genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88067704--88067855	70	2.2	71	86	4	227	23	15	23	38	1.93
88067788--88068415	140	4.5	140	96	1	1132	25	16	20	37	1.93
88068253--88068286	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
88068335--88068561	72	3.0	72	83	12	278	30	16	18	34	1.93
88068515--88068610	49	2.0	49	95	0	174	31	16	19	32	1.94
88068710--88068771	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
88069598--88069644	24	2.0	24	95	0	85	65	27	0	6	1.16
88071616--88071664	20	2.5	19	80	3	53	63	0	2	34	1.06
88075325--88075359	13	2.9	12	91	8	54	77	0	0	22	0.78
88075348--88075395	21	2.3	20	83	16	62	62	6	6	25	1.42
88077277--88077858	45	12.9	44	67	15	138	30	22	16	30	1.96
88077286--88077674	139	2.8	138	79	6	385	30	22	16	30	1.96
88077521--88077938	179	2.3	179	90	1	667	29	21	16	32	1.95
88077831--88078033	93	2.2	93	93	0	343	28	19	17	34	1.94
88078015--88078117	45	2.3	45	94	0	188	25	25	17	32	1.97
88079009--88079065	8	6.8	8	78	9	60	1	14	1	82	0.83
88082272--88082464	35	5.5	35	87	4	275	30	11	24	33	1.91
88083543--88083587	16	2.6	17	82	13	56	42	8	20	28	1.82
88086013--88086047	13	2.9	12	91	8	54	77	0	0	22	0.78
88086036--88086083	21	2.3	20	83	16	62	62	6	6	25	1.42
88086213--88086259	18	2.6	18	83	12	60	68	4	2	25	1.19
88086337--88086365	14	2.0	15	93	6	51	65	0	6	27	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88092422--88092455	7	5.1	7	86	13	54	32	0	0	67	0.91
88092422--88092455	12	2.6	14	90	9	54	32	0	0	67	0.91
88095664--88095712	6	7.7	6	86	6	53	16	0	6	77	0.96
88095664--88095703	21	1.9	21	90	10	64	17	0	7	75	1.03
88095664--88095714	27	1.9	26	88	11	77	15	0	5	78	0.93
88095659--88095714	26	2.1	27	84	12	73	14	1	5	78	1.00
88099016--88099047	5	6.4	5	96	0	55	40	3	0	56	1.15
88102236--88102326	43	2.1	43	86	8	123	29	25	30	14	1.95
88111892--88111938	22	2.0	24	88	8	71	46	2	0	51	1.13
88113475--88113528	21	2.6	21	90	0	90	22	9	38	29	1.85
88117270--88117319	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
88121899--88121948	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
88125187--88125229	22	2.0	22	86	9	61	27	9	0	62	1.25
88129560--88129584	5	5.0	5	100	0	50	40	40	0	20	1.52
88135138--88135197	30	2.0	30	96	0	111	30	35	16	18	1.93
88136305--88136388	42	2.0	42	95	0	150	29	20	20	29	1.97
88138746--88138782	5	7.6	5	82	17	51	81	0	0	18	0.70
88140260--88140356	49	2.0	48	85	2	131	44	14	18	22	1.86
88141478--88141504	6	4.5	6	100	0	54	37	29	18	14	1.91
88144755--88144852	49	2.0	49	89	0	151	41	15	20	22	1.89
88153870--88153950	21	4.0	21	87	3	103	44	18	17	19	1.87
88156850--88156896	22	2.1	22	92	0	76	10	19	40	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88157969--88158016	20	2.4	20	82	0	60	33	22	14	29	1.94
88158779--88158824	6	7.3	6	80	9	56	0	23	0	76	0.79
88158779--88158828	18	2.6	19	87	6	66	0	28	0	72	0.86
88158841--88158887	24	1.9	25	91	4	78	10	10	2	76	1.10
88162541--88162567	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
88163076--88163126	23	2.2	24	82	10	61	37	3	1	56	1.29
88165862--88166012	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
88172137--88172277	53	2.7	53	86	2	176	25	17	26	30	1.97
88175254--88175337	23	3.6	22	80	10	87	40	0	2	57	1.12
88175277--88175342	10	6.9	10	75	16	68	43	0	1	54	1.09
88175275--88175341	23	2.9	23	86	6	91	41	0	1	56	1.08
88192766--88192922	41	3.7	42	71	11	113	26	17	27	28	1.98
88193341--88193419	33	2.2	36	82	17	119	25	0	25	49	1.51
88193355--88193422	33	2.1	33	100	0	136	25	0	23	51	1.48
88213204--88213372	91	1.8	93	93	2	297	28	28	21	20	1.98
88213198--88213369	46	3.8	45	78	14	201	29	29	20	20	1.98
88222164--88222210	24	2.0	24	95	0	85	38	12	12	36	1.82
88226197--88226287	29	3.1	29	98	1	173	26	0	21	51	1.48
