genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79938387--79938435	20	2.3	22	75	6	57	48	2	12	36	1.52
79940993--79941053	25	2.8	22	78	21	67	63	0	0	36	0.94
79940986--79941053	24	2.9	24	79	12	72	63	0	0	36	0.95
79943674--79943730	22	2.6	22	80	2	71	28	26	31	14	1.94
79944757--79944802	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
79946998--79947028	10	3.1	10	100	0	62	58	0	29	12	1.35
79950645--79950687	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
79951050--79951093	19	2.4	19	88	7	65	36	0	2	61	1.09
79951050--79951093	18	2.4	18	88	7	63	36	0	2	61	1.09
79951189--79951233	16	3.1	15	81	12	58	33	0	6	60	1.23
79951193--79951232	18	2.2	19	86	4	55	35	0	5	60	1.19
79962400--79962434	17	2.1	17	100	0	70	37	22	28	11	1.89
79962859--79962964	45	2.5	45	83	7	123	54	11	18	15	1.70
79966571--79966657	42	2.1	42	95	2	158	20	20	5	52	1.66
79967247--79967284	15	2.6	15	83	4	51	28	15	7	47	1.74
79967193--79967405	88	2.4	88	85	6	272	28	17	22	32	1.96
79967361--79967508	78	1.9	79	86	6	212	28	16	22	32	1.96
79967505--79967531	14	1.9	14	100	0	54	22	14	11	51	1.73
79967438--79967630	102	1.9	103	84	5	266	25	17	18	38	1.92
79967605--79967639	14	2.5	14	90	0	52	20	17	2	60	1.49
79967523--79967981	83	5.2	89	74	16	321	28	16	18	36	1.93
79969757--79969795	19	2.0	20	95	5	71	20	35	10	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79977503--79977576	30	2.5	30	97	0	139	8	50	9	32	1.64
79978123--79978152	15	2.0	15	93	0	51	30	0	3	66	1.07
79978134--79978203	30	2.3	30	76	13	72	45	1	5	47	1.35
79979957--79980002	17	2.6	17	80	19	51	43	0	32	23	1.54
79979965--79980002	17	2.2	18	86	13	53	44	0	28	26	1.54
79981484--79981516	14	2.4	14	90	10	50	27	0	18	54	1.44
79988118--79988152	17	2.0	18	88	5	54	48	11	5	34	1.63
79992972--79993033	27	2.3	27	81	10	74	62	0	0	37	0.95
79997917--79997982	18	3.7	18	95	0	114	33	13	13	39	1.84
79998406--79998577	72	2.4	71	82	4	229	25	7	13	54	1.65
80000593--80000627	13	2.7	13	95	0	61	42	25	8	22	1.82
80001807--80001992	96	1.9	96	84	2	248	29	17	22	31	1.96
80001814--80002035	96	2.3	95	79	6	227	28	18	22	30	1.97
80003231--80003265	18	1.9	18	88	11	54	57	2	20	20	1.54
80008954--80008978	12	2.1	12	100	0	50	44	0	24	32	1.54
80013571--80013598	9	3.1	9	100	0	56	53	0	35	10	1.36
80014039--80014082	15	2.9	16	83	6	56	11	61	9	18	1.55
80018426--80018485	28	2.1	28	87	0	84	31	28	6	33	1.83
80022834--80022895	32	1.9	32	100	0	124	25	30	12	30	1.93
80023878--80023937	28	2.1	28	90	0	93	31	30	6	31	1.83
80024325--80024360	16	2.2	16	90	0	54	0	50	0	50	1.00
80037784--80038134	74	4.9	71	81	4	373	28	15	22	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80037784--80038096	144	2.2	144	84	4	423	27	15	22	34	1.94
80038153--80038320	88	1.9	88	87	2	248	28	19	18	33	1.95
80038298--80038324	14	1.9	14	100	0	54	25	14	7	51	1.68
80038609--80038644	14	2.6	14	90	0	54	19	25	2	52	1.59
80038698--80038722	13	1.9	13	100	0	50	24	12	0	64	1.27
80042742--80042783	20	2.2	19	87	8	59	50	9	7	33	1.62
80046317--80046350	17	1.9	18	88	5	52	55	14	0	29	1.40
80047846--80047908	28	2.2	29	94	5	112	47	0	14	38	1.44
80051722--80051771	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
80056360--80056397	20	1.9	20	94	0	67	13	0	39	47	1.42
80056360--80056407	17	2.6	18	83	9	53	12	0	43	43	1.42
80058113--80058150	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
80060114--80060196	35	2.3	35	87	2	112	46	13	15	24	1.81
80060129--80060198	35	2.0	35	94	0	122	44	15	15	24	1.86
80069478--80069514	16	2.2	18	85	9	51	51	0	0	48	1.00
80069500--80069560	29	2.1	28	88	8	88	45	0	4	49	1.23
80073469--80073499	16	1.9	16	93	0	53	25	29	0	45	1.54
