genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.304.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99155667--99155709	15	2.9	15	82	3	61	23	2	27	46	1.64
99155731--99155803	14	5.4	14	74	9	62	19	0	43	36	1.51
99155785--99155836	14	3.6	14	73	14	52	25	0	34	40	1.56
99155977--99156019	22	2.0	22	86	9	61	20	0	30	48	1.50
99159234--99159294	30	2.0	30	90	0	95	24	16	16	42	1.88
99160724--99160763	21	1.9	21	100	0	80	27	20	52	0	1.46
99161061--99161203	43	3.3	43	83	1	198	25	18	24	31	1.98
99168966--99169001	17	2.3	15	90	9	54	63	5	0	30	1.17
99170629--99170781	43	3.5	42	82	4	162	25	17	30	26	1.97
99170624--99170781	86	1.8	86	82	2	201	25	18	29	25	1.98
99170858--99170970	31	3.5	32	89	3	156	62	21	4	11	1.45
99171646--99171674	14	2.1	14	93	6	51	55	6	0	37	1.27
99178400--99178645	74	3.3	74	86	3	316	35	21	14	28	1.93
99179173--99179203	16	1.9	16	100	0	62	29	0	25	45	1.54
99185712--99185771	30	2.0	31	86	3	86	26	11	6	55	1.60
99201262--99201293	13	2.5	13	100	0	64	31	6	9	53	1.58
99204851--99204885	18	1.9	18	88	0	52	0	17	31	51	1.45
99218487--99218533	14	3.5	14	78	21	55	59	4	2	34	1.29
99221093--99221138	21	2.2	21	84	0	56	67	6	13	13	1.41
99222717--99222748	15	2.1	15	100	0	64	18	12	12	56	1.67
99235617--99235647	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
99243618--99243674	19	2.9	19	76	2	60	66	0	7	26	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99244332--99244362	14	2.2	14	94	0	53	22	0	3	74	0.96
99244301--99244375	9	8.4	9	73	24	61	21	1	2	74	1.01
99244306--99244376	23	3.3	21	78	16	74	22	1	1	74	0.97
99249142--99249173	16	2.1	15	94	5	55	18	21	9	50	1.75
99253954--99253984	11	2.8	11	100	0	62	16	9	9	64	1.48
99255455--99255603	31	4.8	31	89	0	208	26	18	27	26	1.98
99255674--99255797	49	2.6	49	85	3	155	29	16	25	29	1.96
99261922--99261949	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
99275479--99275524	3	15.7	3	90	4	76	30	0	2	67	1.03
99282785--99282951	46	3.6	46	90	3	232	22	22	13	42	1.87
99286392--99286482	25	3.6	26	79	5	98	41	18	23	16	1.90
99292188--99292246	29	2.1	29	84	12	79	45	1	0	52	1.10
99299085--99299135	26	2.0	26	84	3	68	60	3	1	33	1.26
99299823--99299877	27	2.1	27	83	9	71	61	1	3	32	1.24
99302740--99302901	42	3.7	42	82	12	175	28	27	15	28	1.96
99303013--99303099	31	2.8	31	94	3	149	24	28	20	26	1.99
99303075--99303251	50	3.5	50	89	0	273	25	23	14	35	1.93
99326908--99327015	26	4.2	26	90	0	162	35	7	21	36	1.81
99328495--99328546	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
99329684--99329731	23	2.1	23	100	0	96	22	20	16	39	1.92
99336589--99336634	17	2.7	18	84	15	62	47	0	0	52	1.00
99339475--99339515	21	1.9	22	85	5	57	56	17	7	19	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99344522--99344559	3	13.0	3	86	5	51	0	39	0	60	0.97
99348095--99348161	17	4.2	16	81	11	66	68	1	1	28	1.07
99348095--99348130	8	4.4	8	86	6	54	66	0	0	33	0.92
99348108--99348182	31	2.4	30	84	8	89	66	2	1	29	1.13
99352233--99352277	22	2.0	22	82	0	54	51	2	2	44	1.26
99352242--99352294	21	2.5	21	81	9	54	41	3	3	50	1.38
99353445--99353492	22	2.3	21	80	13	55	31	0	2	66	1.03
99353550--99353613	24	2.8	24	86	9	80	73	3	1	21	1.06
99357063--99357089	13	2.1	13	100	0	54	37	55	0	7	1.28
99357044--99357128	42	2.0	42	95	0	152	36	47	3	12	1.59
99357103--99357128	13	2.0	13	100	0	52	38	46	0	15	1.46
99357475--99357536	24	2.7	22	85	11	81	27	9	1	61	1.37
99358366--99358677	125	2.5	125	87	0	435	28	14	18	38	1.90
99358375--99358718	125	2.7	125	83	3	388	28	15	17	38	1.90
99359320--99359360	22	1.9	22	90	5	66	31	12	0	56	1.36
99359633--99359661	13	2.1	14	93	6	51	82	0	17	0	0.66
99360895--99360950	19	3.1	17	76	14	58	35	3	0	60	1.14
