genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67083915--67083939	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
67089110--67089267	42	3.7	42	80	3	165	33	24	12	29	1.92
67093881--67093924	12	3.8	12	87	3	54	75	0	11	13	1.06
67093881--67093924	18	2.5	18	85	3	63	75	0	11	13	1.06
67118275--67118299	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
67122385--67122566	28	6.5	28	93	1	285	34	27	12	26	1.92
67130569--67130747	28	6.4	28	94	1	288	34	27	11	26	1.91
67141130--67141308	28	6.4	28	94	1	288	34	27	11	26	1.91
67155404--67155440	19	2.0	18	89	5	56	62	2	0	35	1.10
67155430--67155471	18	2.3	19	88	12	70	54	0	0	45	0.99
67155945--67155998	19	2.8	19	82	2	72	22	3	5	68	1.26
67157787--67157862	33	2.3	33	86	2	98	39	9	15	35	1.80
67157813--67157929	33	3.5	34	80	3	130	39	12	11	35	1.81
67159354--67159379	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
67159860--67159886	14	1.9	14	100	0	54	62	0	0	37	0.95
67162268--67162296	12	2.3	13	94	5	51	17	0	0	82	0.66
67162503--67162562	17	3.4	17	71	15	50	46	1	1	50	1.21
67166375--67166457	29	3.0	28	87	8	100	12	22	3	61	1.46
67166399--67166457	29	2.0	29	100	0	118	13	23	3	59	1.50
67166460--67166502	21	2.0	21	86	8	61	11	27	2	58	1.46
67200156--67200253	44	2.3	44	80	7	112	34	26	17	21	1.95
67205623--67205748	35	3.5	36	84	12	161	38	9	15	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67205624--67205748	18	6.9	18	84	8	166	38	9	16	36	1.81
67205624--67205748	54	2.3	54	95	1	225	38	9	16	36	1.81
67205674--67205771	18	5.0	21	73	22	65	37	8	16	37	1.78
67212515--67212576	11	5.5	11	76	14	63	83	0	12	3	0.75
67212515--67212576	29	2.2	27	85	8	79	83	0	12	3	0.75
67213516--67214679	205	5.7	205	92	0	1870	30	17	21	29	1.96
67214536--67215029	261	1.9	261	85	2	679	32	16	23	27	1.96
67215309--67215412	17	5.7	19	85	11	155	38	11	13	36	1.81
67215309--67215412	54	1.9	55	94	2	183	38	11	13	36	1.81
67217760--67217828	29	2.4	27	80	15	77	72	1	10	15	1.18
67222291--67222386	30	3.2	30	73	8	104	42	1	6	50	1.34
67222313--67222417	31	3.4	29	80	7	111	37	2	5	54	1.39
67222291--67222420	61	2.1	61	91	0	206	40	2	6	50	1.40
67228466--67228503	6	6.3	6	100	0	76	47	0	0	52	1.00
67231506--67231560	29	1.9	29	82	10	69	61	5	1	30	1.29
67232860--67232894	17	2.1	17	100	0	70	25	17	22	34	1.96
67235634--67235834	46	4.4	44	78	12	156	22	28	18	29	1.98
67235710--67235835	47	2.7	45	82	9	146	23	30	17	28	1.97
67242444--67242637	47	4.1	47	91	0	316	35	10	28	25	1.90
67242514--67242634	22	5.2	21	66	24	66	34	9	28	27	1.89
67242487--67242612	25	5.3	25	64	24	83	34	10	26	28	1.89
67242472--67242677	47	4.4	46	73	10	159	33	11	29	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67242651--67242879	46	5.0	46	91	0	350	35	8	31	24	1.85
67245338--67245735	55	7.5	53	74	11	323	23	23	16	35	1.94
67245338--67245743	54	7.6	54	77	9	361	23	23	16	36	1.94
67245350--67245796	209	2.1	209	93	0	770	24	23	15	36	1.94
67245721--67245843	47	2.6	47	94	0	210	26	23	14	35	1.93
67254330--67254383	27	2.0	27	85	0	72	44	7	9	38	1.65
67254630--67254876	49	5.0	50	80	4	275	25	17	27	29	1.98
67258708--67258749	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
67262254--67262461	48	4.5	47	68	14	137	27	19	26	25	1.99
67269939--67270240	48	6.5	48	76	8	216	29	18	25	27	1.98
67271491--67271649	43	3.7	44	77	10	148	23	16	25	33	1.95
67273034--67273151	54	2.2	54	92	0	191	24	31	29	14	1.94
67280568--67280626	18	3.3	17	75	17	57	40	18	18	22	1.91
67280884--67280933	23	2.2	23	82	13	59	42	16	14	28	1.86
67280995--67281084	27	3.3	26	77	14	76	16	18	23	41	1.90
67286641--67286819	48	3.7	48	81	0	205	29	20	24	26	1.99
