genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   

This is table  80  of  311  ( 37258 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25103357--25103392	17	2.1	17	100	0	72	27	11	11	50	1.72
25104966--25105154	94	2.0	94	93	0	324	46	7	15	31	1.73
25105592--25105635	16	2.8	16	89	0	61	22	34	4	38	1.75
25110274--25110299	13	2.0	13	100	0	52	38	30	23	7	1.83
25113076--25113104	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
25129619--25129786	84	2.0	84	96	0	309	30	13	26	29	1.94
25131167--25131349	54	3.4	54	89	0	276	31	14	20	34	1.92
25133295--25133516	48	4.7	49	76	10	201	25	18	30	25	1.98
25142555--25142594	17	2.4	16	87	4	53	45	0	2	52	1.14
25142546--25142593	22	2.1	23	85	11	64	39	0	4	56	1.19
25142389--25142568	90	2.0	90	85	6	242	34	7	11	47	1.67
25143246--25143376	9	14.4	9	68	15	74	64	1	2	31	1.15
25143246--25143329	25	3.2	25	72	13	71	66	2	1	29	1.11
25143885--25143952	9	7.3	9	76	11	66	66	0	2	30	1.07
25143891--25143956	10	6.8	10	75	13	66	66	0	3	30	1.06
25143901--25143954	28	1.9	28	85	7	74	66	0	3	29	1.09
25149066--25149220	59	2.6	60	76	12	160	45	14	3	37	1.61
25152876--25152906	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
25163028--25163070	12	3.3	13	80	9	52	0	27	0	72	0.85
25163028--25163063	12	2.9	12	91	4	54	0	27	0	72	0.85
25163134--25163223	5	18.0	5	100	0	180	60	0	0	40	0.97
25166100--25166262	86	1.9	84	85	5	220	29	24	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25172428--25172466	21	1.9	20	89	5	60	30	0	20	48	1.50
25177538--25177711	47	3.7	49	78	11	175	21	29	19	29	1.97
25177538--25177851	46	6.7	46	73	14	191	23	29	18	28	1.98
25179531--25179580	22	2.3	21	79	3	55	18	32	32	18	1.94
25189509--25189535	14	1.9	14	100	0	54	37	11	0	51	1.37
25191483--25191642	53	3.0	53	80	5	198	37	11	23	27	1.90
25191928--25191995	27	2.5	28	90	9	113	42	17	23	16	1.88
25191956--25192235	61	4.6	61	74	6	192	35	11	24	27	1.91
25196269--25196485	43	5.0	43	85	4	276	29	29	15	24	1.96
25197579--25197789	54	3.9	54	80	0	134	32	21	8	36	1.84
25197604--25197759	81	1.9	81	88	0	231	29	21	8	40	1.83
25197604--25197761	27	5.9	27	85	3	201	29	21	8	40	1.83
25197591--25197789	81	2.5	81	76	6	213	33	21	8	37	1.84
25197753--25198068	27	11.7	27	77	6	210	40	20	9	30	1.84
25197753--25197961	80	2.6	81	84	3	235	40	21	9	29	1.84
25198102--25198193	27	3.4	27	92	3	141	31	19	27	21	1.97
25199001--25199070	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
25199000--25199095	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
25199001--25199095	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
25199218--25199351	42	3.2	42	95	0	232	28	13	21	36	1.91
25203348--25203379	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
25203583--25204022	50	8.8	50	79	5	485	29	25	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25203583--25204021	151	2.9	151	92	1	704	29	25	18	26	1.98
25224109--25224234	49	2.6	49	88	2	173	23	27	19	28	1.99
25232790--25232827	20	1.9	20	94	0	67	39	26	2	31	1.70
25232914--25233026	43	2.7	41	78	8	111	29	25	16	28	1.97
25234479--25234538	30	2.0	30	83	0	75	38	5	25	31	1.77
25234949--25235029	42	1.9	42	82	0	99	32	16	23	28	1.96
25239083--25239119	17	2.2	17	90	0	56	13	27	18	40	1.88
25243971--25244426	48	9.5	48	82	1	547	26	27	17	28	1.97
25243960--25244426	96	4.9	96	90	0	720	25	27	17	28	1.97
25243971--25244426	144	3.2	143	83	1	619	26	27	17	28	1.97
25249043--25249125	42	2.1	40	86	8	116	71	7	7	14	1.30
25254548--25254580	13	2.5	13	95	0	57	24	24	33	18	1.97
25269886--25270035	27	5.6	27	82	3	158	29	28	15	27	1.96
25269886--25270034	81	1.8	81	86	2	219	29	28	15	26	1.96
25278281--25278313	16	1.9	18	88	11	52	18	18	9	54	1.69
25281964--25282066	41	2.5	42	77	3	118	32	25	11	31	1.91
