genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14363141--14363183	22	2.0	22	82	8	54	37	0	2	60	1.10
14363147--14363315	19	9.3	17	67	23	55	31	4	1	62	1.26
14363201--14363237	14	2.7	14	87	4	58	29	2	0	67	1.04
14363342--14363393	16	3.1	16	77	5	50	23	5	3	67	1.29
14363791--14363819	13	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89
14374343--14374448	30	3.6	30	87	1	142	33	11	18	35	1.87
14389194--14389225	2	16.0	2	93	0	55	53	0	46	0	1.00
14389226--14389256	7	4.4	7	100	0	62	25	0	74	0	0.82
14400451--14400558	30	3.5	30	74	11	94	37	10	4	47	1.58
14403951--14404058	42	2.6	42	82	5	128	17	25	14	42	1.87
14407623--14407700	5	15.4	5	77	15	63	17	2	1	78	0.94
14407624--14407707	29	2.8	29	83	5	105	19	2	1	77	0.95
14407630--14407716	25	3.7	24	82	10	101	19	3	1	75	1.00
14409599--14409658	10	6.0	10	86	7	77	23	6	1	68	1.22
14418957--14419008	21	2.5	21	93	0	86	26	1	1	69	1.10
14418944--14419019	7	11.0	7	72	19	54	26	2	1	69	1.09
14420660--14420709	10	5.0	10	86	13	68	20	8	2	70	1.23
14422229--14422267	12	3.6	12	74	25	50	41	0	17	41	1.50
14422218--14422267	20	2.5	20	100	0	100	42	0	18	40	1.50
14424426--14424602	47	3.8	47	79	12	211	29	28	20	22	1.98
14424434--14424604	94	1.8	93	92	1	288	28	28	21	22	1.99
14425024--14425083	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14429065--14429186	43	2.8	43	73	11	124	24	18	25	31	1.97
14444125--14444176	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
14444134--14444189	12	4.7	12	74	14	53	12	23	0	64	1.27
14447031--14447082	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
14448621--14448834	108	2.0	108	99	0	419	39	22	20	17	1.92
14453470--14453502	16	2.1	17	88	11	52	36	6	0	57	1.23
14454786--14454842	28	2.0	28	100	0	114	33	14	14	38	1.85
14458455--14458500	23	2.0	23	86	0	65	6	15	32	45	1.71
14461377--14461410	14	2.5	14	90	4	52	8	8	0	82	0.85
14461356--14461424	25	2.8	25	84	6	79	11	7	4	76	1.12
14461389--14461434	24	1.9	24	82	8	58	17	6	2	73	1.14
14461517--14461577	21	3.0	21	77	20	74	39	0	1	59	1.08
14461517--14461586	21	3.3	21	75	23	67	42	0	1	55	1.08
14461524--14461762	100	2.4	98	84	12	292	39	2	3	53	1.34
14461619--14461688	30	2.5	28	78	19	74	38	0	4	57	1.19
14461597--14461747	50	3.0	50	65	11	128	37	3	5	53	1.42
14461773--14461805	16	2.1	16	100	0	66	30	0	0	69	0.88
14461848--14461882	8	4.5	8	89	7	54	45	0	0	54	0.99
14461848--14461882	15	2.2	16	90	5	54	45	0	0	54	0.99
14465183--14465285	30	3.4	30	87	0	134	27	22	26	24	2.00
14468081--14468123	18	2.4	18	84	3	61	37	4	0	58	1.19
14468237--14468282	18	2.5	19	82	7	58	60	0	2	36	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14468345--14468411	21	3.3	21	71	23	54	55	0	0	44	0.99
14468237--14468434	19	10.1	19	66	20	79	55	2	2	40	1.23
14468331--14468457	20	6.6	19	69	15	73	55	0	0	44	1.05
14476885--14477007	56	2.2	58	89	5	189	49	4	16	30	1.64
14484069--14484096	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
14492167--14492374	91	2.3	91	92	0	335	45	3	4	46	1.39
14492289--14492349	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
14492207--14492349	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
14492401--14492589	59	3.2	57	68	19	152	41	3	4	50	1.37
14492428--14492626	66	3.2	64	68	19	186	41	3	6	49	1.44
14492390--14492687	120	2.5	120	93	1	517	42	2	5	49	1.37
14492463--14492650	61	3.1	61	69	17	192	42	1	6	48	1.39
14492515--14492566	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
14492631--14492665	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14492900--14492969	16	4.4	16	94	0	95	34	34	0	31	1.58
14499364--14499411	24	1.9	25	91	8	80	0	22	0	77	0.78
14499364--14499410	12	3.8	12	78	13	51	0	21	0	78	0.75
14503790--14503898	37	2.9	37	95	0	191	27	31	18	22	1.97