80081217--80081285	8	8.6	8	86	10	97	63	0	36	0	0.94
80081217--80081286	24	2.9	24	93	4	115	64	0	35	0	0.94
80081692--80081775	16	5.1	16	70	9	62	67	5	4	21	1.31
80081807--80082023	93	2.2	98	83	11	261	59	6	5	27	1.45
80081905--80082292	149	2.6	149	88	6	551	58	6	6	28	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80084503--80084585	33	2.5	33	84	5	105	26	40	14	18	1.88
80084685--80084955	135	2.0	135	99	0	533	27	25	20	26	1.99
80087349--80087418	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
80087631--80087744	27	4.2	27	81	8	142	26	17	17	38	1.92
80087729--80087951	27	8.3	27	81	6	170	30	7	21	39	1.81
80087760--80087937	54	3.3	54	84	6	218	29	7	21	42	1.80
80087731--80087937	81	2.6	81	83	6	251	30	7	20	41	1.79
80087785--80087969	54	3.4	54	82	5	196	30	5	23	40	1.78
80087731--80087962	81	2.9	81	80	6	204	31	6	21	40	1.80
80087930--80088150	27	8.2	27	91	0	318	39	8	23	28	1.84
80087887--80088150	81	3.3	81	82	0	260	38	8	23	30	1.84
80092884--80092998	44	2.6	44	81	2	140	35	13	21	29	1.91
80092891--80093017	44	2.8	45	79	4	130	33	13	23	29	1.93
80094602--80094664	27	2.3	27	81	5	74	15	34	25	23	1.95
80097326--80097358	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
80101345--80101429	39	2.2	39	95	0	152	29	16	10	43	1.81
80101484--80101512	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
80112232--80112278	24	2.0	24	82	0	58	6	6	29	57	1.49
80113712--80113755	16	2.8	16	86	6	63	50	0	50	0	1.00
80115303--80115462	54	3.0	54	86	3	223	36	18	15	28	1.92
80134671--80134721	24	2.2	23	89	6	77	43	0	0	56	0.99
80140812--80140850	20	2.0	20	100	0	78	25	10	5	58	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80140846--80140897	13	4.0	13	80	7	52	38	3	13	44	1.62
80140847--80140896	26	1.9	26	84	8	66	40	2	14	44	1.56
80141209--80141239	6	5.2	6	100	0	62	19	0	0	80	0.71
80141286--80141326	20	2.0	20	100	0	82	48	14	0	36	1.44
80141341--80141398	29	2.0	30	83	10	75	44	3	0	51	1.18
80141411--80141458	15	2.9	15	77	17	51	54	2	0	43	1.12
80145835--80145879	23	2.0	22	83	12	56	15	0	24	60	1.36
80147162--80147192	11	2.7	11	95	5	53	54	6	0	38	1.26
80147455--80147570	24	4.9	24	71	16	71	53	4	9	32	1.53
80147468--80147579	22	4.8	23	73	18	90	54	5	8	31	1.54
80147824--80147894	23	3.0	24	76	13	67	56	5	8	29	1.52
80148309--80148374	3	22.3	3	76	14	66	63	1	3	31	1.19
80148301--80148360	12	5.1	12	78	17	56	65	1	1	31	1.13
80153687--80153739	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
80155219--80155326	26	4.2	26	90	0	171	37	23	6	32	1.80
80160462--80160498	18	2.1	18	85	14	51	48	2	2	45	1.30
80162827--80162873	16	2.9	16	80	3	58	74	6	0	19	1.03
80163334--80163797	216	2.2	215	90	1	705	39	18	20	22	1.93
80165933--80165960	14	2.0	14	100	0	56	14	7	21	57	1.61
80166184--80166517	128	2.6	130	84	4	444	26	17	18	36	1.93
80167360--80167396	13	2.9	12	88	11	56	10	0	2	86	0.67
80167360--80167396	19	2.0	19	89	5	58	10	0	2	86	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80167619--80168351	44	15.9	44	75	7	485	30	20	16	32	1.95
80167725--80168218	50	10.6	50	78	8	302	30	21	16	30	1.96
80167725--80168214	188	2.6	188	81	7	501	30	21	16	30	1.96
80167607--80168351	94	8.1	91	72	10	442	31	20	16	32	1.95
80167616--80168241	277	2.2	277	80	6	663	30	20	16	32	1.95
80167616--80168301	139	4.9	139	80	5	600	30	20	16	32	1.95
80174358--80174391	12	2.8	12	83	16	52	52	5	0	41	1.25
80175020--80175057	15	2.5	15	83	8	51	44	7	0	47	1.32
80192496--80192539	21	2.1	21	83	8	54	68	0	4	27	1.09
80192635--80192672	11	3.8	10	83	13	51	65	2	2	28	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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