genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.169.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57724440--57724613	69	2.5	69	93	0	294	19	28	20	31	1.97
57726729--57726812	26	3.2	26	75	1	69	40	20	9	29	1.84
57726745--57726841	27	3.6	27	80	4	99	40	21	10	27	1.86
57726799--57726965	27	6.2	27	79	5	160	37	17	16	28	1.91
57726799--57726993	54	3.6	54	81	5	198	36	17	17	28	1.93
57726834--57726993	27	6.0	26	77	11	144	35	16	19	28	1.94
57729223--57729260	19	2.0	19	100	0	76	47	26	10	15	1.78
57733656--57733708	23	2.3	23	84	9	72	9	32	3	54	1.50
57733662--57733708	20	2.3	20	85	0	58	10	31	4	53	1.55
57736761--57736804	24	2.0	21	82	13	52	31	9	0	59	1.29
57737065--57737134	11	6.4	11	75	4	70	4	7	31	57	1.45
57737722--57737781	26	2.3	25	80	11	66	65	1	6	26	1.27
57738148--57738197	21	2.4	22	80	16	61	22	4	2	72	1.12
57738165--57738216	18	2.8	19	80	14	63	26	3	1	67	1.18
57738386--57738424	19	2.0	20	90	5	62	20	5	5	69	1.28
57739834--57739900	6	10.8	6	79	6	71	19	2	4	73	1.14
57739841--57739883	20	2.1	21	91	4	70	20	4	2	72	1.14
57742039--57742208	46	3.7	46	73	14	170	24	21	25	28	1.99
57742034--57742203	92	1.8	93	89	1	270	23	21	26	28	1.99
57747390--57747824	217	2.0	217	97	0	825	31	10	16	42	1.81
57758408--57758439	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
57761945--57761984	19	2.0	20	85	9	55	60	0	7	32	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57769614--57769759	43	3.4	43	87	1	204	28	25	15	30	1.96
57769617--57769783	43	3.9	42	84	3	192	28	26	14	29	1.96
57769617--57769783	85	2.0	85	81	2	201	28	26	14	29	1.96
57777228--57777396	27	6.2	26	82	10	185	35	21	24	18	1.95
57777228--57777396	57	3.1	57	89	6	244	35	21	24	18	1.95
57777238--57777396	84	1.9	84	85	7	225	34	21	24	19	1.96
57778977--57779084	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
57784502--57784590	27	3.3	27	72	0	88	33	13	23	29	1.93
57787395--57787434	10	3.7	10	84	15	53	85	2	2	10	0.80
57792023--57792160	66	2.1	67	90	1	215	48	23	13	14	1.79
57808168--57808226	25	2.4	24	78	13	66	67	0	0	32	0.91
57808196--57808233	19	1.9	19	89	5	58	65	0	0	34	0.93
57808205--57808299	48	2.0	48	95	0	172	51	5	15	27	1.65
57812122--57812148	14	1.9	14	100	0	54	44	3	14	37	1.63
57812235--57812270	18	2.0	18	94	0	63	50	2	0	47	1.15
57812240--57812282	18	2.5	18	85	7	54	51	0	0	48	1.00
57812240--57812277	18	2.1	18	95	0	67	52	0	0	47	1.00
57818647--57818681	18	1.9	18	94	0	61	62	5	0	31	1.18
57823314--57823572	93	2.8	95	77	9	266	22	29	17	30	1.97
57823301--57823618	47	6.8	48	77	9	252	23	29	17	29	1.97
57831808--57831833	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
57831888--57832148	41	6.4	41	85	0	353	33	18	24	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57832254--57832280	7	3.9	7	100	0	54	14	0	55	29	1.40
57832502--57832545	21	2.1	21	91	0	70	29	2	34	34	1.70
57832857--57832909	26	2.0	26	96	0	97	20	47	0	32	1.51
57832860--57832908	15	3.5	15	68	21	52	18	51	0	30	1.47
57835831--57836382	183	3.0	183	96	0	1014	27	15	14	42	1.85
57836583--57836611	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
57836873--57838250	274	5.0	275	98	0	2681	35	12	11	39	1.81
57836873--57838250	551	2.5	549	98	0	2679	35	12	11	39	1.81
57838181--57838339	72	2.2	72	94	2	277	28	5	3	62	1.33
57838467--57838496	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
57838601--57838790	9	20.6	9	74	10	107	47	13	1	37	1.52
57838635--57838790	17	8.9	17	71	11	93	47	12	1	39	1.49
57838574--57838781	96	2.1	96	80	5	231	47	12	1	38	1.52
57844253--57844437	40	4.7	40	82	7	209	23	22	28	25	1.99
57844306--57844470	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
57852336--57852519	40	4.7	40	82	7	216	23	22	27	26	2.00
57852389--57852552	79	2.1	78	82	7	190	25	20	27	26	1.99
