genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15938956--15939119	36	4.4	36	76	9	152	34	18	15	31	1.92
15938959--15939142	73	2.4	75	84	6	221	33	19	15	31	1.93
15938959--15939159	39	5.4	37	80	5	183	33	19	14	31	1.92
15938971--15939160	75	2.5	74	83	5	222	34	20	14	30	1.92
15945371--15945403	11	3.1	11	82	8	50	60	12	18	9	1.57
15945572--15945615	22	2.0	22	82	8	54	38	18	20	22	1.93
15947698--15947825	40	3.2	40	93	1	222	21	22	31	25	1.98
15955579--15955751	40	4.4	40	90	2	271	23	21	30	24	1.99
15955579--15955751	79	2.2	79	90	4	269	23	21	30	24	1.99
15961983--15962116	44	3.0	45	83	4	162	35	13	23	27	1.93
15968687--15968801	44	2.6	44	83	2	140	34	13	23	27	1.93
15968694--15968820	44	2.8	45	80	4	139	32	14	25	28	1.94
15970353--15970458	53	2.0	53	94	0	185	30	12	22	34	1.91
15971581--15971627	21	2.2	22	88	3	69	31	8	10	48	1.68
15971746--15971828	22	3.8	22	80	0	85	28	10	30	30	1.91
15981335--15981401	7	9.9	7	95	4	120	74	0	11	13	1.07
15996645--15996794	56	2.7	56	85	0	210	28	16	18	36	1.93
16000591--16000631	17	2.5	17	88	4	57	58	2	14	24	1.49
16000617--16000693	23	3.4	22	81	10	84	53	0	18	28	1.45
16000729--16000783	23	2.4	23	82	11	60	49	1	12	36	1.52
16000834--16000885	22	2.4	22	90	0	86	55	1	15	26	1.50
16000845--16000902	17	3.5	17	73	17	50	56	1	13	27	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16000834--16000892	22	2.7	22	82	15	77	55	1	15	27	1.49
16001389--16001427	19	2.0	20	95	5	71	17	0	10	71	1.12
16001389--16001453	19	2.9	23	84	13	66	24	0	9	66	1.21
16001721--16001772	17	3.0	17	91	2	77	53	3	13	28	1.57
16001943--16001976	17	2.0	17	100	0	68	52	5	11	29	1.61
16002116--16002181	11	5.8	11	76	13	62	60	1	10	27	1.38
16002115--16002188	34	2.2	33	83	7	96	62	1	10	25	1.36
16002115--16002188	23	3.3	23	74	10	73	62	1	10	25	1.36
16002149--16002183	18	1.9	18	88	0	52	65	0	8	25	1.21
16004323--16004361	20	1.9	21	94	5	71	28	5	5	61	1.39
16004432--16004677	89	2.7	88	81	7	219	60	10	4	24	1.47
16005498--16005535	20	1.9	20	88	0	58	42	0	2	55	1.14
16006396--16006566	93	1.8	93	92	2	290	29	29	18	22	1.97
16006387--16006562	46	3.8	46	74	18	175	30	28	18	22	1.97
16007937--16008164	104	2.1	105	84	7	289	36	20	16	27	1.93
16018692--16018776	40	2.2	40	93	2	145	32	7	23	36	1.82
16028644--16028686	19	2.2	19	83	8	50	48	18	30	2	1.60
16035483--16035527	14	3.3	14	80	20	51	24	8	8	57	1.57
16040055--16040096	22	1.9	22	85	0	57	23	7	19	50	1.72
16044053--16044085	14	2.4	14	100	0	66	24	9	15	51	1.72
16044527--16044564	20	1.9	20	88	0	58	44	21	7	26	1.79
16054749--16054799	26	2.0	26	92	0	84	31	35	21	11	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16054656--16054877	103	2.1	104	92	2	367	32	31	17	18	1.94
16055206--16055269	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
16055213--16055269	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
16065128--16065153	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
16072163--16072254	45	2.0	45	100	0	184	25	30	16	28	1.96
16077213--16077258	11	4.4	10	82	17	58	36	10	2	50	1.50
16082126--16082202	31	2.5	31	91	0	127	14	28	36	20	1.92
16092453--16092838	211	1.8	211	82	3	499	36	18	10	35	1.85
16102249--16102286	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
16114990--16115066	30	2.6	30	91	0	127	31	23	18	27	1.97
16137143--16137186	19	2.3	19	84	7	54	25	25	13	36	1.92
16144233--16144323	47	2.0	46	89	4	139	43	19	27	8	1.80
16144773--16144804	15	2.1	15	94	0	55	43	28	3	25	1.69
16145158--16145777	177	3.6	176	82	5	708	31	19	20	29	1.97
16145612--16145706	44	2.2	44	81	11	106	32	16	21	29	1.95
16147215--16147390	46	3.8	46	77	12	198	19	20	30	29	1.97
