genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24078843--24078912	25	2.8	25	82	0	77	17	17	14	51	1.77
24078806--24078916	31	3.6	31	70	13	93	19	18	13	48	1.80
24082842--24082954	43	2.7	43	78	6	131	32	26	15	24	1.96
24089585--24089622	10	3.6	10	86	13	58	60	0	0	39	0.97
24089585--24089617	12	2.9	12	91	8	52	60	0	0	39	0.97
24098219--24098405	40	4.7	40	84	2	250	24	26	24	24	2.00
24098211--24098405	80	2.4	80	91	1	302	23	27	24	24	2.00
24106295--24106474	78	2.4	77	90	4	276	24	28	22	24	2.00
24106277--24106469	38	5.0	39	83	8	227	24	29	22	23	1.99
24109722--24110035	46	6.7	46	73	10	183	27	19	28	25	1.98
24109908--24110036	49	2.6	48	81	7	145	29	20	26	24	1.99
24109771--24110032	142	1.9	138	85	4	364	27	18	28	25	1.98
24113397--24113479	43	1.9	43	80	9	98	30	30	16	22	1.96
24114332--24114361	11	2.6	11	94	5	51	10	6	3	80	1.01
24116170--24116221	27	2.0	26	84	3	68	34	21	28	15	1.94
24119886--24119946	30	2.0	30	87	0	86	29	22	8	39	1.83
24122285--24122491	109	2.0	108	88	8	322	33	14	5	46	1.68
24122290--24122501	100	2.0	108	87	8	314	33	16	4	45	1.68
24130286--24130398	49	2.3	49	77	11	115	31	18	25	23	1.97
24135674--24135787	29	4.0	29	82	10	128	29	29	14	26	1.95
24135674--24135774	29	3.5	29	86	4	134	29	30	14	24	1.95
24139537--24139654	46	2.6	46	82	5	141	27	22	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24143852--24143974	48	2.6	48	84	2	160	27	21	15	34	1.94
24144310--24144369	30	2.0	31	83	3	77	30	26	6	36	1.82
24146374--24146488	29	4.0	28	85	2	140	29	13	27	28	1.95
24146374--24146488	57	2.0	57	86	3	160	29	13	27	28	1.95
24157534--24157612	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
24157731--24158249	47	11.1	47	93	0	826	28	30	8	32	1.87
24160070--24160094	13	1.9	13	100	0	50	0	16	0	84	0.63
24170603--24170727	46	2.7	46	84	10	141	20	20	29	30	1.97
24182091--24182116	13	2.0	13	100	0	52	23	38	23	15	1.92
24186362--24186437	31	2.5	31	93	2	127	27	23	18	30	1.98
24186656--24186724	24	2.8	24	88	4	93	26	23	23	27	2.00
24187534--24187599	27	2.4	27	82	5	80	22	22	16	37	1.93
24187637--24187840	27	7.5	27	75	6	160	30	7	19	42	1.79
24187698--24188007	27	11.5	27	80	2	167	33	6	22	37	1.79
24187637--24187872	54	4.3	54	74	8	174	31	7	19	41	1.79
24187807--24187962	81	1.9	81	81	0	186	37	5	23	33	1.77
24188171--24188215	17	2.6	17	100	0	90	11	37	33	17	1.85
24190790--24190966	49	3.6	49	77	4	185	26	15	26	31	1.96
24190789--24190972	99	1.9	99	88	0	278	26	15	26	31	1.96
24194320--24194384	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
24194502--24194572	28	2.5	28	90	0	106	25	26	16	30	1.97
24194500--24194591	28	3.2	28	84	1	85	23	25	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24195660--24195693	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
24195921--24195949	12	2.4	12	100	0	58	17	24	51	6	1.69
24201894--24201925	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
24202172--24202236	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
24202342--24202405	28	2.3	29	94	5	114	17	23	25	34	1.96
24202354--24202432	28	2.8	28	84	5	79	24	21	18	35	1.96
24225819--24225850	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
24239187--24239226	16	2.6	16	84	4	55	47	15	20	17	1.83
24239327--24239366	9	4.3	9	84	6	53	27	20	37	15	1.92
24239448--24239554	29	3.8	28	74	10	101	27	14	31	26	1.95
24243656--24243707	16	3.2	16	78	10	61	48	19	23	9	1.78
24243656--24243707	8	6.5	8	80	6	52	48	19	23	9	1.78
24243656--24243707	24	2.2	24	85	0	68	48	19	23	9	1.78
24243663--24243713	24	2.1	24	88	0	75	47	15	23	13	1.82
24243822--24243857	18	1.9	19	88	5	56	22	16	44	16	1.86
24243940--24244043	29	3.6	28	74	15	97	27	14	31	25	1.95
24243929--24244041	57	2.0	57	82	8	140	30	13	29	27	1.94
