genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26993325--26993604	78	3.6	79	84	4	309	43	12	11	32	1.78
26995904--26996078	49	3.5	49	84	3	242	28	18	24	29	1.98
26995899--26996089	100	1.9	100	93	0	328	28	19	24	28	1.98
27010969--27011024	28	1.9	30	82	7	71	50	21	0	28	1.49
27015555--27015611	28	2.1	28	90	9	91	45	0	0	54	0.99
27017414--27017586	46	3.7	46	74	10	181	30	27	19	23	1.98
27017419--27017587	93	1.8	93	90	0	275	30	27	18	23	1.98
27017512--27017597	46	1.9	45	83	4	111	32	29	17	20	1.96
27022910--27023080	46	3.7	46	77	14	199	28	28	21	22	1.99
27022915--27023084	92	1.8	93	94	1	306	28	28	21	21	1.99
27024541--27024586	5	9.4	5	77	13	51	0	19	0	80	0.71
27024534--27024586	26	2.1	25	82	10	63	0	22	0	77	0.77
27024541--27024586	19	2.3	20	88	3	67	0	19	0	80	0.71
27024541--27024584	14	3.1	14	84	12	54	0	18	0	81	0.68
27025085--27025600	257	2.0	257	99	0	1014	35	15	12	35	1.86
27030950--27031291	37	9.1	37	88	2	488	35	24	21	18	1.95
27030950--27031291	112	3.0	111	89	3	515	35	24	21	18	1.95
27034517--27034571	27	2.0	27	86	6	76	47	3	0	49	1.19
27050678--27050894	40	5.4	40	91	2	323	26	27	21	23	1.99
27058752--27059006	40	6.4	40	90	4	376	26	26	22	24	2.00
27058752--27059004	79	3.2	79	88	6	370	26	26	22	24	2.00
27066835--27066971	40	3.5	40	81	6	145	26	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27070397--27070477	33	2.4	35	75	10	87	29	22	18	29	1.97
27075880--27075924	22	2.1	21	84	12	56	64	4	2	28	1.25
27086801--27086921	55	2.2	56	79	10	133	23	21	31	23	1.98
27089990--27090061	25	2.9	25	82	0	90	23	23	22	30	1.99
27092879--27093164	40	7.2	40	90	2	398	29	28	19	22	1.98
27101350--27101632	40	7.2	40	89	4	371	28	28	19	22	1.98
27101350--27101632	156	1.8	156	86	3	417	28	28	19	22	1.98
27105344--27105461	40	3.0	40	93	0	200	22	18	28	30	1.97
27105433--27105493	28	2.1	29	96	3	115	18	14	31	36	1.91
27109103--27109137	10	3.4	10	92	7	61	31	20	20	28	1.97
27109187--27109256	25	2.8	25	88	0	104	25	22	22	28	1.99
27117038--27117076	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
27117037--27117076	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
27117122--27117191	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
27117121--27117204	25	3.4	24	88	6	116	28	23	22	25	1.99
27117122--27117216	50	1.9	50	82	8	122	27	24	23	25	2.00
27118850--27118898	24	2.0	24	100	0	98	34	16	12	36	1.86
27124054--27124098	14	3.1	14	80	3	54	71	8	2	17	1.23
27124869--27124920	20	2.6	20	100	0	104	15	26	34	23	1.94
27127210--27127398	51	3.7	50	75	6	148	28	30	17	24	1.97
27130637--27130802	42	3.9	42	76	7	156	27	16	24	31	1.96
27130644--27130802	87	1.9	84	84	6	212	28	16	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27136124--27136245	43	2.9	41	80	11	122	26	16	23	33	1.96
27140828--27140861	15	2.3	15	94	0	59	52	20	11	14	1.73
27140923--27140955	16	2.1	16	94	0	57	42	9	6	42	1.61
27141990--27142024	16	2.2	16	89	0	52	42	20	8	28	1.81
27144454--27144537	44	2.0	43	83	4	107	20	3	35	40	1.70
27144854--27144904	13	3.6	14	73	7	50	35	41	0	23	1.55
27144922--27144990	15	4.7	15	72	16	56	39	39	0	21	1.54
27144921--27144966	14	3.2	14	84	6	56	36	43	0	19	1.51
27144970--27145006	15	2.5	15	86	0	56	43	29	0	27	1.55
27145035--27145141	7	14.9	7	80	4	97	31	47	0	20	1.50
27145042--27145116	15	5.1	15	85	3	91	29	52	0	18	1.46
27145073--27145163	21	4.3	21	80	6	78	39	40	0	19	1.52
27145069--27145163	28	3.4	28	80	8	77	40	40	0	20	1.52
27145328--27145395	29	2.3	30	75	14	70	30	4	2	61	1.30
27145562--27145720	81	2.0	81	88	2	239	28	18	19	33	1.95
27145540--27145732	40	4.8	40	85	3	228	30	19	18	32	1.96
27150007--27150040	15	2.3	15	94	0	59	52	20	11	14	1.73
