genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81318182--81318217	17	2.1	18	94	5	65	16	0	5	77	0.94
81319534--81319823	145	2.0	145	99	0	571	33	20	16	29	1.94
81321910--81321955	9	5.1	9	86	0	65	47	10	8	32	1.69
81322157--81322197	19	2.1	20	82	13	50	26	31	0	41	1.56
81324584--81324736	43	3.4	43	73	13	153	34	14	16	34	1.89
81324579--81324860	94	3.0	94	92	2	451	35	13	17	32	1.89
81324627--81324802	51	3.6	51	73	12	170	34	13	17	34	1.89
81324790--81324934	74	2.0	74	82	5	177	41	12	17	28	1.86
81324929--81325808	45	19.1	44	72	15	341	34	15	19	30	1.93
81324976--81325794	96	8.8	89	72	13	383	33	15	19	30	1.93
81324977--81325224	44	5.6	44	87	2	151	34	16	18	30	1.93
81325341--81325804	45	9.9	45	76	9	347	33	15	20	31	1.93
81325440--81325804	141	2.6	140	85	5	511	33	14	19	32	1.92
81325349--81325699	186	1.9	186	86	1	497	32	15	21	31	1.94
81325629--81325891	96	2.7	94	79	6	296	34	13	19	32	1.91
81327501--81327546	24	2.0	24	83	8	60	32	2	0	65	1.05
81327782--81327825	15	2.8	15	86	6	52	20	6	2	70	1.21
81329318--81329413	33	2.8	35	72	20	87	46	3	0	50	1.17
81330669--81330712	5	8.4	5	92	7	70	43	0	0	56	0.99
81330671--81330715	21	2.2	21	96	4	83	44	0	0	55	0.99
81330671--81330715	2	25.0	2	79	20	55	44	0	0	55	0.99
81330669--81330712	16	2.8	16	96	3	81	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81331985--81332041	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
81332411--81332496	21	4.1	21	86	0	100	16	22	25	36	1.94
81337095--81337142	5	9.4	5	86	13	71	41	0	0	58	0.98
81337102--81337140	12	3.4	12	93	6	64	41	0	0	58	0.98
81338418--81338474	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
81338866--81338939	21	3.5	21	96	0	130	14	27	28	29	1.95
81338845--81338950	42	2.5	42	82	3	140	15	22	27	34	1.94
81341721--81341772	28	1.9	27	81	14	63	34	5	5	53	1.49
81341745--81341790	24	1.9	24	86	0	65	32	4	8	54	1.51
81341869--81341929	28	2.2	28	81	0	68	31	6	3	59	1.39
81341911--81341964	24	2.3	23	81	18	58	37	11	5	46	1.63
81354229--81354571	44	7.8	44	72	8	182	29	18	23	28	1.98
81354228--81354513	88	3.3	88	85	4	339	28	19	22	29	1.98
81356721--81356772	28	1.9	27	81	14	63	34	5	5	53	1.49
81356745--81356790	24	1.9	24	86	0	65	32	4	8	54	1.51
81356911--81356964	24	2.2	24	87	6	74	38	12	3	44	1.61
81362223--81362313	45	2.0	45	91	0	146	24	13	24	38	1.91
81362471--81362537	14	4.2	15	75	19	64	38	1	1	58	1.17
81364496--81364550	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
81365614--81365826	27	7.9	26	79	9	214	33	21	25	19	1.97
81365632--81365827	54	3.6	54	93	1	313	33	21	25	18	1.97
81367422--81367529	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81368207--81368243	19	1.9	19	94	0	65	51	2	13	32	1.55
81368323--81368400	30	2.6	30	78	11	88	55	7	2	34	1.42
81368438--81368499	23	2.7	22	85	7	79	59	8	0	32	1.26
81370386--81370420	14	2.6	13	86	8	52	48	8	14	28	1.73
81370352--81370566	89	2.4	89	85	1	297	33	18	16	30	1.94
81370508--81370879	74	4.9	73	74	14	279	32	20	16	31	1.94
81370733--81370872	71	2.0	71	87	2	201	32	22	16	29	1.95
81370571--81371696	160	6.9	158	74	16	934	34	18	15	31	1.93
81370835--81371073	90	2.6	91	84	3	320	36	17	15	30	1.91
81370995--81371366	74	4.9	73	74	14	279	32	20	16	31	1.94
81371220--81371359	71	2.0	71	87	2	201	32	22	16	29	1.95
81370352--81371696	487	2.8	487	97	0	2511	34	18	15	31	1.93
81371322--81371545	90	2.5	92	85	4	319	36	16	15	31	1.90
81371290--81371541	90	2.8	90	84	5	307	37	18	14	29	1.90
81371470--81371708	74	3.2	72	83	9	300	33	18	15	31	1.93
81391829--81391883	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