24246518--24246606	45	2.0	45	91	4	144	31	16	23	28	1.96
24246584--24246646	24	2.7	23	90	2	81	31	22	26	19	1.97
24246596--24246646	24	2.1	24	96	0	93	31	23	25	19	1.98
24246524--24246620	45	2.2	44	84	3	122	34	19	21	24	1.97
24250423--24250572	27	5.6	27	87	6	205	37	20	13	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24250419--24250572	81	1.9	81	89	2	238	36	20	14	28	1.92
24251787--24251872	30	2.9	30	79	8	95	30	22	16	31	1.95
24253458--24253486	11	2.6	11	100	0	58	79	6	0	13	0.93
24254396--24254459	5	12.6	5	76	12	51	79	3	14	3	0.97
24254406--24254459	11	5.1	11	76	13	51	79	3	14	1	0.95
24254583--24254612	12	2.5	12	94	0	51	63	0	20	16	1.31
24256743--24256828	30	2.9	30	78	11	88	29	22	17	31	1.96
24279681--24279736	28	2.0	29	85	3	78	12	17	46	23	1.82
24284812--24284862	19	2.7	19	100	0	102	23	27	37	11	1.90
24286302--24286362	25	2.7	22	76	14	61	45	1	0	52	1.10
24286371--24286470	25	4.0	25	76	12	82	54	4	3	39	1.35
24286636--24286673	19	2.0	20	89	5	60	34	5	0	60	1.19
24287586--24287646	30	2.0	31	87	9	90	29	3	8	59	1.43
24287769--24287801	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
24290187--24290449	39	6.6	39	88	4	316	25	27	22	24	2.00
24290187--24290396	39	5.3	39	94	1	323	25	28	21	24	1.99
24304109--24304238	52	2.5	52	79	3	136	31	30	14	23	1.94
24305100--24305152	13	4.1	13	76	9	63	32	7	24	35	1.84
24308605--24308689	8	9.3	9	77	20	72	74	0	2	23	0.94
24308611--24308684	11	6.8	11	69	14	55	71	0	2	25	0.99
24308602--24308724	45	2.8	42	78	15	131	69	0	1	28	1.04
24308614--24308721	37	3.0	36	84	6	130	69	0	1	27	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24308604--24308718	9	12.7	9	73	17	87	69	0	1	27	1.04
24308604--24308697	26	3.5	26	77	20	95	72	0	2	25	0.96
24308932--24309053	8	14.9	8	70	13	63	29	3	1	65	1.18
24308926--24309043	10	11.8	10	71	16	59	29	3	2	64	1.23
24309012--24309100	45	1.9	46	82	8	110	30	1	2	66	1.11
24314765--24314907	69	2.1	69	92	2	234	34	11	22	30	1.90
24316485--24316588	27	3.9	27	78	5	122	25	23	9	42	1.84
24330379--24330403	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
24333315--24333401	12	7.5	11	73	14	52	74	2	6	16	1.13
24335811--24335835	13	1.9	13	100	0	50	24	0	20	56	1.43
24342186--24342210	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
24343531--24343562	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
24343574--24343968	50	7.9	50	78	5	402	26	18	24	30	1.98
24343579--24343968	101	3.9	98	77	5	381	26	18	24	30	1.98
24343532--24343958	151	2.8	151	88	1	604	26	17	24	31	1.97
24351054--24351085	13	2.5	13	100	0	64	46	0	31	21	1.52
24353770--24353940	39	4.3	39	91	2	245	25	22	27	25	2.00
24353717--24353940	40	5.7	40	85	7	255	25	22	26	25	2.00
24353717--24353940	79	2.8	80	83	9	253	25	22	26	25	2.00
24353770--24353973	79	2.6	79	83	5	218	26	21	26	25	1.99
24361710--24361972	39	6.7	40	88	6	335	24	22	27	25	2.00
24372613--24372700	45	2.0	45	97	0	167	35	28	14	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24389055--24389324	51	5.3	51	85	1	292	26	18	24	31	1.97
24390190--24390655	27	17.3	27	84	3	526	27	22	9	40	1.84
24390660--24390853	27	7.2	27	83	0	199	36	17	19	26	1.94
24390660--24390851	54	3.6	54	86	0	242	36	17	19	26	1.94
24390667--24390855	81	2.3	81	84	1	236	35	17	20	25	1.95
24391054--24391136	27	3.1	26	84	5	94	19	20	22	37	1.94
24391224--24391282	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
24391611--24391785	6	28.8	6	77	15	173	19	17	14	49	1.80
24391611--24391773	85	1.9	85	88	7	251	19	17	14	49	1.80
24393799--24394284	27	18.0	27	79	3	487	28	21	8	40	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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