67286641--67286819	96	1.9	96	84	0	241	29	20	24	26	1.99
67286823--67287017	85	2.3	85	84	0	246	28	16	22	32	1.96
67286749--67287017	42	6.2	42	79	7	220	27	17	23	31	1.97
67289746--67289830	44	1.9	44	80	4	100	38	12	20	28	1.89
67289969--67290090	47	2.6	47	92	0	199	38	13	22	25	1.90
67290077--67290373	108	2.7	108	92	0	486	35	18	24	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67290069--67290373	55	5.6	54	81	8	361	35	17	24	22	1.95
67294498--67294539	21	2.0	22	90	4	68	42	4	16	35	1.69
67294501--67294546	21	2.2	21	84	7	58	43	4	13	39	1.63
67294613--67294664	26	2.0	26	96	0	95	48	0	26	25	1.52
67296617--67296670	20	2.7	20	91	0	90	24	37	25	12	1.91
67301531--67301638	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
67307348--67307395	25	1.9	25	100	0	96	29	12	20	37	1.90
67320741--67320782	20	2.2	19	86	4	57	0	4	11	83	0.79
67322761--67322830	34	2.1	34	91	0	113	50	11	18	20	1.77
67323422--67323543	46	2.6	46	77	10	122	28	18	28	23	1.98
67325255--67325495	50	4.8	51	84	3	276	21	28	24	25	1.99
67325254--67325498	101	2.4	101	87	6	336	21	28	24	25	1.99
67325593--67325624	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
67325836--67325893	30	1.9	30	85	0	80	32	24	1	41	1.65
67328949--67329077	50	2.5	51	89	2	206	34	15	24	26	1.95
67329053--67329201	31	4.8	31	90	0	235	27	19	27	25	1.99
67329219--67329341	47	2.7	46	87	2	165	27	16	26	30	1.97
67329313--67329427	42	2.7	43	86	6	155	31	14	26	27	1.95
67335703--67335873	93	1.8	93	89	0	270	22	20	28	28	1.98
67335707--67335881	46	3.8	45	77	10	174	22	20	28	29	1.98
67343908--67344224	46	6.9	47	86	2	342	22	23	14	40	1.90
67343913--67344225	92	3.4	92	86	0	385	22	23	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67343908--67344231	138	2.3	138	84	2	391	22	23	13	40	1.90
67343963--67344231	46	5.8	46	91	0	378	23	22	13	40	1.89
67346015--67346083	31	2.3	29	83	14	79	56	4	0	39	1.19
67349605--67349705	29	3.5	29	90	2	168	25	10	10	52	1.69
67354819--67354873	3	19.3	3	76	10	53	3	30	0	65	1.10
67354819--67354859	17	2.4	17	87	0	55	2	31	0	65	1.05
67354819--67354871	20	2.7	20	87	0	79	3	30	0	66	1.10
67355166--67355214	16	3.1	16	82	5	55	2	28	0	69	1.00
67355872--67355913	20	2.2	20	91	4	68	80	2	16	0	0.81
67359300--67359355	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
67359381--67359414	17	2.0	17	88	11	52	26	8	0	64	1.22
67359465--67359504	21	2.0	21	85	5	55	35	2	5	57	1.34
67359819--67359859	18	2.3	18	95	0	73	31	9	0	58	1.31
67359966--67360027	21	3.0	20	76	21	56	29	3	0	67	1.06
67359967--67360024	5	11.2	5	74	7	53	29	3	0	67	1.07
67367384--67367484	37	2.7	37	92	0	166	22	33	20	22	1.97
67367627--67367964	48	7.0	48	92	2	545	30	28	6	35	1.82
67375781--67376335	206	2.7	205	90	1	840	30	18	22	28	1.97
67377865--67377920	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
67377946--67377979	17	2.0	17	88	11	52	26	8	0	64	1.22
67377961--67378035	14	5.3	14	72	12	55	32	4	0	64	1.12
67378011--67378040	12	2.6	11	90	10	51	26	3	0	70	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67378030--67378068	20	1.9	21	84	5	53	30	2	7	58	1.39
67378386--67378426	18	2.3	18	95	0	73	31	9	0	58	1.31
67378536--67378596	21	2.8	22	79	16	65	29	4	0	65	1.13
67380023--67380062	15	2.5	17	76	19	50	65	2	5	27	1.27
67382404--67382498	27	3.5	26	78	2	82	38	25	4	31	1.75
67382449--67382513	27	2.4	27	87	10	105	29	27	6	36	1.81
67382545--67382620	27	2.8	27	84	7	93	42	19	7	30	1.80
67382571--67382629	27	2.2	27	87	0	82	47	18	3	30	1.65
67383494--67383572	31	2.5	31	97	0	149	25	26	18	29	1.98
67383596--67383687	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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