genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.165.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56243371--56243411	22	1.9	21	85	5	55	21	29	39	9	1.86
56244880--56245045	46	3.6	45	72	14	158	22	19	27	30	1.98
56247453--56247651	93	2.1	91	83	6	236	25	30	18	25	1.98
56247585--56247696	44	2.5	44	85	2	136	29	31	17	21	1.96
56247453--56247746	49	6.3	47	73	10	192	25	29	19	25	1.98
56254005--56254090	29	3.0	28	80	9	70	26	13	31	27	1.94
56257835--56258120	40	7.2	39	84	7	369	26	21	23	29	1.99
56257819--56258120	80	3.8	80	91	1	464	27	21	22	28	1.99
56262598--56262660	30	2.1	30	100	0	126	22	15	12	49	1.79
56270835--56271063	40	5.8	40	89	4	322	23	29	23	23	1.99
56270835--56271063	78	2.9	79	88	5	322	23	29	23	23	1.99
56278942--56279172	40	5.8	40	89	2	322	23	29	23	23	1.99
56294586--56294669	44	1.9	44	83	9	109	38	10	25	26	1.88
56294819--56294929	47	2.4	47	95	0	195	35	13	23	27	1.92
56294909--56295105	55	3.6	54	83	6	238	35	18	24	22	1.96
56295732--56295783	26	2.0	26	100	0	104	34	0	23	42	1.54
56298210--56298330	45	2.6	46	85	5	156	26	17	28	28	1.98
56329276--56329393	44	2.7	44	88	5	159	27	32	16	22	1.96
56329226--56329493	49	5.7	49	75	9	157	24	30	19	25	1.98
56334311--56334368	30	1.9	30	89	0	89	34	13	24	27	1.93
56334708--56335109	47	8.6	47	74	11	310	28	20	28	22	1.98
56334711--56335109	94	4.3	94	86	5	501	28	19	28	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56340556--56340977	47	9.1	47	92	2	638	32	9	29	28	1.88
56340619--56340693	23	3.2	23	62	23	57	32	5	32	30	1.80
56340556--56340972	139	3.0	142	90	3	623	31	9	29	29	1.88
56341096--56341172	35	2.1	37	88	4	113	24	19	31	24	1.98
56346629--56347267	94	6.8	93	85	6	720	29	19	27	22	1.98
56354644--56354821	97	1.8	97	95	0	320	31	8	17	42	1.80
56357905--56358061	68	2.4	64	80	7	163	26	28	15	28	1.96
56361334--56361495	43	3.8	42	75	14	161	30	25	17	25	1.98
56361334--56361481	44	3.4	43	72	15	135	29	25	18	26	1.98
56368410--56368519	43	2.6	43	76	15	111	24	17	28	30	1.97
56395686--56395922	39	6.1	39	90	2	368	25	29	24	21	1.99
56408519--56408650	53	2.5	53	81	2	147	19	22	18	38	1.93
56409384--56409449	24	2.8	24	75	9	62	34	4	31	28	1.78
56410783--56410853	27	2.6	27	86	8	108	38	21	11	29	1.88
56425939--56426317	47	8.1	47	93	0	616	33	9	29	28	1.88
56426436--56426514	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
56432845--56432989	53	2.7	55	81	6	170	22	21	17	38	1.93
56432844--56433040	53	3.6	55	77	6	163	22	22	16	38	1.93
56438143--56438313	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
56438135--56438310	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
56440675--56440724	15	3.4	15	86	2	66	62	12	16	10	1.55
56440675--56440733	15	4.0	15	76	10	59	59	15	15	10	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56443642--56443812	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
56443634--56443809	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
56447438--56447479	22	2.0	22	95	4	77	9	40	28	21	1.84
56448155--56448207	23	2.3	23	75	12	56	16	3	26	52	1.61
56451780--56451942	43	3.8	42	79	5	150	26	16	23	32	1.96
56464265--56464413	43	3.5	43	76	9	126	28	24	20	27	1.99
56469174--56469352	47	3.8	49	74	9	138	34	18	24	22	1.96
56469317--56469578	54	4.9	54	87	3	348	36	16	24	22	1.94
56472473--56472540	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
56472642--56472720	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
56480381--56480478	31	3.2	31	98	0	187	54	27	0	18	1.44
56482518--56482701	40	4.6	39	80	9	185	25	23	26	25	2.00
56482570--56482724	79	2.0	79	83	7	199	25	21	26	25	2.00
56491638--56491664	9	3.0	9	100	0	54	11	0	22	66	1.22
56504927--56504968	22	1.9	22	85	9	59	38	4	19	38	1.73
56504923--56504975	22	2.3	23	78	18	58	33	9	18	37	1.83
