genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   

This is table  8  of  311  ( 37258 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2218977--2219129	63	2.4	64	84	4	213	25	28	20	24	1.99
2220681--2220736	20	2.8	20	81	8	60	33	3	3	58	1.32
2231161--2231196	17	2.1	18	94	5	65	36	0	0	63	0.94
2231412--2231465	23	2.4	21	76	14	54	33	1	7	57	1.37
2231784--2231828	7	6.4	7	100	0	90	40	0	0	60	0.97
2231784--2231837	21	2.6	21	93	0	90	38	0	0	61	0.96
2232093--2232126	18	1.9	17	88	5	50	35	0	0	64	0.94
2234331--2234361	14	2.1	15	94	5	55	45	6	6	41	1.55
2237447--2237476	7	4.3	7	100	0	60	43	0	0	56	0.99
2241242--2241607	46	8.0	46	94	0	572	37	14	24	23	1.92
2244969--2245072	18	5.6	19	71	20	62	54	2	1	40	1.26
2244981--2245088	18	5.9	17	76	13	83	53	2	1	41	1.26
2245001--2245083	25	3.4	25	71	14	66	54	2	1	42	1.21
2245001--2245088	36	2.4	36	82	14	110	54	2	1	42	1.20
2245025--2245088	17	3.6	17	78	15	58	54	1	1	42	1.19
2246665--2246696	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
2258588--2258613	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
2260145--2260211	34	1.9	35	90	3	109	44	11	10	32	1.75
2261922--2261964	21	2.0	21	82	8	52	30	0	4	65	1.13
2339499--2339533	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
2339676--2339718	20	2.1	21	86	4	61	65	6	0	27	1.18
2339919--2339948	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2340369--2340424	13	4.2	13	78	10	60	26	0	3	69	1.04
2340464--2340516	17	3.3	16	82	12	56	75	0	7	16	1.02
2346143--2346301	78	2.0	78	97	0	300	19	15	20	45	1.85
2347595--2347636	2	21.0	2	95	0	75	47	50	2	0	1.14
2347781--2347817	19	2.0	19	89	5	58	16	32	13	37	1.87
2349114--2349153	17	2.3	18	80	20	50	45	2	12	40	1.56
2351723--2351761	11	3.5	11	86	10	53	35	0	0	64	0.94
2353064--2353104	20	2.0	21	90	4	66	24	2	24	48	1.63
2355469--2355506	17	2.3	16	90	4	58	65	10	5	18	1.41
2355581--2355633	25	2.2	23	83	12	63	58	1	11	28	1.43
2364165--2364203	20	1.9	21	84	5	53	56	0	2	41	1.13
2368823--2369101	138	2.0	138	98	0	540	25	11	18	44	1.83
2369716--2369771	25	2.2	25	84	6	69	19	32	16	32	1.94
2371587--2371656	21	3.4	21	72	16	65	18	28	22	30	1.98
2380111--2380143	15	2.1	16	88	5	50	24	0	3	72	0.98
2381606--2381663	29	2.0	29	96	0	107	32	17	15	34	1.91
2385837--2385992	78	2.0	78	91	0	249	41	16	17	25	1.90
2396026--2396082	29	2.1	26	83	9	69	31	7	3	57	1.42
2398818--2398871	24	2.2	25	78	18	60	46	22	0	31	1.52
2402040--2402190	72	2.1	72	80	11	168	35	12	7	44	1.72
2404152--2404345	90	2.2	90	80	3	212	27	21	14	36	1.93
2409516--2409575	26	2.3	26	91	0	93	40	3	0	56	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2416991--2417028	20	1.9	20	84	10	51	10	10	0	78	0.95
2419565--2419610	18	2.5	17	80	13	56	28	6	0	65	1.17
2419573--2419657	10	8.7	10	69	15	54	32	5	1	60	1.29
2420307--2420439	51	2.6	51	81	0	158	42	12	6	39	1.68
2425508--2425640	51	2.6	51	82	0	167	42	12	6	39	1.67
2433352--2433406	17	3.2	17	75	14	51	18	18	36	27	1.94
2435099--2435162	32	2.0	32	100	0	128	53	25	15	6	1.65
2436455--2436509	29	1.9	28	92	3	92	50	7	5	36	1.53
2436689--2436729	20	2.1	19	86	4	55	29	4	4	60	1.38
2436889--2436939	23	2.2	23	82	6	68	66	0	11	21	1.23
2438758--2438836	40	2.0	40	89	0	122	34	32	16	16	1.91
2441104--2441143	20	2.0	20	100	0	80	40	15	30	15	1.87
2441505--2441543	18	2.2	18	85	0	51	53	0	0	46	1.00
2447828--2447920	22	4.1	21	72	21	73	30	5	1	63	1.23
2447826--2447914	47	1.9	46	86	6	126	31	5	1	61	1.26
2447875--2447920	23	2.2	20	88	11	65	28	0	2	69	1.00
