genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89297949--89298040	27	3.4	27	80	5	105	30	19	15	34	1.93
89304285--89304346	18	3.4	18	80	6	63	32	22	14	30	1.94
89315845--89315889	17	2.6	17	76	13	56	31	0	17	51	1.46
89316560--89316601	23	1.9	21	85	9	57	33	0	30	35	1.58
89318084--89318116	4	8.0	4	96	3	57	75	0	24	0	0.80
89320173--89320421	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
89320172--89320421	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
89320516--89320547	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
89320759--89320816	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
89327765--89328014	50	4.8	52	84	4	276	20	29	24	26	1.99
89327764--89328014	100	2.4	104	87	7	359	20	29	23	26	1.99
89328109--89328140	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
89328353--89328410	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
89331868--89332006	39	3.6	39	93	0	233	23	22	29	25	1.99
89336079--89336110	16	2.0	16	100	0	64	43	18	6	31	1.75
89338703--89338812	42	2.6	42	81	7	116	32	26	17	23	1.96
89338704--89338807	43	2.4	43	82	4	122	32	26	16	24	1.96
89341181--89341214	17	1.9	17	88	5	50	41	8	8	41	1.67
89356003--89356082	25	3.3	25	87	5	103	18	22	17	41	1.90
89356003--89356101	22	4.2	23	81	8	103	19	21	17	42	1.89
89356935--89356975	16	2.7	16	85	7	59	43	0	2	53	1.13
89366164--89366212	2	24.5	2	100	0	98	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89370658--89370683	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
89372203--89372249	22	2.1	23	84	7	62	53	4	0	42	1.20
89376317--89376374	25	2.3	25	81	0	71	22	20	24	32	1.98
89386102--89386148	19	2.4	21	86	10	64	42	0	2	55	1.12
89387444--89387487	22	2.0	23	90	4	72	50	2	2	45	1.27
89392347--89392717	3	122.7	3	69	12	154	61	2	7	27	1.36
89392884--89393022	3	46.0	3	71	11	79	58	1	7	33	1.34
89392892--89393022	28	4.7	27	70	13	72	58	1	6	33	1.34
89392980--89393029	19	2.8	17	80	11	64	58	4	2	36	1.29
89394673--89394701	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
89396007--89396049	14	3.1	14	87	9	54	4	20	0	74	1.00
89397206--89397316	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
89398079--89398109	4	7.8	4	92	0	53	3	22	0	74	0.96
89403133--89403243	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
89404662--89404727	31	2.1	31	83	10	82	46	9	0	43	1.35
89405295--89405333	14	2.9	14	84	3	53	38	0	0	61	0.96
89405317--89405358	15	2.6	16	81	14	50	47	0	0	52	1.00
89405324--89405358	15	2.2	17	90	10	56	48	0	0	51	1.00
89408983--89409011	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
89413913--89413945	18	1.9	17	88	11	50	33	0	0	66	0.92
89427625--89427704	42	1.9	42	92	0	133	40	13	13	32	1.84
89439089--89439254	53	3.1	53	87	7	205	25	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89444844--89444881	20	1.9	19	85	15	51	21	18	2	57	1.52
89447869--89448047	90	2.0	90	97	0	340	34	22	13	29	1.93
89452936--89452988	27	2.0	27	92	0	88	30	13	7	49	1.69
89454020--89454054	17	2.0	18	88	5	54	22	20	0	57	1.41
89457402--89457628	40	5.7	40	94	0	382	19	18	28	33	1.96
89458712--89458794	40	2.1	40	93	0	139	19	18	28	33	1.95
89460261--89460411	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
89463010--89463036	13	2.1	13	100	0	54	40	7	22	29	1.81
89463491--89463535	11	3.9	11	77	11	54	55	13	2	28	1.50
89463475--89463537	24	2.7	24	90	4	94	55	12	4	26	1.57
89463570--89463608	17	2.2	18	90	4	62	53	12	5	28	1.60
89463978--89464019	20	2.2	20	87	12	61	61	2	4	30	1.29
89465484--89465573	43	2.1	43	87	2	128	20	18	22	38	1.93
89465912--89466066	44	3.5	44	73	6	152	18	21	21	37	1.94
89478271--89478311	18	2.2	18	86	4	55	53	12	4	29	1.58
