genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18857029--18857251	40	5.7	40	84	8	262	25	26	22	25	2.00
18857029--18857251	117	1.9	119	83	7	294	25	26	22	25	2.00
18864928--18865108	39	4.6	39	86	4	213	26	28	19	24	1.99
18864928--18865147	40	5.6	38	83	5	208	26	28	20	24	1.99
18868663--18868732	26	2.7	26	86	0	95	25	28	18	27	1.98
18872801--18872893	28	3.3	28	95	0	159	36	26	7	29	1.84
18873000--18873089	28	3.2	27	82	7	110	20	23	23	33	1.97
18884642--18884701	30	2.0	30	83	0	75	31	23	6	38	1.81
18900076--18900122	20	2.2	22	85	7	62	25	6	6	61	1.44
18900734--18900777	21	2.1	21	91	8	72	38	13	9	38	1.77
18910244--18910414	46	3.7	46	78	6	175	23	28	18	29	1.98
18910247--18910417	94	1.8	92	82	7	220	24	27	18	29	1.98
18917629--18917914	50	5.8	50	81	5	332	29	16	29	24	1.97
18917634--18917914	95	2.9	99	78	7	295	29	17	29	24	1.97
18918308--18918387	41	2.0	41	100	0	160	27	5	26	41	1.76
18923797--18923821	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
18924944--18925008	22	3.0	22	82	8	87	35	21	23	20	1.96
18925428--18925823	27	14.7	28	76	6	178	31	9	19	39	1.84
18925540--18925723	81	2.3	80	80	2	199	32	11	17	38	1.86
18925620--18925744	53	2.3	54	84	4	155	29	11	22	36	1.89
18925619--18925771	80	1.9	80	81	5	184	29	9	21	39	1.85
18925808--18925888	27	3.0	27	90	0	126	27	20	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18927564--18927608	20	2.2	21	84	11	58	40	0	24	35	1.56
18933485--18933543	6	10.0	6	80	8	68	1	16	3	77	0.98
18933467--18933527	18	3.2	18	72	19	52	1	19	4	73	1.10
18936554--18936634	30	2.7	30	90	0	117	40	4	19	34	1.73
18941278--18941320	21	2.0	21	86	8	61	62	0	11	25	1.29
18947239--18947276	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
18954038--18954085	5	9.0	5	79	20	53	75	0	4	20	0.97
18988564--18988664	52	2.0	51	84	2	130	29	29	26	13	1.94
18997846--18998030	40	4.7	40	86	6	234	25	28	21	24	1.99
18997846--18998030	79	2.3	81	86	4	252	25	28	21	24	1.99
19005736--19005959	118	1.9	120	85	5	312	25	27	21	24	1.99
19005736--19005959	40	5.7	40	89	4	303	25	27	21	24	1.99
19008757--19008869	42	2.7	42	75	11	115	34	29	12	23	1.92
19012984--19013033	25	2.0	25	100	0	100	24	24	8	44	1.80
19021360--19021448	40	2.2	40	95	0	160	30	30	17	21	1.96
19029783--19029950	40	4.2	40	93	0	282	29	27	19	24	1.98
19038276--19038450	40	4.4	39	92	4	269	30	29	17	23	1.97
19043001--19043071	35	2.0	35	100	0	142	28	8	16	46	1.76
19060789--19060834	24	1.9	24	82	8	58	17	21	23	36	1.94
19062211--19062275	27	2.4	27	86	0	85	24	16	21	36	1.94
19062254--19062525	27	10.2	27	84	2	298	29	7	22	40	1.81
19062253--19062525	80	3.4	81	85	1	354	30	7	21	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19062254--19062525	53	5.1	54	83	3	300	29	7	22	40	1.81
19062967--19063005	19	2.1	19	100	0	78	25	15	15	43	1.86
19063857--19064046	49	3.8	49	81	4	229	28	25	19	26	1.99
19063857--19064044	100	1.9	100	92	2	315	28	24	19	27	1.99
19068303--19068391	27	3.3	27	87	1	117	40	17	10	31	1.83
19068397--19068608	27	7.9	27	85	2	230	29	23	7	40	1.81
19068559--19068807	27	9.1	27	77	6	173	38	19	8	33	1.82
19068856--19068934	27	2.9	27	81	9	97	32	20	22	24	1.97
19069736--19069833	26	3.8	26	90	1	153	27	23	22	26	1.99
19069736--19069843	52	2.1	50	93	3	180	29	21	23	25	1.99
19069978--19070069	42	2.2	42	90	0	139	29	13	21	35	1.91
19070084--19070171	31	2.8	31	89	1	131	29	15	23	30	1.96
19073627--19073705	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
19073823--19074331	47	10.7	47	95	2	876	29	30	8	32	1.87
19073823--19074331	143	3.6	143	96	1	898	29	30	8	32	1.87
19088466--19088574	29	3.8	29	77	8	105	26	28	16	28	1.97
19088463--19088574	58	1.9	58	83	7	147	26	29	16	27	1.97
19096726--19096771	23	2.0	23	95	0	83	36	8	28	26	1.86
