genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16268686--16268790	51	2.1	51	98	0	201	35	15	20	29	1.93
16271908--16272033	23	5.5	22	79	11	101	38	20	18	23	1.94
16271907--16272007	46	2.2	46	87	0	139	37	19	18	23	1.94
16271908--16272055	69	2.1	69	85	2	190	36	20	19	22	1.95
16271923--16272032	46	2.4	46	84	3	132	39	20	19	20	1.93
16271946--16272065	23	5.2	23	80	2	107	39	21	19	20	1.93
16271946--16272053	46	2.3	46	82	3	119	38	21	20	19	1.93
16272927--16272976	26	2.0	24	85	14	66	48	8	0	44	1.32
16275404--16275543	42	3.2	44	84	7	162	27	25	20	26	1.99
16285597--16285639	21	2.0	22	82	13	54	51	13	0	34	1.42
16286725--16286764	20	2.0	21	85	14	57	20	20	7	52	1.70
16289152--16289224	36	2.0	36	89	0	110	47	8	10	32	1.68
16289222--16289312	45	2.0	45	87	4	130	42	8	14	34	1.76
16293412--16293578	23	7.3	23	75	1	156	35	19	22	22	1.96
16293411--16293578	46	3.7	46	87	1	257	35	19	22	22	1.96
16299624--16299655	15	2.1	15	94	0	55	34	0	9	56	1.32
16300800--16300832	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
16301182--16301279	37	2.5	38	77	9	101	27	16	22	33	1.95
16301182--16301311	40	3.3	38	75	11	129	26	16	23	33	1.95
16320534--16320611	26	2.9	25	72	11	66	58	3	1	35	1.24
16322672--16322740	32	2.2	32	97	2	131	47	8	21	21	1.77
16324081--16324137	20	3.0	19	82	5	62	38	3	38	19	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16328229--16328348	46	2.6	48	77	10	133	27	17	27	27	1.98
16329550--16329605	21	2.7	21	100	0	112	10	37	30	21	1.87
16333671--16333739	30	2.3	30	85	2	95	56	17	17	8	1.65
16333682--16333744	15	4.2	15	74	8	65	55	15	17	11	1.68
16338183--16338238	20	2.8	19	89	5	76	37	28	26	7	1.83
16348637--16348753	48	2.4	48	88	4	164	57	3	1	37	1.26
16348684--16348753	17	4.3	16	75	21	65	60	1	0	38	1.06
16348666--16348743	17	4.8	17	78	9	90	57	2	1	38	1.20
16351336--16351406	25	2.9	25	70	17	67	29	14	25	30	1.94
16351298--16351429	49	2.7	50	82	2	160	27	13	25	34	1.93
16355129--16355232	52	2.0	52	90	0	163	49	17	3	29	1.64
16358012--16358075	12	5.2	12	70	29	55	51	1	1	45	1.20
16358019--16358158	63	2.3	61	81	10	173	52	2	2	42	1.28
16360882--16360929	19	2.4	21	83	13	57	56	8	0	35	1.30
16360917--16360993	17	4.2	18	66	14	59	50	1	1	46	1.17
16360950--16360990	21	2.1	19	86	9	55	63	2	2	31	1.20
16361475--16361524	25	2.1	23	88	7	73	24	2	2	72	1.06
16363021--16363076	28	2.0	28	100	0	112	32	39	10	17	1.84
16365705--16365860	77	2.0	77	100	0	312	26	7	21	44	1.79
16384363--16384396	13	2.6	14	90	9	54	38	32	2	26	1.71
16386668--16386716	24	2.0	24	92	0	80	36	14	14	34	1.86
16398764--16398794	15	2.1	15	93	0	53	83	0	16	0	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16398762--16398794	8	4.2	8	88	7	50	81	0	18	0	0.68
16399251--16399342	44	2.1	44	97	0	175	43	2	10	43	1.51
16399266--16399336	22	3.2	22	67	21	67	43	1	8	46	1.42
16400242--16400287	25	2.0	24	87	12	69	39	0	0	60	0.97
16401275--16401304	13	2.3	13	94	0	51	23	26	23	26	2.00
16401694--16401757	13	4.8	13	82	1	74	32	7	23	35	1.84
16401694--16401757	26	2.5	26	81	0	83	32	7	23	35	1.84
16403808--16404041	72	3.2	72	87	2	337	53	14	7	24	1.66
16404470--16404517	18	2.7	18	96	0	87	39	12	12	35	1.81
16405650--16405686	19	1.9	19	88	0	56	35	13	16	35	1.88
16410662--16410697	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
16410649--16410689	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
16410812--16410946	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
16411186--16411224	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
16411242--16411279	15	2.5	15	100	0	76	52	13	0	34	1.40
16412556--16412612	5	11.0	5	78	14	62	56	1	0	42	1.10
