genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58057278--58057633	27	13.2	27	86	2	455	27	22	9	40	1.84
58057638--58057815	27	6.6	27	81	2	196	36	19	17	25	1.94
58057638--58057817	54	3.3	54	83	3	227	36	19	17	26	1.94
58057646--58057815	81	2.1	81	84	2	216	36	20	18	25	1.94
58058033--58058084	27	2.0	26	92	3	86	21	25	19	34	1.96
58058199--58058257	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
58058422--58058496	27	2.8	27	86	6	91	17	24	21	37	1.94
58058613--58058720	6	17.8	6	76	16	107	20	16	13	49	1.80
58058613--58058720	30	3.6	30	88	6	164	20	16	13	49	1.80
58060565--58060614	25	2.0	25	96	0	91	44	14	20	22	1.86
58076080--58076131	25	2.1	25	85	3	70	25	19	21	34	1.96
58076335--58076691	27	13.3	27	82	3	344	25	18	18	36	1.94
58076336--58076691	54	6.6	54	86	1	421	25	18	18	37	1.94
58076649--58076716	27	2.5	27	92	0	109	29	8	22	39	1.84
58076336--58076664	81	4.1	80	86	3	426	25	19	18	37	1.94
58079379--58079456	33	2.4	33	79	12	88	30	19	25	24	1.98
58079519--58079627	45	2.4	45	90	0	164	38	17	22	21	1.93
58079611--58079815	46	4.5	45	91	2	293	44	12	21	20	1.85
58079787--58079842	29	1.9	29	88	0	85	48	8	25	17	1.76
58082813--58082857	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
58084272--58084674	200	2.0	200	97	0	761	35	9	19	35	1.84
58084798--58084921	45	2.8	45	85	4	162	38	15	22	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58084893--58085050	46	3.4	47	91	5	252	44	13	22	19	1.85
58085021--58085077	29	2.0	29	89	0	87	49	7	22	21	1.73
58091212--58091271	26	2.3	26	97	0	111	38	3	15	43	1.63
58091798--58091835	12	3.1	13	81	11	53	7	44	0	47	1.32
58092902--58092966	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
58093072--58093161	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
58093082--58093172	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
58094249--58094282	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
58100725--58100789	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
58100895--58100984	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
58100905--58100995	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
58100895--58101009	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
58110685--58110799	29	4.0	28	83	8	142	27	30	14	26	1.95
58113486--58113625	37	3.8	37	97	0	244	26	30	18	24	1.98
58113777--58113913	50	2.8	49	85	6	197	32	26	5	36	1.78
58113883--58114123	47	5.1	47	92	0	365	26	29	11	32	1.91
58113976--58114094	22	5.1	22	63	25	66	24	29	13	32	1.93
58119324--58119431	29	3.8	29	81	6	121	28	27	14	28	1.96
58119321--58119429	58	1.9	58	90	1	175	28	28	14	28	1.95
58123832--58123876	23	1.9	24	95	4	83	22	26	31	20	1.98
58123853--58124043	40	4.8	40	93	3	316	24	23	28	24	1.99
58123853--58124043	79	2.4	81	92	3	318	24	23	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58123853--58124069	79	2.8	80	87	5	300	24	22	28	24	2.00
58129692--58130081	47	8.4	47	95	1	664	32	8	29	28	1.88
58129692--58130081	139	2.8	139	95	1	674	32	8	29	28	1.88
58130200--58130278	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
58132886--58133108	39	5.6	40	80	8	240	25	23	26	24	2.00
58132886--58133143	118	2.2	119	81	7	285	25	23	25	24	2.00
58132886--58133143	79	3.3	78	78	11	258	25	23	25	24	2.00
58134656--58134688	12	2.8	12	95	0	57	30	18	27	24	1.98
58139051--58139129	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
58139248--58139470	47	4.7	47	92	1	331	28	31	8	30	1.87
58142794--58142942	77	1.9	77	95	0	271	32	11	16	40	1.84
58143828--58144058	40	5.8	40	88	3	315	24	22	29	23	1.99
58150155--58150184	16	1.9	16	93	6	53	50	6	0	43	1.28
58157321--58157394	30	2.5	30	90	0	121	36	12	20	31	1.89
58158746--58158789	23	1.9	23	85	0	61	36	6	11	45	1.67
