genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84236457--84236548	42	2.2	42	90	0	139	35	21	13	29	1.91
84237568--84237631	27	2.4	27	83	0	83	21	23	17	37	1.94
84237685--84237740	27	2.1	26	87	9	78	37	12	10	39	1.78
84237770--84237846	27	2.9	25	79	11	82	28	9	20	41	1.83
84237878--84238158	27	10.4	27	81	3	278	37	7	22	31	1.83
84237903--84238158	81	3.2	81	86	2	370	37	7	22	32	1.83
84244875--84245143	137	2.0	137	93	2	461	32	13	13	40	1.84
84245824--84245914	45	2.0	45	100	0	182	40	21	10	26	1.87
84250710--84250738	14	2.1	14	100	0	58	34	24	6	34	1.82
84252027--84252069	10	4.0	10	80	16	50	51	27	4	16	1.64
84252026--84252069	23	1.9	23	95	0	79	50	27	6	15	1.70
84258314--84258358	18	2.5	18	81	0	54	24	15	8	51	1.72
84259818--84259904	27	3.2	27	80	3	104	33	11	16	39	1.84
84264877--84264963	43	2.0	43	93	0	147	19	25	19	35	1.95
84268872--84268940	30	2.3	30	97	0	129	27	33	23	15	1.95
84269920--84270056	40	3.4	39	80	8	150	27	29	15	27	1.96
84269875--84270037	81	2.0	83	85	4	224	31	25	14	28	1.94
84269879--84270057	40	4.4	40	75	9	130	31	26	15	26	1.95
84293526--84293559	10	3.3	10	88	8	50	58	17	20	2	1.51
84295626--84295699	7	10.4	7	88	2	85	44	33	0	21	1.53
84307466--84307504	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
84307465--84307504	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84318286--84318318	12	2.9	11	91	8	57	18	9	0	72	1.10
84318461--84318507	20	2.4	19	77	19	51	19	8	10	61	1.53
84320888--84320935	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
84320983--84321038	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
84320978--84321038	20	3.0	20	95	0	113	34	11	19	34	1.88
84321089--84321207	23	5.1	23	92	2	202	28	21	21	28	1.99
84321088--84321207	47	2.6	46	97	1	222	29	21	20	28	1.98
84321089--84321227	70	2.0	69	88	5	208	28	22	22	27	1.99
84328964--84329011	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
84329053--84329091	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
84329141--84329259	47	2.6	46	95	2	220	29	19	21	30	1.97
84329141--84329266	23	5.4	24	92	6	206	29	19	22	29	1.98
84329474--84329529	29	1.9	29	92	0	94	33	17	23	25	1.96
84335025--84335082	13	4.6	13	73	16	59	65	1	0	32	1.03
84335037--84335091	24	2.3	26	79	20	66	63	1	1	32	1.15
84336392--84336443	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
84336404--84336554	72	2.1	71	91	2	241	30	29	16	23	1.96
84336473--84336696	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
84337025--84337088	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
84337032--84337088	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
84343956--84344106	71	2.1	72	91	2	243	30	29	17	23	1.97
84344026--84344248	104	2.2	104	92	2	369	31	31	19	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84344576--84344639	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
84344583--84344639	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
84347182--84347267	43	2.0	43	100	0	172	20	11	32	34	1.89
84355256--84355440	40	4.7	40	84	6	225	25	27	22	24	2.00
84355258--84355440	79	2.3	81	83	7	223	25	27	22	24	2.00
84358665--84358704	20	2.0	21	85	5	55	35	37	5	22	1.76
84360182--84360228	6	7.8	6	100	0	94	31	0	0	68	0.90
84366928--84367123	42	4.6	42	84	2	232	32	15	23	29	1.95
84369680--84369774	40	2.4	40	96	0	172	20	18	30	30	1.96
84371742--84371774	13	2.5	13	95	0	57	0	24	48	27	1.51
84375352--84375502	43	3.5	44	79	14	163	24	19	24	31	1.98
84383003--84383121	43	2.8	41	72	9	114	22	14	26	36	1.93
84383294--84383340	20	2.4	19	85	7	58	40	2	23	34	1.67
84388394--84388538	42	3.5	42	90	0	220	32	16	22	28	1.96
84388396--84388586	84	2.3	85	85	3	244	33	15	21	28	1.95
84390159--84390210	25	2.1	25	89	3	79	25	19	23	32	1.97
