genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   

This is table  263  of  311  ( 37258 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87359146--87359186	17	2.3	18	91	4	66	65	2	4	26	1.25
87359607--87359636	12	2.4	13	94	5	53	36	0	0	63	0.95
87359787--87359835	25	2.0	24	92	4	80	44	0	0	55	0.99
87359836--87359910	29	2.6	28	77	14	71	40	1	1	57	1.16
87362433--87362457	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
87364867--87364897	9	3.4	9	90	0	53	77	0	22	0	0.77
87367402--87367434	4	8.2	4	87	12	50	0	3	24	72	0.98
87379013--87379094	40	2.0	40	100	0	164	40	12	24	23	1.88
87387050--87387111	31	2.0	30	87	9	90	56	11	4	27	1.54
87387136--87387172	14	2.6	14	91	0	56	64	10	5	18	1.43
87390080--87390105	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
87396993--87397179	40	4.6	40	85	2	214	22	15	26	35	1.94
87398368--87398668	46	6.5	46	92	0	440	22	24	13	39	1.90
87402634--87402716	5	17.0	5	81	12	93	40	1	1	56	1.15
87410036--87410072	16	2.3	16	90	0	56	27	21	10	40	1.86
87414294--87414339	22	2.1	22	95	0	83	32	26	23	17	1.97
87415402--87416372	181	5.3	181	83	3	1092	33	15	19	31	1.94
87415762--87416070	44	7.0	44	67	12	150	32	14	21	32	1.93
87416021--87416302	89	3.1	89	69	16	227	33	14	20	31	1.93
87415401--87416369	361	2.7	363	81	5	1127	33	15	19	31	1.93
87416306--87416411	41	2.6	41	86	0	140	33	22	16	27	1.95
87416394--87416553	44	3.6	44	78	0	176	28	19	23	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87416353--87416541	88	2.2	86	84	2	245	30	20	21	27	1.98
87416388--87416562	88	2.0	88	87	0	251	30	19	22	27	1.98
87417978--87418184	3	69.3	3	76	7	163	29	5	2	62	1.31
87418099--87418217	54	2.2	51	77	15	132	24	5	3	67	1.26
87418326--87418360	18	1.9	18	88	0	52	34	2	0	62	1.10
87434220--87434271	25	2.1	24	92	3	86	17	21	23	38	1.93
87434228--87434308	23	3.4	23	81	3	81	17	22	22	38	1.93
87435145--87435364	41	5.4	41	79	0	206	35	23	17	23	1.96
87435145--87435345	82	2.5	82	84	0	258	33	23	18	24	1.97
87435193--87435364	82	2.1	82	87	2	247	34	22	17	25	1.95
87435725--87435798	35	2.1	35	82	5	87	12	5	33	48	1.63
87436667--87436812	37	3.9	37	74	0	148	17	47	10	25	1.79
87438676--87438836	9	17.6	9	73	15	116	42	21	1	34	1.64
87438680--87438836	64	2.4	64	87	4	208	41	22	1	34	1.65
87438680--87438818	56	2.3	61	85	9	180	40	21	2	35	1.66
87441241--87441269	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
87442176--87442231	27	2.1	27	96	0	103	32	16	0	51	1.44
87444809--87444837	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
87446198--87446302	35	3.0	35	82	8	133	31	15	28	24	1.95
87448215--87448243	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
87453729--87453759	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
87453838--87453867	12	2.5	12	94	0	51	73	0	26	0	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87460032--87460116	39	2.2	40	89	2	127	31	24	21	22	1.98
87460088--87460194	40	2.7	40	78	11	121	25	24	18	31	1.98
87460463--87460593	14	9.1	14	71	12	79	19	1	37	41	1.61
87460470--87460597	28	4.5	28	74	8	98	19	1	36	42	1.61
87460559--87460599	22	1.9	22	85	5	57	24	0	36	39	1.56
87460470--87460598	7	18.1	7	70	9	64	19	1	37	41	1.61
87460692--87460801	7	15.4	7	67	14	55	23	0	27	48	1.57
87460692--87460736	14	3.2	14	90	0	72	20	0	31	48	1.49
87460760--87460807	15	3.3	15	77	16	55	20	0	31	47	1.50
87460755--87460804	22	2.3	21	82	3	64	24	0	28	48	1.52
87461554--87461579	7	3.7	7	100	0	52	76	0	0	23	0.78
87464552--87464592	22	2.0	22	85	9	59	14	24	4	56	1.58
87464648--87464681	7	4.9	7	86	13	52	26	0	0	73	0.83
87466496--87466650	43	3.7	42	88	2	197	25	15	28	30	1.96
87466496--87466650	86	1.8	83	86	4	220	25	15	28	30	1.96
