genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17020414--17020475	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
17024424--17024506	6	13.0	6	70	16	51	3	20	2	73	1.10
17024433--17024497	21	3.2	20	76	6	58	3	23	1	72	1.07
17024479--17024522	21	2.2	20	84	12	54	9	11	2	77	1.08
17024563--17024607	18	2.4	19	85	3	65	40	0	6	53	1.27
17025913--17025967	11	5.0	11	84	8	76	29	32	0	38	1.58
17027131--17027176	7	6.6	7	94	0	83	30	0	10	58	1.32
17028296--17028474	53	3.3	53	73	14	195	37	3	5	53	1.39
17028220--17028534	108	2.9	108	98	0	596	35	3	4	55	1.38
17028425--17028811	129	3.0	130	95	1	697	34	4	4	55	1.42
17028763--17028849	38	2.3	38	80	7	97	43	6	5	43	1.55
17032712--17032940	49	4.6	49	78	9	248	30	27	17	24	1.97
17034486--17034787	127	2.4	126	90	0	469	29	17	14	38	1.90
17035622--17035667	16	2.9	16	75	21	51	56	2	4	36	1.31
17037097--17037217	31	3.6	32	78	21	138	49	3	0	47	1.18
17037085--17037230	72	2.0	72	98	0	283	47	5	0	46	1.25
17041439--17041565	42	3.0	42	85	0	173	46	16	18	18	1.84
17048407--17048465	28	2.1	28	100	0	118	16	6	32	44	1.74
17051122--17051165	19	2.4	18	80	3	52	29	6	4	59	1.44
17052737--17052779	17	2.4	19	92	7	72	27	4	2	65	1.25
17053095--17053163	27	2.7	27	82	6	72	28	2	4	63	1.28
17053127--17053167	20	2.0	20	90	9	64	39	2	0	58	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17056074--17056338	102	2.6	103	93	2	444	18	20	30	30	1.97
17063119--17063387	105	2.6	105	94	1	468	18	20	30	30	1.97
17068306--17068419	42	2.7	43	82	6	126	26	21	27	25	1.99
17072948--17073017	22	3.2	22	97	2	133	27	14	8	50	1.72
17075391--17075440	25	2.0	25	100	0	100	44	12	28	16	1.83
17077950--17078161	89	2.4	89	78	5	205	33	17	23	25	1.96
17077889--17078428	134	4.0	134	80	4	545	31	17	24	26	1.97
17077905--17078474	45	12.8	44	70	13	254	31	17	23	26	1.97
17078220--17078496	89	3.1	88	73	13	228	30	20	22	25	1.99
17080684--17080741	27	2.1	27	87	0	80	25	3	6	63	1.35
17080691--17080747	27	2.1	27	83	3	71	29	1	7	61	1.32
17087883--17087917	17	2.1	17	88	0	52	42	2	0	54	1.15
17093314--17093354	20	2.0	20	90	9	66	41	4	34	19	1.73
17095739--17096238	168	3.0	166	85	3	644	39	16	20	23	1.92
17098618--17098659	21	2.0	21	95	0	75	40	26	9	23	1.85
17099670--17099712	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
17101946--17102090	63	2.3	63	86	4	204	24	24	22	29	1.99
17107198--17107343	43	3.4	42	76	12	138	32	26	15	25	1.95
17126240--17126270	12	2.5	12	94	5	53	32	16	25	25	1.96
17126270--17126328	23	2.4	23	86	8	73	28	20	22	28	1.98
17131163--17131214	20	2.6	20	100	0	104	23	32	32	11	1.90
17131979--17132035	30	1.9	30	86	13	82	47	0	17	35	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17133602--17133655	25	2.2	25	82	0	63	29	22	25	22	1.99
17136044--17136076	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
17138508--17138689	54	3.4	53	79	4	161	38	14	12	34	1.84
17138509--17138661	80	1.9	80	86	6	220	36	13	12	37	1.83
17138508--17138662	27	5.8	27	85	4	172	36	14	12	36	1.83
17138508--17138689	80	2.3	80	79	6	199	38	14	12	34	1.84
17138652--17138743	27	3.4	26	85	5	103	43	20	16	19	1.88
17145499--17145657	43	3.7	43	82	1	176	27	13	25	33	1.94
17147278--17147334	24	2.3	24	85	8	71	71	0	3	24	1.01
17150748--17150815	15	4.4	15	70	17	50	13	17	14	54	1.71
17153401--17153566	48	3.5	48	83	1	226	28	15	27	28	1.96
17157699--17157748	26	1.9	26	100	0	100	40	12	26	22	1.88
17158810--17159018	40	5.2	40	77	4	199	29	19	22	28	1.98
17159089--17159181	40	2.3	40	81	3	98	33	16	18	32	1.93
17158928--17159272	150	2.3	150	83	5	417	28	18	19	32	1.96
17159662--17159798	22	6.3	22	69	12	68	23	0	30	45	1.53
17159662--17159801	29	4.8	29	69	10	88	22	0	30	46	1.52
