genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68179659--68179683	13	1.9	13	100	0	50	32	0	8	60	1.26
68183867--68183934	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
68183755--68184083	174	1.9	175	90	1	527	31	24	13	30	1.94
68184042--68184114	29	2.5	30	82	13	98	28	30	15	26	1.96
68187214--68187243	14	2.1	14	100	0	60	20	6	16	56	1.62
68187674--68187698	13	1.9	13	100	0	50	24	0	20	56	1.43
68191153--68191610	47	9.7	46	84	4	371	26	29	11	32	1.92
68191153--68191611	141	3.2	140	91	3	690	26	29	11	32	1.92
68191409--68191486	23	3.2	25	67	29	78	30	28	10	30	1.90
68191199--68191624	47	9.1	47	88	3	597	26	29	11	32	1.91
68211174--68211868	48	14.3	48	91	1	1066	36	6	25	30	1.82
68211174--68211868	98	7.2	96	90	1	1066	36	6	25	30	1.82
68215638--68215878	35	6.9	35	80	1	268	41	21	9	27	1.83
68225703--68225969	47	5.7	47	79	5	256	31	9	28	29	1.88
68225808--68225992	23	8.0	23	74	5	185	31	10	27	30	1.91
68225761--68226039	70	4.0	70	99	0	551	31	10	28	30	1.89
68225761--68226039	139	2.0	140	99	0	551	31	10	28	30	1.89
68225970--68226123	47	3.3	47	97	0	281	32	8	29	29	1.87
68226242--68226320	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
68227853--68227922	34	2.1	34	86	0	95	21	27	24	27	1.99
68228344--68228384	18	2.3	19	79	12	50	24	41	19	14	1.89
68230603--68230771	93	1.8	91	94	2	302	28	28	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68230598--68230779	44	4.0	44	76	14	190	29	28	20	21	1.98
68231191--68231250	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
68238097--68238267	45	3.7	46	79	14	201	28	28	21	21	1.98
68238102--68238270	92	1.8	92	93	2	295	27	29	21	21	1.98
68241873--68241902	11	2.7	11	89	0	51	36	16	20	26	1.93
68255732--68255879	67	2.2	67	91	2	235	30	22	27	19	1.98
68256121--68256157	8	4.6	8	89	0	56	5	40	32	21	1.76
68256121--68256160	16	2.5	16	100	0	80	5	37	32	25	1.77
68271459--68271507	10	4.8	10	80	11	55	38	0	2	59	1.09
68289208--68289247	20	2.0	20	90	0	62	45	25	0	30	1.54
68289409--68289484	23	3.4	21	76	20	66	34	18	21	26	1.96
68289403--68289461	22	2.6	22	78	19	68	35	18	20	25	1.95
68289684--68289732	23	2.1	23	85	7	64	42	10	2	44	1.49
68291987--68292151	43	3.8	44	76	13	139	24	18	26	30	1.98
68308656--68308688	13	2.5	13	100	0	66	54	21	18	6	1.64
68322895--68322974	39	2.1	39	97	0	151	38	11	21	28	1.88
68326289--68326491	27	7.6	27	86	3	248	29	28	15	27	1.96
68326289--68326490	80	2.5	80	83	2	244	29	28	15	26	1.96
68334354--68334550	27	7.6	27	81	11	196	29	28	14	26	1.95
68334375--68334549	55	3.4	52	82	8	216	29	28	14	26	1.95
68338553--68338687	47	2.9	47	84	5	166	30	29	14	25	1.95
68344131--68344289	27	5.9	27	83	0	138	33	20	5	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68344248--68344530	27	10.5	27	77	9	186	40	20	8	30	1.82
68344185--68344487	54	5.6	54	76	7	224	38	20	8	32	1.82
68344253--68344458	80	2.6	80	85	4	247	41	22	8	27	1.83
68344248--68344567	53	5.9	53	76	8	243	40	20	8	30	1.82
68344253--68344485	80	2.9	80	81	9	235	41	21	8	27	1.82
68344601--68344661	27	2.3	27	82	0	77	37	18	26	18	1.93
68345734--68345863	24	5.4	24	92	0	206	26	21	20	30	1.98
68348891--68348999	31	3.5	31	91	0	164	27	17	25	29	1.97
68351313--68351443	27	4.9	27	81	3	156	29	22	8	40	1.83
68351421--68351667	27	9.2	27	73	11	161	40	21	8	29	1.82
68351348--68351469	54	2.3	55	82	2	149	32	18	9	40	1.81
68351424--68351744	53	6.0	54	76	9	255	40	19	9	30	1.84
68351435--68351640	80	2.6	80	84	4	238	41	20	8	28	1.82
68351430--68351749	54	5.9	53	76	7	243	40	20	9	30	1.83
68351435--68351667	80	2.9	80	83	6	233	42	20	8	28	1.82
68351394--68351729	27	12.4	27	76	8	146	38	19	9	31	1.85
68351783--68351842	27	2.3	26	76	2	66	36	18	26	18	1.94
68351783--68351846	26	2.4	27	78	2	76	35	18	26	18	1.94