84390243--84390273	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
84390416--84390610	27	7.2	27	85	4	250	26	21	17	34	1.95
84390592--84390772	27	6.7	27	80	5	159	30	7	20	40	1.81
84390416--84390635	81	2.7	81	84	4	230	27	20	18	34	1.96
84390595--84390747	81	1.9	81	84	2	209	30	7	19	41	1.80
84390595--84390772	81	2.2	81	80	6	200	30	7	20	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84390444--84390810	54	6.8	54	73	14	233	29	14	18	37	1.91
84400911--84400970	30	2.0	30	96	0	111	23	18	16	41	1.90
84407237--84407294	23	2.5	23	94	0	98	46	10	5	37	1.60
84413646--84413829	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
84413646--84413826	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
84413727--84413876	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
84421527--84421710	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
84421527--84421707	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
84421608--84421757	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
84424558--84424602	23	1.9	25	86	13	69	51	0	22	26	1.49
84431053--84431092	9	4.2	10	87	12	50	32	0	0	67	0.91
84431286--84431322	6	6.2	6	100	0	74	48	0	16	35	1.46
84437261--84437451	42	4.5	42	74	7	179	30	25	15	28	1.96
84437653--84437681	13	2.1	14	93	6	51	55	31	0	13	1.39
84437895--84437945	20	2.5	20	83	0	75	62	21	15	0	1.32
84439222--84439270	23	2.2	23	82	10	57	20	6	2	71	1.18
84439299--84439330	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
84439592--84439637	21	2.3	19	81	7	56	17	4	10	67	1.37
84440454--84440497	7	6.3	7	100	0	88	54	0	13	31	1.39
84445127--84445187	30	2.0	30	87	0	86	31	22	8	37	1.84
84452637--84452696	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
84453541--84453583	12	3.6	12	77	0	50	58	16	16	9	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84463029--84463188	45	3.6	45	76	5	164	28	18	23	29	1.98
84463271--84463371	51	2.0	51	84	0	130	31	13	21	32	1.93
84463814--84463842	13	2.1	14	93	6	51	55	31	0	13	1.39
84464053--84464104	20	2.6	20	81	0	68	57	19	21	1	1.50
84465469--84465526	3	19.3	3	96	0	107	31	0	1	67	1.01
84465788--84465832	21	2.1	21	83	0	54	15	4	13	66	1.39
84470598--84470642	15	3.0	15	80	0	54	37	0	0	62	0.96
84471684--84471759	7	10.7	7	77	2	53	47	32	0	19	1.50
84471799--84471837	14	2.8	14	88	0	60	48	30	0	20	1.50
84472257--84472364	41	2.7	40	77	7	101	27	23	20	28	1.99
84472414--84472503	39	2.3	39	82	1	108	27	22	20	30	1.98
84474170--84474456	93	3.1	91	87	3	414	31	10	14	43	1.79
84474170--84474464	92	3.2	93	87	2	418	31	10	14	43	1.80
84474249--84474381	31	4.3	31	68	14	85	29	9	17	43	1.81
84474342--84474413	29	2.4	29	81	4	72	29	13	19	37	1.90
84474599--84474641	22	2.0	22	85	0	59	60	0	6	32	1.23
84479476--84479857	114	3.4	114	81	1	381	34	22	18	25	1.96
84485491--84485562	24	3.0	24	82	10	76	56	1	1	40	1.16
84485504--84485545	17	2.3	19	88	8	61	57	2	0	40	1.12
84485505--84485564	25	2.5	24	84	12	79	55	1	1	41	1.20
84486277--84486323	17	2.8	17	86	0	58	14	6	4	74	1.17
84486321--84486381	14	4.6	13	78	8	52	18	1	3	77	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84486419--84486509	21	4.7	20	74	19	93	41	0	1	57	1.06
84486423--84486496	36	2.0	37	87	7	107	41	0	1	56	1.07
84486571--84486627	17	3.6	17	71	23	61	49	1	0	49	1.11
84486600--84486640	13	3.1	13	82	6	55	56	0	0	43	0.99
84486658--84486686	15	2.0	15	93	6	51	72	0	0	27	0.85
84486780--84486835	21	2.6	21	94	5	94	60	0	3	35	1.14
84486798--84486897	32	3.0	33	89	7	139	59	1	2	38	1.16
84486828--84486897	9	6.4	11	74	19	58	60	1	0	38	1.06
84486780--84486912	57	2.4	55	82	7	153	59	0	1	38	1.12
84486927--84486979	23	2.3	23	87	6	72	73	3	1	20	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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