17159662--17159853	14	13.4	14	66	10	66	23	0	31	45	1.53
17159599--17159795	7	27.4	7	70	6	81	24	0	28	46	1.53
17159605--17159801	80	2.5	79	80	7	238	24	0	29	45	1.53
17159768--17159852	7	12.0	7	72	12	57	21	0	35	43	1.53
17160263--17160326	22	2.9	22	80	2	83	32	0	1	65	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17160832--17160861	6	5.0	6	91	0	51	16	63	0	20	1.31
17164069--17164123	19	2.9	19	72	17	53	25	1	3	69	1.15
17164379--17164599	43	5.2	43	85	2	284	23	16	29	30	1.96
17164365--17164599	85	2.7	86	84	3	296	24	15	28	31	1.95
17164629--17164681	15	3.6	15	76	2	54	9	18	30	41	1.82
17168167--17168391	40	5.7	40	81	6	215	25	28	21	25	1.99
17168323--17168400	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
17174353--17174436	17	4.8	17	76	12	71	3	15	2	78	0.99
17174374--17174457	17	5.2	16	77	12	73	2	15	2	79	0.93
17174384--17174447	13	4.8	13	78	14	67	3	12	3	81	0.93
17174380--17174452	34	2.2	33	82	7	94	2	13	2	80	0.93
17181509--17181597	44	2.0	44	95	0	160	35	23	12	28	1.91
17181509--17181576	22	3.0	24	66	12	63	36	23	11	27	1.90
17181532--17181596	20	3.0	20	66	23	51	36	24	13	24	1.92
17183830--17183868	21	1.9	20	89	5	60	38	17	0	43	1.50
17184009--17184052	20	2.2	20	84	4	54	34	11	2	52	1.50
17189780--17189857	38	2.0	39	97	2	149	47	12	10	29	1.75
17195753--17195817	32	2.0	32	100	0	130	30	9	9	50	1.65
17196337--17196400	20	3.2	20	84	4	85	40	0	4	54	1.21
17196460--17196526	33	2.0	33	94	0	116	31	31	10	26	1.90
17199648--17199716	30	2.3	30	94	0	120	18	33	27	20	1.96
17200785--17201012	48	4.9	48	74	7	198	28	23	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17203231--17203411	93	1.9	93	94	0	317	32	25	12	29	1.92
17208723--17208950	48	4.9	48	73	8	209	26	25	20	28	1.99
17219308--17219344	12	2.9	13	81	18	51	5	8	5	81	0.99
17220921--17220976	27	2.1	27	89	0	85	28	14	12	44	1.81
17231642--17231758	43	2.8	42	82	10	139	23	22	23	31	1.98
17231642--17231768	42	3.0	42	73	18	120	22	22	24	31	1.98
17233248--17234076	411	2.0	411	96	0	1541	30	20	22	25	1.98
17236158--17236225	35	1.9	35	100	0	136	19	19	20	41	1.91
17242615--17242680	27	2.5	26	95	4	123	36	21	10	31	1.87
17245365--17245394	8	3.6	8	95	4	51	13	0	26	60	1.34
17247014--17247067	26	2.1	26	96	0	99	29	22	7	40	1.81
17256308--17256333	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
17260759--17260783	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
17261267--17261363	30	3.2	30	72	2	79	27	16	26	28	1.97
17269664--17269706	23	1.9	22	85	4	59	44	13	4	37	1.65
17272975--17273138	43	3.9	42	73	12	122	29	13	25	32	1.93
17277609--17277734	48	2.6	48	83	1	164	30	22	15	30	1.95
17285487--17285662	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
17285483--17285654	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
17288603--17288666	15	4.4	15	84	11	89	10	15	12	60	1.58
17291040--17291213	46	3.8	45	81	6	206	21	21	29	28	1.98
17298436--17298467	10	3.2	10	90	0	55	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17299351--17299381	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
17305956--17306091	66	2.0	67	81	7	159	53	2	5	37	1.40
17307938--17308077	27	5.2	28	87	5	157	35	22	24	18	1.96
17308699--17308834	26	5.2	26	98	0	245	36	25	5	32	1.80
17314682--17314731	25	2.0	25	96	0	91	40	10	12	38	1.76
17320103--17320142	4	10.0	4	86	0	53	67	2	2	27	1.16
17320460--17320556	25	4.3	22	77	13	76	56	10	2	30	1.44
17320505--17320555	21	2.4	22	90	3	77	58	7	1	31	1.37
17322458--17322561	43	2.4	44	80	4	122	18	19	25	37	1.94
17322711--17322904	87	2.3	83	82	7	221	20	25	21	32	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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