genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26516992--26517199	80	2.6	79	89	3	292	25	26	24	23	2.00
26522925--26523166	50	4.8	50	78	4	238	29	27	18	24	1.98
26530111--26530340	50	4.6	49	79	6	221	30	26	17	25	1.97
26535564--26535679	40	2.9	40	79	7	119	34	13	28	23	1.93
26538638--26538716	6	13.8	6	74	19	71	81	1	1	16	0.83
26538645--26538715	5	13.8	5	83	16	76	80	0	1	18	0.79
26544081--26544113	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
26555894--26555958	24	2.7	24	82	2	67	36	21	24	16	1.94
26555977--26556030	26	2.1	26	86	10	76	40	20	24	14	1.90
26556972--26557021	26	1.9	26	83	0	64	46	6	14	34	1.69
26557875--26558028	43	3.6	41	70	12	114	23	17	26	32	1.97
26562647--26562679	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
26570245--26570308	32	2.0	32	100	0	128	18	15	15	50	1.79
26570968--26571007	21	2.0	21	90	5	64	15	40	22	22	1.91
26591627--26591698	25	2.9	25	75	8	74	30	18	25	26	1.98
26592339--26592379	21	2.0	20	85	4	55	43	24	0	31	1.54
26595601--26595829	54	4.3	53	76	8	178	31	13	26	29	1.93
26595624--26595774	81	1.9	81	84	0	203	33	12	27	26	1.92
26595601--26595787	27	6.9	27	84	4	171	32	12	26	28	1.93
26598747--26598931	27	6.9	27	91	0	298	34	17	14	34	1.89
26602504--26602578	27	2.8	27	87	4	98	24	20	17	38	1.93
26602570--26602765	27	7.3	27	92	0	302	36	15	13	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26612264--26612470	42	4.6	42	81	11	200	30	27	13	28	1.94
26612331--26612636	48	6.2	48	75	9	235	31	26	13	28	1.94
26614254--26614299	21	2.2	21	88	0	65	39	10	6	43	1.66
26614261--26614303	21	2.0	21	95	0	77	34	13	6	44	1.72
26616559--26616774	113	1.9	113	93	1	371	31	18	15	34	1.92
26633877--26633911	17	2.0	18	88	5	54	11	8	8	71	1.31
26640967--26641134	56	3.0	56	86	0	228	35	23	13	27	1.92
26656470--26656557	34	2.6	33	80	8	106	27	20	26	26	1.99
26661489--26661637	58	2.6	60	82	9	179	34	16	25	22	1.95
26661490--26661696	49	3.9	52	80	12	192	35	16	25	22	1.94
26663495--26663559	26	2.5	26	77	2	69	35	15	16	32	1.91
26667962--26668117	27	5.8	28	78	6	119	33	10	17	38	1.84
26667962--26668124	54	3.0	54	75	8	152	32	10	19	38	1.85
26667971--26668124	81	1.9	81	82	7	197	33	10	19	37	1.86
26669071--26669122	27	1.9	27	92	0	86	36	25	11	26	1.90
26673933--26673990	28	2.1	28	96	0	107	48	13	6	31	1.69
26679491--26679562	33	2.2	33	97	0	135	33	20	5	40	1.76
26685041--26685078	19	2.0	19	90	10	60	10	21	44	23	1.83
26685041--26685083	19	2.4	18	85	14	54	9	23	44	23	1.82
26694885--26694940	28	2.0	28	92	0	94	35	21	10	32	1.88
26698325--26698416	22	4.0	22	73	13	94	20	22	20	35	1.96
26703637--26703681	20	2.2	20	88	0	63	13	20	37	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26703832--26703917	42	2.1	41	81	14	97	15	37	29	18	1.91
26714004--26714094	44	2.1	44	82	0	110	31	14	10	42	1.80
26716357--26716458	42	2.4	42	80	3	125	29	18	19	32	1.96
26719470--26719523	27	2.0	27	85	0	72	38	11	12	37	1.79
26729763--26729802	21	2.0	20	85	5	53	10	32	25	32	1.89
26739892--26740074	40	4.6	40	82	6	187	24	20	27	28	1.99
26739926--26740111	79	2.4	79	79	8	191	26	19	26	27	1.99
26739972--26740121	40	3.8	39	81	7	126	25	21	28	25	1.99
26743860--26743915	28	2.0	28	89	0	85	37	21	12	28	1.90
26747109--26747164	28	2.0	28	85	0	76	37	19	12	30	1.89
26747414--26747468	22	2.5	22	84	0	65	12	27	29	30	1.93
26752576--26752629	20	2.7	20	91	0	90	11	24	38	25	1.88
26754973--26755004	8	4.0	8	100	0	64	12	25	25	37	1.91
26764227--26764264	20	1.9	20	88	0	58	50	10	2	36	1.51
26774959--26775060	42	2.4	42	88	0	150	28	22	20	28	1.99
26778075--26778128	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
26778375--26778470	49	2.0	49	87	0	138	28	16	27	28	1.97