56506484--56506677	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
56506513--56506584	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
56506558--56506633	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
56506647--56506833	48	3.8	48	86	8	277	36	6	26	31	1.82
56506648--56506833	100	1.9	96	89	6	284	36	6	26	30	1.82
56506979--56507123	37	3.9	37	95	0	254	23	18	31	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56509702--56509734	17	1.9	17	88	11	50	18	33	15	33	1.92
56515011--56515092	41	2.0	41	95	0	146	36	7	21	34	1.82
56524846--56525021	50	3.5	49	78	7	167	25	18	28	28	1.98
56531473--56531610	43	3.3	42	77	5	152	35	26	13	24	1.92
56534439--56534647	46	4.5	46	74	13	146	28	19	29	22	1.98
56546584--56546767	40	4.6	40	91	2	282	23	22	27	26	2.00
56546581--56546767	79	2.3	80	92	2	315	24	22	26	26	2.00
56546580--56546799	79	2.8	79	86	7	304	25	21	25	26	2.00
56546584--56546800	119	1.8	119	84	5	296	24	22	26	26	2.00
56551994--56552610	48	12.9	48	93	1	1031	30	25	6	36	1.82
56556048--56556177	57	2.3	57	80	6	149	28	29	18	23	1.98
56556185--56556295	34	3.0	40	84	11	130	24	27	22	25	2.00
56557690--56558134	48	9.4	48	93	1	736	30	25	6	37	1.81
56557690--56558134	188	2.3	190	94	2	768	30	25	6	37	1.81
56559933--56560117	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
56559934--56560117	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
56559986--56560150	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
56568059--56568242	40	4.6	39	85	4	219	24	22	27	25	2.00
56568059--56568242	79	2.3	80	84	6	223	24	22	27	25	2.00
56568111--56568275	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
56573498--56574111	48	12.9	48	93	1	1022	30	26	6	36	1.82
56573498--56574111	190	3.2	190	92	2	1009	30	26	6	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56577546--56577675	57	2.3	57	82	6	149	28	27	19	24	1.98
56577685--56577840	40	3.9	40	97	0	267	26	26	21	25	1.99
56579229--56579902	48	14.0	48	94	1	1109	30	25	6	37	1.81
56583330--56583429	28	3.6	27	74	6	83	29	30	18	23	1.97
56583330--56583459	57	2.3	57	84	6	158	28	28	19	23	1.98
56583358--56583457	28	3.6	27	76	10	85	30	27	20	23	1.98
56583469--56583624	40	3.9	40	98	0	294	25	26	21	25	2.00
56585013--56585736	48	15.0	48	93	2	1177	31	25	6	37	1.82
56585019--56585734	236	3.0	237	92	3	1182	31	25	6	37	1.82
56590887--56590956	25	2.8	25	85	8	81	38	24	18	18	1.93
56592264--56592381	37	3.4	37	70	21	117	38	4	5	52	1.43
56592289--56592402	31	3.5	30	70	18	93	38	5	4	51	1.44
56592277--56592430	68	2.2	68	89	5	240	39	4	4	51	1.43
56598531--56598604	31	2.4	31	95	0	130	25	31	27	16	1.96
56606489--56606536	17	3.1	17	74	17	50	37	2	25	35	1.68
56622527--56622594	28	2.7	23	74	20	64	17	5	32	44	1.73
56622500--56622579	28	2.8	28	90	1	124	17	3	32	46	1.66
56624720--56624756	13	2.8	13	95	4	65	27	0	29	43	1.55
56626469--56626704	48	4.9	48	80	9	257	27	17	28	26	1.98
56626479--56626704	95	2.4	96	83	5	289	27	18	28	25	1.98
56631611--56631723	27	4.2	26	84	9	138	19	23	21	35	1.96
56631610--56631716	55	2.0	54	88	5	162	20	24	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56636472--56636689	40	5.5	40	85	5	273	25	27	21	25	1.99
56636474--56636689	119	1.8	120	85	7	305	25	27	21	25	1.99
56641279--56641501	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
56641277--56641501	40	5.7	40	85	6	287	25	28	22	24	2.00
56643366--56643427	26	2.3	26	89	8	90	37	29	6	27	1.82
56643532--56643618	27	3.2	27	90	3	131	17	24	21	36	1.94
56658197--56658295	35	2.8	34	75	6	99	29	9	19	42	1.82
56658279--56658325	21	2.1	23	81	14	55	40	4	10	44	1.59
56662124--56662159	13	2.8	12	88	12	54	77	2	2	16	1.00
56676931--56677072	40	3.5	40	80	9	121	26	27	21	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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