genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39295127--39295209	40	2.1	40	93	0	139	36	15	26	21	1.94
39295443--39295551	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
39300497--39300575	29	2.7	29	96	0	140	26	12	30	30	1.93
39302228--39302412	40	4.6	40	91	1	282	23	22	26	27	1.99
39302224--39302444	80	2.8	79	84	4	266	26	21	24	27	1.99
39302671--39302714	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
39310232--39310416	40	4.6	40	93	1	300	23	22	27	26	2.00
39310228--39310448	80	2.8	79	86	4	293	26	21	25	26	2.00
39310675--39310718	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
39311803--39311870	28	2.4	29	85	2	84	26	13	30	29	1.94
39316493--39316535	23	1.9	22	85	4	59	16	4	30	48	1.66
39332575--39332779	44	4.7	43	80	6	209	25	17	25	31	1.97
39333607--39333655	21	2.2	23	85	7	66	30	0	26	42	1.55
39340287--39340441	43	3.6	43	82	9	190	23	18	28	29	1.98
39341248--39341296	21	2.2	23	85	7	66	30	0	26	42	1.55
39342776--39342916	57	2.5	57	77	8	144	31	21	18	29	1.97
39352804--39352849	22	2.1	22	91	0	74	43	28	17	10	1.82
39352807--39352857	22	2.3	22	83	6	59	41	29	17	11	1.85
39353258--39353416	41	3.9	41	90	0	239	26	27	23	22	1.99
39353666--39354054	27	14.4	27	79	3	264	29	9	19	41	1.83
39353680--39353831	55	2.8	53	79	5	151	30	10	18	40	1.84
39354039--39354092	27	2.0	27	85	0	72	29	18	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39374675--39374734	30	2.0	30	83	6	77	31	23	5	40	1.76
39382486--39382518	16	2.1	16	100	0	66	30	12	33	24	1.91
39386729--39386816	42	2.2	39	92	8	149	65	5	0	28	1.15
39386729--39386829	38	2.6	39	86	10	129	62	5	0	31	1.19
39386732--39386829	42	2.5	38	85	12	117	62	6	0	31	1.20
39387336--39387407	10	7.7	10	71	13	55	38	1	1	58	1.15
39387363--39387403	18	2.3	19	84	12	52	41	0	2	56	1.13
39387339--39387412	19	4.1	18	74	17	55	41	1	2	54	1.23
39387497--39387540	7	6.0	7	84	10	61	11	0	4	84	0.77
39390152--39390322	46	3.7	45	83	10	188	25	18	30	24	1.98
39397693--39397726	12	2.8	12	86	0	50	26	14	0	58	1.36
39399669--39399713	19	2.4	19	92	7	74	24	20	13	42	1.87
39402281--39402445	43	3.9	42	76	12	140	29	26	19	24	1.98
39408547--39408710	40	4.2	40	87	5	219	25	28	21	25	1.99
39408547--39408710	79	2.1	80	85	6	219	25	28	21	25	1.99
39410246--39410564	47	6.7	47	92	1	512	29	29	8	32	1.86
39410246--39410564	143	2.2	142	92	1	523	29	29	8	32	1.86
39413962--39414195	40	5.9	40	89	0	301	26	27	20	24	1.99
39414499--39414577	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
39414559--39414660	43	2.4	43	96	1	188	26	34	15	23	1.95
39416077--39416629	47	11.7	47	93	1	919	29	29	8	32	1.87
39416077--39416629	234	2.3	236	93	0	921	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39419862--39420041	41	4.6	40	90	3	258	24	20	28	26	1.99
39428925--39429476	47	11.7	47	92	2	894	32	8	29	29	1.86
39430885--39430987	43	2.4	43	98	0	197	23	15	34	26	1.94
39430969--39431042	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
39431358--39431582	39	5.7	39	86	4	263	24	20	28	27	1.99
39431358--39431582	80	2.8	79	86	3	292	24	20	28	27	1.99
39431355--39431582	119	1.9	120	85	2	316	24	20	27	27	1.99
39432860--39432986	42	3.1	40	84	9	159	26	25	18	29	1.98
39432924--39433009	39	2.2	40	82	14	99	29	27	17	25	1.97
39433370--39433472	42	2.4	42	85	9	129	26	33	13	26	1.93
39434928--39435429	47	10.7	47	91	6	779	30	28	7	33	1.86
39434928--39435429	93	5.3	94	90	6	779	30	28	7	33	1.86
39444341--39444528	40	4.7	40	88	3	263	26	28	20	25	1.99
39446455--39446496	19	2.2	20	82	4	50	40	14	23	21	1.90
39446575--39446614	3	13.7	3	84	5	55	67	2	27	2	1.16
39446573--39446640	15	4.9	13	77	11	57	73	1	20	4	1.08
39447451--39447647	46	4.3	46	88	1	261	34	13	25	25	1.93
