genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9098983--9099380	3	135.0	3	69	12	168	28	5	3	62	1.33
9104787--9104820	9	3.9	9	88	3	52	32	0	2	64	1.08
9115297--9115337	19	2.2	19	95	0	73	46	31	0	21	1.52
9115836--9115874	19	2.1	19	90	0	60	25	5	7	61	1.44
9117539--9117571	16	2.1	16	100	0	66	30	9	30	30	1.88
9118700--9118744	22	2.0	23	83	12	58	26	17	2	53	1.56
9118754--9118810	16	3.5	15	81	18	53	26	5	7	61	1.43
9119123--9119156	9	3.8	9	100	0	68	32	8	11	47	1.71
9119481--9119530	26	1.9	26	88	8	75	40	6	22	32	1.78
9123398--9123479	42	2.0	42	82	4	103	21	19	15	42	1.89
9125910--9126006	40	2.4	40	82	0	113	26	14	25	32	1.94
9132837--9132865	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
9133631--9133741	47	2.4	47	83	6	145	26	17	22	34	1.96
9137805--9137973	45	3.7	45	76	5	144	32	19	9	38	1.84
9138650--9138675	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
9138643--9138713	35	2.0	35	100	0	142	39	11	22	26	1.88
9138685--9138710	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
9139499--9139587	43	2.1	43	85	4	117	57	6	3	32	1.41
9142863--9142899	16	2.1	19	80	19	53	35	0	0	64	0.94
9142865--9142931	21	3.7	18	72	16	59	40	0	0	59	0.97
9142873--9142934	18	3.3	18	73	18	56	43	0	0	56	0.99
9147164--9147221	20	2.9	20	81	0	80	10	34	24	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9148027--9148149	54	2.3	54	74	2	122	29	21	28	21	1.98
9150841--9150923	21	3.9	21	79	3	67	37	26	21	14	1.92
9150853--9150902	21	2.4	21	93	0	82	30	30	28	12	1.92
9151240--9151280	20	2.0	21	95	4	75	58	34	2	4	1.32
9152070--9152099	11	2.7	11	89	0	51	40	0	0	60	0.97
9152128--9152170	23	2.0	23	86	9	63	27	16	6	48	1.71
9155818--9155862	19	2.4	19	92	0	72	35	17	22	24	1.95
9164379--9164797	72	5.7	73	88	4	621	31	16	20	31	1.95
9164379--9164797	147	2.9	147	88	2	639	31	16	20	31	1.95
9165649--9165731	28	3.1	27	75	10	80	67	24	4	3	1.26
9166030--9166080	12	4.0	12	77	20	50	72	3	0	23	1.01
9166167--9166204	12	3.2	12	88	3	51	0	55	0	44	0.99
9166502--9166531	11	2.7	11	89	0	51	40	0	0	60	0.97
9166918--9166952	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
9172207--9172365	27	5.9	27	81	11	175	32	22	25	20	1.98
9172225--9172368	54	2.7	53	91	4	225	31	23	25	18	1.97
9173662--9173820	27	5.9	27	80	11	166	32	21	25	20	1.98
9173680--9173823	54	2.7	53	90	4	216	31	22	25	19	1.98
9188952--9188993	20	2.2	20	86	4	59	35	2	14	47	1.57
9200330--9200489	51	3.2	50	91	1	248	29	23	15	32	1.95
9204054--9204111	24	2.5	24	94	2	100	20	20	13	44	1.85
9207671--9207703	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9207750--9207808	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
9207779--9207827	26	2.0	24	88	8	71	32	0	4	63	1.13
9207782--9207839	25	2.3	26	82	5	75	29	0	3	67	1.07
9212022--9212057	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
9212009--9212049	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
9212172--9212306	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
9212545--9212583	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
9213896--9213952	5	11.0	5	78	14	62	56	1	0	42	1.10
9213895--9213950	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
9213897--9213952	26	2.2	26	90	6	69	55	1	0	42	1.10
9215645--9215707	24	2.7	22	79	13	63	65	14	3	17	1.40
9216837--9216883	18	2.6	17	83	9	58	27	2	2	68	1.13
9217560--9217617	20	2.9	19	87	5	62	55	8	10	25	1.62
9217567--9217624	20	2.8	20	81	2	62	56	10	8	24	1.60
9217899--9217933	14	2.4	15	90	4	54	68	2	0	28	1.04
9217929--9218030	30	3.4	31	83	5	122	29	22	3	44	1.71