58161109--58161256	48	3.1	48	87	3	217	37	6	24	31	1.81
58165765--58165988	40	5.6	40	83	7	276	24	23	27	24	2.00
58165765--58165962	83	2.4	83	86	5	271	23	23	28	24	2.00
58173729--58173953	40	5.6	40	87	6	312	23	23	28	24	2.00
58173729--58173953	83	2.8	80	87	6	328	23	23	28	24	2.00
58180096--58180269	46	3.8	45	80	9	190	27	18	29	25	1.98
58180099--58180409	47	6.7	47	77	11	218	27	17	30	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58180096--58180362	137	1.9	141	82	5	335	27	17	29	25	1.97
58182325--58182634	154	2.0	153	98	0	602	31	21	20	27	1.98
58183411--58183444	17	2.1	17	88	5	52	38	2	0	58	1.13
58183517--58183574	27	2.1	27	87	0	80	20	24	27	27	1.99
58187200--58187317	33	3.6	33	81	6	132	24	14	45	15	1.83
58189364--58189395	16	2.1	16	94	5	57	56	6	0	37	1.25
58189444--58189900	116	4.0	113	89	6	669	51	15	1	31	1.50
58189444--58189901	227	2.0	224	88	6	692	51	15	1	31	1.50
58190156--58190190	3	11.3	3	87	6	52	0	37	0	62	0.95
58190158--58190183	13	2.0	13	100	0	52	0	38	0	61	0.96
58190155--58190197	19	2.3	18	80	11	50	0	37	0	62	0.95
58190968--58191029	24	2.7	21	75	20	61	59	0	0	40	0.97
58190972--58191020	24	2.0	25	88	4	73	63	0	0	36	0.95
58196389--58196582	50	3.9	49	81	6	212	27	28	19	24	1.98
58196400--58196586	101	1.9	99	86	4	268	27	29	18	24	1.98
58198712--58198776	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
58198712--58198778	30	2.3	30	82	15	86	61	16	13	8	1.56
58201794--58201969	50	3.5	49	81	7	185	28	27	18	25	1.98
58201794--58201980	101	1.9	99	86	4	268	28	28	18	25	1.98
58204754--58204797	23	2.0	23	82	13	56	27	2	25	45	1.65
58207466--58207504	16	2.4	17	91	4	62	48	35	5	10	1.59
58208997--58209114	29	4.1	29	75	6	116	30	14	28	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58216309--58216545	47	5.0	50	73	17	209	24	30	16	28	1.96
58216311--58216583	47	5.8	45	74	15	193	25	30	15	28	1.96
58216309--58216586	94	2.9	93	80	10	291	25	30	16	28	1.96
58217960--58218000	21	2.0	21	100	0	82	39	2	14	43	1.59
58218646--58218737	39	2.4	39	94	1	159	23	25	30	20	1.99
58218646--58218756	39	2.8	39	89	2	125	23	27	29	19	1.98
58220463--58220538	17	4.4	16	70	19	55	64	3	3	27	1.29
58220463--58220513	13	4.3	11	83	11	57	66	0	3	29	1.09
58220828--58220858	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
58220830--58220866	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
58220841--58220974	60	2.2	63	82	9	161	63	5	4	26	1.37
58221284--58221356	18	4.0	18	73	16	78	16	1	57	24	1.47
58221302--58221401	29	3.2	29	77	11	74	17	3	50	30	1.61
58221298--58221372	37	2.0	37	94	0	132	16	2	53	28	1.56
58221630--58222055	133	3.2	133	90	0	663	27	21	20	30	1.98
58222978--58223050	24	3.0	24	74	9	60	0	26	2	71	1.00
58223012--58223053	12	3.4	12	80	6	57	0	23	0	76	0.79
58222991--58223054	13	4.8	13	75	11	58	0	21	1	76	0.87
58224251--58224329	14	5.5	14	75	14	63	0	26	1	72	0.93
58224279--58224329	13	3.9	14	92	5	72	0	29	0	70	0.87
58224239--58224340	51	2.0	50	83	5	125	0	26	0	72	0.91
58224246--58224337	24	3.7	25	78	13	91	0	26	1	72	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58224242--58224340	6	16.3	6	69	14	53	0	25	1	73	0.89
58226859--58226896	13	2.8	13	85	14	51	71	0	28	0	0.87
58228178--58228810	133	4.7	133	92	1	980	29	21	22	27	1.99
58228178--58228810	268	2.4	267	90	1	973	29	21	22	27	1.99
58229039--58229114	29	2.6	29	93	4	127	31	46	0	22	1.52
58229081--58229151	37	1.9	37	94	0	124	28	52	1	18	1.54
58229456--58229598	63	2.3	63	80	12	159	25	4	5	63	1.37
58229579--58229631	14	3.9	14	78	9	56	37	0	1	60	1.08
58229799--58229858	21	2.9	21	79	0	57	25	13	6	55	1.62
58229907--58229971	3	21.7	3	77	17	55	27	3	3	66	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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