68352655--68352748	25	3.8	25	90	1	136	27	25	21	25	1.99
68352655--68352761	25	4.4	25	87	5	107	29	23	21	25	1.99
68352967--68353050	31	2.7	31	88	1	134	27	17	27	27	1.98
68354381--68354449	24	2.9	24	88	0	102	33	4	37	24	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68355167--68355358	92	2.1	92	99	0	375	30	15	29	24	1.95
68355524--68355553	16	1.9	15	93	6	51	46	23	26	3	1.68
68355971--68356027	26	2.2	26	87	3	78	15	22	22	38	1.92
68359663--68359800	27	5.1	27	88	2	172	18	23	21	36	1.95
68369933--68370010	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
68369963--68370287	173	1.9	172	92	0	551	30	14	24	31	1.94
68389796--68389851	28	2.0	28	82	0	67	44	21	0	33	1.52
68389998--68390040	6	6.8	6	94	5	68	16	16	0	67	1.24
68391952--68392353	199	2.0	199	96	0	734	47	16	8	27	1.75
68397043--68397724	343	2.0	344	95	0	1222	33	15	23	26	1.95
68402176--68402213	14	2.7	14	95	0	67	0	15	0	84	0.63
68415316--68415358	20	2.2	20	83	8	52	23	4	25	46	1.71
68418618--68418842	53	4.2	53	76	5	202	19	23	19	38	1.94
68423529--68423756	40	5.7	40	89	3	343	26	27	21	25	1.99
68429065--68429288	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
68429617--68429680	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
68429624--68429680	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
68435708--68435931	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
68436267--68436323	30	1.9	30	82	3	71	29	22	7	40	1.80
68439800--68439975	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
68439797--68439968	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
68441288--68441472	40	4.7	39	86	4	237	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68441285--68441495	40	5.3	40	83	7	225	25	22	27	25	2.00
68441285--68441495	79	2.7	78	80	6	264	25	22	27	25	2.00
68449327--68449509	39	4.6	39	80	5	190	23	22	27	26	1.99
68449323--68449528	39	5.2	40	75	12	174	24	21	27	26	1.99
68452640--68452811	93	1.8	93	92	2	292	21	20	29	27	1.98
68452644--68452818	46	3.8	46	77	15	189	21	20	29	28	1.98
68454122--68454323	40	5.1	40	82	7	214	26	21	27	25	1.99
68461259--68461311	26	2.0	26	92	0	88	28	33	20	16	1.95
68461431--68461481	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
68461338--68461559	103	2.2	103	93	1	374	31	31	18	18	1.95
68461887--68461950	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
68461894--68461950	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
68467981--68468204	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
68468532--68468595	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
68468539--68468595	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
68480305--68480333	12	2.5	12	94	5	51	68	0	0	31	0.89
68487065--68487163	23	4.4	22	75	8	83	29	23	16	31	1.96
68487111--68487186	22	3.3	23	80	12	93	30	22	17	30	1.96
68487111--68487201	24	3.9	24	81	5	80	28	21	16	32	1.95
68489590--68489687	40	2.5	40	90	5	146	24	24	29	21	1.99
68494076--68494298	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
68494156--68494333	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68498913--68499175	40	6.6	39	86	6	300	24	21	27	26	1.99
68498913--68499175	80	3.3	79	86	6	347	24	21	27	26	1.99
68498914--68499208	80	3.7	77	83	7	335	25	21	27	25	1.99
68503850--68503947	40	2.5	40	90	5	146	24	24	29	21	1.99
68508664--68508714	9	5.6	9	76	4	57	33	3	41	21	1.72
68517188--68517214	5	5.4	5	100	0	54	22	0	0	77	0.76
68525695--68525734	19	2.0	20	90	4	64	42	17	0	40	1.49
68528645--68528696	26	2.0	26	84	0	68	26	15	17	40	1.89
68531361--68531392	15	2.1	15	100	0	64	12	50	6	31	1.65
68533196--68533274	39	2.0	39	100	0	158	32	12	17	36	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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