2447825--2447921	21	4.4	21	70	24	67	31	5	1	61	1.24
2447956--2447983	13	2.2	13	100	0	56	14	7	0	78	0.95
2447948--2448017	20	3.4	21	76	9	74	28	4	0	67	1.10
2450567--2450592	13	2.0	13	100	0	52	38	23	15	23	1.92
2450668--2450744	28	2.7	27	80	15	75	57	1	10	31	1.41
2456310--2456343	15	2.2	16	90	10	54	67	5	5	20	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2456322--2456368	12	3.9	12	80	5	51	68	4	4	23	1.26
2456320--2456424	15	6.8	15	75	13	70	62	3	6	26	1.37
2456336--2456448	3	37.3	3	76	8	95	60	1	8	29	1.37
2457401--2457457	28	2.0	28	93	0	96	12	33	17	36	1.87
2457504--2457618	44	2.6	45	76	5	117	30	21	18	29	1.97
2457585--2457696	55	2.0	55	92	0	188	22	23	20	33	1.97
2457643--2458192	182	3.0	182	88	1	823	28	20	17	34	1.95
2458005--2458082	41	1.9	41	83	0	102	25	19	20	34	1.96
2458091--2458188	45	2.2	44	89	5	144	28	23	15	32	1.95
2457640--2458185	183	3.0	182	88	0	831	28	19	17	34	1.95
2458091--2458212	45	2.7	45	83	3	122	30	22	15	31	1.95
2458247--2459087	86	9.7	86	85	2	1004	22	23	21	31	1.98
2458270--2459085	174	4.7	173	84	2	1037	22	23	21	32	1.98
2458324--2459076	44	17.3	43	64	14	215	23	23	20	32	1.98
2458270--2459087	260	3.1	259	85	4	1124	22	23	21	32	1.98
2464358--2464391	15	2.2	16	90	10	54	67	5	5	20	1.33
2464401--2464678	3	92.7	3	68	11	97	59	3	9	27	1.45
2464384--2464452	28	2.5	29	86	6	99	60	2	8	27	1.40
2466854--2466890	17	2.2	17	86	13	51	29	5	8	56	1.51
2467327--2467388	32	1.9	32	100	0	124	32	3	27	37	1.73
2474779--2474832	27	2.0	27	96	0	99	48	16	11	24	1.79
2487988--2488617	312	2.0	316	98	1	1216	35	11	13	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2489812--2490193	133	2.9	133	91	0	629	27	10	17	44	1.81
2492893--2493650	192	3.9	192	95	0	1309	21	27	15	36	1.93
2498708--2498736	14	2.1	14	100	0	58	6	6	10	75	1.17
2500043--2500080	19	2.0	20	84	5	51	39	2	5	52	1.38
2506160--2506212	19	2.6	21	77	20	58	67	0	0	32	0.91
2507970--2508040	33	2.2	33	94	0	124	52	0	9	38	1.35
2516862--2516938	39	2.0	39	89	0	118	14	23	22	40	1.90
2516877--2516940	18	3.4	18	77	12	74	12	25	23	39	1.90
2520157--2520220	32	2.0	32	100	0	128	34	15	18	31	1.93
2522946--2523007	24	2.6	24	76	0	70	43	6	35	14	1.71
2525292--2525362	31	2.3	31	83	9	83	23	7	16	52	1.69
2530547--2530584	19	2.0	19	85	10	51	23	26	28	21	1.99
2534774--2534835	33	2.0	30	84	9	79	61	0	1	37	1.06
2538442--2538619	51	3.5	51	93	0	286	35	15	23	26	1.94
2538595--2538836	31	7.8	31	90	0	340	28	19	26	26	1.99
2538858--2538983	49	2.6	49	88	3	186	29	15	26	29	1.96
2540010--2540193	46	4.0	46	82	0	215	29	21	17	30	1.96
2541488--2541538	24	2.1	24	100	0	102	47	25	3	23	1.69
2543591--2543640	24	2.1	24	100	0	100	24	24	8	44	1.80
2551996--2552024	14	2.1	14	93	6	51	75	0	0	24	0.80
2553342--2553371	11	2.6	12	89	10	53	6	26	6	60	1.47
2553351--2553384	15	2.4	14	90	5	50	5	20	5	67	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2554519--2554611	9	10.3	9	85	0	123	32	9	23	34	1.87
2554519--2554611	27	3.4	27	90	0	150	32	9	23	34	1.87
2557408--2557442	3	11.7	3	93	0	61	31	0	2	65	1.07
2557774--2557812	17	2.3	17	82	8	53	69	0	30	0	0.89
2558653--2558716	18	3.6	18	85	2	85	35	4	15	43	1.68
2572642--2572670	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
2572764--2572838	3	24.0	3	72	17	55	28	8	0	64	1.22
2572764--2572864	20	5.0	20	68	6	60	25	7	1	64	1.31
2572729--2572864	60	2.3	58	76	5	137	25	7	4	62	1.40
2572844--2572909	29	2.3	29	75	15	73	30	12	0	57	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311