genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71662342--71662381	20	2.0	20	95	0	71	30	30	17	22	1.97
71672421--71672489	35	2.0	35	85	0	93	26	20	27	26	1.99
71672479--71672612	48	2.8	48	83	2	169	26	17	28	27	1.97
71675085--71675118	12	2.7	13	86	9	52	55	20	0	23	1.43
71678295--71678352	30	1.9	30	83	13	75	24	34	29	12	1.91
71679823--71680142	47	6.8	46	74	10	222	23	29	20	27	1.99
71679872--71680142	94	2.9	93	76	9	266	23	29	19	27	1.98
71687245--71687565	47	6.8	46	75	12	251	23	29	19	26	1.98
71687245--71687560	141	2.2	141	81	9	340	23	29	19	27	1.98
71687904--71687961	30	1.9	30	92	0	98	27	25	13	32	1.94
71698374--71698402	6	5.0	6	95	4	51	82	0	0	17	0.66
71703465--71703516	20	2.8	18	78	21	63	51	3	0	44	1.19
71703423--71703557	68	2.0	69	83	1	173	48	8	2	40	1.48
71704551--71704655	52	2.0	52	96	0	192	38	23	11	26	1.89
71711522--71711617	48	2.0	48	97	0	183	29	11	16	42	1.83
71719111--71719285	46	3.8	45	78	10	192	29	28	20	21	1.98
71719118--71719289	93	1.8	93	92	2	292	29	28	20	21	1.98
71719162--71719305	46	3.1	44	76	15	141	29	28	20	22	1.98
71729948--71729976	12	2.4	12	100	0	58	6	20	48	24	1.74
71731060--71731119	28	2.1	28	87	0	84	33	30	10	26	1.89
71731103--71731238	40	3.4	40	90	0	173	32	25	17	25	1.97
71740234--71740262	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71741385--71741512	43	3.0	43	82	6	161	24	17	26	31	1.97
71745604--71745707	54	1.9	54	98	0	199	37	3	22	36	1.72
71747784--71747837	29	1.9	29	85	7	76	25	24	9	40	1.85
71747743--71747896	71	2.2	71	90	5	242	27	23	14	34	1.94
71747855--71747930	29	2.6	29	100	0	152	22	25	17	35	1.95
71752838--71752924	40	2.1	41	93	2	149	24	5	11	58	1.54
71753001--71753199	66	3.2	65	67	25	185	41	3	6	48	1.46
71752963--71753252	120	2.4	120	94	2	503	43	3	4	48	1.39
71753403--71753493	45	2.0	44	85	2	119	35	27	5	31	1.80
71753472--71753525	16	3.4	16	87	5	56	37	31	0	31	1.58
71756031--71756136	51	2.1	51	87	3	151	25	16	26	31	1.97
71761374--71761424	21	2.4	21	100	0	102	52	0	13	33	1.41
71773813--71773918	51	2.1	51	84	7	135	23	15	27	33	1.94
71777688--71777845	38	4.1	38	87	3	201	21	22	25	30	1.99
71780515--71781194	126	5.4	126	82	3	789	38	15	17	28	1.91
71780515--71781167	251	2.6	250	84	2	835	39	15	17	28	1.90
71781262--71781357	25	3.8	25	88	2	122	53	2	20	23	1.57
71782979--71783049	25	2.8	25	89	2	97	26	23	21	28	1.99
71782988--71783062	25	3.0	25	81	12	84	26	22	21	29	1.99
71783270--71783346	31	2.5	31	87	2	111	32	20	27	19	1.97
71789564--71789595	8	4.2	8	84	15	50	0	21	0	78	0.76
71790864--71790934	25	2.8	26	89	6	110	25	23	22	28	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71790864--71790959	50	1.9	51	81	10	117	27	22	22	27	1.99
71791155--71791232	31	2.6	30	83	2	102	33	20	24	21	1.97
71791488--71791538	25	2.0	25	96	0	93	5	21	15	56	1.60
71794634--71794816	55	3.4	54	84	5	244	22	24	18	34	1.96
71794795--71794916	47	2.6	47	92	0	199	25	24	13	36	1.91
71803771--71803818	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
71803844--71803900	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
71803949--71804055	24	4.4	24	92	4	180	29	19	22	28	1.98
71803949--71804078	49	2.6	48	86	9	183	31	19	22	26	1.97
71804263--71804326	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
71805041--71805196	55	2.9	53	78	5	161	23	24	16	35	1.95
71805183--71805300	47	2.5	47	92	0	200	26	25	13	34	1.93
71808028--71808139	42	2.7	42	79	12	140	32	25	18	23	1.97
71808109--71808170	31	2.0	31	96	0	115	27	30	22	19	1.98
71809550--71811807	753	3.0	750	92	1	3712	37	9	18	35	1.83
71816224--71816368	40	3.6	40	85	4	175	25	23	26	24	2.00
71818825--71819013	94	2.0	94	98	0	369	43	10	12	33	1.76
71820364--71820421	26	2.3	26	85	8	77	15	20	22	41	1.90