57852343--57852552	39	5.3	39	78	10	187	26	20	26	26	1.99
57856077--57856143	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
57856637--57856751	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
57856662--57856751	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
57856857--57856921	28	2.3	28	91	0	103	30	9	27	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57857986--57858018	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
57858624--57858838	46	4.6	47	77	8	163	23	30	18	28	1.97
57867966--57868004	20	2.0	20	84	0	51	43	12	7	35	1.72
57870831--57870870	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
57870854--57870892	20	2.0	20	89	0	60	28	10	12	48	1.74
57878204--57878244	10	4.2	10	84	6	57	41	0	9	48	1.36
57878181--57878242	19	3.3	19	78	14	74	40	1	12	45	1.52
57878997--57879029	12	3.0	11	91	8	50	36	0	30	33	1.58
57882041--57882315	48	5.7	48	81	6	290	28	30	17	24	1.97
57889580--57889893	48	6.6	48	89	2	438	28	31	17	22	1.96
57893510--57893560	26	2.0	25	85	14	68	31	29	3	35	1.76
57900106--57900289	101	1.8	99	88	4	280	28	27	16	26	1.97
57902416--57902480	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
57902416--57902484	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
57905486--57905679	49	3.9	49	77	6	194	28	27	17	25	1.98
57911425--57911582	40	4.0	40	97	0	289	22	20	29	27	1.98
57911440--57911608	80	2.1	80	87	0	239	22	21	28	26	1.99
57913626--57913685	21	2.9	21	92	2	95	20	28	40	11	1.87
57914822--57915043	47	4.7	47	78	9	188	23	27	18	29	1.98
57914822--57915085	140	1.9	141	81	5	320	23	27	18	30	1.97
57916601--57916639	20	2.0	20	89	0	60	38	12	12	35	1.82
57916785--57916841	23	2.4	23	82	8	71	29	22	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57916803--57916865	23	2.7	24	82	7	67	38	22	20	19	1.94
57916846--57916900	26	2.2	26	83	6	69	36	20	18	25	1.94
57920239--57920272	8	4.2	8	89	10	52	26	20	0	52	1.46
57925486--57925719	23	10.2	23	84	5	285	23	19	25	32	1.98
57925475--57925709	46	5.1	46	89	4	339	22	20	25	31	1.98
57925475--57925719	69	3.6	69	85	4	323	23	19	24	32	1.98
57928514--57928579	32	2.1	32	100	0	132	22	6	21	50	1.71
57931841--57932120	46	6.1	46	90	2	420	22	20	26	30	1.98
57931841--57932120	23	12.2	23	86	6	379	22	20	26	30	1.98
57933474--57933648	40	4.4	40	85	5	216	24	28	22	24	1.99
57941613--57941694	40	2.0	40	90	0	128	25	32	21	19	1.97
57945459--57945528	25	2.7	26	76	10	72	31	20	21	27	1.98
57952640--57952730	41	2.2	42	90	4	139	23	30	26	19	1.98
57953382--57953441	24	2.5	24	100	0	120	33	0	38	28	1.57
57954864--57954975	27	4.1	27	78	7	111	16	22	22	38	1.93
57954865--57954971	54	2.0	54	83	3	135	17	21	21	39	1.93
57962151--57962201	22	2.4	22	90	3	77	19	39	27	13	1.90
57965218--57965297	24	3.3	24	82	1	97	23	26	22	27	2.00
57979194--57979264	16	4.4	16	87	0	106	36	8	28	26	1.86
57979246--57979339	44	2.1	46	86	7	131	31	5	25	37	1.78
57979445--57979568	58	2.1	58	86	2	169	51	4	0	44	1.20
57983367--57983400	18	1.9	18	88	5	52	20	5	26	47	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58001257--58001428	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
58001250--58001425	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
58019307--58019354	12	3.8	12	74	15	51	14	2	12	70	1.25
58021176--58021263	30	2.9	30	84	3	115	20	31	26	21	1.98
58021875--58021927	26	2.0	26	100	0	106	41	15	15	28	1.87
58023550--58023607	26	2.2	27	85	11	77	41	10	13	34	1.79
58033806--58034071	46	5.7	45	74	13	161	26	20	29	23	1.99
58036722--58036968	39	6.3	38	88	2	305	30	28	21	18	1.97
58037301--58037520	110	2.0	110	99	0	431	23	22	8	45	1.79
58047414--58047465	6	8.5	6	82	6	61	13	3	3	78	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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