16147212--16147383	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	28	1.98
16154297--16154353	30	1.9	30	85	0	78	43	5	22	28	1.75
16154773--16154947	46	3.8	46	79	14	216	20	20	29	29	1.97
16160902--16160954	17	3.0	17	81	10	70	41	13	7	37	1.72
16160886--16160911	5	5.2	5	100	0	52	38	23	0	38	1.55
16160868--16160961	19	5.2	18	79	12	88	38	17	7	37	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16161544--16161626	43	1.9	43	82	2	103	26	26	15	31	1.96
16161589--16162133	206	2.7	200	91	2	858	28	21	17	31	1.96
16161949--16162220	87	3.1	87	69	15	236	28	22	17	31	1.96
16161949--16162307	174	2.1	174	94	0	628	28	22	17	30	1.97
16162022--16162308	87	3.3	87	70	14	275	28	22	17	31	1.97
16161743--16162512	379	2.0	380	93	0	1301	28	21	17	31	1.96
16162123--16162722	205	2.9	205	94	0	1011	29	21	18	30	1.97
16163665--16163728	1	64.0	1	87	0	92	0	6	0	93	0.34
16169381--16169441	19	3.3	19	93	6	108	37	16	8	37	1.78
16169571--16169670	51	2.0	51	100	0	200	22	10	22	46	1.81
16170650--16170705	28	2.0	28	92	0	94	39	21	0	39	1.54
16171517--16171575	18	3.4	17	75	11	57	37	3	28	30	1.74
16174762--16174815	26	2.1	26	89	0	81	61	0	0	38	0.96
16175101--16175186	43	2.0	43	95	0	154	46	9	9	34	1.68
16186271--16186396	42	3.0	42	83	0	153	19	26	15	38	1.91
16189371--16189419	24	2.1	24	96	3	91	63	14	0	22	1.30
16190020--16190146	9	13.7	9	67	17	64	59	4	3	33	1.34
16190181--16190246	18	3.5	18	80	10	78	74	1	1	22	0.99
16190180--16190250	19	3.7	19	78	16	83	74	1	1	22	0.97
16196408--16196455	16	2.9	16	81	3	51	27	2	0	70	0.98
16196429--16196487	22	2.6	23	84	7	68	30	0	3	66	1.08
16196471--16196549	18	4.4	18	73	13	56	44	2	1	51	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16207019--16207077	30	1.9	31	86	3	84	28	22	1	47	1.61
16207018--16207087	30	2.3	31	80	7	81	31	20	2	45	1.65
16208703--16208747	22	2.0	24	86	8	67	37	24	4	33	1.76
16209488--16209644	43	3.7	42	81	7	183	30	26	19	24	1.98
16209499--16209670	86	2.0	84	82	7	204	31	25	18	24	1.97
16212611--16212748	71	1.9	71	95	0	249	47	7	6	39	1.57
16214249--16214291	15	2.9	15	79	6	52	62	4	0	32	1.15
16218789--16219082	147	2.0	147	99	0	579	26	30	11	30	1.92
16221941--16221983	15	2.9	15	79	6	52	62	4	0	32	1.15
16221914--16222072	79	2.0	79	100	0	318	49	8	2	39	1.48
16222020--16222062	15	2.9	15	79	6	52	62	4	0	32	1.15
16222185--16222227	6	7.0	6	81	2	50	4	18	0	76	0.95
16227607--16227701	43	2.2	42	81	7	111	34	24	15	25	1.95
16229490--16229534	22	2.0	23	83	12	58	28	6	0	64	1.19
16235264--16235590	180	1.8	180	87	1	494	31	18	11	38	1.85
16236156--16236533	101	3.8	100	80	3	339	29	24	18	27	1.98
16236148--16236585	151	2.9	151	87	0	615	30	24	17	26	1.97
16236145--16236543	50	7.9	50	80	3	424	29	25	18	27	1.98
16237223--16237281	30	2.0	30	82	0	73	25	25	8	40	1.83
16246153--16246204	18	2.7	19	88	5	70	53	3	7	34	1.48
16246324--16246366	12	3.3	13	80	9	52	74	0	25	0	0.82
16246331--16246369	19	2.0	20	90	5	62	74	0	25	0	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16249061--16249099	14	2.8	14	88	7	53	25	2	20	51	1.60
16253116--16253204	23	3.9	23	75	0	88	31	19	23	25	1.98
16253113--16253238	46	2.7	46	83	2	155	33	19	21	25	1.97
16253197--16253248	23	2.2	24	80	10	63	34	19	23	23	1.96
16254895--16255161	47	5.6	46	80	14	278	25	17	32	23	1.97
16254895--16255161	94	2.8	94	93	2	428	25	17	32	23	1.97
16254939--16255264	146	2.3	143	80	10	355	26	18	30	24	1.98
16256396--16256435	21	2.0	21	95	5	73	10	40	30	20	1.85
16262017--16262112	40	2.4	41	81	10	101	30	14	28	27	1.95
16266107--16266139	17	1.9	17	100	0	66	45	0	24	30	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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