71820371--71820429	26	2.2	25	88	8	82	16	15	23	44	1.86
71821429--71821455	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
71823577--71823604	11	2.5	11	100	0	56	39	32	10	17	1.84
71829550--71829611	25	2.5	25	97	0	115	27	19	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71844517--71844654	39	3.6	39	98	1	262	26	28	21	23	1.99
71852514--71852684	39	4.3	39	90	2	236	26	26	21	25	2.00
71865097--71865309	43	5.0	43	78	12	192	25	12	26	35	1.92
71865096--71865285	86	2.2	84	82	10	233	25	12	26	34	1.92
71876049--71876077	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
71882487--71882970	47	10.1	47	93	3	790	31	8	30	29	1.87
71882487--71882970	96	5.1	96	93	3	793	31	8	30	29	1.87
71883089--71883167	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
71897596--71897689	47	2.0	47	95	0	170	29	12	30	26	1.93
71898118--71898327	43	4.9	43	82	5	212	28	14	23	33	1.94
71919499--71919667	40	4.2	40	88	3	243	24	20	28	26	1.99
71919512--71919667	79	2.0	79	89	2	242	25	21	27	26	1.99
71921736--71921795	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
71925959--71925985	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
71928219--71928258	13	3.1	13	96	0	71	32	0	27	40	1.57
71932428--71932642	39	5.5	39	88	2	308	19	21	27	30	1.98
71936463--71936551	28	3.2	28	96	0	160	33	26	7	31	1.85
71936657--71936736	28	2.9	27	83	7	99	22	26	20	31	1.98
71936657--71936736	27	2.9	28	83	7	101	22	26	20	31	1.98
71941786--71941976	43	4.4	44	79	5	203	30	15	20	32	1.94
71943927--71943952	12	2.2	12	100	0	52	61	0	7	30	1.24
71946971--71947011	21	2.0	21	85	0	55	43	2	24	29	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71949336--71949481	37	3.9	37	89	0	220	27	31	17	23	1.97
71949627--71949811	48	3.8	48	89	4	291	30	26	6	36	1.82
71949627--71949810	98	1.9	97	91	4	300	30	26	6	36	1.82
71949781--71949974	47	4.1	47	89	0	280	27	28	11	32	1.91
71949874--71949945	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
71949896--71949975	25	3.3	25	66	16	69	30	27	8	33	1.87
71953825--71954072	40	6.2	40	91	0	370	25	29	21	23	1.99
71955342--71955487	37	3.9	37	94	0	238	26	30	18	24	1.98
71955633--71955771	52	2.8	49	83	8	183	31	25	5	36	1.80
71955785--71955860	23	3.2	25	67	24	72	23	34	11	30	1.91
71955741--71955934	47	4.1	47	89	2	282	25	29	10	34	1.90
71955798--71955870	23	3.1	23	66	24	62	26	30	10	32	1.90
71955694--71955934	94	2.5	93	85	5	290	26	29	9	34	1.89
71955856--71955935	25	3.3	25	66	16	69	30	27	8	33	1.87
71967066--71967217	76	2.0	76	97	0	286	32	16	11	40	1.84
71972458--71972774	47	6.7	46	77	12	236	27	19	30	22	1.98
71972645--71972776	49	2.7	49	84	5	171	28	20	28	22	1.99
71973557--71973611	28	1.9	28	85	3	74	23	43	18	14	1.87
71976298--71976475	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
71976299--71976454	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
71976295--71976475	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
71984431--71984605	27	6.6	27	79	7	178	27	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72094854--72095077	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
72094854--72095077	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
72098353--72098553	47	4.1	49	75	10	185	30	25	15	27	1.96
72100876--72101266	48	7.9	48	93	3	620	34	6	28	30	1.83
72100884--72101266	204	1.9	198	93	3	658	34	6	28	30	1.83
72101407--72101509	37	2.8	37	93	0	179	23	19	32	25	1.98
72107488--72107540	26	2.0	26	100	0	106	32	26	3	37	1.74
72109361--72109419	26	2.3	26	80	11	70	57	1	0	40	1.09
72110997--72111974	210	4.7	210	88	2	1332	29	21	18	30	1.97
72114907--72114950	17	2.6	17	96	0	79	20	18	15	45	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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