16412555--16412610	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
16412557--16412612	26	2.2	26	90	6	69	55	1	0	42	1.10
16420292--16420321	14	2.1	14	93	0	51	76	16	0	6	0.99
16421140--16421177	20	2.0	20	89	5	60	50	7	10	31	1.66
16425577--16425799	27	8.3	27	86	2	295	23	19	20	35	1.96
16425565--16425826	81	3.2	81	80	2	222	26	17	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16425820--16426069	27	9.3	27	83	4	240	29	8	22	40	1.83
16425783--16426069	54	5.3	53	77	7	213	29	8	22	39	1.84
16425758--16426069	81	3.9	80	76	11	235	28	8	22	39	1.84
16430833--16430892	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
16431576--16431825	27	9.3	27	85	1	331	24	20	20	35	1.96
16431809--16432154	27	12.9	26	78	8	160	29	8	21	40	1.82
16431848--16432095	54	4.6	52	84	8	234	30	8	19	41	1.82
16431848--16432148	81	3.8	80	79	5	286	29	8	19	42	1.81
16431847--16432148	54	5.6	55	80	7	207	29	8	19	42	1.81
16443136--16443171	16	2.2	16	90	0	54	77	2	2	16	1.00
16443931--16443968	19	2.0	19	94	0	67	44	10	7	36	1.68
16457269--16457383	46	2.5	46	83	7	135	29	18	28	23	1.98
16458538--16458577	21	1.9	21	84	0	53	12	42	25	20	1.86
16468700--16468767	33	2.1	33	97	0	127	45	7	20	26	1.77
16468889--16468918	5	5.8	5	92	7	51	76	3	0	20	0.92
16470839--16470932	27	3.5	27	81	5	91	23	29	12	34	1.92
16471074--16471160	27	3.3	27	80	1	95	31	24	12	32	1.92
16471082--16471171	27	3.3	27	76	6	92	28	22	12	36	1.90
16473720--16473759	20	2.0	20	85	5	53	57	2	10	30	1.45
16474216--16474279	16	3.7	18	72	23	50	60	0	1	37	1.06
16474211--16474281	27	2.7	26	81	14	90	59	0	1	39	1.06
16474465--16474506	15	3.0	14	80	10	50	57	0	4	38	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16476158--16476218	32	1.9	32	86	3	88	54	8	3	34	1.47
16476179--16476208	15	2.1	15	93	6	53	56	10	0	33	1.32
16479773--16479832	29	2.1	29	96	0	111	46	16	6	30	1.73
16480707--16480765	31	1.9	31	96	0	109	44	16	5	33	1.70
16480938--16481908	328	3.0	326	90	3	1492	42	19	18	20	1.90
16482610--16482651	22	1.9	22	85	9	59	38	21	28	11	1.89
16483425--16483462	15	2.7	15	88	12	62	78	0	0	21	0.74
16484113--16484161	20	2.4	19	83	12	62	65	2	2	30	1.15
16485081--16485112	6	5.2	6	92	7	55	53	0	0	46	1.00
16485068--16485112	12	3.6	13	85	14	60	55	0	2	42	1.12
16485163--16485217	26	2.2	25	83	9	67	27	7	5	60	1.46
16485624--16485679	24	2.4	24	81	3	60	67	1	28	1	1.10
16486257--16486307	22	2.2	24	76	16	63	31	0	1	66	1.03
16487317--16487378	27	2.3	27	78	13	83	40	6	17	35	1.76
16492871--16493001	49	2.7	49	85	0	154	30	19	26	23	1.98
16493659--16493700	17	2.5	17	92	3	68	50	0	0	50	1.00
16496624--16496685	29	2.1	29	93	0	106	33	14	17	33	1.90
16502452--16502511	24	2.4	24	86	5	84	36	13	25	25	1.92
16502459--16502505	24	2.0	24	95	0	85	27	17	23	31	1.96
16502793--16502838	22	2.1	22	95	0	83	15	13	32	39	1.85
16503579--16503618	21	2.0	21	90	5	64	10	37	30	22	1.87
16504167--16504196	9	3.3	9	100	0	60	13	76	0	10	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16510491--16510585	21	4.6	21	69	13	63	73	1	8	16	1.13
16520802--16520840	16	2.4	16	91	0	60	53	20	17	7	1.68
16521068--16521167	29	3.5	29	84	1	130	26	16	30	28	1.96
16522638--16523176	126	4.3	126	88	0	783	33	17	21	26	1.96
16526131--16526486	116	3.1	116	93	0	595	46	9	3	40	1.53
16528130--16528160	15	2.1	15	93	0	53	70	0	6	22	1.09
16528187--16528236	20	2.4	22	86	10	77	40	0	30	30	1.57
16528187--16528238	11	4.9	11	83	9	72	42	0	28	28	1.56
16528187--16528250	31	2.1	31	85	5	85	42	0	26	31	1.56
16531166--16531221	27	2.1	27	100	0	112	39	17	21	21	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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