genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
799277--799320	16	2.7	16	78	3	52	72	2	4	20	1.13
799557--799581	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
800385--800423	13	3.1	12	92	7	60	0	12	0	87	0.55
813903--813928	6	4.3	6	100	0	52	19	34	0	46	1.50
817156--817231	39	1.9	39	97	0	143	32	18	14	34	1.91
817159--817242	39	2.2	39	91	0	132	35	17	13	33	1.89
820549--820586	19	2.0	19	94	0	67	63	0	2	34	1.09
820552--820586	9	3.8	9	88	7	52	65	0	2	31	1.07
820663--820704	9	4.8	9	82	2	50	21	9	0	69	1.17
820661--820697	18	2.1	18	89	0	56	27	8	0	64	1.21
821201--821273	31	2.4	29	78	10	83	45	19	9	26	1.80
824733--824822	37	2.5	37	87	5	121	43	27	11	17	1.83
832342--832476	66	2.0	66	98	0	261	42	12	14	30	1.83
833007--833063	30	1.9	30	88	0	87	26	28	24	21	1.99
836354--836379	13	2.0	13	100	0	52	46	7	30	15	1.74
837706--837758	26	2.0	26	85	7	72	56	3	3	35	1.35
838017--838157	6	23.0	6	69	16	60	41	1	4	53	1.29
838023--838166	76	1.9	75	97	1	270	40	1	5	52	1.33
842210--842235	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
842263--842309	15	3.1	15	84	9	60	59	2	4	34	1.29
843812--843837	13	2.0	13	100	0	52	23	15	38	23	1.92
848576--848629	21	2.6	21	93	0	90	16	31	27	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
850060--850235	46	3.8	46	76	12	189	20	20	29	29	1.98
850057--850227	93	1.8	93	91	0	279	20	21	29	28	1.98
852078--852220	72	2.0	71	93	1	241	22	23	31	23	1.98
852835--853265	17	25.2	17	66	15	70	58	1	2	37	1.20
852848--852962	21	6.4	17	67	25	51	58	1	1	38	1.19
852834--853117	91	3.1	91	95	0	514	58	1	1	38	1.19
852901--853199	21	13.6	21	69	20	132	59	1	2	37	1.19
852905--853279	21	19.8	17	67	23	68	58	1	2	37	1.20
853051--853253	81	2.5	81	86	6	261	59	1	2	35	1.22
853190--853216	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
853169--853284	60	1.9	60	91	3	189	57	0	3	37	1.21
853185--853290	19	5.4	18	75	17	95	59	0	2	36	1.19
856035--856123	27	3.1	27	72	17	81	44	5	13	35	1.67
864736--864775	20	2.0	20	85	0	53	42	20	7	30	1.79
869413--869463	26	2.0	27	84	7	70	25	15	19	39	1.91
870937--871040	26	4.0	26	87	2	147	36	22	6	34	1.80
870937--871040	52	2.0	52	90	0	163	36	22	6	34	1.80
876291--876346	28	2.0	28	100	0	112	28	10	17	42	1.83
883285--883322	18	2.1	18	90	0	58	78	10	0	10	0.95
885715--885739	13	1.9	13	100	0	50	8	4	8	80	1.03
886903--887190	47	6.1	47	96	0	486	24	29	11	34	1.91
886863--887190	94	3.5	94	89	3	464	24	30	11	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899694--899761	15	4.4	15	74	18	59	45	0	1	52	1.09
899775--899821	13	3.3	14	80	14	51	46	0	2	51	1.13
899824--899885	20	3.2	20	76	15	67	50	0	0	50	1.00
900652--900690	20	2.0	19	95	5	69	28	0	10	61	1.28
901517--901543	6	4.5	6	100	0	54	62	18	18	0	1.32
907921--907953	16	2.1	16	100	0	66	30	21	12	36	1.90
914334--914387	23	2.4	22	78	6	63	35	1	1	61	1.18
920590--920662	31	2.2	34	83	11	98	42	1	0	56	1.08
920631--920718	19	4.6	19	76	10	65	44	1	2	52	1.21
920618--920730	29	3.9	28	76	5	109	42	1	1	53	1.21
920632--920720	10	9.4	9	74	13	63	43	1	2	52	1.20
921386--921456	37	1.9	36	82	2	88	49	5	2	42	1.41
921570--921621	19	2.7	19	79	8	52	75	1	3	19	1.06
921565--921682	18	6.6	17	73	10	85	72	2	6	17	1.17
921652--921683	9	3.6	9	95	0	55	78	0	9	12	0.97
924955--924989	15	2.3	15	90	0	52	68	20	2	8	1.29
929282--929337	28	2.0	28	96	0	103	41	28	16	14	1.87
931190--931235	23	2.0	23	100	0	92	26	21	17	34	1.95