25284500--25284628	50	2.7	48	82	11	151	26	30	17	26	1.97
25284507--25284769	140	1.9	139	82	8	327	24	29	17	28	1.97
25287000--25287034	17	2.1	17	100	0	70	17	31	17	34	1.93
25291818--25292267	140	3.2	140	87	4	566	23	28	19	29	1.98
25292011--25292184	94	1.9	92	82	7	217	22	28	18	29	1.98
25291815--25292276	46	9.8	45	71	13	213	23	28	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25297703--25297761	24	2.5	24	91	0	100	64	6	16	11	1.47
25302242--25302466	40	5.7	40	80	6	215	24	27	21	25	1.99
25302209--25302466	40	6.5	38	77	9	191	24	27	21	26	1.99
25309816--25310040	40	5.7	40	82	6	233	25	28	21	25	1.99
25309972--25310049	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
25313120--25313176	27	2.0	30	86	10	84	24	19	10	45	1.81
25318441--25318541	42	2.4	42	76	15	102	26	29	20	22	1.99
25327247--25327382	40	3.4	39	79	9	134	29	26	21	22	1.99
25332007--25332186	39	4.6	40	79	9	176	24	20	26	28	1.99
25332007--25332183	78	2.3	79	82	11	206	24	20	27	27	1.99
25332007--25332223	79	2.8	78	80	12	198	25	20	26	27	1.99
25332085--25332229	39	3.7	38	76	13	116	25	22	26	25	2.00
25338930--25339113	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
25338930--25339110	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
25338998--25339160	40	4.1	39	82	7	141	26	20	26	26	1.99
25345263--25345413	75	2.0	74	94	1	266	23	7	27	41	1.80
25346835--25347056	49	4.5	49	82	3	282	29	28	18	24	1.98
25346835--25347056	101	2.2	98	85	2	282	29	28	18	24	1.98
25348546--25348612	21	3.4	20	84	11	86	34	0	7	58	1.26
25356549--25356588	14	2.9	14	85	3	55	22	25	0	52	1.47
25358153--25358233	42	1.9	43	84	2	110	24	17	27	30	1.97
25359805--25359976	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25359829--25360012	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
25371647--25371736	29	3.1	28	88	4	126	27	11	28	32	1.91
25372082--25372157	38	2.0	38	100	0	152	23	15	23	36	1.94
25375453--25375815	80	4.5	79	81	5	338	40	19	9	31	1.83
25375453--25375815	27	13.6	27	78	3	306	40	19	9	31	1.83
25375775--25375944	27	6.3	27	81	1	171	37	18	18	25	1.94
25375610--25375842	107	2.2	107	90	2	360	40	18	10	30	1.85
25375453--25375815	53	6.8	54	83	3	369	40	19	9	31	1.83
25375610--25375944	81	4.2	80	79	7	216	38	19	14	28	1.90
25376148--25376217	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
25376147--25376230	25	3.4	24	85	8	107	28	22	22	26	1.99
25376148--25376242	50	1.9	50	82	8	122	27	24	23	25	2.00
25378700--25378743	21	2.1	21	83	8	54	18	29	4	47	1.68
25380140--25380258	46	2.6	46	89	0	166	31	27	18	21	1.97
25383682--25383904	40	5.6	39	83	5	232	24	20	28	26	1.99
25383757--25383939	79	2.3	80	81	1	217	25	20	28	25	1.99
25386407--25386468	31	2.0	31	100	0	124	29	9	22	38	1.86
25388870--25388918	24	2.0	24	100	0	98	42	12	4	40	1.61
25401615--25401659	22	2.1	21	88	8	65	40	15	17	26	1.90
25401910--25402383	47	10.1	47	93	3	798	32	8	29	29	1.87
25401910--25402383	186	2.5	186	93	3	776	32	8	29	29	1.87
25402500--25402576	35	2.1	35	83	4	91	24	18	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25408596--25408773	40	4.5	39	81	12	179	26	28	21	24	1.99
25410722--25410824	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
25410808--25410879	29	2.5	29	86	4	92	27	16	30	25	1.97
25411191--25411334	40	3.6	40	81	11	154	25	23	27	22	2.00
25411309--25411517	40	5.2	40	85	2	249	23	22	27	26	1.99
25414978--25415500	47	11.1	47	95	2	935	31	8	30	29	1.87
25414978--25415500	93	5.6	94	96	1	935	31	8	30	29	1.87
25415619--25415695	37	2.1	37	88	4	113	24	18	31	25	1.97
25421477--25421560	43	2.0	43	87	0	123	35	26	13	25	1.92
25424857--25424926	35	2.0	35	88	2	106	37	24	5	32	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311