87468696--87468735	21	1.9	21	94	0	71	37	15	15	32	1.88
87468801--87468857	29	1.9	29	82	10	71	40	5	5	49	1.48
87472615--87472655	21	2.0	21	85	0	55	29	21	26	21	1.99
87475270--87475457	96	2.0	95	89	3	288	34	15	14	35	1.88
87490529--87490637	43	2.5	43	81	0	146	23	30	20	25	1.98
87495058--87495116	17	3.2	17	77	15	64	22	3	0	74	0.96
87495456--87495536	39	2.1	39	97	0	153	29	4	14	50	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87504211--87504787	172	3.4	169	79	8	566	29	18	23	29	1.97
87512364--87512566	100	2.0	100	94	0	352	35	19	15	30	1.92
87514401--87514440	20	2.0	20	90	0	62	40	25	27	7	1.82
87521709--87521737	11	2.7	11	94	5	51	82	0	0	17	0.66
87526356--87526410	8	7.1	8	77	8	60	61	1	0	36	1.06
87526344--87526406	19	3.2	19	80	13	65	61	3	0	34	1.12
87526356--87526410	15	3.6	16	75	7	60	61	1	0	36	1.06
87529093--87529342	46	5.4	45	85	3	277	22	22	13	42	1.88
87529255--87529330	25	3.2	25	64	27	65	22	21	11	44	1.84
87529093--87529349	92	2.8	92	87	2	338	22	22	13	42	1.88
87529129--87529349	46	4.8	46	89	0	298	22	23	13	41	1.88
87529334--87529434	45	2.2	45	89	0	148	20	22	19	36	1.95
87529450--87529605	33	4.7	33	73	6	102	23	26	19	30	1.98
87532843--87532896	20	2.8	20	71	2	56	64	1	0	33	1.04
87533965--87534055	45	2.0	45	100	0	182	31	15	10	41	1.82
87539039--87539126	44	2.0	42	85	8	115	50	3	9	37	1.51
87539243--87539397	79	2.0	80	97	1	294	40	10	9	40	1.71
87546645--87546678	10	3.3	11	88	12	54	50	0	0	50	1.00
87551450--87551489	18	2.4	16	91	8	62	82	0	2	15	0.77
87551450--87551504	14	4.1	14	72	9	51	80	1	3	14	0.94
87551450--87551489	8	4.8	8	88	11	62	82	0	2	15	0.77
87551450--87551497	16	2.9	16	87	6	51	81	2	4	12	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87559440--87559468	15	1.9	15	100	0	58	6	55	0	37	1.27
87561530--87561577	11	4.7	11	75	17	50	66	2	0	31	1.03
87561533--87561577	19	2.4	19	80	0	63	68	2	0	28	1.01
87563451--87563505	27	2.0	27	89	0	83	30	16	36	16	1.91
87563915--87563952	20	1.9	19	89	5	58	76	2	0	21	0.91
87566702--87566758	18	3.1	18	80	12	53	24	5	1	68	1.20
87566829--87566886	31	1.9	30	85	3	80	32	1	1	63	1.14
87566860--87566901	21	2.0	21	86	4	59	23	2	4	69	1.20
87566869--87566913	20	2.2	21	88	4	65	20	4	4	71	1.21
87570996--87571108	60	1.9	60	87	7	167	19	29	15	36	1.92
87576524--87576695	93	1.8	93	85	2	238	18	23	22	35	1.96
87582819--87582879	26	2.4	26	83	8	81	50	3	8	37	1.48
87582830--87582887	16	3.4	17	78	9	64	46	3	6	43	1.47
87583968--87584068	7	14.1	7	70	12	62	42	37	0	19	1.52
87583968--87584038	15	4.9	15	72	10	58	43	33	0	22	1.54
87583976--87584038	22	3.0	21	74	23	60	44	31	0	23	1.54
87584260--87584400	41	3.5	41	89	4	223	26	24	20	28	1.99
87584403--87584499	41	2.4	40	87	1	131	21	20	21	36	1.96
87584403--87584509	40	2.6	41	86	1	135	20	19	23	36	1.95
87587009--87587048	19	2.1	19	95	0	71	65	10	7	17	1.46
87590844--87590880	18	2.1	18	100	0	74	21	21	16	40	1.91
87592360--87592641	42	6.6	42	78	6	282	31	26	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87592360--87592641	85	3.3	85	80	4	320	31	26	15	26	1.96
87595106--87595130	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
87595917--87596256	115	3.0	114	83	4	389	34	22	15	26	1.95
87597113--87597167	22	2.5	22	85	8	69	45	29	3	21	1.69
87597157--87597196	21	1.9	21	89	0	62	42	42	0	15	1.46
87597184--87597271	7	12.4	7	77	11	72	52	28	1	18	1.53
87597784--87597915	40	3.3	41	73	13	114	26	22	17	33	1.96
87598159--87598183	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
87607866--87607930	29	2.2	29	79	17	73	32	9	0	58	1.30
87607978--87608028	14	3.6	14	76	7	50	60	1	1	35	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311