9218294--9218343	10	5.2	10	80	7	59	70	0	30	0	0.88
9218297--9218339	19	2.3	19	88	11	63	69	0	30	0	0.88
9218409--9218440	3	10.3	3	93	6	55	68	0	31	0	0.90
9218411--9218444	10	3.5	10	96	4	61	70	0	29	0	0.87
9218610--9218650	15	2.7	15	82	17	57	68	17	14	0	1.22
9218762--9218864	23	4.5	23	75	18	81	78	0	21	0	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9218765--9218861	15	6.8	14	76	16	92	80	0	19	0	0.71
9218786--9218859	17	4.4	16	78	17	71	82	0	17	0	0.67
9218764--9218863	10	10.1	10	75	18	86	80	0	20	0	0.72
9218764--9218861	7	13.6	7	76	13	83	80	0	19	0	0.71
9218764--9218861	34	2.8	36	78	7	119	80	0	19	0	0.71
9219183--9219221	21	1.9	21	84	5	53	53	10	2	33	1.48
9219229--9219267	21	1.9	21	89	5	62	25	20	10	43	1.83
9219444--9219606	17	9.4	17	78	9	159	30	12	10	47	1.74
9219444--9219606	35	4.7	34	79	8	168	30	12	10	47	1.74
9219567--9219693	39	3.4	38	70	20	106	35	10	12	41	1.77
9231908--9232593	72	9.6	72	87	6	946	30	16	21	31	1.96
9231908--9232588	211	3.2	212	88	4	983	30	16	21	31	1.96
9233440--9233510	31	2.3	31	78	7	81	69	23	4	2	1.20
9233743--9233767	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
9233818--9233855	13	3.2	12	85	10	51	71	2	0	26	1.00
9234264--9234306	11	4.0	11	81	3	52	39	0	4	55	1.20
9234335--9234377	23	2.0	23	86	9	63	27	16	6	48	1.71
9234692--9234726	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
9235531--9235573	15	2.8	15	92	3	68	48	11	0	39	1.40
9235890--9235999	51	2.2	51	91	3	177	27	20	10	40	1.86
9240855--9240893	20	2.0	20	90	10	62	25	5	5	64	1.35
9249793--9249872	38	2.1	38	84	6	101	37	5	17	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9254801--9254906	26	4.2	26	81	4	110	18	26	19	34	1.95
9269500--9269540	22	1.9	21	85	5	55	26	2	7	63	1.33
9269907--9269944	20	2.0	20	89	5	60	36	5	0	57	1.21
9270273--9270335	12	5.2	12	76	16	60	30	7	3	58	1.42
9270280--9270371	3	31.0	3	70	10	55	31	7	3	57	1.43
9274815--9274850	19	1.9	19	88	5	56	33	0	11	55	1.35
9282908--9283093	50	3.8	50	78	8	183	33	18	19	28	1.96
9282903--9283443	44	12.0	44	75	7	360	34	16	17	30	1.93
9283009--9283443	132	3.3	131	84	2	408	34	16	17	31	1.92
9285035--9285093	3	19.3	3	80	3	55	27	6	0	66	1.17
9293783--9293908	45	2.8	45	84	2	148	18	22	23	36	1.95
9296796--9296851	18	2.9	19	73	26	55	48	0	0	51	1.00
9296861--9296902	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
9296865--9296901	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
9297008--9297062	29	2.0	27	82	10	67	21	16	9	52	1.71
9300863--9301018	72	2.2	72	78	1	170	26	14	22	35	1.93
9307083--9307464	48	8.0	48	75	6	326	25	29	18	26	1.98
9307082--9307464	96	4.0	96	81	3	439	25	29	18	27	1.98
9313181--9313219	16	2.5	15	84	12	51	5	12	0	82	0.83
9315026--9315081	27	2.1	27	100	0	112	33	14	14	37	1.86
9316786--9316838	3	17.7	3	80	7	63	0	28	1	69	0.99
9317508--9317584	5	15.4	5	97	0	136	40	2	0	57	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9320143--9320256	59	1.9	60	85	1	158	25	10	10	53	1.67
9329571--9329620	13	3.7	13	76	10	55	26	2	2	70	1.09
9336598--9336670	32	2.5	27	73	23	76	23	2	21	52	1.60
9358020--9358114	47	2.0	47	100	0	190	34	16	12	35	1.87
9363923--9363986	30	2.1	30	91	0	101	29	4	39	26	1.76
9367978--9368032	28	2.1	28	80	12	64	47	5	3	43	1.44
9388624--9388648	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
9392474--9392519	23	2.0	23	100	0	92	47	13	13	26	1.78
9395441--9395477	18	2.1	18	89	0	56	40	8	21	29	1.82
9395826--9395925	27	3.7	27	78	6	105	37	19	13	31	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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