genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58472796--58472988	53	3.6	54	85	2	257	24	21	19	35	1.96
58473042--58473157	27	4.3	27	81	6	101	31	9	20	38	1.85
58473081--58473195	27	4.2	27	80	2	113	31	8	21	38	1.84
58473080--58473195	55	2.1	55	80	3	135	31	8	21	37	1.84
58473175--58473384	27	7.8	27	86	2	170	41	6	20	30	1.77
58473190--58473384	81	2.4	81	84	0	264	42	5	22	30	1.76
58473174--58473384	54	3.9	54	85	2	280	41	6	21	30	1.77
58473997--58474301	27	11.3	27	87	0	378	24	18	20	37	1.94
58474348--58474450	27	3.8	27	76	10	93	31	9	19	39	1.84
58474411--58474514	27	3.8	27	89	6	138	32	8	21	37	1.84
58474465--58474730	27	9.9	27	86	1	264	38	5	22	32	1.78
58474465--58474730	81	3.3	81	88	0	334	38	5	22	32	1.78
58498603--58498770	47	3.5	46	73	15	137	26	19	32	22	1.97
58498639--58498773	50	2.8	50	84	5	179	25	17	33	22	1.96
58501609--58501639	15	2.1	15	93	0	53	51	25	3	19	1.62
58511250--58511425	46	3.8	46	79	8	196	22	21	29	27	1.99
58511246--58511417	93	1.8	93	91	2	283	22	21	30	26	1.99
58515368--58515413	23	2.0	23	91	0	74	15	36	19	28	1.92
58517854--58517999	52	2.9	51	85	11	205	28	30	12	28	1.93
58521715--58521961	40	6.2	40	89	1	327	29	28	19	22	1.98
58528640--58528717	37	2.1	36	88	2	111	25	32	17	24	1.97
58528835--58529112	47	6.1	47	87	6	401	28	30	9	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58528835--58529112	93	3.0	94	89	4	401	28	30	9	32	1.88
58532020--58532098	37	2.1	37	83	0	95	26	29	17	26	1.98
58532961--58533095	40	3.4	37	75	10	108	24	26	22	26	2.00
58533399--58533477	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
58533459--58533561	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
58535412--58535490	37	2.1	37	83	0	95	26	29	17	26	1.98
58535609--58535893	47	6.1	47	92	0	455	28	30	9	31	1.89
58541011--58541051	22	1.9	22	90	5	66	29	0	24	46	1.53
58543866--58543991	62	2.0	62	90	0	198	38	18	15	27	1.90
58546192--58546232	20	2.0	20	95	0	73	26	26	7	39	1.82
58546593--58546620	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
58551013--58551044	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
58551014--58551044	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
58559149--58559214	20	3.3	20	75	12	64	60	1	6	31	1.30
58559179--58559250	20	3.7	19	72	15	67	62	4	5	27	1.36
58559131--58559214	10	8.5	10	67	7	55	59	1	4	34	1.26
58559293--58559330	20	1.9	20	88	0	58	65	0	10	23	1.23
58560611--58560653	20	2.2	20	86	0	59	23	23	16	37	1.94
58560835--58560879	9	4.7	9	82	15	54	44	0	0	55	0.99
58561501--58561541	19	2.1	20	86	13	59	41	0	4	53	1.22
58562484--58562535	25	2.1	25	96	0	95	40	21	3	34	1.71
58564383--58564580	55	3.7	53	81	8	204	21	25	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58567114--58567146	14	2.3	15	89	5	50	66	0	15	18	1.25
58570383--58570442	23	2.6	22	76	10	57	36	3	5	55	1.38
58570959--58570999	21	2.0	21	95	0	73	31	0	0	68	0.90
58571166--58571199	14	2.3	15	95	5	61	79	0	0	20	0.73
58574612--58574789	27	6.6	27	75	6	119	29	26	16	28	1.97
58574612--58574789	54	3.3	54	74	12	150	29	26	16	28	1.97
58582610--58582787	27	6.6	27	75	6	119	29	26	16	28	1.97
58582610--58582787	54	3.3	54	74	12	150	29	26	16	28	1.97
58590430--58590652	39	5.7	39	79	11	197	25	28	20	25	1.99
58590430--58590652	79	2.8	78	77	9	202	25	28	20	25	1.99
58590584--58590661	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
58600908--58601080	46	3.7	46	76	13	192	21	20	27	30	1.98
58600905--58601075	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
58604867--58604902	18	2.0	18	100	0	72	55	16	11	16	1.68
58610062--58610106	3	15.0	3	81	9	56	37	0	2	60	1.09
58610935--58611110	70	2.3	75	81	11	184	42	1	19	37	1.59
