17	3.3	16	72	22	56	19	1	50	28	1.58
97649573--97650094	133	3.9	131	90	2	738	26	22	21	29	1.99
97650067--97650163	45	2.2	45	82	0	113	26	23	19	29	1.98
97650047--97650727	176	3.9	172	85	4	735	30	22	18	29	1.97
97650065--97650727	352	1.9	352	87	2	974	30	22	17	29	1.96
97651957--97651991	14	2.6	13	90	4	52	2	8	5	82	0.91
97652055--97652098	18	2.4	18	88	7	63	4	13	4	77	1.08
97654809--97654866	27	2.1	29	87	6	84	48	10	18	22	1.78
97656869--97656970	3	34.0	3	71	14	52	62	1	4	30	1.27
97657333--97657411	30	2.6	30	89	0	122	20	3	44	31	1.69
97657355--97657404	17	3.2	17	72	21	63	18	2	50	30	1.58
97661587--97661617	16	1.9	16	100	0	62	19	12	6	61	1.53
97669935--97669971	14	2.4	17	86	13	53	48	0	0	51	1.00
97670121--97670171	14	3.6	14	74	7	50	68	0	13	17	1.21
97670160--97670193	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
97671065--97671141	27	3.1	25	78	14	70	38	0	24	36	1.56
97671065--97671122	23	2.5	24	80	11	66	39	0	24	36	1.55
97671285--97671380	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
97677109--97677176	33	2.1	33	83	5	84	30	16	11	41	1.84
97682956--97683180	114	2.0	114	90	0	351	35	15	13	35	1.87
97692372--97692397	13	2.0	13	100	0	52	23	23	30	23	1.99
97695048--97695108	31	2.0	31	96	0	113	34	6	26	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97704277--97704310	17	1.9	18	88	5	52	76	0	20	2	0.92
97727290--97727338	18	2.7	18	75	6	55	59	0	2	38	1.09
97727342--97727390	23	2.1	23	85	7	64	42	0	2	55	1.11
97733500--97733557	28	2.1	28	100	0	116	41	10	6	41	1.66
97744618--97744680	13	4.8	13	76	0	54	41	6	15	36	1.73
97744615--97744678	26	2.5	26	73	0	65	40	6	15	37	1.73
97744839--97744886	22	2.3	21	80	13	55	41	0	8	50	1.33
97750478--97750511	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
97753309--97753349	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
97755253--97755286	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
97766131--97766161	15	2.1	15	100	0	62	67	6	12	12	1.40
97767082--97767213	69	1.9	68	96	1	246	27	11	23	37	1.89
97768442--97768595	43	3.6	43	94	1	265	29	32	25	12	1.92
97768588--97768662	38	2.0	38	86	0	105	30	26	21	21	1.98
97768629--97768688	26	2.3	27	88	2	86	31	21	23	23	1.98
97768661--97768746	38	2.3	38	86	6	113	34	25	17	22	1.95
97773098--97773167	24	2.9	24	78	4	61	40	21	21	17	1.92
97773098--97773145	24	2.0	25	83	4	62	41	22	20	14	1.89
97780469--97780537	21	3.4	21	71	15	72	36	1	7	55	1.37
97780524--97780554	15	2.1	14	94	5	53	35	3	6	54	1.42
97780869--97780901	14	2.4	14	85	15	50	72	15	12	0	1.12
97781938--97781982	23	2.0	23	83	8	58	11	6	44	37	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97787755--97787885	45	2.9	44	88	4	190	25	23	26	24	2.00
97795933--97795966	17	2.1	17	88	5	52	50	5	5	38	1.51
97797183--97797255	32	2.3	32	83	9	96	56	8	4	31	1.48
97797314--97797349	16	2.1	18	90	10	58	44	0	0	55	0.99
97807026--97807068	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
97807033--97807073	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
97807431--97807498	30	2.3	30	79	2	75	30	11	14	42	1.82
97808070--97808129	27	2.2	27	82	5	77	36	0	10	53	1.35
97808084--97808141	28	2.1	28	96	0	107	34	0	8	56	1.30
97808145--97808200	20	2.9	19	80	17	62	25	0	1	73	0.93
97808144--97808201	21	2.9	20	85	12	75	24	0	1	74	0.92
97816138--97816176	20	2.0	20	85	10	53	33	0	10	56	1.33
97816120--97816290	66	2.6	66	85	3	220	31	1	12	53	1.49
97817276--97817505	79	2.9	79	88	3	333	30	23	15	31	1.95
97817490--97817565	40	1.9	40	86	0	107	39	19	9	31	1.83
97820945--97821033	44	2.0	44	82	4	108	37	24	19	19	1.94
97822528--97822553	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
