genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87065328--87065595	91	2.9	92	88	2	387	20	23	13	42	1.87
87065306--87065585	137	2.0	137	87	1	400	20	22	14	43	1.87
87065323--87065595	46	6.0	46	86	3	345	20	23	13	42	1.88
87066684--87066834	3	51.0	3	66	17	50	61	4	5	27	1.39
87066684--87066734	24	2.1	24	88	0	75	62	1	3	31	1.24
87067149--87067187	19	1.9	20	85	15	53	58	12	0	28	1.34
87067135--87067174	19	2.1	19	85	4	53	57	15	0	27	1.38
87066951--87067486	152	3.7	149	85	8	655	58	5	4	30	1.41
87067328--87067645	3	106.7	3	65	18	55	60	3	4	30	1.35
87066998--87067459	152	3.1	152	90	4	687	58	6	4	30	1.42
87067613--87067668	22	2.6	21	85	5	67	53	1	5	39	1.34
87069520--87069685	77	2.2	77	85	0	224	36	19	17	27	1.94
87081622--87081672	24	2.1	24	88	0	75	62	1	3	31	1.24
87081622--87081773	6	25.5	6	67	17	50	61	4	5	28	1.39
87082074--87082112	18	2.0	20	85	9	55	56	15	0	28	1.40
87082088--87082125	18	1.9	19	85	15	51	57	13	0	28	1.36
87082323--87082594	3	90.0	3	66	19	79	62	4	3	30	1.31
87081890--87082428	148	3.7	146	80	11	574	58	6	4	30	1.43
87081887--87082508	148	4.3	144	81	10	476	59	5	4	30	1.41
87082562--87082617	22	2.6	21	85	5	67	55	0	5	39	1.23
87091481--87091510	11	2.7	11	100	0	60	20	20	36	23	1.95
87091513--87091641	50	2.5	51	88	2	197	35	16	22	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87091617--87091765	31	4.8	31	89	3	201	28	18	26	26	1.98
87091783--87091906	47	2.7	45	86	3	158	27	13	27	31	1.94
87091787--87091959	49	3.6	48	86	6	183	28	13	26	31	1.94
87094501--87094526	10	2.6	10	100	0	52	23	0	15	61	1.33
87095454--87095559	53	2.0	53	88	0	158	46	12	6	34	1.67
87096046--87096070	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
87099474--87099636	81	2.0	81	98	0	317	44	17	10	28	1.81
87100849--87100892	23	1.9	23	85	0	61	29	2	2	65	1.16
87104051--87104210	32	5.0	32	89	1	250	33	11	9	45	1.73
87105671--87105811	27	5.2	28	80	10	159	35	22	23	18	1.96
87105671--87105814	54	2.7	54	90	2	209	35	22	23	18	1.96
87107429--87107536	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
87109284--87109336	21	2.5	21	84	6	63	30	32	9	28	1.88
87114048--87114212	73	2.3	71	92	3	269	24	24	21	29	1.99
87117852--87117887	7	5.3	7	86	6	56	25	0	2	72	0.98
87117842--87117898	14	4.2	13	82	10	62	26	0	1	71	0.95
87124742--87124787	17	2.7	17	83	12	67	50	41	0	8	1.33
87128421--87128456	7	5.3	7	86	6	56	25	0	2	72	0.98
87128411--87128467	14	4.2	13	82	10	62	26	0	1	71	0.95
87129877--87129907	16	1.9	16	100	0	62	19	41	0	38	1.51
87131213--87131251	19	2.0	20	95	5	71	17	0	5	76	0.96
87131213--87131251	20	2.0	19	90	5	60	17	0	5	76	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87131214--87131278	19	2.9	23	84	13	66	26	0	6	67	1.13
87132447--87132518	18	3.8	19	72	18	62	61	5	4	29	1.38
87134126--87134152	14	1.9	14	100	0	54	74	0	0	25	0.83
87136822--87136866	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
87138452--87138476	4	6.2	4	100	0	50	48	0	24	28	1.52
87140377--87140509	41	3.4	40	71	11	112	32	24	16	26	1.96
87140637--87140674	20	1.9	20	94	0	67	50	13	2	34	1.55
87143082--87143108	12	2.2	12	100	0	54	14	0	0	85	0.61
87146646--87146672	12	2.2	12	100	0	54	14	0	0	85	0.61
87149313--87149365	27	1.9	28	84	3	72	3	24	3	67	1.23
87149351--87149392	16	2.6	16	88	7	59	4	16	9	69	1.33
87152498--87152526	12	2.3	13	94	5	51	17	17	0	65	1.27
87158260--87158304	18	2.4	18	85	3	54	4	0	40	55	1.20
87158272--87158311	18	2.2	18	100	0	80	5	0	40	55	1.22
87159302--87159936	79	8.3	77	81	4	667	32	19	17	30	1.95
87159174--87160100	229	3.9	229	83	7	929	32	19	17	29	1.95
87159765--87160343	164	3.5	166	84	8	712	32	21	18	26	1.97
87159340--87160101	393	2.0	383	85	7	1045	31	19	18	30	1.96