936482--936507	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
949804--950028	40	5.7	40	84	5	278	25	22	27	25	2.00
949804--950061	119	2.2	119	79	6	265	26	21	27	24	1.99
951381--951599	47	4.7	47	90	2	350	31	8	30	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
951381--951643	94	2.8	94	85	3	350	32	8	30	27	1.87
951381--951639	47	5.5	47	87	2	207	32	8	30	27	1.87
951381--951643	141	1.9	141	85	3	368	32	8	30	27	1.87
953086--953110	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
953579--953771	100	2.0	100	84	7	261	45	1	4	48	1.31
954957--954995	4	9.8	4	88	0	60	51	23	2	23	1.61
967927--968034	26	4.2	26	92	0	180	32	8	24	35	1.85
969231--969371	27	5.2	27	84	10	182	17	24	22	34	1.96
969231--969371	54	2.6	53	89	4	219	17	24	22	34	1.96
972740--972870	66	2.0	66	83	5	167	41	17	24	16	1.89
973952--973977	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
974563--974614	26	2.0	26	100	0	104	34	11	7	46	1.69
977552--977782	118	2.0	118	92	0	390	28	31	17	22	1.97
978735--978773	21	2.0	21	90	10	64	79	0	5	15	0.90
990147--990220	35	2.1	35	97	0	139	41	5	10	41	1.63
1000026--1000137	43	2.6	43	88	2	163	32	31	23	13	1.93
1000130--1000213	38	2.2	38	86	0	123	30	28	21	19	1.97
1006993--1007053	29	2.1	29	81	6	70	72	3	0	24	1.00
1017828--1017864	17	2.1	18	85	14	51	64	0	2	32	1.07
1021562--1021615	20	2.7	19	75	16	56	11	29	22	37	1.89
1023377--1023439	30	2.1	31	90	3	101	26	6	23	42	1.78
1030606--1030643	17	2.2	17	90	0	58	42	7	0	50	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1033445--1033528	31	2.7	31	90	1	134	28	26	16	28	1.97
1033552--1033685	42	3.2	42	96	0	250	33	20	14	31	1.92
1033833--1033903	25	2.8	25	89	6	99	30	22	22	23	1.99
1034761--1034911	27	5.7	26	70	14	83	29	12	17	40	1.87
1034784--1034912	27	4.8	26	74	11	109	29	10	20	39	1.86
1034911--1035054	27	5.3	27	89	3	200	38	8	25	27	1.84
1034895--1035074	81	2.2	80	74	6	184	37	8	22	31	1.84
1038418--1038573	47	3.3	47	82	4	192	33	9	29	26	1.88
1038644--1038728	40	2.2	40	86	2	118	17	21	31	29	1.96
1041913--1042027	31	3.7	31	95	1	205	28	26	16	27	1.97
1042051--1042184	42	3.2	42	96	0	250	34	20	14	30	1.93
1042332--1042401	25	2.8	25	93	4	115	25	24	25	24	2.00
1043209--1043273	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
1043209--1043313	27	3.9	26	73	12	77	22	20	19	38	1.94
1043280--1043472	27	7.2	26	75	8	136	28	11	20	38	1.88
1043275--1043472	54	3.7	53	79	7	184	28	11	20	38	1.88
1043307--1043499	81	2.4	81	79	7	196	30	10	21	37	1.87
1043462--1043605	27	5.3	27	88	3	200	40	8	22	28	1.83
1043446--1043619	81	2.2	80	73	6	181	38	8	20	32	1.83
1061640--1061675	18	2.0	18	94	0	63	63	2	0	33	1.08
1061627--1061693	31	2.1	33	83	5	84	62	5	4	26	1.38
1066472--1066535	31	2.1	31	85	5	85	54	7	10	26	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1069510--1069610	3	33.7	3	69	20	52	61	4	5	27	1.40
1069563--1069688	57	2.2	58	78	13	138	61	6	2	30	1.34
1070006--1070043	17	2.2	18	86	13	53	68	5	2	23	1.23
1069987--1070047	18	3.2	18	73	13	50	62	3	3	31	1.27
1071167--1071220	18	3.0	18	78	8	56	18	1	38	40	1.61
1077936--1077987	25	2.1	25	100	0	104	44	11	7	36	1.70
1080547--1080627	31	2.7	30	83	11	94	33	12	11	43	1.78
1087075--1087110	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
1087303--1087354	20	2.5	20	73	14	52	30	0	17	51	1.45
1094826--1094865	11	3.6	11	82	0	53	20	10	10	60	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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