88227414--88227502	45	2.0	45	100	0	178	38	6	20	34	1.79
88228485--88228644	52	3.1	52	80	4	178	25	18	26	30	1.98
88234272--88234317	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
88235736--88235764	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88238601--88238653	28	1.9	28	88	3	81	28	24	16	30	1.97
88238578--88238749	60	2.8	61	80	10	167	27	23	19	29	1.99
88239396--88239429	16	2.2	15	89	5	50	2	20	26	50	1.63
88239952--88240591	317	2.0	317	99	0	1262	40	10	22	26	1.85
88241393--88241438	19	2.5	19	86	6	60	43	8	0	47	1.34
88246222--88246272	26	2.0	25	82	14	61	45	7	3	43	1.51
88247209--88247234	10	2.6	10	100	0	52	19	7	0	73	1.07
88250464--88250492	12	2.4	12	100	0	58	44	0	6	48	1.29
88260431--88260469	4	9.5	4	88	5	51	0	30	0	69	0.89
88260432--88260478	12	3.7	13	78	13	53	0	29	0	70	0.88
88262549--88262662	43	2.7	42	83	4	147	29	15	24	29	1.96
88264844--88265208	46	8.0	46	92	1	527	21	24	15	38	1.92
88264844--88265208	183	2.0	183	87	1	534	21	24	15	38	1.92
88267370--88267406	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
88271441--88271466	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
88290568--88290592	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
88290580--88290638	31	1.9	31	86	6	84	57	3	0	38	1.15
88293558--88293599	21	2.0	21	100	0	84	28	14	19	38	1.90
88299091--88299184	43	2.2	43	83	9	111	40	17	20	22	1.91
88301231--88301258	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
88305819--88305916	49	2.0	49	97	0	187	40	17	12	29	1.86
88309404--88309459	28	2.0	27	93	3	94	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88309924--88309976	23	2.3	23	75	12	54	66	7	0	26	1.18
88311843--88311873	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
88313657--88313788	26	5.1	26	97	0	248	31	7	25	34	1.84
88327376--88327408	13	2.4	14	85	15	50	0	12	15	72	1.12
88327718--88327748	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
88327735--88327803	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
88327769--88327821	27	1.9	28	88	3	81	58	5	0	35	1.22
88331830--88331940	37	3.0	37	94	0	186	28	20	12	37	1.90
88339447--88339557	37	3.0	37	94	0	186	28	20	12	37	1.90
88342400--88342462	27	2.3	27	81	5	83	38	36	6	19	1.77
88345491--88345534	21	2.0	22	95	4	81	22	43	9	25	1.82
88356336--88356395	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
88356345--88356378	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
88362767--88362826	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
88362776--88362809	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
88367276--88367335	30	2.0	30	86	0	84	56	13	3	26	1.52
88369923--88370080	48	3.3	48	79	3	174	35	15	16	32	1.91
88371005--88371061	15	3.7	16	77	13	57	43	7	1	47	1.40
88373119--88373148	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
88379309--88379375	33	2.0	33	97	0	125	22	20	22	34	1.97
88379575--88379620	14	3.3	13	84	9	56	21	2	0	76	0.90
88379591--88379620	15	1.9	16	93	6	53	23	3	0	73	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88380547--88380597	16	3.3	15	86	8	66	86	0	7	5	0.71
88380547--88380597	11	4.9	10	81	13	50	86	0	7	5	0.71
88381168--88381197	15	2.0	15	100	0	60	53	0	6	40	1.27
88386708--88386753	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
88392942--88392976	12	2.9	12	86	0	52	45	2	8	42	1.49
88392990--88393152	3	55.0	3	67	9	66	59	1	9	29	1.37
88393082--88393149	21	3.2	21	81	8	84	60	0	11	27	1.32
88393348--88393393	23	2.0	23	87	8	67	60	6	2	30	1.34
88393557--88393777	3	72.3	3	68	20	74	61	4	3	31	1.32
88395342--88395439	45	2.2	44	82	8	110	27	22	15	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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