89478472--89478523	21	2.4	21	75	9	52	46	0	7	46	1.31
89478605--89478651	23	2.0	23	91	0	76	63	8	2	25	1.34
89479848--89479890	17	2.4	18	92	7	79	9	0	34	55	1.32
89482029--89482122	21	4.5	21	87	0	134	46	13	20	19	1.83
89483473--89483510	19	2.0	19	94	0	67	18	21	28	31	1.97
89485342--89485403	31	2.0	31	96	0	115	46	9	14	29	1.76
89486350--89486412	25	2.5	25	94	0	108	17	23	17	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89486478--89486552	26	2.9	26	84	4	80	17	24	22	36	1.95
89486664--89486746	25	3.3	25	82	0	103	21	27	19	31	1.97
89488221--89488319	51	1.9	51	95	0	180	36	18	18	27	1.94
89490125--89490290	53	3.1	53	87	6	212	26	15	27	30	1.96
89494478--89494519	10	4.2	10	81	0	57	2	14	0	83	0.75
89494478--89494521	24	1.9	22	90	9	70	4	15	0	79	0.89
89494540--89494573	15	2.2	16	89	5	52	73	0	14	11	1.10
89495156--89495190	15	2.2	16	90	5	54	31	2	0	65	1.07
89495148--89495195	25	2.0	24	87	4	69	33	2	0	64	1.05
89495178--89495409	12	18.1	13	64	25	54	35	2	5	56	1.35
89495153--89495215	15	4.6	14	75	12	51	31	1	1	65	1.12
89495189--89495248	23	2.9	21	85	11	72	35	1	5	58	1.30
89495297--89495409	11	10.1	11	66	17	54	36	2	5	55	1.36
89495360--89495400	14	2.8	16	78	17	52	39	2	0	58	1.11
89495301--89495408	13	8.4	13	66	27	52	37	2	4	55	1.35
89495469--89495521	25	2.1	25	89	0	79	33	7	5	52	1.53
89495588--89495622	17	2.0	18	88	5	54	28	2	2	65	1.21
89496815--89496847	15	2.2	15	100	0	66	63	6	24	6	1.40
89504719--89504748	15	1.9	16	93	6	53	86	0	13	0	0.57
89509274--89509317	13	3.0	15	84	15	65	59	0	0	40	0.98
89509277--89509311	8	4.4	8	92	0	61	60	0	0	40	0.97
89509275--89509328	13	3.7	15	79	16	60	62	1	0	35	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89509392--89509420	9	3.3	9	95	4	51	82	0	17	0	0.66
89509688--89509724	19	1.9	19	88	0	56	29	0	32	37	1.58
89510090--89510134	5	8.6	5	85	5	54	35	0	22	42	1.54
89510088--89510134	15	3.0	15	82	17	60	34	0	23	42	1.54
89511932--89511965	15	2.3	15	100	0	68	47	11	0	41	1.40
89515942--89515970	14	2.1	14	93	6	51	65	0	0	34	0.93
89519490--89519551	6	9.7	6	75	16	54	19	0	32	48	1.49
89519491--89519572	39	2.1	39	86	4	112	24	0	28	47	1.52
89519490--89519551	13	4.8	12	72	20	54	19	0	32	48	1.49
89520420--89520465	21	2.2	21	88	0	65	56	17	21	4	1.58
89523222--89523278	27	2.1	28	83	3	71	52	3	1	42	1.28
89528171--89528197	13	2.1	13	100	0	54	0	18	0	81	0.69
89528199--89528236	8	4.8	8	100	0	76	10	0	10	78	0.95
89528191--89528236	16	2.9	16	93	0	65	8	4	8	78	1.09
89528191--89528236	24	1.9	24	90	0	74	8	4	8	78	1.09
89528361--89528591	118	2.0	118	92	0	381	29	31	17	22	1.96
89529373--89529499	42	3.0	42	90	0	182	25	14	31	29	1.94
89529609--89529651	23	1.9	22	86	13	61	79	0	6	13	0.93
89529585--89529657	13	5.5	13	73	12	51	76	1	4	17	1.01
89562037--89562080	17	2.6	16	86	10	61	54	9	2	34	1.44
89562067--89562113	23	1.9	24	83	12	60	51	4	8	36	1.52
89562673--89562742	22	3.1	23	72	15	58	58	8	2	30	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89563238--89563311	3	24.7	3	94	5	132	64	0	0	35	0.94
89564056--89564092	14	2.6	15	83	12	51	16	0	2	81	0.81
89564614--89564666	22	2.4	22	96	0	97	16	0	30	52	1.44
89566037--89566262	40	5.7	40	93	1	391	22	28	19	29	1.98
89574724--89574948	40	5.7	40	89	4	339	21	28	20	28	1.98
89574724--89574947	118	1.9	119	90	3	362	21	29	20	29	1.98
89587764--89587813	22	2.3	22	96	0	91	18	0	32	50	1.47
89590286--89590319	12	2.7	13	81	9	52	79	0	20	0	0.73
89591334--89591378	13	3.4	13	81	6	54	15	8	4	71	1.28
89591261--89591642	100	3.9	101	79	9	400	26	15	17	39	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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