14504048--14504191	50	2.9	48	86	8	191	29	25	8	36	1.85
14504048--14504238	100	1.9	96	85	7	258	28	25	9	36	1.87
14504202--14504273	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
14504106--14504302	47	4.1	47	88	3	234	27	27	9	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14506945--14507040	47	2.0	47	94	4	167	40	16	2	40	1.60
14518267--14518320	27	2.0	27	88	0	81	40	14	5	38	1.70
14523991--14524030	16	2.6	17	85	14	52	60	0	0	40	0.97
14524235--14524301	16	4.2	16	88	0	98	28	25	4	41	1.74
14535917--14535948	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
14535917--14535947	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
14540369--14540400	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
14540369--14540399	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
14543768--14543802	18	1.9	18	88	0	52	28	20	20	31	1.97
14553326--14553441	47	2.4	47	82	1	115	28	14	29	27	1.95
14553420--14553590	46	3.6	47	75	13	140	26	19	30	23	1.98
14554654--14554694	21	2.0	20	95	4	73	9	39	29	21	1.86
14554997--14555021	8	3.1	8	100	0	50	24	24	0	52	1.48
14557066--14557110	22	2.0	22	83	8	56	44	20	8	26	1.80
14560269--14560304	15	2.4	15	95	0	63	0	33	5	61	1.19
14562631--14562680	13	4.2	12	80	14	59	58	2	0	40	1.10
14565658--14565711	23	2.3	23	93	0	90	25	37	14	22	1.93
14567062--14567271	43	4.9	43	81	5	212	27	16	25	30	1.96
14567052--14567258	85	2.4	86	79	5	222	27	15	26	29	1.96
14578336--14578375	18	2.2	18	86	0	53	37	7	17	37	1.78
14578526--14578603	21	3.8	20	80	6	86	16	20	17	44	1.86
14580978--14581037	28	2.1	28	84	0	75	30	18	16	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14581843--14581874	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
14583021--14583164	42	3.3	42	82	5	137	52	11	6	29	1.63
14583011--14583505	45	11.4	44	72	10	269	52	12	6	29	1.64
14583124--14583505	87	4.4	87	86	6	515	52	12	5	29	1.62
14583259--14583502	41	5.8	40	73	15	186	54	12	5	27	1.61
14583124--14583523	86	4.6	87	84	6	472	53	12	6	28	1.62
14585236--14585368	56	2.4	56	83	2	160	23	28	25	22	1.99
14586437--14586500	25	2.6	25	87	0	83	32	14	26	26	1.94
14588189--14588274	25	3.5	24	81	10	95	23	23	23	30	1.99
14589356--14589490	56	2.4	56	84	0	171	24	27	25	22	2.00
14593562--14593589	3	9.3	3	100	0	56	32	35	0	32	1.58
14599700--14599749	24	2.0	24	84	3	64	26	10	18	46	1.80
14606286--14606324	19	2.0	20	90	5	62	69	0	0	30	0.89
14607818--14607907	23	4.0	22	70	21	60	56	5	5	32	1.45
14607846--14607988	25	5.9	25	71	16	95	54	4	6	33	1.49
14608536--14608631	30	3.2	30	87	0	147	18	6	46	28	1.73
14609289--14609585	87	3.4	87	77	7	280	36	19	14	29	1.92
14609377--14609609	88	2.6	86	79	12	249	36	19	13	30	1.90
14609523--14610140	77	8.1	76	80	11	624	33	20	16	28	1.95
14609523--14610120	151	3.9	150	81	10	689	32	21	17	28	1.96
14609525--14609970	229	2.0	221	87	4	642	32	22	16	27	1.96
14609460--14610211	151	4.8	155	80	11	608	33	20	16	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14610120--14610153	13	2.7	13	90	4	52	64	0	14	20	1.28
14610237--14610554	77	4.3	74	83	6	349	33	20	16	29	1.94
14610279--14610621	77	4.4	76	82	9	394	32	21	15	30	1.94
14610279--14610554	71	3.7	71	81	7	327	33	20	14	31	1.93
14610725--14610769	13	3.4	13	84	6	63	68	4	11	15	1.34
14610552--14610841	101	2.9	101	86	4	381	40	18	17	24	1.91
14610749--14610917	73	2.3	74	87	2	241	33	20	17	28	1.95
14620939--14620973	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
14621087--14621146	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
14621100--14621333	25	9.5	25	69	11	117	55	4	6	33	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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