87159851--87160024	90	2.0	88	85	6	235	32	20	19	27	1.97
87159940--87160100	74	2.1	75	87	7	229	29	21	20	28	1.98
87160011--87160341	85	3.8	86	84	5	405	34	21	18	25	1.96
87160361--87160550	73	2.7	71	82	6	233	35	23	15	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87161370--87161427	19	2.9	19	73	14	55	55	5	5	34	1.45
87161370--87161418	21	2.5	19	80	9	53	57	6	4	32	1.42
87163833--87164102	148	1.8	147	85	10	379	35	19	18	26	1.95
87224932--87224968	17	2.3	15	90	9	56	67	0	0	32	0.91
87228121--87228157	19	1.9	19	94	0	65	35	0	18	45	1.50
87228369--87228707	41	8.3	41	89	0	518	29	20	28	22	1.98
87228369--87228701	82	4.1	82	99	0	659	29	20	28	22	1.98
87228953--87229161	101	2.1	103	97	2	397	42	9	16	32	1.80
87235109--87235145	19	1.9	19	94	0	65	35	0	18	45	1.50
87235357--87235695	41	8.3	41	89	0	518	29	20	28	22	1.98
87235357--87235689	82	4.1	82	99	0	659	29	20	28	22	1.98
87235941--87236151	103	2.1	103	99	0	415	42	9	16	31	1.80
87240933--87240979	25	1.9	24	91	4	76	31	2	2	63	1.18
87251421--87251514	20	4.4	22	79	12	90	77	4	3	14	1.04
87251404--87251499	20	4.6	21	75	15	74	73	4	3	18	1.12
87251455--87251514	10	6.1	9	75	19	50	80	5	1	13	0.96
87251429--87251509	41	2.0	41	87	7	119	76	4	3	14	1.09
87259399--87259468	34	2.1	34	97	0	131	24	11	25	38	1.89
87261541--87261575	13	2.8	12	83	8	52	31	11	0	57	1.34
87261647--87261700	23	2.4	22	79	11	56	31	1	1	64	1.14
87261993--87262062	16	4.4	16	83	0	77	32	20	2	44	1.66
87266043--87266088	15	2.9	16	83	3	58	39	17	26	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87266033--87266111	16	4.9	16	74	10	63	37	24	21	16	1.93
87267424--87267523	50	2.0	50	100	0	200	46	16	28	10	1.78
87267543--87267569	6	4.5	6	100	0	54	37	29	18	14	1.91
87271874--87271914	20	2.0	20	86	9	57	36	9	12	41	1.76
87277797--87277837	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
87299061--87299108	21	2.3	20	80	16	53	58	6	29	6	1.47
87300143--87300196	11	5.6	10	83	16	62	1	25	1	70	1.07
87300142--87300196	20	2.8	21	80	20	57	1	27	1	69	1.09
87302826--87302850	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
87307278--87307302	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
87312416--87312546	66	2.0	66	93	0	226	32	10	20	35	1.87
87312787--87312820	16	2.1	16	89	10	52	44	0	5	50	1.26
87312798--87312942	47	3.1	47	72	16	158	44	2	3	49	1.30
87312784--87312910	44	2.8	43	73	15	123	46	2	3	47	1.34
87313007--87313508	120	4.2	118	97	1	889	44	2	5	48	1.38
87313007--87313508	239	2.1	240	98	0	961	44	2	5	48	1.38
87313337--87313371	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
87313470--87313511	15	2.7	16	82	14	52	50	0	2	47	1.14
87313727--87313779	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
87314777--87314814	20	1.9	20	89	10	60	52	0	0	47	1.00
87318061--87318219	27	5.9	27	78	11	157	35	20	23	19	1.95
87318079--87318219	54	2.6	54	87	2	212	36	21	23	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87319828--87319935	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
87326117--87326275	27	5.9	27	82	11	184	34	22	24	18	1.96
87326135--87326275	54	2.6	54	92	2	239	34	23	24	17	1.96
87326381--87326454	26	2.8	26	81	4	76	29	10	24	35	1.89
87327904--87328011	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
87350007--87350065	28	2.1	29	81	9	68	64	3	1	30	1.20
87350557--87350614	29	2.0	29	93	0	98	43	15	22	18	1.88
87353229--87353290	29	2.1	30	93	3	108	24	3	14	58	1.51
87358865--87358938	28	2.7	27	77	8	69	63	0	6	29	1.20
87358898--87358942	23	2.0	23	82	8	56	66	0	4	28	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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