81392283--81392319	17	2.1	18	90	5	58	62	2	0	35	1.10
81392387--81392423	19	1.9	19	94	0	65	51	2	13	32	1.55
81392477--81392533	24	2.3	24	80	16	64	57	8	3	29	1.45
81392505--81392579	30	2.5	30	81	10	82	56	6	2	34	1.40
81392608--81392662	12	4.7	12	73	13	51	58	7	1	32	1.36
81392617--81392681	25	2.7	23	80	15	69	61	7	0	30	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81396205--81396236	16	2.0	16	100	0	64	56	6	6	31	1.49
81398103--81398163	26	2.3	26	80	8	70	65	3	3	27	1.24
81398121--81398173	9	6.0	9	84	6	56	60	3	1	33	1.26
81398242--81398285	19	2.3	19	92	0	70	61	0	4	34	1.16
81398801--81398845	16	2.8	16	86	6	56	26	11	11	51	1.71
81404667--81404734	34	2.0	34	88	5	102	22	29	19	29	1.98
81405412--81405486	35	2.1	35	95	0	132	14	33	28	24	1.94
81413156--81413244	42	2.1	42	100	0	178	30	4	17	47	1.68
81416100--81416156	24	2.4	24	79	5	62	40	1	0	57	1.09
81417468--81417515	22	2.2	22	85	7	62	37	8	4	50	1.52
81420556--81420688	66	2.0	66	82	0	158	37	21	8	32	1.83
81422915--81423064	75	2.0	74	93	1	255	22	26	18	33	1.96
81429762--81429791	12	2.6	11	90	10	51	26	3	0	70	1.03
81430215--81430244	14	2.1	14	93	0	51	30	0	0	70	0.88
81432010--81432039	14	2.1	14	93	0	51	33	10	13	43	1.77
81435626--81435673	20	2.5	20	87	9	66	68	2	0	29	1.01
81435625--81435687	18	3.5	17	83	10	72	63	1	0	34	1.04
81451290--81451811	126	4.1	127	84	3	633	38	14	16	30	1.89
81454125--81454176	21	2.6	19	77	11	59	36	3	9	50	1.54
81454127--81454171	21	2.1	21	87	0	63	37	4	6	51	1.49
81454206--81454330	23	5.7	21	71	15	69	34	4	5	55	1.45
81454243--81454313	25	3.0	25	77	6	67	30	5	7	56	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81454277--81454323	22	2.2	21	85	11	60	34	2	6	57	1.36
81454277--81454330	20	2.5	22	82	8	58	33	3	5	57	1.40
81454286--81454357	22	3.2	22	74	16	58	34	1	5	58	1.30
81454378--81454440	13	4.7	13	78	18	58	36	1	6	55	1.35
81454388--81454440	15	3.5	15	92	5	81	37	1	3	56	1.28
81458289--81458333	22	2.0	22	91	0	72	28	20	6	44	1.76
81466634--81466905	78	3.7	73	87	6	386	30	17	19	32	1.95
81466852--81467082	88	2.6	89	83	8	267	27	13	19	38	1.90
81468745--81468809	29	2.2	31	78	13	73	24	4	3	67	1.24
81468926--81468986	24	2.6	23	77	15	63	32	3	6	57	1.41
81469109--81469148	17	2.4	17	87	8	55	40	0	5	55	1.22
81469109--81469150	19	2.2	19	86	0	57	40	0	4	54	1.21
81469116--81469152	19	1.9	19	94	0	65	37	0	2	59	1.12
81469486--81469537	21	2.7	18	75	18	59	30	3	9	55	1.50
81469582--81469674	25	3.7	25	74	5	64	32	4	6	56	1.44
81474701--81474748	4	12.8	4	86	8	57	75	4	0	20	0.97
81474925--81475114	3	63.3	3	73	13	108	64	4	5	25	1.34
81475016--81475089	31	2.4	31	79	2	76	63	4	9	22	1.41
81479499--81479554	26	2.2	26	93	0	94	32	5	25	37	1.78
81481176--81481288	27	4.2	27	82	3	120	16	24	23	35	1.95
81481174--81481297	54	2.3	54	84	2	160	16	25	23	33	1.96
81483932--81483984	16	3.4	16	74	10	65	64	3	5	26	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81488279--81488321	9	4.8	9	94	0	77	23	9	30	37	1.86
81490590--81490633	23	2.0	22	82	13	54	25	4	6	63	1.38
81493467--81493559	47	2.0	47	97	0	177	36	10	26	25	1.89
81504674--81504835	82	2.0	83	95	2	290	45	12	20	21	1.83
81507916--81507953	16	2.4	16	86	8	51	18	2	5	73	1.14
81510128--81510173	24	1.9	24	90	0	74	41	19	19	19	1.91
81510353--81510407	24	2.3	23	81	3	65	36	14	21	27	1.93
81515231--81515402	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
81515224--81515399	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
81522787--81522958	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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