97822625--97822694	10	6.9	10	73	20	56	42	0	2	54	1.15
97822625--97822697	11	7.1	11	79	13	68	43	0	2	53	1.15
97823064--97823104	20	2.0	21	85	4	57	26	12	0	60	1.31
97824661--97824714	20	2.7	20	76	0	54	37	14	18	29	1.91
97825056--97825107	19	2.7	20	75	16	56	57	0	1	40	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97825275--97825304	11	2.9	10	90	9	51	43	0	0	56	0.99
97825363--97825419	30	1.9	30	96	0	105	24	22	1	50	1.58
97825366--97825415	15	3.3	15	71	20	50	26	24	2	48	1.62
97830687--97830890	96	2.1	97	80	8	229	40	1	17	40	1.60
97830977--97831389	126	3.3	126	92	1	675	33	18	20	27	1.96
97834328--97834879	116	4.8	116	94	0	957	46	9	3	40	1.53
97834791--97834965	84	2.1	86	94	3	311	50	8	4	37	1.50
97837230--97837279	20	2.4	22	86	10	77	40	0	30	30	1.57
97837230--97837281	11	4.9	11	83	9	72	42	0	28	28	1.56
97837230--97837293	31	2.1	31	85	5	85	42	0	26	31	1.56
97841425--97841499	28	2.6	28	77	18	73	61	1	0	37	1.05
97849297--97849328	7	4.6	7	100	0	64	28	0	12	59	1.34
97849831--97849923	30	3.1	30	79	3	105	36	39	11	11	1.79
97855147--97855282	46	3.0	46	87	2	193	24	22	12	41	1.88
97858192--97858440	125	2.0	126	93	0	428	28	19	16	36	1.93
97858404--97858468	28	2.3	28	86	0	85	27	16	6	49	1.70
97859617--97859661	20	2.3	20	85	14	60	44	0	6	48	1.29
97859826--97859884	17	3.4	17	70	21	50	45	0	0	54	0.99
97867618--97867660	18	2.5	17	76	3	50	34	0	2	62	1.08
97871689--97871723	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
97872006--97872040	14	2.6	13	82	8	52	71	5	0	22	1.07
97872398--97872440	18	2.5	17	81	7	52	44	6	2	46	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97872957--97872986	5	6.0	5	92	0	51	56	0	3	40	1.16
97881668--97881710	15	2.7	15	80	20	52	69	2	0	27	1.00
97888079--97888137	24	2.5	24	91	0	91	40	18	10	30	1.84
97890350--97890441	18	5.2	18	90	2	150	27	25	16	31	1.96
97890350--97890441	36	2.6	35	96	1	166	27	25	16	31	1.96
97899389--97899439	13	3.8	13	72	12	50	49	0	7	43	1.32
97901521--97901554	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
97916261--97916306	21	2.2	21	84	0	56	4	23	10	60	1.47
97916284--97916319	6	6.0	6	93	0	63	0	30	16	52	1.44
97916285--97916324	18	2.2	19	95	4	73	0	27	17	55	1.43
97920928--97920974	18	2.5	19	80	13	53	57	8	6	27	1.53
97923897--97923928	10	3.2	10	90	0	55	21	0	0	78	0.76
97924452--97924511	27	2.3	26	77	13	61	55	1	0	43	1.10
97927692--97927725	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
97932320--97932353	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
97941419--97941482	32	2.0	32	100	0	128	34	12	12	40	1.81
97947207--97947244	18	2.1	19	85	14	53	47	7	23	21	1.77
97953671--97953709	3	13.0	3	88	0	60	64	2	2	30	1.21
97955210--97955408	44	4.7	44	72	11	128	27	23	19	30	1.98
97955243--97955360	44	2.7	43	82	3	139	25	24	22	27	2.00
97955164--97955486	87	3.9	84	72	15	233	27	23	20	29	1.98
97955404--97955530	46	2.8	46	80	4	134	26	20	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97968297--97968332	3	12.0	3	87	0	54	63	2	2	30	1.22
97975315--97975354	19	2.1	19	90	0	62	50	2	0	47	1.14
97976811--97976859	21	2.3	20	80	13	53	42	2	0	55	1.11
97978798--97978823	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
97979765--97979830	12	5.5	12	74	5	62	6	27	4	62	1.39
97979765--97979839	24	3.1	24	82	3	80	5	28	4	62	1.35
97986647--97986716	35	2.0	35	100	0	140	17	20	17	45	1.85
97990598--97990628	16	1.9	16	100	0	62	19	12	25	41	1.87
97992522--97992565	20	2.2	20	84	8	54	54	2	6	36	1.40
97993203--97993266	12	5.7	12	69	12	55	4	25	3	67	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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