27150102--27150134	16	2.1	16	94	0	57	42	9	6	42	1.61
27151170--27151204	16	2.2	16	89	0	52	42	20	8	28	1.81
27153632--27153715	44	2.0	43	85	4	116	20	3	36	39	1.70
27154031--27154081	13	3.6	14	73	7	50	35	41	0	23	1.55
27154099--27154154	15	3.9	15	73	15	55	37	42	0	19	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27154098--27154143	14	3.2	14	84	6	56	36	43	0	19	1.51
27154148--27154182	14	2.4	15	85	4	54	45	31	0	22	1.53
27154211--27154324	7	15.9	7	81	4	111	31	48	0	20	1.50
27154249--27154345	7	14.0	7	76	10	58	39	42	0	18	1.51
27154245--27154345	21	4.9	21	74	14	84	39	41	0	18	1.51
27154510--27154577	29	2.3	30	75	14	70	30	4	2	61	1.30
27154731--27154913	80	2.3	80	85	6	264	30	18	17	33	1.94
27154731--27154913	40	4.6	40	84	7	221	30	18	17	33	1.94
27162181--27162229	24	2.0	25	84	4	64	46	30	4	18	1.67
27162629--27162702	24	3.1	24	92	0	112	31	6	40	21	1.79
27164117--27164225	27	4.0	26	83	8	128	15	22	23	38	1.92
27170259--27170332	24	3.1	24	90	0	112	32	5	40	21	1.76
27171762--27171873	27	4.2	26	78	7	116	17	22	21	38	1.93
27171762--27171873	54	2.1	54	86	3	154	17	22	21	38	1.93
27178203--27178367	42	3.9	42	77	7	181	27	16	25	29	1.97
27179635--27179686	20	2.6	20	100	0	104	19	36	32	11	1.87
27181891--27182013	46	2.7	46	94	0	210	29	25	21	23	1.99
27194352--27194446	25	3.8	24	75	13	77	60	5	6	28	1.43
27194432--27194550	27	5.0	23	74	10	87	53	3	6	36	1.44
27200792--27202029	618	2.0	613	80	7	1400	32	14	19	33	1.91
27214845--27215108	46	5.6	47	74	14	172	26	19	29	25	1.98
27214898--27215112	49	4.5	47	74	14	165	26	18	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27252481--27252524	22	2.0	22	86	0	61	56	4	9	29	1.50
27252519--27252559	19	2.2	19	86	4	57	60	0	9	29	1.28
27259408--27259515	28	3.9	27	85	3	126	21	25	16	37	1.94
27267257--27267339	27	3.0	27	87	1	121	19	24	19	37	1.94
27272969--27273033	24	2.8	22	80	15	69	24	3	18	53	1.58
27279176--27279296	38	3.1	38	86	2	161	19	19	25	35	1.95
27281204--27281311	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
27282791--27282843	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
27288256--27288363	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
27304188--27304215	14	2.0	14	100	0	56	35	7	14	42	1.73
27307831--27307893	31	2.0	31	100	0	126	41	3	12	42	1.59
27310319--27310499	87	2.1	87	91	2	292	27	21	29	22	1.99
27320867--27321002	45	3.1	43	81	9	143	31	25	18	24	1.97
27333945--27334020	24	3.2	24	78	10	77	64	1	0	34	1.02
27339398--27339437	19	2.1	19	95	0	71	30	22	5	42	1.75
27340622--27340665	23	1.9	23	90	0	70	79	0	18	2	0.83
27346057--27346083	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
27347553--27347591	9	4.6	8	84	9	51	38	0	0	61	0.96
27347553--27347591	17	2.3	18	86	8	55	38	0	0	61	0.96
27347555--27347600	18	2.4	20	75	17	53	36	2	0	60	1.09
27348062--27348124	8	8.0	8	72	13	51	28	1	1	68	1.08
27353302--27353378	38	2.0	38	100	0	154	36	0	20	42	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27362984--27363099	47	2.5	47	81	6	137	27	18	30	24	1.98
27363819--27363862	19	2.3	19	96	0	79	47	4	15	31	1.66
27364662--27364704	19	2.3	19	95	0	77	39	9	20	30	1.84
27370128--27370201	37	2.0	37	94	0	130	31	20	22	25	1.98
27382239--27382461	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
27390143--27390365	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
27403431--27403519	45	2.0	45	88	0	133	23	12	24	39	1.89
27407286--27407347	30	2.1	30	100	0	124	30	6	32	30	1.83
27407319--27407826	47	10.8	47	95	0	874	33	8	28	28	1.87
27407945--27408023	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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