99360905--99360954	19	2.7	19	79	14	59	38	2	0	60	1.09
99361091--99361146	27	2.0	29	82	6	71	35	12	5	46	1.65
99362665--99363023	182	2.0	184	94	2	634	25	18	25	30	1.98
99368859--99368890	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
99368985--99369226	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99368985--99369234	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
99372449--99372478	10	3.1	10	90	9	53	50	0	0	50	1.00
99372804--99373008	102	2.0	102	97	0	383	17	34	18	30	1.93
99375113--99375144	16	2.0	16	100	0	64	68	6	6	18	1.32
99379470--99379494	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
99380655--99380698	22	2.0	23	86	4	63	50	4	0	45	1.22
99405780--99405815	16	2.2	16	95	0	63	36	5	13	44	1.68
99408726--99408783	29	1.9	31	89	6	93	63	5	6	24	1.40
99409295--99409369	25	2.9	25	84	6	87	20	4	10	65	1.40
99410124--99410162	20	2.0	20	94	0	69	56	0	0	43	0.99
99414076--99414113	16	2.3	17	81	4	51	50	0	2	47	1.15
99419230--99419256	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
99427309--99427344	16	2.2	17	90	5	56	52	0	0	47	1.00
99431823--99431866	17	2.7	15	80	19	52	52	0	9	38	1.33
99432142--99432174	14	2.3	15	89	5	50	51	6	0	42	1.26
99435588--99435613	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
99438149--99438209	32	1.9	31	86	3	86	50	9	1	37	1.45
99441893--99441934	20	2.0	21	86	4	59	35	2	0	61	1.09
99457937--99458001	32	2.0	32	96	0	121	46	6	9	38	1.61
99465310--99465379	35	2.0	35	100	0	140	40	17	14	28	1.88
99472172--99472234	30	2.1	30	93	0	108	49	20	6	23	1.72
99491603--99491637	16	2.1	17	89	10	54	34	2	2	60	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99491706--99491758	22	2.4	21	78	12	54	49	1	3	45	1.31
99491819--99491859	21	2.0	21	90	9	68	65	0	0	34	0.93
99495646--99495756	39	2.9	39	89	4	163	28	18	6	46	1.73
99496270--99496299	12	2.6	11	90	10	51	80	0	0	20	0.72
99504701--99504734	17	2.0	17	94	0	59	58	5	2	32	1.37
99504707--99504755	6	8.3	6	79	4	55	59	2	2	36	1.21
99504701--99504755	18	3.1	17	84	2	56	58	3	3	34	1.33
99518943--99519012	31	2.3	31	82	0	86	28	25	20	25	1.99
99518967--99519058	46	2.0	46	89	0	139	27	23	22	26	2.00
99519013--99519071	31	1.9	31	100	0	118	25	25	20	28	1.99
99519051--99519278	50	4.5	50	88	1	330	27	21	15	35	1.93
99522944--99522978	16	2.1	17	89	5	54	60	2	5	31	1.35
99524828--99524881	26	2.0	27	92	3	92	27	16	18	37	1.93
99524864--99524928	31	2.1	31	97	0	121	43	15	12	29	1.83
99536022--99536087	20	3.2	21	72	8	64	21	3	27	48	1.64
99539322--99539391	34	2.1	34	100	0	140	32	2	27	37	1.72
99541543--99541576	18	1.9	17	88	5	50	47	0	0	52	1.00
99548505--99548545	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
99548508--99548548	20	2.0	20	90	0	64	73	7	0	19	1.07
99552276--99552302	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
99552162--99552636	117	3.9	120	87	5	647	38	12	29	20	1.89
99551928--99552640	234	3.0	230	87	5	973	38	13	28	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99551935--99552636	360	1.9	363	89	4	1085	38	12	28	20	1.89
99556316--99556344	14	2.0	15	93	6	51	0	6	3	89	0.57
99560534--99560605	36	2.0	36	100	0	144	41	13	8	36	1.75
99571341--99571367	14	1.9	14	100	0	54	88	0	11	0	0.50
99581630--99581698	28	2.5	27	80	17	79	63	1	2	31	1.18
99583926--99584342	231	1.8	231	95	0	762	29	5	16	49	1.68
99587018--99587160	58	2.4	59	81	5	173	41	7	18	32	1.79
99589444--99589468	12	2.1	12	100	0	50	32	28	8	32	1.86
99592599--99592638	19	2.0	20	85	4	55	50	2	2	45	1.28
99602194--99602236	22	2.0	22	85	0	59	62	20	9	6	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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