26781610--26781649	13	3.1	13	100	0	80	15	32	37	15	1.88
26787044--26787134	27	3.4	27	82	8	114	29	23	7	39	1.82
26787031--26787134	53	1.9	54	82	5	131	33	22	7	36	1.83
26787166--26787348	27	6.7	27	74	10	113	41	19	7	31	1.80
26788246--26788318	25	3.0	23	78	9	65	28	23	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26788439--26788529	41	2.2	42	86	4	130	28	14	20	36	1.92
26788557--26788631	31	2.4	31	93	0	132	26	18	25	29	1.98
26790520--26790549	9	3.3	9	100	0	60	26	0	20	53	1.46
26800860--26801051	40	4.8	39	84	6	226	22	25	28	23	2.00
26800856--26801063	80	2.6	80	90	4	305	24	25	27	23	2.00
26811352--26811399	24	2.0	24	95	0	87	25	27	4	43	1.72
26818888--26818937	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
26828734--26828853	23	5.1	23	74	11	77	30	19	23	26	1.98
26828780--26828853	24	3.0	25	80	6	87	29	20	22	27	1.98
26829456--26829522	28	2.9	22	71	26	57	46	25	0	28	1.53
26829461--26829514	28	1.9	28	100	0	108	48	24	0	27	1.52
26842650--26842773	46	2.7	46	85	1	149	33	28	17	20	1.96
26844389--26844451	32	2.0	32	90	0	99	41	11	4	42	1.61
26852696--26852960	103	2.6	103	93	3	444	18	20	30	30	1.97
26852877--26852928	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
26859784--26859834	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
26859885--26859936	27	1.9	27	96	0	95	13	25	32	28	1.93
26859705--26859970	104	2.6	104	92	3	430	18	20	30	30	1.97
26862023--26862068	21	2.1	21	92	4	74	32	0	13	54	1.39
26864458--26864735	48	5.8	48	73	5	177	25	24	20	29	1.99
26866665--26866703	19	2.2	19	86	9	55	38	25	0	35	1.56
26871192--26871421	95	2.4	96	80	4	241	23	23	21	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26871211--26871421	48	4.4	48	72	8	151	23	22	21	32	1.98
26871248--26871420	96	1.8	95	83	3	231	22	22	22	32	1.98
26873737--26874097	47	7.7	47	74	13	196	23	29	17	29	1.97
26881592--26881852	46	5.6	47	76	13	204	22	29	19	28	1.98
26881896--26881948	26	2.0	26	100	0	106	26	22	22	28	1.99
26883645--26883683	19	2.1	19	85	4	53	35	2	0	61	1.10
26884188--26884249	30	2.1	30	93	0	106	43	1	3	51	1.27
26887573--26887624	19	2.9	17	81	18	61	28	1	1	67	1.12
26887582--26887635	20	2.7	20	85	8	65	31	1	1	64	1.14
26887623--26887673	19	2.6	19	79	17	52	43	0	1	54	1.11
26888769--26888815	22	2.1	22	96	0	85	31	4	40	23	1.74
26889992--26890059	31	2.2	32	79	12	79	30	11	23	33	1.91
26893741--26893787	22	2.1	22	96	0	85	31	4	40	23	1.74
26896593--26896664	31	2.3	31	90	4	110	33	2	16	47	1.61
26901095--26901270	46	3.8	46	81	10	223	21	20	29	28	1.98
26901092--26901263	93	1.8	93	96	0	317	21	20	29	27	1.98
26915276--26915342	34	2.0	34	87	0	98	20	28	8	41	1.83
26931207--26931249	21	2.0	21	100	0	86	25	23	18	32	1.97
26935801--26936011	40	5.3	40	85	5	250	23	19	27	28	1.99
26944754--26944964	40	5.3	40	84	5	250	23	20	27	28	1.99
26955464--26955497	14	2.3	15	90	10	52	17	2	0	79	0.86
26955461--26955499	15	2.5	15	80	19	53	20	2	0	76	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26955595--26955638	17	2.5	18	82	14	56	52	0	2	45	1.13
26959779--26959907	55	2.3	55	81	0	168	22	34	23	19	1.96
26960668--26960981	47	6.7	46	72	11	223	23	28	20	27	1.99
26969146--26969251	40	2.7	40	80	2	124	22	16	27	33	1.95
26985944--26986000	9	5.8	10	78	15	57	35	10	21	33	1.87
26985951--26986017	20	3.3	20	85	4	73	35	10	20	32	1.87
26986067--26986204	25	5.4	25	83	9	149	28	20	22	28	1.98
26986067--26986174	24	4.4	25	87	8	150	28	20	22	28	1.98
26986385--26986475	38	2.7	31	73	22	94	35	16	24	24	1.95
26993249--26993304	27	2.1	28	93	6	98	48	14	8	28	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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