58610980--58611130	79	1.9	78	83	5	194	41	1	20	36	1.61
58611280--58611317	16	2.3	17	90	4	60	39	0	23	36	1.55
58611274--58611317	17	2.6	16	85	7	61	38	0	25	36	1.56
58620505--58620623	27	4.4	28	80	9	113	38	19	10	31	1.86
58620500--58620623	54	2.3	54	78	9	128	37	19	10	32	1.86
58620600--58620783	27	6.8	27	82	6	203	28	22	8	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58620546--58620731	81	2.3	82	76	6	198	30	22	10	37	1.87
58620603--58620783	54	3.4	54	87	0	256	28	22	8	40	1.83
58620600--58620783	81	2.3	81	85	3	237	28	22	8	40	1.83
58620708--58620983	27	10.1	27	75	8	96	37	18	8	35	1.81
58620762--58620901	54	2.6	53	82	6	165	39	20	7	32	1.81
58622215--58622262	25	1.9	25	82	0	60	37	22	12	27	1.90
58622299--58622365	20	3.3	20	91	0	107	32	11	22	32	1.90
58622415--58622581	24	7.0	23	84	6	201	29	22	20	27	1.98
58622415--58622581	47	3.5	47	85	4	203	29	22	20	27	1.98
58622415--58622580	71	2.3	71	88	3	235	29	22	20	27	1.98
58622774--58622837	31	2.1	31	90	0	101	39	15	23	21	1.92
58635290--58635347	28	2.0	29	93	3	100	36	25	22	15	1.94
58638987--58639293	94	3.3	92	75	9	271	25	20	29	24	1.99
58659192--58659364	46	3.7	46	79	10	199	21	20	27	30	1.98
58659189--58659359	93	1.8	93	91	0	279	21	20	28	29	1.98
58662297--58662376	15	5.4	15	75	12	76	11	18	12	57	1.64
58662288--58662367	30	2.6	31	81	11	94	12	18	13	55	1.70
58663938--58664110	46	3.7	46	78	10	199	21	21	27	29	1.99
58663935--58664105	93	1.8	93	92	0	288	21	21	28	28	1.99
58674143--58674241	50	2.0	50	88	7	148	50	12	11	26	1.73
58677382--58677438	26	2.2	26	93	0	96	28	26	21	24	1.99
58680853--58680890	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58681120--58681290	93	1.8	93	91	0	279	29	28	20	22	1.98
58681115--58681287	46	3.7	46	76	10	190	30	27	20	22	1.98
58688434--58688471	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
58688701--58688871	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
58688696--58688868	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
58693753--58693787	17	1.9	19	88	11	56	17	45	25	11	1.81
58693926--58693958	15	2.2	15	100	0	66	21	45	15	18	1.85
58699653--58699877	49	4.5	49	89	2	315	24	18	28	28	1.98
58699646--58699885	99	2.4	100	86	2	331	24	19	28	28	1.98
58702883--58702951	30	2.3	30	82	7	88	7	15	18	57	1.61
58702883--58702951	15	4.7	15	82	8	79	7	15	18	57	1.61
58705083--58705298	50	4.4	49	83	8	235	26	17	27	29	1.97
58705083--58705319	49	4.8	49	84	4	280	27	18	26	28	1.98
58705076--58705314	99	2.4	99	85	2	311	25	18	26	28	1.98
58709170--58709277	43	2.5	43	84	1	128	30	16	23	29	1.96
58710300--58710393	40	2.3	40	87	0	125	21	18	27	32	1.96
58710381--58710464	28	3.0	28	87	0	105	21	11	35	30	1.90
58713151--58713309	43	3.7	43	79	9	173	21	18	28	32	1.97
58723679--58723740	26	2.3	26	97	2	115	46	24	0	29	1.53
58725367--58725450	43	2.0	43	90	0	132	28	33	17	20	1.95
58727435--58727502	22	3.1	22	93	0	109	33	23	10	32	1.88
58729720--58729779	3	20.0	3	85	0	75	28	3	3	65	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58730108--58730156	21	2.4	21	83	6	57	30	8	2	59	1.38
58731005--58731058	25	2.2	25	86	0	72	24	27	22	25	2.00
58731014--58731065	25	2.1	25	96	0	95	25	25	25	25	2.00
58733410--58733467	25	2.3	25	93	0	98	31	13	29	25	1.94
58745338--58745416	42	1.9	42	92	5	126	17	21	35	25	1.95
58749235--58749328	12	7.8	12	67	9	57	21	38	3	37	1.69
58749223--58749328	24	4.4	24	89	1	149	18	38	4	37	1.72
58754320--58754349	15	2.0	15	93	0	51	20	0	23	56	1.42
58754925--58755058	45	3.1	44	75	11	134	24	17	25	32	1.97
58754937--58755076	41	3.3	42	73	13	117	26	18	26	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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