39448044--39448405	143	2.5	143	86	2	496	30	20	21	27	1.98
39448376--39448527	45	3.4	44	78	6	146	29	21	18	30	1.97
39448333--39448799	44	10.5	44	67	8	138	31	21	17	28	1.96
39448422--39448978	179	3.1	177	87	3	751	33	20	16	29	1.95
39449944--39449985	17	2.5	17	92	0	66	28	45	23	2	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39449961--39449986	12	2.2	12	100	0	52	26	46	26	0	1.53
39453259--39453319	30	2.0	30	87	0	86	40	4	24	29	1.76
39455851--39455930	40	2.0	40	97	0	151	28	7	17	46	1.75
39456025--39456173	46	3.3	46	73	18	125	26	17	31	24	1.97
39461169--39461200	7	4.7	7	92	7	57	0	12	0	87	0.54
39461166--39461200	13	2.8	13	95	4	63	0	11	0	88	0.51
39461314--39461342	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
39463866--39464185	168	1.9	168	87	0	469	26	14	23	34	1.94
39463866--39464185	56	5.7	56	86	1	426	26	14	23	34	1.94
39465812--39465881	27	2.6	27	90	2	104	31	28	11	28	1.92
39465812--39465909	28	3.5	28	87	2	126	31	28	12	27	1.93
39471252--39471473	40	5.6	40	92	1	358	22	22	26	28	1.99
39472975--39473130	43	3.7	43	68	11	124	26	16	25	30	1.97
39479231--39479255	12	2.1	12	100	0	50	52	0	32	16	1.44
39481656--39481716	24	2.5	24	86	5	88	16	18	21	44	1.87
39481776--39481845	27	2.7	26	76	8	72	24	25	14	35	1.93
39491672--39491713	21	2.0	21	90	0	66	47	0	16	35	1.47
39498174--39498517	41	8.4	41	91	0	483	35	24	20	19	1.96
39499334--39499395	24	2.7	23	77	10	72	54	0	4	40	1.22
39507575--39507623	20	2.5	20	100	0	98	42	10	4	42	1.57
39507069--39508102	526	2.0	526	98	0	2014	33	13	19	33	1.90
39509200--39509232	15	2.3	15	89	5	50	63	0	9	27	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39514930--39514971	20	2.1	20	100	0	84	33	9	30	26	1.88
39520354--39520401	25	1.9	25	91	0	78	20	20	16	41	1.90
39521918--39521976	30	2.0	30	93	6	102	28	15	10	45	1.78
39524862--39525107	50	5.2	49	67	21	191	30	20	23	25	1.98
39524891--39525041	44	3.3	43	68	20	126	31	19	24	25	1.98
39524827--39525746	94	9.8	94	82	3	929	33	18	20	27	1.96
39524915--39525060	44	3.2	44	69	21	136	29	20	23	26	1.99
39525219--39525635	44	8.8	48	65	18	142	33	18	19	28	1.96
39524827--39525744	282	3.3	280	81	3	1034	33	18	20	27	1.96
39534383--39534450	32	2.1	33	91	2	111	51	5	5	36	1.50
39536029--39536084	29	1.9	29	92	0	94	21	14	21	42	1.88
39537790--39537815	8	3.2	8	100	0	52	76	0	0	23	0.78
39539826--39540006	100	1.8	100	82	2	238	29	19	14	35	1.92
39546154--39546190	10	3.7	10	96	0	65	48	0	0	51	1.00
39551822--39551868	20	2.3	20	96	0	85	34	10	21	34	1.88
39551917--39552023	24	4.4	24	92	4	180	29	19	22	28	1.98
39551917--39552023	49	2.2	47	93	5	178	29	19	22	28	1.98
39552231--39552293	31	2.0	31	87	0	90	36	15	23	23	1.94
39553881--39554009	49	2.6	51	81	4	156	25	18	25	30	1.98
39558997--39559178	49	3.7	49	84	2	256	26	18	25	29	1.98
39558999--39559191	100	1.9	100	95	0	350	26	19	24	29	1.98
39568318--39568371	27	2.0	28	85	3	74	40	9	14	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39573333--39573430	40	2.4	41	79	3	108	26	15	27	30	1.96
39573414--39573467	28	1.9	28	88	0	81	27	11	27	33	1.91
39575022--39575191	22	7.3	22	64	28	77	24	28	13	33	1.93
39575019--39575264	47	5.2	47	93	0	420	25	27	12	34	1.92
39577562--39577587	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
39579103--39579259	28	5.5	28	75	6	145	30	29	18	21	1.97
39579130--39579231	29	3.6	29	80	7	118	29	31	16	22	1.96
39579103--39579263	57	2.8	57	91	0	241	30	29	18	21	1.97
39579269--39580025	40	18.9	40	91	1	1162	26	27	21	24	1.99
39581461--39581700	47	5.1	47	93	2	412	25	27	12	34	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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