19099863--19100048	67	2.8	67	80	8	175	32	16	29	22	1.96
19099887--19100058	67	2.7	63	77	6	191	29	17	29	23	1.97
19100374--19100471	49	2.0	49	100	0	196	38	8	24	28	1.84
19108505--19108584	25	3.2	25	77	7	81	27	18	20	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19111940--19112023	43	2.0	43	83	4	107	21	16	28	33	1.95
19122763--19122806	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
19127804--19127877	27	2.8	26	93	4	130	24	21	25	28	1.99
19135402--19135474	26	2.8	26	93	0	128	26	23	23	27	2.00
19135535--19135568	9	3.6	9	85	14	50	41	20	2	35	1.68
19135525--19135580	20	2.8	20	91	0	94	35	19	10	33	1.87
19135541--19135581	11	3.9	11	81	12	59	36	19	7	36	1.80
19143618--19143795	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
19143619--19143774	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
19143615--19143795	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
19145147--19145185	21	1.9	20	84	5	51	30	7	15	46	1.74
19153563--19153646	43	2.0	43	90	0	132	21	22	30	25	1.98
19153608--19153707	51	2.0	51	82	4	121	24	18	26	32	1.97
19158245--19158270	7	3.7	7	100	0	52	26	0	30	42	1.56
19160936--19160990	28	2.0	27	82	13	67	38	12	3	45	1.60
19164691--19164723	17	1.9	17	93	0	57	12	39	0	48	1.40
19173072--19173116	22	2.0	22	95	0	81	35	8	24	31	1.86
19177803--19178019	46	4.6	46	78	5	220	28	19	28	23	1.98
19177798--19178069	94	2.9	92	80	6	289	29	19	27	23	1.98
19177803--19178068	47	5.7	46	77	12	224	29	19	27	23	1.98
19180231--19180269	21	1.9	20	84	5	51	23	30	28	17	1.97
19183010--19183043	11	3.1	11	95	0	59	64	14	8	11	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19188240--19188274	11	3.2	11	91	0	61	65	11	8	14	1.46
19190394--19190418	10	2.5	10	100	0	50	20	0	8	72	1.10
19190537--19190845	162	1.9	162	87	2	451	35	10	16	37	1.83
19191775--19191816	12	3.5	12	83	0	57	9	30	38	21	1.85
19195416--19195539	27	4.6	27	75	7	108	32	13	26	27	1.94
19195418--19195539	54	2.3	54	80	5	131	31	13	26	27	1.94
19207248--19207272	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
19208645--19208706	24	2.5	26	78	10	83	72	3	9	14	1.23
19220134--19220203	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
19227926--19227995	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
19232735--19232953	96	2.3	96	89	1	323	24	23	21	29	1.99
19232778--19232955	48	3.7	48	76	0	167	24	23	23	29	1.99
19235400--19235434	11	3.2	11	87	0	52	11	11	17	60	1.59
19238962--19239134	47	3.7	47	82	8	160	24	20	29	26	1.99
19248392--19248613	118	1.9	119	84	6	299	25	27	22	24	2.00
19248390--19248613	40	5.7	40	85	7	287	25	27	22	24	2.00
19256298--19256480	39	4.6	40	78	11	198	25	27	22	24	2.00
19256298--19256479	79	2.3	80	81	9	212	25	28	21	24	1.99
19269761--19269932	47	3.7	47	80	13	237	22	20	29	27	1.99
19269812--19269986	46	3.8	46	78	13	214	20	21	29	28	1.98
19269765--19269979	93	2.3	93	96	0	403	21	20	29	27	1.98
19273405--19273434	11	2.6	12	94	5	53	60	33	0	6	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19276598--19276666	21	3.1	21	65	25	52	39	24	13	23	1.90
19277880--19277906	11	2.5	11	100	0	54	51	18	0	29	1.46
19281535--19281675	41	3.5	41	76	7	101	36	25	14	24	1.93
19281560--19281690	40	3.3	40	81	8	133	33	29	16	21	1.95
19298809--19298992	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
19298809--19298989	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
19298890--19299039	40	3.8	38	80	8	122	24	22	28	24	1.99
19306713--19306896	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
19306713--19306893	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
19306794--19306943	40	3.8	38	80	8	122	24	22	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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